就在人们开始欢呼Omicron将成为自然疫苗，并终结这次长达两年多的大流行之际，一朵乌云升起来了：在丹麦，一种很类似Omicron的病毒，正在快速蔓延，目前已经超过了感染数的一半。在英国这种病毒也在增长。人们把它称为是Omicron的姐妹病毒株，标记为BA.2，以与原始的Omicron BA.1区分。
从目前的情况看，BA.2的传播速度大约是BA.1的两倍，很有可能代替BA.1，成为全球流行的主流病毒株。好消息是，从丹麦的数据看，BA.2并没有导致更多的住院人数。目前还不清楚，BA.2的快速传播是由于它本身就更容易传染，还是因为比BA.1更好地避开了中和抗体。
人们自然会问，被BA.1感染过的人，是否具有对BA.2的免疫能力。目前这个问题还没有答案。相比BA.1，BA.2有20来个新的变异点。因此，如果BA.2具有一定的避开BA.1抗体的能力，或者说，一部分感染过BA.1的人还会再感染BA.2，也不是意外的事。这也可能解释BA.2相对较高的传播能力。
我们知道，Omicron BA.1病毒株有一个显著特点，就是所谓S缺失，即在做某些种类的PCR测试的时候，针对病毒尖突基因片段的探测不会呈现阳性。虽然Alpha变种也有这个特征，但由于Alpha已经基本消失了，目前流行的基本是Delta和Omicron，所以做PCR时如果出现S缺失，基本可以判断是Omicron而不是Delta感染。这为前一段时间监测Omicron的蔓延提供了一个快速方便的方法。但是BA.2没有这个现象，所以仅做PCR无法与Delta区分，必须依赖进一步的基因测序。所以去年12月初最早报道发现BA.2时，有些媒体用“隐形Omicron”来称呼它。这可能造成对其在人群中感染数量的低估。
听起来BA.2似乎也没什么了不起，虽然传播快一些，但只要不增加重症，反而可以更快达到群体免疫。但是它的出现，使得有些研究人员对Omicron的产生方式，和大流行的前景，有一些不好的预感。我们知道，相比最初的新冠病毒株，Omicron BA.1具有50多个变异，这使它看起来几乎像是另外一个病毒。与其它变种不同，Omicron不大可能是在大规模传播过程中逐渐形成的。对其产生方式，大致有两种猜测，一是病毒在某些免疫机能低下的患者体内长期存在，在与其免疫系统的对抗中逐步变异最终具有了逃逸能力。另外一个，就是病毒先感染了某种动物，并在其体内与其它病毒发生重组，偶然具有了超强的感染人的能力，并重新溢出到人群。如果只有BA.1，很难判断是这两种可能中的哪一个。但是在很短时间内又发现了BA.2，并且BA.2与BA.1又相差了大约20个位点，因此它们不大可能是在人群中传播时出现的父代与子代，也不大可能是在同一个病人体内产生，而更像是从动物群体中两次溢出到人类的产物。这不但表明了动物溢出是Omicron更可能的产生机制，还似乎预示着类似的溢出事件可能并不是小概率的。
