阎润涛的四大假
2019-09-23 14:31:01
在最近的葡萄糖转运体的摸型讨论中,博友们有时会提到一个叫 pCMBS 的探针,那这个探针是什么和干什么用的呢?原来它是一个叫 4-( 氯汞 ) 苯磺酸 盐 的有机汞化合物, pCMBS是它的英文简称。它可以通过其中含的汞和蛋白质中含的半胱氨酸上的一个活性比较强的巯基结合,形成一个比较稳定的中间物。
如果这个半胱氨酸处在某蛋白的关键地位,比如说一个酶或者通道的底物结合点(相当于牛皮沙发),当 其 与 pCMBS 结合后,那个沙发就会被它(相当于带有发报机的马甲)占了,让蛋白不能再和底物(常坐沙发的人)结合,造成这些蛋白的活性降低,由于这个原因,很早的时候它就被人们用来测量某个半胱氨酸在一个蛋白中是否处在关键地位,并被称为探针。有基本生化知识的人都知道这个探针很早就被人们发现和使用,到底从什么时候开始的无从考证,但至少早于上个世纪九十年代。
另外一个常提到的方法就是半胱氨酸突变和扫描,这个方法是 定点突变( site-directed mutagenesis)的一种, 定点突变 是指人为地将某个基因中的半胱氨酸代码换成另外一个氨基酸的,这样当这个基因被翻译成蛋白时那个位置上的原有的氨基酸(在此为半胱氨酸)就会被另外一个氨基酸取代了,如果这个半胱氨酸很重要,没有它的突变蛋白的功能就会受到明显的影响,因此人们通过对这个经过基因改造的蛋白质的功能研究,可以确定被换的半胱氨酸在该蛋白中是否重要。
人们喜欢做半胱氨酸点突变的原因是它带有一个化学活性很活跃的巯基,通常在维持蛋白的结构和功能时比其它氨基酸起更大的作用,从这个意义上讲半胱氨酸是蛋白那20几个氨基酸中的积极分子。打个比方就像是某生产线上的一个熟练工人(半胱氨酸),如果把他给换成一个新来的(其它氨基酸),这个生产线的效率就会明显地下降。
由于这个原因, 做半胱氨酸定点突变( site-directed mutagenesis of cysteine )也常常被用在膜通道或者转运体的研究中,如果把一个蛋白中的半胱氨酸挨个的换掉,就叫半胱氨酸突变扫描( Scanning cysteine mutagenesis ),这些方法也是很早就被用于这方面的研究了,在九十年代初已经是比较标准的方法,而不是野路子了。
在膜通道研究的时候,人们常常把 pCMBS探针 和半胱氨酸扫描一起用,看看某个半胱氨酸在突变前后在膜的内或者外能否和这个探针结合,以及结合后会不会挡住底物在通道里的正常转运,从而研究这个半胱氨酸在通道里的位置和会不会在和运载底物时起关键作用。
下面一文是九十年代初的一篇文章,里面就用到了这两种方法。
https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1016/0014-5793%2892%2980792-F
阎润涛在写第一篇有关博文的时候,不仅故意误导读者,说那是自己的探针和野路子,还声称将他研究的那个通道即UHPT上的所有氨基酸逐个做了突变,他当时是这么说的:“这个膜蛋白大分子由455个氨基酸构成,我一个一个地突变这些氨基酸,做了455个基因突变体。我首先找到了“以假乱真”的探针分子。每个突变体在细胞膜上的两边用放射性底物单独做试验,把每一突变体的两边得到的数据分别做出图,就是用铅笔在作图纸上画出图表。900多张图的数据令我很头疼。”
一看这个就知道这完全是在吹牛,因为:
一:就算他在那个实验室呆了五年的时间,日夜的突变,也不可能把 455 个氨基酸都突变的。
二:没有必要,一般对氨基酸的突变都会找那些比较关键的氨基酸尽心,他做的那一个就是所谓的半胱氨酸突变扫描,要做的就是把该转运体中的关键的半胱氨酸进行了突变。 他发表的原文是这么写的:“ Cysteine-substitution mutants were derived by oligonucleotide-directed mutagenesis based on the methods of Kunkel (15), as described (8), using a uracil-substituted singlestranded DNA parental template prepared from a variant in which serines replaced the six cysteines normally found in UhpT (8). ”这句话翻译成中文的意思说:“半胱氨酸替代突变体是根据Kunkel(15)的方法,通过寡核苷酸定向诱变而衍生的,如(8)所述,使用尿嘧啶取代的单链DNA亲本模板,该模板是由丝氨酸取代了通常发现在UhpT中的六个半胱氨酸(8)的变体制备。 ”
从这段可以看出,他实际上只做了六个半胱氨酸,而不是 455 个氨基酸。
以前我就说过,阎润涛写东西基本上就是在吹牛,以前以为他写故事的时候吹,后来看到他写政论文的时候也吹,没想到的是写科学的东西的时候还吹,可见只要能够达到目的的,不管是什么都一样的大吹特吹,吹得过天花乱坠。
一个做科学的人如果这么吹肯定是没有什么出路的,这也可能是阎润涛没有成为阎院士的原因之一吧,遗憾的是他这样的人总是不能接受教训,到现在还把人家的东西都当成自己的吹,说自己是:
第一个找到探针:”我首先找到了“以假乱真”的探针分子。",可那探针人家早就用了。
第一个用野路子:把当时很普通的半胱氨酸突变扫描说成是野路子,意思是独创的的方法,吹的时候,也不看看自己文章里是怎么写的,原来是“是根据Kunkel(15)的方法”
第一个对一个蛋白的所有氨基酸进行一个一个的突变,结果呢?不过是六个氨基酸。
第一个提出葡萄糖转运的模型和机理,实际上呢?不过是一个显示在第265位的半胱氨酸在转运通道中可处于不同的位置的示意图,间接地印证了前人提出的“alternate access”。
从阎润涛上面的这四个“第一个”来看,他为了抬高自己会不惜一切代价瞎吹乱吹。问题是这几个“第一个”都不是真的,而是 阎润涛的四大假。他这么做的 目的就是要误导博友和一般的吃瓜群众,可惜,不是自己的再怎么吹也成不了自己的,一而再,再而三地吹不仅不能把谎言变成现实,还会让自己成为一个大笑话。
(注:这篇文章的前一部分曾以题为《 探针和突变扫描 》发过,今天加一段他吹自己将UHPT上的所有氨基酸都突变的那段,并总结一些他在这个问题上那四大假,以便让大家认清他的吹牛花招。)
Stegy223 发表评论于
2019-10-08 05:51:39
烦人再神这个你“猜”不到。“半胱氨酸突变和扫描 - 老阎做了几个点突变?”
https://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/201910/7569.html
Fanreninus 发表评论于
2019-09-24 11:03:26
回复 'Stegy223' 的评论 : 他当时是利用Kunkel的方法突变,还有其它的特别是后来的更快。
Stegy223 发表评论于
2019-09-24 10:16:56
回复 'wudaniang' 的评论 : ”这根本不是2019的水平,一看你就没做过! 就是设计个引物而已. 只要有可以做96孔板的PCR仪就可以了! 不知道就不要瞎说! 做了突变,有些一点功能都没有,经过初筛,就不要再做下一步了.”
You are kidding me! 这里没有扯开的必要(地方也有限)。 我只是想尊重事实指出老阎PNAS1995文中报道了29个Cys 点突变,因为感觉博主这点没说清。
你说说:
1. PNAS2015报道了多少个?
2. 老阎做的Cell1993, PNAS1995, 加上任何其它群众们还不知道的,共是多少个?
cowwoman 发表评论于
2019-09-24 08:40:21
回复 '鲁迅九' 的评论 :我佩服老阎的地方在于为人太真。真名,真姓,敢说。其实老阎的弱点,哪个人身上一点没有呢!他也是很平常的一个普通人。
鲁迅九 发表评论于
2019-09-24 08:32:57
回复 'cowwoman' 的评论 : “老阎这牛吹的?他怎么来的美国,肯定不是生考出来的,过去很多是联合培养的,靠的就是在国内和导师走关系,和学校走关系推荐到美国读博士,靠的就是吹牛拍马俩技术。 “
回复:公派出来的十有八九都是废物,不是某领导的七大姑,就是某处长的八大姨。
wudaniang 发表评论于
2019-09-24 08:18:56
回复 'Stegy223' 的评论 : 这根本不是2019的水平,一看你就没做过! 就是设计个引物而已. 只要有可以做96孔板的PCR仪就可以了! 不知道就不要瞎说! 做了突变,有些一点功能都没有,经过初筛,就不要再做下一步了.
Fanreninus 发表评论于
2019-09-24 03:41:47
回复 'cowwoman' 的评论 : 不管是如何出来的,这种吹牛的态度,搞科学都不会有前途。吹牛要适度,不能把所有的都说成自己是第一,因为是该领域的人,一听就知道,这种人是没有前途的。
Fanreninus 发表评论于
2019-09-24 03:38:53
回复 'Stegy223' 的评论 : 关于突变的数,你说的是正确的,现在可以搞自动突变,当时没有,而且,做了突变还要对表达的蛋白进行一个个的分析,不是做了就不管的。
Fanreninus 发表评论于
2019-09-24 03:37:17
回复 'Stegy223' 的评论 : 是的,PNAS文的文献8,因为他当时说他是在《细胞》那文里就做了所有的突变,并激动地向导师比划,发现了喇叭口。
cowwoman 发表评论于
2019-09-24 03:24:38
老阎这牛吹的?他怎么来的美国,肯定不是生考出来的,过去很多是联合培养的,靠的就是在国内和导师走关系,和学校走关系推荐到美国读博士,靠的就是吹牛拍马俩技术。
Stegy223 发表评论于
2019-09-24 03:20:28
博主这句“第一个对一个蛋白的所有氨基酸进行一个一个的突变,结果呢?不过是六个氨基酸。”
应该是指Cell1993. 如下文指出的PNAS1995做了29个Cys点突变。
Stegy223 发表评论于
2019-09-24 02:36:34
回复 'wudaniang' 的评论 : “不知道就别瞎说,一次可以做96个,现在可以一次作出384个”
这恐怕是2019生物学的技术水平吧?有点象是吃 pop corn那么简单。90年代初可完全不是这个水平。
问题还不仅在于你能制造出多少个Cys点突变。对每一个点突变你得仔细做quality control test. 蛋白质表达数量与野生(Wild type)比,蛋白质活性与野生比 ... Cys点突变产生出各种“半死不活”的蛋白常发生,看你运气了。
Stegy223 发表评论于
2019-09-24 02:17:12
回复 'wudaniang' 的评论: 100%同意你这二句。不清楚我们有任何争议吗?
老阎PNAS1995一文在Cell1993基础上增加了Cys点突变的数量。在前几轮大讨论中就见到过关于老阎究竟做了多少个Cys点突变就不少你来我往。这其实是很容易解决的。我下面列举的就是PNAS1995一文拿在手里数数的结果。有疏漏之处欢迎指出。
wudaniang 发表评论于
2019-09-23 22:05:34
回复 'Stegy223' 的评论 : cys-cys形成2硫键,是稳定蛋白质构象的最重要的作用力之一。一个个突变可以用来研究构象改变对功能的影响。
wudaniang 发表评论于
2019-09-23 22:00:49
不知道就别瞎说,一次可以做96个,现在可以一次作出384个。
Stegy223 发表评论于
2019-09-23 18:44:41
回复 'wudaniang' 的评论 : PNAS1995 报道的是29个点突变。第5975页 “As an initial step, we have analyzed 29 single -cystein variants in the region surrounding C265 (residues 260-288)”. 21个点突变的全部结果总结在Table 1 "UhpT function in single-cysteine variants after exposure to PCMBS". 那还有8个呢?活性太低了(
我心依旧2008 发表评论于
2019-09-23 15:27:38
回复 'Fanreninus' 的评论 : 如果是事实,支持你,真理面前人人平等。胡耀邦认为,实践是检验真理的标准。某位名人说,吾爱吾师,但吾更爱真理。
Fanreninus 发表评论于
2019-09-23 15:24:27
回复 '我心依旧2008' 的评论 : 除了智商情商外,她应该是格外勤奋的,有了今天应该是一点点努力的结果。
Fanreninus 发表评论于
2019-09-23 15:21:03
回复 '我心依旧2008' 的评论 : 谢谢,不是杠他,而是讲事实!
Fanreninus 发表评论于
2019-09-23 15:20:32
回复 'wudaniang' 的评论 : 你一个个做过吗? 他真的做过吗?再去看他的文那段已经被悄悄地改了。
我心依旧2008 发表评论于
2019-09-23 15:09:48
不过,对知名博主的无关生物的文章还是比较赞赏的,毕竟他的文章大多数还是比较严谨的,至于生物方面,虽然不懂,还是偏向于他,那个美女生物博士,不了解,但新新人类,属于智商情商无比高的,楼主你懂的的。
我心依旧2008 发表评论于
2019-09-23 15:05:24
厉害了,跟知名博主杠上了,不过对生物不懂,没有发言权,冲楼主那这份勇气,赞一个!
wudaniang 发表评论于
2019-09-23 14:53:54
做突变很快的! 你不要用猜测作为你的论据!这样会没有说服力的!