垂拱四年即公元688年春正月初五（甲子），朝廷在神都洛阳建立高祖、太宗、高宗三庙，四时祭祀的仪式跟长安的西庙一样。朝廷又建立崇先庙以祭祀武氏的祖父和父辈。太后武则天命令有司部门议定崇先庙的分室数目，司礼博士周悰请求定为七室，又将唐的太庙减为五室。春官侍郎贾大隐上奏说：“根据礼法，天子七庙，诸侯五庙，这是千百年来百王不改的大义。如今周悰别出心裁，提出虚浮的论调，广为描述奇谈怪论，只知道推崇太后临朝的威权和礼仪，却不依照国家的常规。皇太后亲自接受先帝临终的顾托，光大发扬治国大道。所以应当按照诸侯的礼数规定崇先庙的室数，而不应该随意更改国家宗庙的室数。”武则天这才作罢。
唐太宗和唐高宗在位时，屡次打算建立明堂，但因为名儒们无法决定明堂的规模和制式，所以一直没有建成。当太后称制时，只和所谓“北门学士”讨论这事，不再征求名儒们的意见。名儒们认为明堂应当建在都城正南的地方，离宫城三里之外，七里之内。但武则天认为离宫城太远。正月十一（庚午，通鉴和《旧唐书》均作二月，但二月没庚午），朝廷开始拆毁乾元殿，在那里兴建明堂。武则天任命僧怀义为监造大使，一共投入了劳工数万人。
这期间，山东和河南饥荒严重，武则天下诏，派司属卿王及善、司府卿欧阳通、冬官侍郎狄仁杰到那里去巡抚赈给。
三月初四（壬戌），武则天杀了麟台少监周思茂。
夏四月十一（戊戌），武则天下令杀了太子通事舍人郝象贤。郝象贤是已故宰相郝处俊的孙子。
当初，武则天对郝处俊有怨气（指上元二年即675年，唐高宗李治因风眩病想让武则天摄理朝政，但被郝处俊反对而止），刚好郝家有个家奴诬告郝象贤谋反，太后武则天便命令周兴调查，导致郝象贤被处以灭族大罪。郝象贤的家人前往朝堂，向监察御史乐安人任玄殖申诉冤屈。任玄殖上奏说郝象贤并无谋反的证据，自己却因此连坐免官。郝象贤临刑前，破口大骂武则天，揭发了宫中隐讳的丑事，还夺下市场观众的木柴击打行刑者。金吾禁兵一块当场杀了他。武则天命令肢解了他的尸体，并派人发掘他父亲和祖父的坟墓，毁棺焚尸。从此直到武则天去世，法官每次执行死刑时，总要用木丸塞进死囚犯的嘴里。
武承嗣让人在白石上刻凿文字，写道：“圣母临人，永昌帝业。”然后用紫石捣成粉末混杂着药物填进去。五月初三（庚申，通鉴作四月庚午为误，以《新唐书》为准），他指使雍州人唐同泰奉表将白石献给武则天，声称是从洛水里发现的。武则天非常高兴，将这白石命名为“宝图”，并提拔唐同泰为游击将军。五月十一（戊辰），武则天下诏准备去亲自拜祭洛水，正式接受“宝图”。同时，她到南郊祭祀，告谢昊天。祭礼完毕后，她临幸明堂，朝见群臣。武则天还命令各州都督和刺史，以及宗室和外戚在拜祭洛水的前十天到神都洛阳集中。五月十八（乙亥），朝廷给太后加尊号为圣母神皇。
六月初一（丁亥），日食。又有人说从汜水里得到一块瑞石。
六月十六（壬寅），朝廷制作圣母神皇的三个御玺。
武则天削去了东阳大长公主的封邑，并把他两个儿子迁徙到巫州。公主是唐太宗李世民的九女儿，嫁给高履行。武则天因为高氏是长孙无忌的舅族，所以非常厌恶她。
江南道巡抚大使冬官侍郎狄仁杰觉得吴、楚一带有很多乱七八糟的祠堂，便上奏焚毁了其中的一千七百多座，只留下祭祀夏禹、吴太伯、季札、伍员的四种祠堂。
秋七月初一（丁巳），武则天大赦天下。更命“宝图”为“天授圣图”；更名洛水为永昌洛水，封洛水神为显圣侯，加特进，并禁止在那里打鱼钓鳖，对洛水的祭祀和对四渎的祭祀等同。朝廷还将“天授名图”出现的地方命名为“圣图泉”，在泉旁设置永昌县。朝廷又将嵩山改名为神岳，封山神为天中王，拜太师、使持节、神岳大都督，并禁止在那里打柴放牧。又因为早先也在汜水得到瑞石（只有《新唐书》记载了汜水得到瑞石的事，但是在洛水之后），朝廷便将汜水县改名为为广武县，并让天下百姓欢饮五日。
七月初二（戊午），京师长安地震。八月十三（戊戌），神都洛阳地震。
太后武则天暗中想要革命（即改朝换代），便开始清除李家宗室。绛州刺史韩王李元嘉、青州刺史霍王李元轨、邢州刺史鲁王李灵夔、豫州刺史越王李贞，以及李元嘉的儿子通州刺史黄公李譔、李元轨的儿子金州刺史江都王李绪、虢王李凤的儿子申州刺史东莞公李融、李灵夔的儿子范阳王李蔼、李贞的儿子博州刺史琅邪王李冲，在宗室中都以才干和操行具有良好的名声，因此武则天尤其忌恨他们。李元嘉等人内心很不自安，暗中便有匡复皇室的志向。
李譔写信给李贞，隐讳地说：“内人的病逐渐加重，应当尽快治疗。如果拖到今年冬天，恐怕就成了治不好的痼疾了。”当太后武则天召宗室成员到明堂朝见时，诸王轮番互相警告说：“神皇想要在举行盛大祭祀的关头，指使人告密，然后搜捕全部宗室成员，杀得一个不留。”李譔因此伪造了一道皇帝玺书给李冲，说：“朕遭到幽禁，诸王应当各自发兵，前来救朕。”李冲又伪造皇帝玺书说：“神皇想要转移李氏的社稷，转授给武氏。”八月十七（壬寅），李冲召长史箫德琮等人前来，让他们招募兵马，并分告韩王、霍王、鲁王、越王，以及贝州刺史纪王李慎，让他们各自起兵，共同直趋神都洛阳。武则天听说后，于八月二十一（丙午）任命左金吾将军丘神勣为清平道行军大总管，带兵讨伐他们。
李冲招募到五千多士兵，想要渡过黄河直取济州。他先行出击武水，武水令郭务悌前往魏州求救。莘县令马玄素带兵一千七百人想在中途截击李冲，但害怕兵力不足，便进入武水，闭门拒守。李冲派兵推着载满干草的车辆塞住南门，利用风向纵火焚烧，想趁着火势突入城门。但火点起来了，而风向却变了，李冲的军队无法前进，因此全军泄气。堂邑人董玄寂作为李冲的部将带兵攻打武水。他跟人说：“琅邪王和朝廷交战，这是造反。”李冲得知后，杀了董玄寂示众，结果部众全都怕了，纷纷逃散，沦落到草泽，一发不可禁止，只有李冲自己的家僮和随从几十人还在。李冲只好跑回博州。八月二十三（戊申），李冲回到博州城门，结果被守门士兵所杀。李冲从起兵到败死，总共只有七天。丘神勣到了博州，州里的官吏身穿素服出迎，丘神勣竟然把他们全都杀了，被害的多达千余家。后来武则天下诏特赦博州。
越王李贞得悉李冲起兵，于八月二十六（庚戌）也在豫州举兵，并派兵攻陷上蔡。九月初一（丙辰），武则天命令左豹韬大将军麴崇裕为中军大总管，岑长倩为后军大总管，带兵十万出讨；又命令张光辅为诸军节度。武则天还削去李冲的宗室户籍，将他改姓虺氏。李贞听说李冲已经失败，想要给自己上了枷锁到宫阙谢罪。刚好他属下的新蔡令傅延庆招募到勇士二千多人，李贞于是向部众宣言说：“琅邪王已攻破魏、相等数州，有兵马二十万，早晚就会过来。”于是征发下属各县的兵马，总共得到五千人，分为五营。李贞自己负责中营，并署任他的亲信汝阳县丞裴守德为大将军、内营总管；赵成美为左中郎将，负责左营；闾弘道为右中郎将，负责右营；安摩诃为郎将兼后军总管；王孝志为右将军兼前军总管。他又任命蔡州长史韦庆礼为银青光禄大夫，任他的府司马。他还署任九品以上官员五百余人。但所署官员都是受到协迫，毫无斗志，只有裴守德和他同谋。裴守德十分骁勇，善于骑射，李贞将要起事前，将女儿良乡县主嫁给他，署任他为大将军，把他当作心腹。李贞又让道士和僧侣为他诵经，保佑事成，他身边随从和战士都身带搞迷信的辟兵符。麴崇裕等人率军来到豫州城东四十里的地方，李贞派他小儿子李规和裴守德出去拒战，结果他们溃败而归。李贞大为恐惧，关闭了楼阁自守。据说裴守德曾闯进楼阁，询问越王在哪里，想要杀了李贞为自己赎罪。麴崇裕等人来到城下时，李贞家僮都尽力保卫他。李贞说：“事情都到了这步田地，岂能再受杀戮的耻辱，应当为自己的身后打算。”李贞因此喝下毒药自杀。家僮们这时才都逃散，放下兵器，束手就擒。李规也将他母亲绞死后自杀。裴守德带着妻子良乡县主也在另一个房间自缢身死（通鉴的说法稍微不同，称李贞身边随从跟他说：“大王岂能坐以待毙，忍受被杀戮的耻辱！”李贞、李规、裴守德及其妻子只好全都自杀。）朝廷将他们以及李冲全都枭首，把首级悬挂在东都宫阙下头。李贞从起兵到败死，只持续了二十天，死时六十一岁。
越王李贞是唐太宗第八子，于贞观五年（631）封汉王，贞观七年授徐州都督，贞观十年改封原王，不久又徙封越王，拜扬州都督，赐食邑八百户。贞观十七年，他转为相州刺史，并于贞观二十三年，加封食邑满一千户。唐高宗永徽四年（653），他加授安州都督，并于咸亨中年（672左右）重新转为相州刺史。李贞少年时就善于骑射，也涉猎文史，兼有行政的吏干。但他在任上偏听谗言，正直的部属大多被贬退。他又纵容自己的书僮侵暴部属，所以人们佩服他的才干，却鄙视他的操行。武则天临朝时，加授李贞太子太傅，拜豫州刺史（唐代宗时为避讳改为蔡州）。
李贞在豫州时，多次上奏请求免去所部的租赋以收买人心。他有家僮千人，马数千匹，表面上说是为了围猎，内心其实为了武备。他曾在城西水门桥游历，把水面当镜子照自己，却没看到脑袋，因而心里十分不安，没多久果然大祸临身。神龙初年（705），朝廷追复了他的爵位和封邑，和李冲同时恢复了旧姓。这是后话。李冲是李贞的长子。他喜好文学，善于骑射，历任密、济、博三州刺史，任上都有能干的名声。
当初，范阳王李蔼派人跟李贞和李冲说：“如果全国各地的封王不能同时起兵的话，事情一定不成。”诸王往来互相联结，但尚未最后决定时李冲就首先发难，只有他父亲李贞仓促响应，而其他诸王都不敢起兵，所以失败。
李贞即将起兵时，派使者去告知寿州刺史赵瑰。赵瑰的妻子常乐长公主跟使者说：“帮我给越王带个话：当年隋文帝将要篡夺周室时，尉迟迥只是周皇室的外甥，还能举兵匡救社稷。他虽然没有成功，然而威振海内，足以成为忠烈。何况你们诸王，都是先帝的儿子，岂能不把社稷放在心上！如今李氏危若朝露，你们诸王还不舍生取义，尚在犹豫不发，到底在等什么！大祸即将来临，大丈夫应当成为忠义之鬼，不能白白等死。”
九月十一（丙寅），朝廷特赦豫州。
当李贞败死后，武则天想杀了韩、鲁等诸王，因此命令监察御史蓝田人苏珦对他们的密谋进行调查。苏珦审讯了许多人后，没有发现明显的证据。有人诬告苏珦与韩王和鲁王他们通谋，武则天于是召见苏珦责问。苏珦坚持他的判断，不肯更改。武则天说：“爱卿是极为高雅的士人，朕有别的差使给你，这个案件就不劳爱卿了。”于是命令苏珦到河西监军，改派周兴等人审理。于是朝廷在东都搜捕了韩王李元嘉、鲁王李灵夔、李元嘉的儿子黄国公李譔、常乐公主、李灵夔的儿子左散骑常侍范阳王李蔼、霍王李元轨和儿子江都王李绪；接着迫使李元嘉和李灵夔自杀，然后杀了李譔等人，并将他们全改姓虺氏。
武则天接着任命文昌左丞狄仁杰为豫州刺史。当时在给越王李贞的党羽治罪时，应当连坐的有六七百家，籍没官府的家属有五千人。司刑催促狄仁杰执行刑罚。狄仁杰秘密上奏说：“这些都是误判。臣想明白奏报，却好像是在为叛逆之人申理。如果知而不言，恐怕违背了陛下仁慈体恤的初衷。”武则天因此特赦了他们，只将这些人全都发配丰州。流放途中经过宁州，宁州父老在路上迎候他们，说：“是我们的狄使君救了你们吗？”和他们一道在德政碑下抱头痛哭，设斋三天后才继续赶路。
当时张光辅还在豫州。他的将士仗恃战功，不断向州里索取奖赏，但狄仁杰不理他们。张光辅愤怒地说：“州里打算蔑视我的将帅们吗？”狄仁杰说：“乱了河南的只有一个越王李贞而已。如今一个李贞死了，却又生出了一万个李贞！”张光辅追问他这话什么意思，狄仁杰说：“明公总领三十万士兵，所诛杀的只有越王李贞一人。城里百姓听说官军到来，越墙出降的比比皆是。明公纵容将士施暴抢掠，杀害已经投降的人，当作自己的功劳，流血遍野，不是一万个李贞又是什么？我恨不得有把尚方斩马剑，加在明公的颈项之上，即使死了，我也视死如归！”张光辅无法反驳他。回到洛阳后，他上奏指控狄仁杰出言不逊，武则天因此将他贬为复州刺史。
九月十二（丁卯），武则天任命左肃政大夫骞味道和夏官侍郎王本立一道为同平章事。
武则天召集宗室成员朝谒明堂时，已故虢王李元凤的儿子东莞公李融暗中派人去向成均助教高子贡打听消息。高子贡说：“来了必定会死。”李融于是称病不来。越王李贞起兵时，也派人去约李融，但李融因为太苍猝而没有回应。结果他被部属逼迫，只好逮捕了李贞的使者，上报朝廷。武则天因此拜他为右赞善大夫。没多久，他也被宗室党羽牵连。冬十月十四（己亥），李融在洛阳东市被处死，家室也被籍没。高子贡也因此被杀。
十月二十六（辛亥），洛阳刮大风，把很多树木连根拔起。
济州刺史薛顗、薛顗弟弟薛绪、薛绪弟弟驸马都尉薛绍，都曾和琅邪王李冲通谋。薛顗得知李冲起兵，开始私下制作兵器和招募人马。当李冲败了后，他杀了录事参军高纂灭口。十一月初六（辛酉），薛顗和薛绪事发被杀，薛绍因为娶了武则天女儿太平公主的缘故，免于死罪，被杖责一百，结果饿死在监狱里。
十二月初一（乙酉），司徒兼青州刺史霍王李元轨受到越王案件的牵连，被废黜王爵，用槛车载着流放到黔州。到陈仓时他就死了。李元轨是唐高祖李渊的第十四子。他少年时就多才多艺，唐高祖对他颇感惊奇。武德六年（623），他封蜀王，并在两年后，改封吴王。贞观初年，唐太宗曾问群臣道：“朕的子弟中谁最贤能？”侍中魏徵答道：“臣愚昧暗弱，不能详细了解他们的能力。只有吴王多次和臣交谈，臣未曾不觉得自己有点跟不上。”唐太宗说：“朕也很器重他。爱卿觉得他可以跟前代何人相比？”魏徵说：“他的经学知识和文雅程度，可以和汉朝的陈平相比。”唐太宗于是更加宠信他，还让他娶魏徵的女儿为妻。他曾跟从唐太宗游猎。遇上群兽时，唐太宗命令李元轨射击，他箭无虚发。唐太宗抚摸着他的背说：“你武艺过人，只可惜今天没有施展的地方而已。当天下未定时，我要得到你岂不美哉！”贞观七年，李元轨官拜寿州刺史，赐封邑六百户。唐高祖去世时，他丁忧去职，哀伤的程度超过礼节，以后也经常身穿布衣，有终身哀戚的表示。每到唐高祖的忌辰，他总是多日不进食。贞观十年，他改封霍王，授任绛州刺史，不久转为徐州刺史。李元轨先后担任刺史时，在州里只管闭门读书，把州里的政事都责成给长史和司马，自己谨慎守节，也不得罪人，为人踏实。在徐州时，他只和处士刘玄平成为布衣之交。有人问刘玄平霍王有什么长处，刘玄平答道：“没有长处。”问的人感到奇怪，便又问了一遍。刘玄平说：“人有短处，才可以看到他的长处。至于霍王，什么都很完备，所以我能说什么呢？”贞观二十三年，他增加封邑满一千户，并出任定州刺史。后来突厥人入寇定州时，李元轨下令打开城门，收起旗帜。突厥人怀疑有伏兵，连夜逃跑了。州人李嘉运和突厥勾结，事泄后，唐高宗李治命令他追究李嘉运的党羽。李元轨觉得强寇在境，人心不安，所以只杀了李嘉运，其他人不予追究，并因违制自我弹劾。唐高宗阅览了他的表疏后很高兴，跟使者说：“朕当时也已后悔。要不是霍王，朕就失去定州了。”有个叫王文操的人遇到盗贼，他两个儿子王凤和王贤用自己的身子保卫父亲，结果王文操没事，而两个儿子都死了。县司没有将这事上报，但李元轨察知后，马上派使者前往吊祭，并上表褒扬了这事。唐高宗下诏追赠王凤和王贤为朝散大夫，让州里加以旌扬。李元轨的礼贤爱善就是这样。他入朝任职时，屡次上疏谈论时政的得失，多所匡益，所以唐高宗十分尊重他。当他在外藩任职时，朝廷每有大事，经常会下密制去征求他的意见。唐高宗驾崩时，李元轨与侍中刘齐贤等认负责他的山陵和安葬等事。刘齐贤很佩服他对这方面古代先例的熟悉了解，总是跟人说：“霍王并非我辈能赶得上的。”李元轨曾让他封国的国令征税，国令跟他说：“请殿下依照各国赋物的贸易收取利润。”李元轨说：“你身为国令，应当纠正我的过失，怎么反而劝说我收取利润！”因此拒收。垂拱元年（685），朝廷加授他为司徒，不久出任襄州刺史，又转为青州刺史。
在霍王李元轨被流放的同时，他儿子江都王李绪和殿中监公裴承先也在洛阳东市被处斩。裴承先是裴寂的孙子。到这时，宗室诸王相继被杀，几乎殆尽。他们年幼的子孙也都被发配到岭南，他们的亲属和党羽被杀的多达几百家。
要想知道武则天大肆屠杀李家宗室后的情况，请看下篇文章。
