方舟子主张废掉中医，保留中药。
他说“为中医辩护的一个常见理由是说它有效。但是有效性并不等于科学性。科学 固然会有效，有效的却未必是科学。何况，中医治疗的有效性是很值得怀疑的。”
他说出了争论时的六个标准：
科学
有效
科学且有效
科学但无效
”不科学“但有效
不科学且无效
对科学或者医学工作者来说，当然追求的是科学且有效。
但问题是，如果“科学但无效”或者“不科学”但是有效呢？是肯定还是否定还是不置可否？
多数科学工作者会不置可否或者在科学已经没有办法的情况下鼓励尝试非科学方法。
一位美国企业家患肺小细胞癌，全身扩散“如圣诞树”。被医生告知只有几个月的时间。 他偶然发现了一 个美国偏方。试了两（？）个月，再查，“圣诞树”消失。他就建了个博客来介绍这种方法。
很多人试了有效向他报告。有位病人说他的医生觉得不可思议，“不科学”，他说“去他妈的科学”。
科学和生命之间做个选择，他选生命。
对病人来说，生命是唯一标准。
那么，在医院，面对同样的疾病，医生有没有权力替病人选择？
在国家政策层面，面对同样的疾病，医生没有权力替病人决定哪种医术应该存在？
当然，反过来看，如果有人明明可以科学地医好，却走偏方之路，耽误了。那就更可悲。因为毕竟科学几率大，偏方几率小。
最终的判断标准，似乎不是科学不科学，而是最合理的治疗。
