中和四年即公元884年六月十七（丙午），黄巢的外甥林言在逃难中杀了黄巢兄弟三人和他们的妻儿。至此黄巢之乱结束。同时，实力最强的河东节度使李克用和宣武节度使朱全忠的矛盾激化。
九月初二（己未），唐僖宗李儇为了安抚朱全忠，加他为同平章事。同时，他还任命右仆射兼大明宫留守王徽负责京兆尹事务。唐僖宗因为长安宫室全被焚毁，所以长期逗留蜀地，没有回京师。王徽招抚流散的居民，户口稍稍有些恢复。他又修缮宫室，朝廷百司粗略也有了头绪。冬十月，关东藩镇上表请求御驾返回京师。
八都大将鹿晏弘在他上司杨复光死后离开河中，杨复光的其他八都大将王建、韩建、张造、晋晖、李师泰也各自率领部众和他一道出走。鹿晏弘占据兴元后，任命王建等人为他管区内的剌史，但不让他们赴任。鹿晏弘为人猜忌，所以众心不附。王建和韩建平时关系密切，鹿晏弘尤其猜忌他俩，多次把他们请进自己的卧内，加厚对待他们。王建和韩建一道商议说：“仆射说了这么多好听的话，待我们也特别优厚，明显是猜疑我们。只怕大祸即将来临！”神策中尉田令孜暗中派人用厚利引诱他俩。
十一月，王建与韩建和张造、晋晖、李师泰率众数千逃奔唐僖宗的行在，田令孜都把他们收为养子，赐给他们巨万钱财，拜为卫将军，让他们各自带领部众，号称随驾五都（《旧唐书》说法颇异，说田令孜因王建他们是杨复光故将，所以待他们菲薄之，只授他们为卫将军，唯一任命王建为壁州刺史）。田令孜又派禁兵讨伐鹿晏弘，鹿晏弘只好放弃兴元逃走（《新唐书》说九月，山南西道节度使鹿晏弘反叛。《旧唐书》则把禁军出讨鹿晏弘放在九月。此处以通鉴为准）。
宦官曹知悫本是华原富家的儿子，颇有胆略。当初黄巢攻陷长安时，曹知悫回到乡里募集壮士，占据嵯峨山南，修筑堡垒自固，黄巢的党羽不敢靠近。曹知悫多次派壮士穿上叛军的衣服，装作河南口音，扮成黄巢的党羽，夜里进入长安攻打黄巢的军营。黄巢的士兵大惊失色，以为他们是鬼神。将官又疑心部下有人叛变，因此军心不安。朝廷得知后嘉奖了他，就地任命他为内常侍，赐给金紫官服。曹知悫得知御驾即将回京时，跟人说：“我略施小计，就让各路官军成就大功。跟从御驾的群臣只是轻松地往而又来，我要等他们抵达大散关时，亲自考察考察，只接纳那些有用的人才。”唐僖宗行在群臣得知后，都担心他会发动事变。田令孜对他尤其厌恶，便秘密下达敕旨给邠宁节度使王行瑜，让他出兵杀了曹知悫。王行瑜暗中派兵自嵯峨山北，利用高地攻打曹知悫。曹知悫毫无防备，结果全军覆没。田令孜因此更加骄横，将唐僖宗控制在手里，不让他有所主意和决断。唐僖宗因为他的专横擅权，时常和身边的人说起他来就痛哭流泪。
王建等人跑去投靠田令孜后，田令孜便派禁兵去讨伐鹿晏弘，鹿晏弘只好放弃兴元逃走。
鹿晏弘带兵东出襄、邓二州，蔡州刺史秦宗权派部将秦诰和蔡州人赵德諲带兵和他会合，共同攻打并攻陷了襄州。山南东道节度使刘巨容逃往成都。鹿晏弘带兵转去劫掠襄、邓、均、房、庐、寿等州，然后回到许州。忠武节度使周岌听说他来到，急忙弃城逃走，鹿晏弘于是占据了许州，自称留后。朝廷不能出讨，只好任命他为忠武节度使（《新旧唐书》都说鹿晏弘攻陷许州，杀了周岌，自称留后）。
朱全忠投降朝廷时，义成军节度、检校太师、中书令、上柱国、晋国公王铎作为宰相担任都统，承制为他封官。朱全忠最初镇守大梁时，事奉王铎非常恭谨周到，王铎也以他为援。然而朱全忠的兵力逐渐强盛，便日益骄横倨傲。王铎知道他不值得依赖，便上表请求回朝。这时，唐僖宗李儇下制改任王铎为沧州刺史、义昌军节度、沧德观察处置等使（通鉴把这事放在十月）。
十二月初一（丁亥），大明宫留守、权知京兆尹、御史大夫、京畿制置等使王徽与留司百官上表，请求御驾还宫。唐僖宗下诏，定于来年正月回京。
十二月初三（己丑），西川节度使陈敬瑄上表辞去三川都指挥、招讨、制置、安抚等使，唐僖宗答应了。
当初黄巢转掠福建时，建州人陈岩聚众数千保卫乡里，号称九龙军。福建观察使郑镒奏请他为团练副使。泉州剌史兼左厢都虞候李连有罪，逃亡到溪洞，然后聚众攻打福州，但被陈岩击败。郑镒害怕陈岩的逼迫，便上表奏请让陈岩取代自己。十二月十六（壬寅），唐僖宗任命陈岩为福建观察使。陈岩为政很有威严和恩惠，闽人因而安居乐业。
义昌（即沧景）节度使兼中书令王铎历来养尊处优。他从郑滑前往赴任经过魏州时，停留了十天。魏博节度使乐彦祯迎接拜谒，设宴招待慰劳，非常周至。王铎作为朝台元老，功劳盖过大部分后人，出行时总是让他人用肩舆（轿子）抬着，妓女侍妾成列两旁侍候，宾僚成群，服御也都极尽一时的鲜美，就像天下太平时那样。乐彦祯的儿子乐从训凶残暴戾，毫无操行。他暗中嫉羡王铎，竟让甘陵的州兵数百人埋伏在漳南的高鸡泊。当王铎一行及其行李车辆过来时，这些士兵把东西全抢走，人也都杀了；王铎的宾僚和其他随从三百多人（《旧唐书》作宾客十余人）全都遇难。乐从训还劫掠了他们的资装侍妾，然后回到魏博。乐彦祯上奏说王铎被盗匪所杀，朝廷也无从追查（《旧唐书-王铎传》误把这事放在四年后即光启四年十二月；其他地方都说是中和四年）。
王铎字归范，是唐穆宗时宰相王播的侄儿，会昌初年（841）进士及第，两度被节度使府聘用。大中初年（约848），他入朝成为监察御史。咸通初年，他由驾部郎中兼知制诰，拜中书舍人。咸通五年（864），他转为礼部侍郎，负责礼部贡举两年，当时人们觉得他知人善用。咸通七年，他由户部侍郎兼判度支升任礼部尚书。咸通十二年，他以本官出任同平章事。当时宰相韦保衡因为王铎提拔了他，所以事奉他尤为恭谨，王铎因此累次兼任刑部和吏部尚书。唐僖宗即位时，加他为右仆射。韦保衡获罪后，王铎也跟着失势，带着检校右仆射的头衔出任汴州刺史和宣武军节度使。
王铎有经世的大志，以卫国安邦为己任，得到士友的推崇。乾符二年（875），寇盗相继结集在河南和江东，内官田令孜平时听说过王铎的名声，便重新召他入朝，官拜右仆射、门下侍郎、同平章事。乾符四年，叛军攻陷江陵，杨知温失守，招讨使宋威又破贼失策。朝廷大臣商议更换统帅，宰相卢携称赞淮南节度使高骈累立战功，应当将兵权交付给他，但舆论不一。王铎当廷奏称：“臣愧为宰相之首，在朝廷不足以分担陛下的忧虑。臣愿意亲自率领诸军，荡涤群盗。”朝议也都赞成。乾符五年，唐僖宗任命王铎为守司徒、门下侍郎、同平章事，兼江陵尹、荆南节度使，出任诸道行营兵马都统。王铎上任后，绥靖招怀流散民众，修缮完备军戎，一年之间，武备也得以严整。当时兖州节度使李系是西平王李晟的孙子，因为他家世代都是将才，所以王铎奏用他为都统都押衙，兼湘南团练使。当时黄巢在岭南，王铎将全部精锐都交付李系，让他分兵扼制岭路。李系缺乏大将的谋略，虽然有点口才，却无法治理军政。广明初（880），叛军自岭南入寇湖南诸郡，李系只能守城自固，不敢出战。叛军编结木头为栰，沿着湘江而下，急攻潭州，很快攻陷了它。李系的五万甲兵全被叛军所杀，尸体被投入湘江。王铎得知李系战败，命令部将刘汉宏（《旧唐书-王铎传》误作董汉宏）守卫江陵，亲自带兵万余和襄阳的官军会合。但江陵最终还是失陷。唐僖宗也不怎么责怪他，只是将他罢相，改任守太子太师。宰相卢携用事后，终于让淮南节度使高骈取代王铎成为都统。
同年秋季，叛军在淮南一带烧杀抢掠，高骈受挫。当黄巢攻陷两京时，卢携获罪，唐僖宗改用郑畋为兵马都统。翌年，郑畋因病回归唐僖宗的行在成都，朝廷群臣又建议重用王铎。于是唐僖宗再次拜他为侍中、滑州刺史、义成军节度使，出任诸道行营都统。王铎率领禁军、山南、东蜀的三万官军，在盩厔东面扎营，还进驻灵感寺。
中和二年（882）春，兖、郓、徐、许、郑、滑、邠、宁、凤翔十镇的王师大规模集结在关内。当时黄巢已经称帝，并任命前渐东观察使崔璆和自己手下大将尚让为宰相，传达朝命。天下藩帅大多首鼠两端。后来听说王铎传送檄文给全国各地，藩帅们才翻然归附朝廷，因此黄巢的号令，东西不过岐山和华州，南北只到崤山和黄河。而官军的劲卒骁将，每天都驰骋突入长安城门，因此黄巢的将士开始离心离德。那年秋季，黄巢的大将朱温投降，朝廷收复同州。十一月，黄巢守卫华州的七千戍卒也来归降。中和三年二月，李克用的沙陀军也来了，并收复华州。四月，他们在梁田坡打败叛军，接着收复了京城。唐僖宗因此封王铎为晋国公，加他为中书令。王铎于是根据收复长安诸将的功劳高低，承制封赏官爵，并奏闻朝廷。当时朝廷的命运危如累卵，天子颠沛流离，沦落南方，大事几乎完了。要不是郑畋的奋发和王铎的忠义，皇运的替代也未必可知。
自从黄巢和尚让之乱以来，关东藩镇的牙将经常驱逐主帅，然后自称藩臣。时溥占据徐州，朱瑄占据郓州，朱瑾占据兖州，王敬武占据青州，周岌占据许州，王重荣占据河中，诸葛爽占据河阳，无不在藩镇专擅大权，赋贡不入，赏罚由己。黄巢被赶出关内后，他们更加仗恃功劳，朝廷也忙着姑息他们。黄巢到了关东，和蔡州主帅秦宗权合纵。时溥在徐州拥有大军，因此请求亲自出讨黄巢，唐僖宗于是任命时溥为都统。十军军容使田令孜因为禁内宦官杨复光有监护王师讨平黄巢的大功，尤其忌恨儒臣立功，所以才有时溥的这道任命。
当初，王铎出任统帅时，兼任郑滑节度使，以便军队的粮饷供应。到这时，朝廷罢免了王铎都统的兵权，让他带着仗节回归藩镇。王铎因为朱全忠对自己有恩，所以依靠他作为藩屏。当初，朱全忠对王铎执礼恭顺，但当朱全忠军旅更加强大时，便逐渐倨傲不恭。王铎知道他靠不住，便上表请求回朝。那年冬季，唐僖宗准备从成都回京，便改任王铎为沧景节度使。当时杨全玫在沧州，得知王铎要来，便告知魏州的乐彦贞。王铎后来被乐彦贞的儿子杀害的事已经细说，就不赘述了。王铎弟弟王鐐，官至汝州刺史，在王仙芝攻陷郡城时遇害。
也在十二月，朝廷赐邠宁军名号为静难军。
这年，馀杭镇使陈晟驱逐睦州刺史柳超，颍州都知兵马使汝阴人王敬荛驱逐颖州刺史，各领州事。朝廷照样忙着姑息，也就任命他们为刺史。
均州贼帅孙喜聚众数千人，阴谋攻打州城，刺史吕烨不知该怎么办。都将武当人冯行袭在汉江南岸埋伏兵马，自己乘着小船来迎接孙喜，跟他说：“州人如果得到很好的州牧，谁不肯归心？然而你带的士卒太多，州人害怕被他们抢掠，所以还有疑虑。不如把军队暂时安排在江北，只带上心腹轻骑俱进。我可以当你的前导，去告谕州人，那时没人会不服的。”孙喜觉得有理，便听从了他。渡过江后，军吏前来欢迎拜谒，突然伏兵冲出，冯行袭亲手击杀了孙喜，跟从孙喜的随从也都死了。江北孙喜的士卒看到这情景也都自己溃散。山南东道节度使上报了冯行袭的功劳，唐僖宗于是下诏任命冯行袭为均州刺史，取代吕烨（《新唐书》的说法大异其趣，不但把这事放在翌年四月，还说武当贼首冯行袭陷均州，驱逐刺史吕烨。此处以通鉴为准）。州西有座长山，正挡着襄、邓入蜀的道路，被群盗占据。他们从那里出来劫掠送往成都的贡赋。冯行袭派兵诛讨，蜀道因此得以畅通。
凤翔节度使李昌言有病，上表请求让他弟弟李昌符负责留后。李昌言死后，唐僖宗任命李昌符为凤翔节度使。
这年，关中大闹饥荒。也在这年，武昌军将杜洪攻陷岳州，自称刺史。
当时黄巢虽然被消灭，但秦宗权的势力又强盛起来。他命令部将出兵寇掠邻道，陈彦入侵淮南，秦贤入侵江南，秦诰攻陷襄、唐、邓三州，孙儒攻陷东都和孟、陕、虢三州，张晊攻陷汝、郑，卢瑭攻打汴、宋。他们每经过一处，无不烧杀抢掠，留下一片焦土，残暴的程度甚至超过黄巢。军队出征也不带军粮，只是用车辆载着洒盐的尸体作为粮食。他们北至卫、滑，西及关辅，东尽青、齐，南出江、淮；得以保存的州镇也仅能保住一城而已；极目千里，不再有人间烟火。唐僖宗将要返回长安，但深怕秦宗权又成为大祸患。
光启元年即公元885年春正月初二（戊午），唐僖宗下诏招抚秦宗权。
当初，荆南监军朱敬玫招募的忠勇军残暴专横，节度使陈儒十分头疼。郑绍业镇守荆南时，曾派大将申屠琮带兵五千到长安去讨伐黄巢。军队回来后，陈儒把他的心事告诉申屠琮，要他想法除掉忠勇军。忠勇将领程君从风闻到这事，便率领部众逃奔朗州。申屠琮带兵追击，杀了百余人。此后申屠琮得以专擅荆南的军政。
朗州的雷满屡次攻掠荆南，陈儒靠大笔贿赂才让他退走。淮南将领张瑰和韩师德背叛高骈，占据复、岳二州，自称刺史。陈儒于是请张瑰摄理行军司马，韩师德摄理节度副使，带兵出击雷满。韩师德带兵在上峡大肆抢掠，然后回到岳州。去年十二月初八（甲午，根据《新唐书》），张瑰回来后干脆驱逐了陈儒，取而代之。陈儒将要逃往唐僖宗的行在时，张瑰将他劫持回来囚禁了。张瑰是渭州人，生性贪婪残暴，荆南的旧将都被他夷灭殆尽。
先前，朱敬玫屡次靠杀害大将及富商致富，朝廷于是派中使杨玄晦取代他。朱敬玫留在荆南居住，曾在院子里晒衣服。张瑰看到他极为富有，便派兵在夜里攻打他的府第，杀了朱敬玫，夺走他所有的财富。张瑰厌恶牙将郭禹的慓悍，想杀了他。郭禹联结了一千党羽逃走。正月初四（庚申），郭禹带兵回来袭击并占据了归州，自称刺史。郭禹是青州人，原名成汭，因杀人亡命而更换了姓名。
正月二十二（已卯），御驾离开成都回京，西川节度使陈敬瑄将唐僖宗一行一直送到汉州才回去。
也在正月，南康贼帅卢光稠攻陷虔州，自称刺史，任命他的乡人谭全播为谋主。
秦宗权责令光州刺史王绪输送租粮给他，王绪拿不出来。秦宗权勃然大怒，发兵攻击。王绪怕了，带着光、寿的所有五千士兵，驱赶着吏民渡过长江。他任命刘行全为前锋，转去劫掠江、洪、虔三州，这月，他攻陷汀、漳二州，然而都无法守住。
同时，秦宗权入寇颍、毫二州。朱全忠派兵在焦夷打败了他。
二月初十（丙申），御驾抵达凤翔；并于三月十二（丁卯）来到京师。长安满城都是荆棘，狐狸和兔子到处跑窜，唐僖宗感到凄凉，很不高兴。三月十四（已巳），他登御宣政殿，宣布大赦天下，改元为光启。当时李昌符占据凤翔，王重荣占据蒲州和陕州，诸葛爽占据河阳和洛阳，孟方立占据邢州和洺州，李克用占据太原和上党，朱全忠占据汴州和滑州，秦宗权占据许州和蔡州，时溥占据徐州和泗州，朱瑄占据郓、齐、曹、濮四州，王敬武占据淄州和青州，高骈占据淮南八州，秦彦占据宣州和歙州，刘汉宏占据浙东，全都擅自拥有兵马和租赋，互相吞噬，朝廷不能制止。江淮转运的道路断绝，两河和江淮的赋税都不再上供，只是在年关时有些奉献而已。朝廷的号令只能在河西、山南、剑南、岭南四道数十州得以施行而已。结果造成郡将自我专擅，常赋几乎断绝，藩镇主帅的废黜和任命不再由朝廷决定，皇权于是荡然无存。
同时，秦宗权开始称帝，设置百官，还不断侵寇邻道。朝廷封武宁（徐州）节度使时溥为钜鹿王，出任蔡州四面行营兵马都统（《新唐书》把时溥的任命放在闰三月），出兵讨伐他。秦宗权部将秦贤不断攻打汴、郑二州，唐僖宗于是封汴州刺史朱全忠为沛郡王，出任蔡州西北面行营都统。
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