公元312年，在王导和顾荣等人的帮助下，司马睿在建康基本上站住了脚。他虽然尚未称帝，但东晋朝廷已经初具雏模。这年年底，镇东军司顾荣和前太子洗马卫玠都去世了。
司马睿最初出镇江东时，十分依赖顾荣。顾荣是南州的名望，担任要职，朝野都非常敬重他。当时司马睿宠幸的郑贵嫔有病，司马睿整天为她祈祷，因而政事有点顾不上来。顾荣曾上书谏道：“昔日周文王父子兄弟可说是三位圣人，没什么不能轻易解决的。而即使这样周文王在日暮之前总是忙得来不及进食，周公洗一次澡还得三次握着头发去处理问题。为何这样呢？实在是因为一日万机，不能不当即处理；一句话不对，就可能导致祸患。当今是衰退年代的末尾，属于大乱离散的时运，天子流落在他人手里，世上豺狼当道。明公应当露营野外，起早摸黑地做事，像当年勾践停车敬拜愤怒青蛙那样招募勇士，在庭院里悬挂苦胆那样不忘辛苦。贵嫔身体欠安，的确必须急着用药；祈祷的事情，也是需要的。但怎么能因此便不让参佐进来汇报大事，断绝宾客前来关心国政？如今强贼兵临国境，流言满天，人心千头万绪，是留是走众说纷纭。但愿明公谦虚纳下，广为求贤，思考计划今日的要事，杜塞那些弄神作鬼的迷信祈祀，弘扬天下人的勤奋努力，洗雪社稷的奇耻大辱，那么百姓就有了依赖，天下安泰就有了期待。”
当时南方的人才尚未得到广泛使用，顾荣又进言道：“陆士光清廉正直，表里都是金玉；甘季思忠款尽诚，既有胆识又有才干；殷庆元肚里很有策略，可以文武兼用；我的族兄顾公让明亮守节，即使在困顿时也不更改操守；会稽人杨彦明和谢行言都坚信并精通儒教，足以成为众望；贺生沉静而与世无争，是清高的人士；陶恭兄弟虽然没有卓越才干，但办实事的能力非常强。所有这些人，都是南方的财宝。”司马睿阅览了顾荣的上书后，先后都聘请了他们。比及顾荣去世，司马睿亲临丧事，极尽哀悼之情。
卫玠是已故晋太保卫瓘的孙子，字叔宝。卫玠五岁时，就已经风神秀丽，远不是一般小孩可比的。卫瓘说：“这孩兒和其他孩子不一样。只可惜我年老了，看不见他成长而已！”卫玠小时像其他官府小孩那样头发梳成两个发髻，乘着羊车去上集市，看到的人们都以为他是个玉人，围观的市民人山人海。骠骑将军王济是卫玠的舅舅，本人也英俊爽朗很有风姿，每次见到卫玠，总是叹道：“他就好比珠玉在侧，让我自惭形秽。”又曾经跟他人说：“和卫玠同游，简直就像明珠在你身边，光彩照人。”卫玠长大后，喜欢谈论老庄玄理。他后来身体羸弱多病，母亲所以总是不让他多说话。遇到感觉较好的时候，亲友请他谈谈，大家听后无不感叹，认为他分析事情总是入木三分。琅邪人王澄名气很大，很少佩服他人，但每次听卫玠谈论，总是叹息为之倾倒。所以当时人们这么说过：“卫玠谈道，平子绝倒。”王澄以及王玄和王济同时具有盛名，但都在卫玠之下，因此世上有这种说法：“王家三子，不如卫家一兒。”卫玠的岳父乐广，在海内有很重的名望，所以很多评论家这么说：“妇公冰清，女婿玉润。”
官府的聘书经常送到，但卫玠都不肯就职。久后，终于成为太傅西阁祭酒，拜太子洗马。他兄长卫璪当时任散骑侍郎，在宫廷内侍奉晋怀帝。卫玠因为天下大乱，想移家南迁。母亲说：“我不能舍下仲宝（卫璪字）就自己离去。”卫玠给母亲解释，为了门户的大计为什么必须得这么做，母亲这才流着泪同意了。临别时，卫玠跟家兄说：“人们看重的是三谏的大义（劝谏三次也就仁至义尽了）。现在可以说是为国尽忠的时候了，兄长请自勉吧。”说罢便扶着母亲上了车，辗转来到江夏。
卫玠的妻子先去世。镇守江夏的征南将军山简见到他，十分器重。山简说：“昔日戴叔鸾嫁女，只看本人是否贤良，而不问贵贱。何况卫氏还出身权贵门户，自己又是很有名望的人！”于是把女儿嫁给他。卫玠一家接着来到豫章.当时大将军王敦镇守豫章，长史谢鲲原先就很看重卫玠，这时欣然相见，整天有讲不完的话。王敦跟谢鲲说：“昔日王辅嗣（即魏晋玄学主要代表王弼）在曹魏大讲玄学，现在这人又在江表大发这番宏论。这些精深微妙言辞的千头万绪，绝而复续。没想到在这永嘉的末年，又听到这正重新复苏的声音。如果何平叔（即曹魏时玄学大师何晏）还在，当会再次为他绝倒。”卫玠经常以为人有不到之处，可用情理加以宽恕；人有不同意见，可用道理加以说服，所以从未见到他兴奋和愤怒的时候。
卫玠觉得王敦豪爽不群，而且喜欢居人之上，担心他并非国家忠臣，便离开豫章前往建康。京师人士因为听说过他的姿容，所以不管他到那里，边上总是挤满了围观的人。到他府上拜谒的更是门庭若市。卫玠因而更加积劳成疾，终于在这时去世，死时才二十七岁。当时有人因此认为卫玠是被人看杀了的。他被安葬在南昌。谢鲲听说后痛苦流泪，人们问他：“先生有什么特殊原因而如此哀伤吗？”谢鲲答道：“栋梁折断了，不禁觉得悲哀。”后来刘惔和谢尚共同谈论前朝人士，有人问：“杜乂比得上卫洗马吗？”谢尚说：“怎能相比，中间还隔着好多人。”刘惔又说：“杜乂肤清，叔宝神清。”卫玠就是这样被有见识的人所看重。当时中兴的名士中，只有王承和卫玠被人认作第一人才。
公元313年四月，在长安的秦王司马邺听说晋怀帝在平阳遇害后，在大臣们的拥戴下即位成为晋愍帝。前中书侍郎郗鉴，字道徽，是高平金乡人，汉御史大夫郗虑的玄孙。郗鉴少年时孤苦贫穷，但依然博览经书，亲自耕作陇田，同时吟咏不倦。他因儒雅而著名，却不接受州府的聘请。赵王司马伦曾经聘请他为助理，郗鉴知道司马伦有篡位的野心，便称病离职。比及司马伦篡位时，他的党徒都当了大官，而郗鉴独独闭门自守，跟他们毫无联系。到晋惠帝复位时，任命郗鉴参与司空军事，后累次升迁为太子中舍人和中书侍郎。东海王司马越聘请郗鉴为主簿，推举他为贤良，但郗鉴没有去就职。征东大将军苟晞也聘请他为从事中郎。当时苟晞和司马越内斗得很厉害，郗鉴想置身其外，所以两面都不应召。他堂兄郗旭当时是苟晞的别驾，害怕连累到自己，便劝他赴任，郗鉴终究没有回应，而苟晞也不逼他。比及京师失守，盗寇横行，郗鉴陷身在陈午的乞活军（西晋末年的乞丐兵）中。同邑人张实先前想和郗鉴结交，但郗鉴不肯。到这时，张实到陈午的军营探省郗鉴的疾病，想趁机通过他向陈午求官。郗鉴跟张实说：“我和先生虽然是同乡，但并没有深交，你何至于趁乱取利到这种地步！”张实非常惭惭地退下。陈午因为郗鉴有名于世，便想逼他做头，郗鉴只好逃走。陈午军队不久便溃散了，郗鉴也得以回归乡里。那时家乡闹饥荒，州里不少人士历来对他感恩戴德，便争着资助他。郗鉴把所得到的分给宗族以及乡曲孤苦老人，这样救了不少人，这些人于是互相联系说：“如今天子流落到他人手里，中原没有主人，我们应当归依有仁德的人，这样才可得以生存。”便共同推举郗鉴为主，聚众一千多家都到山东的峄山避难。
琅邪王司马睿听说后，即于公元313年四月任命郗鉴为兖州刺史，出镇邹山。当初，并州刺史刘琨用陈留太守焦求为兖州刺史，而身在开封的司空荀藩又用李述为兖州刺史。李述因此打算进攻焦求，刘琨便召焦求回去。比及邺城陷落，刘琨又任命他侄子刘演为兖州刺史，出镇廪丘。
于是兖州一州有三位刺史，刘演和李述以及郗鉴三人各占据一郡，兖州军民不知所从。郗鉴占据山东，后来又和徐龛以及石勒左右交侵，干戈不断。他外无救援，内又饥馑，百姓经常掘野鼠和蛰燕为食，然而始终没人背叛他。三年间，郗鉴的部众达到了数万。司马睿便任命他为辅国将军负责兗州的军事。这是后话。
司马睿这时接着任命前庐江内史华谭为军咨祭酒。华谭曾在寿春依附过周馥。那么周馥又是何许人也？周馥字祖宣，少年时就和友人成公简齐名，最早都是宗族封王的文学，后累次升迁官至司徒左西属。司徒王浑曾上表说：“周馥不但有知识而且清廉正直，兼有才干，在九品任上，办事十分周详。臣交给他的事情，他都处理得公允适当，因此臣请求补他为尚书郎。”晋武帝答应了。周馥后拜徐州刺史，又加冠军将军、假节，内征为廷尉。比及东海王司马越到长安去迎接大驾时，任命周馥为司隶校尉，加散骑常侍、假节，在渑池负责军事。晋惠帝回洛阳后，任命周馥为平东将军，负责扬州的军事，出镇寿春。
周馥自己经历了许多变故，便总想维护朝廷，极为忠情诚恳。他觉得东海王司马越没有尽到臣子的气节，经常严厉批评他，所以司马越很忌惮他。周馥目睹刘聪和石勒等胡贼猖狂，洛阳孤危，便建议让天子迁都到寿春，于是和长史吴思和司马殷识一道上奏说：“想不到厄运一至于此！现在戎狄贼寇交替入侵，京畿处境危困。臣即刻和祖纳、裴宪、华谭、孙惠等三十人深思熟虑，鉴于殷商有屡次迁都的先例，周文王也有岐山的迁徙。如今京都困乏，不宜久居。黄河以北一片萧条，崤关和函谷关地方险恶，南阳宛都一带屡次遭到胡人蹂躏，而长江汉水危险也很多。如今要对付蛮夷，东南是最佳的地方。淮河扬州地区，北有涂山，南有灵岳，四周都是有名的河流，因而有天险的坚固。所以当年楚人东迁，定都在寿春。徐州和下邳以及东海，也足以修建防御的卫戍。况且水上的运输四通八达，用不着担心粮食的缺乏。虽然圣上神聪，宰辅贤明，勤俭节约，用以保护宗庙，但毕竟不如选择个好地方迁都，永远享受皇运。臣谨请求挑选精卒三万，奉迎皇驾前来寿春。臣已即刻送了檄文给前北中郎将裴宪，让他为使持节兼东中郎将，负责豫州军事，风驰电制，即刻上路。荆、湘、江、扬四州各自先运送四年的米租十五万斛，布绢各十四万匹，用以供皇帝大驾。并请命令王浚和苟晞共同平定黄河以北地区，臣等则努力开启南方的道路。迁都并消灭敌寇，两计并得。皇帝的乘舆来到寿春后，臣将转到江州去，在那里恢复帝王的方略。知无不为，是古人所做的事。臣大胆敢于竭尽忠诚，或许能报答皇恩的万分之一。如果早晨事成而臣晚上就死，也心甘情愿。”
太傅司马越因为周馥不先经过自己而直接上奏，怒不可遏，便召周馥以及淮南太守裴硕入朝。周馥知道司马越怪罪自己，便不肯赴任，只是叫裴硕带兵先走。裴硕想向司马越邀功取宠，便假装说接到司马越的密旨，去袭击周馥。周馥早已有备，陈兵在寿春城，把裴硕打败，裴硕只好退保东城。
第二年即公元310年正月，裴硕向琅邪王司马睿求救，司马睿派扬威将军甘卓和建威将军郭逸进攻周馥。安丰太守孙惠带兵响应，派谢摛作讨伐周馥的檄文。谢摛原来是周馥的手下。周馥见到檄文，流泪道：“这必定出自谢摛的手笔。”谢摛听说后，惭愧地撕毁了檄文的草稿。甘卓等人于是进攻在寿春的周馥。周馥部众溃败，自己则逃到项城去。司马腾的儿子豫州都督新蔡王司马确在那里将他看管起来。周馥不久就因为忧愤而去世。
公元313年四月司马睿任命了华谭后，问他说：“周祖宣为何造反？”华谭说：“周馥虽然已经死亡，但天下还有公正的人士。周馥见到寇贼蔓延，建议迁都好疏解国难，执政的司马越不高兴，就兴兵讨伐他。周馥没死多久洛都就沦陷了。一定要说他造反，那不是诬陷吗！”司马睿说：“周馥身为藩镇大员，手握重兵，朝廷召他而不肯赴任，国家危难而不能扶持，也算是天下的罪人。”华谭说：“殿下的话也有道理。然而，国家危难而不能扶持，应当和天下人一块受到这一谴责，不应该只是周馥一人而已。”
司马睿的大多数参佐都逃避责任而自求安逸，录事参军陈頵跟司马睿进言道：“洛中一片升平的时候，朝廷大臣都以小心恭敬为习俗，以骄横放肆为优雅，这样的风气互相传染，以致国家败亡。如今殿下的僚属无不继承当年西京的残余恶习，一心只是培养自己的名望，自命清高。这真是前车之覆而后车又将重蹈。请殿下从今日起，凡是临受使命却称病的，一律免官。”司马睿不肯听从。当年齐王，成都王，河间王三王伐诛赵王司马伦时，制订了《己亥格》用来论功行赏，这时司马睿又接着使用了。陈頵上言道：“当年赵王篡逆，惠皇失去帝位，三王起兵讨伐，所以用优厚的封赏以奖励举义的将士。如今功劳不论大小，都用这《己亥格》来论断，结果都到了金紫带佩在士卒身上，符策挂在仆隶门上的地步。这不是尊重名器，明正纲纪的做法。请殿下把这一切都停了！”陈頵出身寒微，多次献上严正的政论，因此王府里的人都很讨厌他，司马睿便把陈頵支使出建康担任谯郡太守。
吴兴太守周玘的宗族十分强盛，曾经三定江南，司马睿因此对他有点猜疑忌惮。司马睿左右掌权的大多是中原各州流亡过来的人士。他们驾御吴人，因此吴人颇有怨言。周玘自己觉得失职，又被司马睿的宠臣刁协看不起，所以越来越心里怨恨，便暗中和他的党羽阴谋诛杀司马睿身边执政的大臣，用南方人士取而代之。可惜事情泄露，周玘不久便因忧愤而去世。临死前，周玘跟儿子周勰说：“杀我的是那些北伧子。你能把他们颠复了才算我儿子。”
这年五月，晋愍帝任命琅邪王司马睿为左丞相兼大都督，负责陕河以东的军事，并要他率领精兵二十万，径直前往洛阳。晋愍帝派殿中都尉刘蜀领诏前去催促司马睿及时进军，与天子的乘舆在中原会合。八月，刘蜀抵达建康，司马睿借口他刚刚平定江东，没有闲暇北伐。司马睿又任命镇东长史刁协为丞相左长史，从事中郎彭城人刘隗为司直，邵陵内史广陵人戴邈为军咨祭酒，参军丹杨人张闿为从事中郎，尚书郎颍川人钟雅为记室参军，谯国人桓宣为舍人，豫章人熊远为主簿，会稽人孔愉为掾。
刘隗字大连，父亲刘砥曾是东光县令。刘隗少年时就有文才，由秘书郎起家，后升迁为冠军将军和彭城内史。永嘉期间避乱渡江来建康，司马睿即任命他为从事中郎。刘隗熟知文史，善于领会主人的心意，所以司马睿很器重他。
熊远上书认为：“自从殿下开始征集军事物资以来，处理事情不用律令，臣僚争着出新的主意，事情临头了才建立制度，却又朝作夕改，而负责的官员又不敢作主，动不动就多方谘询。这实在不是当政的做法。我认为凡是反驳成议的人，都应当引用律令和经典，不得直接感情用事，没有什么依据准则，因而误了旧日的法典。开创先例，因事制宜，这是人君可以做的事，但不是臣子所应当使用的办法。”司马睿因为当时世上多事，不能听从。
要想知道司马睿在江东的发展，请看下篇文章。
