两江总督署一直延续到1911年辛亥革命以后，12月2日江浙联军光复南京。1912年1月1日，孙中山在此就任临时大总统。这里成为中国历史上第一个共和国的总统所在地。大总统的办公室就设在西花园的西花厅，孙中山在位只有91天，4月3日孙中山辞职，离开这儿，北洋军阀政府在此设留守所，黄兴为留守。数月之后留守所取消，改为都督府，在以后的十多年中，都督府建筑未有变化，可是，各路人物粉墨登场，政权更迭十分频繁。直到1927年3月23日，北伐军攻克南京。北伐军总司令蒋介石在此成立国民政府军事委员会。4月18日国民政府成立，以南京为首都。南京号称十朝都城，这就是第十个。国民政府即以此建筑群为府邸，至1937年谭延闿，蒋介石，林森先后任国民政府主席。
