据台湾中时电子报2月5日报道，一名复兴航空机师爆料，4日正驾驶廖建宗已执行一次台北金门的往返任务，从金门飞抵松山机场时，在飞航登录表上记录“引擎有异状”，要求检修后再飞，不料地勤担心班机延误被台当局民航主管部门罚款，要求廖飞完金门这趟回到松山机场再说，没想到就出事。
此次坠机事故是复兴航空公司2014年4月才交机，机龄年轻。台当局民航主管部门也表示机型ATR600是目前最好的机型。
复兴航空班机5日凌晨0时将机头残骸吊挂上岸，并发现3名机组人员遗体，其中1具为机长廖建宗。
据《自由时报》报道，放飞人员曾登机检测飞机上的通信仪器，查无异状后，要求廖建宗飞完金门这航次后再仔细检查。依规定，驾驶若发现异状应向公司回报，航空公司则要通报台当局民航主管部门，不过复航和台当局民航主管部门4日都说未接获“引擎有异状”的通报，5日将进一步了解。
复航才在去年7月23日发生GE222班机坠毁于澎湖，酿成48人罹难空难，在7个月内连摔落两架ATR飞机，让外界质疑该公司是否有内部管理问题；据台当局民航主管部门官员表示：“复兴航空机组人员比起其他航空的人力确实较吃紧，尤其是飞行员人力不足。”
复兴航空7个月内发生两起空难事故，令外界质疑是否有机组人力不足情形。
据《自由时报》报道，台当局民航主管部门官员指出，复兴澎湖空难后，相关部门已对复兴飞安项目扣分，意即复兴在今年8月前都无法争取到新航线的航权；而复兴在遭逢重大飞安事故后，力拼让复兴全资金投入的廉价航空“威航V Air”于去年12月17日成功首航，并在12月底前公布希望申请美国天宁岛及关岛包机。复兴接连发生马公及昨日基隆河坠毁两起重大空难，恐更引发各界质疑复航内部纪律及作业程序是否不够严谨。
去年复兴航空澎湖空难后，一度传出失事航机机长超时工作，还有复兴空服员在脸书上指出，复兴航空的要求，不管是台风天、大风雪，还是遇到雷雨包，机组员都要想办法把飞机飞回来，飞机和机组员都尽量不在外地过夜。所以事故发生前一晚，复兴航空另一班从东京飞桃园机场的班机GE3605原定深夜11时许抵台，因为台风，在狂风骤雨中硬是重飞了3次，才在23日凌晨1时许降落桃园机场，事后有机组员在脸书上写道，“明明是台风飞不回来，到底为何公司要我们硬飞来呢？折磨乘客也折磨我们组员！”“为什么要飞得那么心酸呢？”。而当晚复兴GE222航机就在澎湖马公机场出事。
当时复兴航空否认机长超时工作，也澄清没要求一定要机组员将飞机飞回。台当局民航主管部门飞航标准组开始进行深度调查，要求航机签派流程应更严谨，也加强组员考训制度；到昨天为止，都还没有具体对复航工作人员超时工作开罚。
航空业界也盛传早在10年前，大陆民航业兴起，资深机师需求量大，近年大陆更开出平均两倍以上薪资挖角全球飞行员，也频频向台籍飞行员招手，间接加剧了台湾内部的机师荒，这个问题不只复兴航空面临到，台湾其他各大航空公司也难避免。