公元391年春正月，后燕在蓟城安置行台，提升慕容盛负责行台的文书事务。这时期前秦和后秦的争斗主要在关内即陕西甘肃一带，而后燕的军事行动则主要集中在关外，即河北河南以及山东。
贺染干阴谋杀害贺讷，结果被贺讷知道，举兵相攻。魏王拓跋珪向后燕告急，请求作为燕军的向导前锋讨伐贺讷。二月，慕容垂派慕容麟带兵攻打贺讷，派镇北将军兰汗率领龙城的兵马攻打贺染干。夏四月，兰汗在牛都大破贺染干。
六月，慕容麟在赤城大破并生擒了贺讷，招降了他部落的几万士兵。慕容垂命令慕容麟归放贺讷的部落，把贺染干迁徙到中山。慕容麟回来后，跟慕容垂进言道：“臣观察拓跋珪的举动，担心他最终会成为国患。不如带他回到朝廷来，让他弟弟监督国事。”慕容垂不肯。
秋七月，慕容垂来到范阳。魏王拓跋珪派弟弟拓跋觚献礼给后燕。慕容垂那时已经衰老，他的子弟在朝廷用事，便把拓跋觚扣留下来向北魏要求良马。拓跋珪不给，一怒之下和后燕绝交，派长史张衮与西燕交好。拓跋觚逃出中山，但被太子慕容宝派人追获，但慕容垂待他和往常一样友善。
九月，北平人吴柱聚众一千多人，立沙门法长为天子，然后攻破北平郡，转而入侵广都，进入白狼城。后燕幽州牧慕容隆正安葬他的夫人，州里的郡县官吏当时全都聚会在陵园里。众人听说吴柱造反，都请慕容隆回城里派大军讨伐。慕容隆道：“如今百姓安居乐业，民众想治不想乱。吴柱等人用奸谋迷惑愚夫，靠引诱威胁聚到一块，他们成不了大事。”于是留下直到安葬完毕，然后派广平太守和广都令先回去，继而又派安昌侯慕容进带上一百多骑兵直奔白狼城。吴柱的部众听说后，不战而溃。慕容进穷追不舍，将他们全捕杀了。
冬十月，燕主慕容垂从范阳回到京城中山。
同时，翟辽病逝，他儿子翟钊代立，改元定鼎。翟钊进攻后燕的邺城，后燕辽西王慕容农把他们打退了。
公元392年二月，慕容垂从鲁口来到河间、渤海、平原。翟钊派部将翟都入侵馆陶，驻扎在苏康垒。三月，慕容垂带兵南击翟钊，进逼苏康垒。夏四月，翟都往南逃到滑台。翟钊向西燕求救，西燕王慕容永和大臣们商议，尚书鲍遵道：“让两寇相斗，我们在他们后头等待时机，这是卞庄的策略。”中书侍郎张腾反对道：“慕容垂强而翟钊弱，能有什么机会好等待！不如尽速去救，以成鼎足之势。如今我们如果带兵直奔中山，白天多设疑兵，夜里多举火炬，慕容垂必定害怕而回救。那样我们冲在他的前头，翟钊跟在他的后面，一定能打败他。这是天授良机，陛下不可错失。”慕容永不听。
六月，慕容垂驻军黎阳，然后率军来到黄河沿岸准备渡河，翟钊列兵在南岸抵抗。不久，慕容垂把军营移到西津，离黎阳西面四十里。他派人制作了牛皮船一百多艘，在上头陈列了假的兵仗，让这些船只溯流而上。翟钊以为燕军要在那里过河，急忙带兵直奔西津。慕容垂暗中派中垒将军桂林王慕容镇等人从黎阳津夜渡黄河，在黄河南岸设置军营，到天明时军营建成。翟钊听说后急忙赶回，猛攻慕容镇等人的军营；慕容垂命令慕容镇等人坚壁守卫，不要出战。翟钊的士兵来回跑得十分疲惫，攻营又不能攻拔，便打算离去。慕容镇等人于是领兵出战。骠骑将军慕容农从西津渡过黄河，和慕容镇等人夹击并大破翟钊。翟钊逃回到滑台，带上妻儿，收拾残兵，北渡黄河，登上白鹿山，凭险自守，燕兵前进不得。慕容农道：“翟钊没有粮草，不能久居山中。”便带兵回来，只留下骑兵守候。翟钊果然下山，慕容农回兵掩击，尽数俘虏了他的部众，翟钊单枪匹马投奔西燕都城长子。西燕王慕容永任命翟钊为车骑大将军、兖州牧，封东郡王。一年多后，翟钊谋反，被慕容永杀了。这是后话。
当初，郝晷、崔逞以及清河人崔宏、新兴人张卓、辽东人夔腾、阳平人路纂都在前秦做官，后来为了躲避前秦的大乱投奔了东晋，晋孝武帝下诏任命他们为冀州诸郡的地方官吏，各自带领部曲驻军在河南。这些人后来又接受了翟氏的官爵，比及翟氏失败后，又都投降了后燕，慕容垂对他们随才擢用。翟钊统治的七郡三万多户人家，也都平安无事，和往常一样。慕容垂任命慕容宙为兖豫二州刺史，出镇滑台；把徐州的七千多户人家迁徙到黎阳；任命彭城王慕容脱为徐州刺史，出镇黎阳。慕容脱是慕容垂弟弟的儿子。慕容垂任命崔荫为慕容宙的司马。
当初，陈留王慕容绍为镇南将军，太原王慕容楷为征西将军，乐浪王慕容温为征东将军时，慕容垂都曾派崔荫去辅佐过他们。崔荫才干明敏强正，善于规谏，四王都对他十分敬畏。崔荫每到一处，无不简明刑法，减轻赋役，于是流民归来，地方户口逐渐开始增加。
秋七月，慕容垂抵达邺城，任命太原王慕容楷为冀州牧，右光禄大夫馀蔚为左仆射。
十二月，燕主慕容垂回到京城中山，让辽西王慕容农负责兖、豫、荆、徐、雍五州的军事，镇守邺城。
现在再回到关中的两秦这边来。公元391年三月，前秦主苻登从雍城进攻占据范氏堡的后秦安东将军金荣，并占领了范氏堡。苻登接着渡过渭水，进攻占据段氏堡的后秦京兆太守韦范。但无法攻下，苻登只好进据曲牢(今陕西西安南)。
四月，后秦豫州刺史苟曜带着部众一万人，秘密派人去见苻登，答应成为他的内应。苻登于是从曲牢向繁川进军，驻扎在马头原。五月，姚苌带兵迎战。苻登打败了他，并阵斩他的右将军吴忠。姚苌收集兵众再次出战，姚硕德劝道：“陛下一贯对轻兵作战十分慎重，总是想以计谋取胜。现在出战刚刚失利，反而向前紧逼贼兵，这是为何？”姚苌答道：“苻登用兵迟缓，无法掌握虚实。现在他轻兵直进，远远地占据我们的东面。这必定是苟曜那小子和他有了预谋。我们慢了则会让他们的阴谋得逞，所以应当趁他们尚未联合之际，猛攻他们，破坏他们的计划。”于是率兵猛攻，大败前秦军队。苻登退驻郿城(今陕西郿县)。
前秦兖州刺史强金槌占据新平投降后秦，送儿子强逵为人质。姚苌带着几百骑兵进入强金槌的军营。大臣们都谏止他，姚苌说：“强金槌既然已经离开了苻登，现在又想来对付我，那么他到底想到哪里去？况且对方新来归附，我们应当推心置腹地和他联结，怎能用不信任的眼光怀疑人家？”后来强金槌手下的氐人果然想暗算姚苌，但强金槌不肯。
六月，西燕主慕容永再次入侵东晋的河南，但被河南太守杨佺期打败。
七月，苻登进攻新平，姚苌再次亲自前往相救。苻登再次退去。
十一月，苻登进攻安定。姚苌带兵抵达阴密准备对抗。临走前他跟太子姚兴说：“苟曜听说我北上，一定会来见你。你拿下他把他杀了。”苟曜果然来长安见姚兴，姚兴让尹纬责骂他后把他杀了。
姚苌在安定城东打败苻登，苻登退据路承堡。姚苌置酒大宴将士，将领们都说：“如果我们遇上魏武帝，不会让这贼人还留到现在。陛下把我们管得太严了。”姚苌笑道：“我不如我已故兄长有四点：身高八尺五寸、臂垂过膝，人们对他望而生畏。这是第一。率领十万兵众，和天下争衡，望麾而进，所向无敌。这是第二。温故知今，讲论道艺，驾驭英雄，收罗俊异。这是第三。统帅兵众，履险若夷，部属上下无不心悦诚服，都肯为他拼死力战。这是第四。然而我之所以得以建立功业、驱遣群贤，正因为我在谋算和战略中有点专长而已。”群臣都高呼万岁。
公元392年春正月，苻登立昭仪陇西人李氏为皇后继承战死的毛后。
同时，姚苌下诏书命令留守的镇守各自安置学官，千万不能荒废学业，并要他们根据考试的优劣判别人才和提擢叙用。三月，前秦骠骑将军没弈干率领六千户人家投降了后秦。后秦任命他为车骑将军，封高平公。
这时，姚苌重病不起，便命令姚硕德镇守李润，尹纬镇守长安，然后召太子姚兴前来行营。征南将军姚方成跟姚兴说：“现在敌寇尚未消灭，皇上又生了重病。王统等人都有各自的部曲，终究将成为后患。殿下应当把他们全部除掉。”姚兴觉得有理，便把王统、王广、苻胤、徐成、毛盛都杀了。姚苌怒道：“王统兄弟是我同州的乡里，他们其实并无他志。徐成等人都是前朝的名将，我正使用他们帮打天下。你怎么这么匆忙就把他们都杀了！”姚苌接着下达诏书，让跟从大军征伐的士兵和官吏，凡是户口在大营的，世世代代都可以保存家庭，朝廷永不干豫。
七月，苻登听说姚苌病重，非常高兴，便到祠堂去祭告世祖苻坚的神主道：“曾孙苻登自从受任执戈以来，几乎将近十年了。未曾不得到上天的保祐和皇鉴的眷顾，所以攻无不克，贼兵的军旅冰摧瓦碎。如今太皇帝的神灵降灾疾到这逆羌的身上。根据形势推断，贼虏必将不振。曾孙苻登将趁着他的陨命毙亡，顺行上天的诛伐，拯救恢复先帝的梓宫，到宗庙谢罪。”于是大赦，百官进位二等；然后厉兵秣马，进逼安定，在离城九十馀里的地方下寨。然而苻登和姚苌的部将姚崇在清水争夺麦子，却累次被姚崇打败。
八月，姚苌病稍微好了点，便出兵拒战。苻登带兵出营，准备作战。姚苌派安南将军姚熙隆从旁进攻前秦军营，苻登怕有闪失，便下令退兵。姚苌连夜带兵从边道偷偷地绕到前秦军队的后面，然后悄悄地跑了。第二天一早，侦查的候骑告诉苻登说：“贼兵的各个军营已经空了，不知去向。”苻登大惊道：“他到底是个什么人，去令我不知，来令我不觉。人们都说他要死了，忽然又复活过来。朕和这个羌人同世，真是遇上厄运了！”苻登于是回到雍城，姚苌也回到安定。
在关中的巴蜀人都背叛了后秦，占据弘农归附前秦。十月，苻登任命窦冲为左丞相。窦冲转驻到华阴。东晋雍州刺史郗恢派将军赵睦守卫金墉，派河南太守杨佺期率领大军进驻湖城，出击窦冲，把他赶走了。
十二月，略阳的豪族休官（今甘肃天水附近）人权千成占据显亲，自称秦州牧。
公元393年正月，权千成被前秦所逼，向金城王乞伏乾归请降。乞伏乾归任命他为东秦州刺史、休官大都统、显亲公。
四月，前秦右丞相窦冲仗恃自己的军事才能，请求封为天水王，但苻登不答应。六月，窦冲自称秦王，改元元光。
秋七月，苻登进攻占据野人堡的窦冲，窦冲向后秦求救。尹纬跟姚苌说：“太子仁厚的名声远近都知，然而他的英武和谋略尚未知名。请陛下让太子出击苻登，好建立他的声誉。”姚苌觉得有理，便派他出征。临行前他警戒姚兴道：“贼兵知道你逼近时，一定会争相跑入堡垒。你可以趁机聚众掩杀过去，这样一定会胜利的。”太子姚兴于是带兵进攻胡空堡。苻登解除了对窦冲的包围赶赴胡空堡。姚兴趁机袭击平凉，大获而归。姚苌让姚兴回去镇守长安。
姚苌下诏书禁止妖谤的言论，并赦免以前被告有奸秽行为的罪犯。自此以后，凡是互相弹劾举报的，都以他们举报对方的罪为举报人自己定罪。
八月，氐人酋长杨佛嵩背叛东晋，投奔后秦。杨佺期和赵睦追赶他们，并在九月二十八，在潼关打败杨佛嵩。后秦大将姚崇去救杨佛嵩，大败晋兵，结果赵睦战死。姚苌于是任命杨佛嵩为镇东将军。
冬十月，姚苌病情加重，只好回长安。到了新支堡时，已经一病不起了。他只好躺在乘舆里行进。姚苌梦见苻坚带着天官使者和几百鬼兵突入他的军营之中。姚苌梦见自己大为惊惧，急忙跑入宫中。宫人迎接姚苌，用长矛去刺鬼兵，却误中了姚苌的阴部。鬼兵互相道贺说：“正中了他的死穴。”宫人拔出长矛，姚苌流了大量的鲜血。姚苌醒过来后非常惊悸，因此患了阴肿。医生用针刺囊肿，结果就像梦里那样大量出血。姚苌于是经常口出狂言，总是念念叨叨地称“臣姚苌，杀陛下的是臣的兄长姚襄，不是臣的罪过。希望陛下不要冤枉臣。”
十二月十二，姚苌在禁中召见太尉姚旻、仆射尹纬和姚晃、将军姚大目、尚书狄伯支，让他们接受遗诏辅政。姚苌跟太子姚兴说：“对那些毁谤这些公卿的人，你千万要谨慎。你必须用恩典安抚骨肉，用礼遇接待大臣，用信用对待事物，用仁德治理百姓。做到这四点，我就没有忧虑了。”姚晃哭着询问对付苻登的策略，姚苌说：“如今大业即将成就，姚兴的才智足以对付他，何必多问！”第二天（庚子日）姚苌就去世了，终年六十四岁，在位八年。后秦谥名他为武昭皇帝，庙号太祖，将他安葬在原陵。
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