三.日治时期（一八九五－一九四五年）
台湾民主国
台湾日治时期自一八九五年六月十七日首任台湾总督桦山资纪于台北城举行“始政式”起，至一九四五年九月二日日本投降止，计五十年有余。
国人说起“马关条约”，总是对“割地赔款”耿耿于怀，却常常忽略了当时台湾的两百五十万同胞的不幸遭遇。而“马关条约”最直接的受害者，就是台湾人。“马关条约”十一条中的第五条规定：“本约批准互换之后限二年之内，日本准中国让与地方人民愿迁居让与地方之外者，任便变卖所有产业，退去界外。但限满之后尚未迁徙者，酌宜视为日本臣民。”本来就是因为故土贫困才不得不离乡背井外出谋生的人，好不容易在异域扎下了根，拖家带口，财力有限，没有外援，绝大多数台湾人只得留下当亡国奴，当“日本臣民”。
“马关条约”是李鸿章代表皇帝在一八九五年四月签署的。皇帝抛弃了他的子民，但是台湾岛实际上是日本人以武力夺取的。台湾人曾拼命地武装保卫家园。
台湾本地的官员士绅如丘逢甲等拒绝向日本屈服，一八九五年五月二十五日，他们在台北城成立了台湾民主国，年号永清（永远的大清），以蓝地黄虎图案的“黄虎旗”作国旗，推举了清廷末代台湾巡抚唐景崧为总统，丘逢甲为副总统兼团练使统率义勇军，原天地会、黑旗军首领和抗法将领刘永福任大将军。这个“国”首创了台独的滥觞。它还有些民主口号，如“开设议院作为立法机关，制定律令章程，公举议员”等，不过普通百姓根本不明白那些个“民主”“议院”和“议员”等是什么玩意儿。
日军于一八九五年五月二十九日登陆澳底（今新北市贡寮区三貂角附近），很快就遭到了台湾民主国的正规军和义军的抵抗，史称的乙未战争（一八九五年五月二十九日－十一月十八日）由是爆发。乙未战争是发生在台湾地域最广、时间最长、参与人数最多、死伤最严重、规模最大的一次战争。不过丘逢甲在当天就临危脱逃了，他在离台前赋诗曰：“宰相有权能割地，孤臣无力可回天；扁舟去作鴟夷子，回首河山意黯然。”
六月四日傍晚，立国刚满一周余，显然从来就无意与台湾人同命运共生死的台湾民主国总统唐景崧也乔装成老妇，弃职带着银两逃出台北。他搭德国运煤船从淡水在两天后逃到了厦门。
六月二十六日，刘永福在台南继任台湾民主国总统，设总统府于大天后宫。
日方在乙未战争中先后投入了包括北白川宫能久亲王率领的近卫师团、明治天皇的族弟伏见宫贞爱亲王率领的混成第四旅团和乃木希典陆军大将率领的第二师团等的五万余兵力（另加佣役军夫二万七千余人），而台湾抵抗力量有正规军三万三千余名以及民兵十万名，其中尤以客家人作战最为慓悍，抵抗最为激烈。日军有备而来，武器装备有极大的优势，台湾反抗军终究不敌。日军登陆澳底后，六月七日转进台北，六月二十四日占领新竹，八月二十八日攻陷彰化，十月二十一日攻入台南，十月二十三日控制全境。据说有一万四千余名台湾兵在乙未战争中战死。
十月二十日，刘永福率二十名随从逃出台南，在二十三日抵达厦门。
有些台商如鹿港辜家始祖的辜显荣，为保全自身性命财产而选择与日军合作，甚至替日军开路当间谍帮助剿杀台湾反抗力量，也有不少地方仕绅如苗栗吴汤兴等选择与日军殊死战斗（吴汤兴阵亡后，其妻黄贤妹投水自尽，被旁人救回，之后仍绝食而死）。
在乙未战争中，日军死亡约八千五百人，不过战死者仅三百五十四人，其余多为水土不服，患霍乱、疟疾和痢疾等而死。
台湾人的持续抵抗
台湾人在乙未战争后的武装抗日断断续续坚持了二十年，其中大者有客家人罗福星主事的苗栗事件（罗福星是同盟会会员，他曾率领在印尼爪哇（Jawa）募集的两千多名华裔民兵回广东参加黄花岗之役。到台湾以后，罗福星往来于台北及苗栗之间，招兵买马，走私武器，以“驱逐日人，收复台湾”为口号，密谋举事。一九一三年九月，新竹的一批枪枝遭窃，警方循线追查，罗福星在各地建立的组织被一一侦破。台湾总督府在苗栗成立临时法院，对参与者进行审讯，所以史称苗栗事件。在这次事件中，有二百八十五人被判有期徒刑，以罗福星为首的二十人被送上绞刑台）以及余清芳领导的西来庵事件（一九0八年，余清芳在传播斋教（波斯人创立的摩尼教，也称明教）的过程中，鼓动信徒反日，又参与台南西来庵的扶乩活动，以民间信仰的王爷神为号召继续抗日。一九一五年七月，余发表“大元帅余告示文”，起事攻击多处警察厅，袭杀日警及其眷属，一时阵容扩展至千人以上。一九一五年八月，王莱庄（今台南楠西区）乡民设宴款待余，在酒酣耳热之际将其绑缚送交日军，余被处死刑绞死。西来庵事件案有一千九百五十七人被捕，一千四百多人被判处刑罚，其中八百六十六人被判处死刑，这是人类司法史上单一案件处死刑人数的最高纪录。日本驻台第六任总督安东贞美曾说：“义和团之乱已经是十几年前清国的事情，为何今日台湾还有此类的暴动？盲从暴动者至少也应该知道，迷信是不能依赖的。这不只是我们统治的失败，也是教育的失败。”
台湾的原住民更加坚韧顽强，他们先后发动武装抗日一百五十余次，最后一次是以莫那·鲁道为首的雾社事件（一九三0年，赛德克族原住民不满日本当局的统治，由马赫坡社头领莫那·鲁道率领各部落起事，袭击由日本建立的样板聚落雾社，趁雾社小学校举行运动会之际攻击日本人，事后遭日军以飞机、山炮、毒气等武器强力镇压，莫那·鲁道饮弹自尽，参与造反的各部落几遭灭族，数百个族人集体自缢，余生者被日方强制迁至川中岛（今南投县仁爱乡的清流部落）集中居住与管理。该事件的爆发震惊了日本政府与国际社会，使台湾总督府的理蕃政策遭到重大挑战，并导致时任总督和总务长官等高官引咎去职。台湾名导魏德圣筹备十二年，花费巨资拍摄，在2011年上映的电影“赛德克·巴莱”就取材于这一事件）。
后藤新平及其他
日本从一八九五年起以台湾总督为殖民台湾的最高长官，并设置台湾总督府作为最高统治机关，开始时总督的职务均由军人担任。当时日本每年要为台湾倒贴许多钱，以致第三任总督、乃木希典一度产生了把台湾卖给法国的想法，不过他的建议遭到了驳回。一八九八年二月，伊藤博文任命陆军大将儿玉源太郎为台湾第四任总督，并派后藤新平担任民政长官（一八九八—一九0六年间在任），从此日本采取软硬兼施的治台政策，以警察和保甲制度管理台湾。
台湾社会走入工业化的基础有不少是在后藤的督导下初步成型的。
接任民政长官之后，后藤秉持“生物学原则”，开始大规模地进行土地调查、户口普查以及风俗习惯调查。后藤曾说：“殖民地行政计划，在目前科学进步之下，必须根据生物学的原则，也就是要发展农业、工业、卫生、教育、交通、警察。如果以上各项能够完成，我们就可以在生存竞争中获得保全及胜利。”他的“生物学原则”是：“比目鱼的眼睛不能变成鲷鱼的眼睛，一种是两眼长同侧的，一种是两眼长异侧的”，即各人种民族都有其独特的个性、风俗和习惯，必须因势利导而不能强扭。
一八九八年，后藤颁布了“台湾土地调查令”，设立了临时台湾土地调查局，自己担任局长。后藤对手下再三交代，进行土地测量时要尊重当地人的感情，尊重他们的祖坟。土地调查局将土地重新测量造册，作为开征地税的依据。一九0四年土地调查告一段落以后，台湾总督府以公债向大租户强换农田，使台湾总督府成为台湾最大的地主。这番土地调查发现实际农田是以往已知的一点七倍，这些隐田主要是清政府在台湾采取番汉分治所形成的结果。土地调查不仅成为日本殖民统治与建设的重要基础，其影响甚至延续到战后民国政府在台的施政。
后藤非常重视对台湾的民间习俗的调查。一九00年，后藤聘请京都帝国大学教授冈松参太郎主持临时台湾旧习惯调查会。一九0三年，京都帝国大学教授织田万也加入了调查会。织田对调查的对象太庞大太复杂有些气馁，后藤勉励他说：“这是为了世界文化，而且只有日本人能做。”
后藤发现台湾的地方仕绅各自为政，自治非常发达。这种自治是一种习惯法，日本统治者先前企图破坏这个制度，引进新的文明和新的法令，而台湾人根本不听，难措手足。后藤认为应该恢复旧习惯，总督府只能站在监督者的立场，只有在发现弊害时，才逐渐加以改善，这样行政就事半功倍。
后藤对台湾的建设始于卫生和医疗的改善。早在一八九五年他受聘担任台湾总督府卫生顾问时，就着手规划仿照日本人居住地的卫生、自来水和下水道等的建设。当时台湾的卫生状况非常糟糕，甚至被清政府视为“恶疫之地”。当年“牡丹社事件”时，因饱受炎热的气候、不堪的卫生条件以及霍乱疟疾等热带疾病之苦，参与行动的日军与随军人员五千九百九十人共报告了一万六千四百零九件患病纪录，平均每人患病二点七次多，五百六十一病死者为二十余战死者的数十倍。在乙未战争中的情况相似。台湾也曾因鼠疫而死了四千五百多人。后藤决定首先在城市里建设自来水—排水管道设施，以致台湾的一些公共建设比日本本土还要先进，如当时台北的地下水道覆盖率据亚洲第一。
一八九九年，后藤重新划定了台湾的行政区域，对重要的都市进行“市区改正”，改变了过去台湾常见的清末闽南风格的乡镇风光，使得街道风貌逐渐变为西化或闽南与西洋风格的共存。
日本接收台湾之际，几乎没有像样的道路，村落与村落之间、村落与市镇之间，多半只有狭隘的小路。在后藤的主持下，台湾修了一点八米宽的道路五千五百公里、超过一点八米宽的道路二千九百公里、超过五点四米宽的道路八百公里、超过七点二米宽的道路八十公里。
刘铭传督台期间从一八八七年起花了七年时间铺设了从基隆到新竹的铁路，但是质量不佳，桥是木造的，稍为有些转弯的地方，旅客必须下车一起推火车。日本接收台湾以后，民间成立了台湾铁路公司，计划兴建台湾纵贯铁路。后藤上任后，主张铁路国有，成立了台湾铁路部，他亲自担任部长，从一八九九年起开始修建纵贯南北的铁路，一九0九年全线通车，使过去台湾南北需时数日的交通能够朝发夕至，而且比预定竣工的日期提早了两年。在台湾林业史上曾经起过重要作用的阿里山森林铁路，也是后藤主导兴建的。
一八九九年，基隆港开始建设现代化港口，一九0三年竣工。
这些铁路、道路和港口的建设资金，完全靠在台湾发行公债筹集。一八九九—一九0四年间，台湾总督府发行了第一期公债三千一百四十五万元台湾银行劵（日治时期的货币），一九0八年发行了第二期公债三千八百九十九万元。
在产业上，后藤选定了在台湾原本就有基础的糖业。他大力提倡改良甘蔗品种，改善耕作方法（特别是鼓励施肥），引进新式的制糖技术、经营模式以及大量资本，促使台湾的糖业迅速发展。
后藤把台湾从大清的硬件水准带到了日本的硬件水准。
一八九八年八月，后藤颁布了“保甲条例”，把始于明朝末年郑氏政权时代、清朝初年奠定基础的保甲制度进一步予以强化。这个条例加强了警察的管理作用，突出了居民之间的连带责任，使之能够相互监视、相互告密等。后藤的这个保甲制度对维持台湾的地方社会治安起了很大的作用。
鉴于台湾义民的抗日活动，后藤的策略是让警察深入民众，孤立义军，并且把乃木希典试行过的“土匪招降策”在全台各地推行。后藤在一九0二年曾以谋划骚动的罪名屠杀了被诱降而来的二百多名“归顺匪徒”。
后藤的民政局还颁布了“匪徒刑罚令”（不问目的是什么，凡聚众行使暴行或胁迫者，一概视为匪徒，匪徒首谋处死刑，附从者处无期徒刑。但如果涉及“对抗官吏、军队、破坏建筑物、船车、桥梁、通讯设施、掠夺财物、强奸妇女”等情节，则不论首从，悉数处死，且未遂犯视同正犯。藏匿匪徒或帮肋匪徒逃脱者，也会被处以有期徒刑）、“罚金及笞刑处分例”和“台湾浮浪者取缔规则”等一系列治安律令。
日本很多人主张应该在台湾严禁鸦片，而后藤认为应该逐渐禁止，他的理由是：1）日本人不易染上鸦片烟瘾，因此只会危害台湾人，不至于危害日本人：2）当时没有低痛苦的戒瘾疗法，怕有瘾者受不了；3）鸦片专卖收入很高，有助于帮助台湾财政的独立。后藤的鸦片渐禁政策是：1）鸦片由殖民政府在各地指定鸦片专卖药店；2）由医生诊断确定为鸦片中毒者，发给证明，持证明才可买到鸦片；3）对鸦片课以高额税率。
一八九八年，后藤的民政局于各地设置了蕃童教育所、蕃人公学校、公学校以及小学校等基础教育机构。其中公学校为台籍学童所设，小学校则限于日籍学童。这种差别除了基础教育外，也普遍应用于中等教育。至于高等教育，台籍学生就读的机会很少。
从一九0九年开始，台湾总督府的岁入开始有了剩余（以后在四十年间增长了二十倍），并逐渐大量上缴日本国库，其中一个原因是日治当局垄断了台湾的专卖业及外贸。日治当局从一八九六年起就将食盐列为政府专卖，一九一四年时，全台的盐业集中在十家日商手上。台湾盛产樟脑，全世界所需樟脑的五分之四出自台湾，从一九0七年起，日治当局将它交给了三井物产会社专利销售。还有烟草专卖、酒类专卖等等，全由日本商人垄断。
一九0八—一九一三年，现代化的打狗港建成。
一九一七年十二月，台湾殖民当局颁布了第二号律令“台湾新闻纸令”，规定办报刊要缴巨额保证金，还要重新申请许可证。日本殖民当局还引用在日本实行的“新闻纸条例”以及“谗谤律八条”，对媒体实行言论管制，规定对天皇、皇族、官吏有不敬、侮辱、损害名誉者，将处以罚金，甚至判处徒刑。
田健治郎（一九一九—一九二三年间在任）
一九一九年，日本任命田健治郎为台湾首任文官总督。田健的治台方针为“一视同仁”的同化政策，他希望让台湾人如日本人一样效忠天皇。
田健在任内完成了许多改革，如在一九二一年四月公布“法律第三号”，即“台湾施行法令相关法律”，取代了先前台湾总督有权颁布具有法律效力的命令的“六三法”（一八九六—一九0六年）和“三一法”（一九0七—一九二一年），使日本本土的法律完全适用于台湾，而台湾总督所制定的律令只具有补充的地位，即只有在台湾有需要，而日本本土没有相应法律时才采用制定律令的办法，总督的立法权从而被大大削弱（本法则一直施行到日本战败为止）；又如设评议会作为总督府的最高咨询机关；扩大公共教育系统；减少警察对地方行政的参与；废止笞刑；废止小学教师佩戴武士刀；实施日台共学制度（分别于一九一九年及一九二二年颁布的“台湾教育令”规定台籍学生如具备国语（即日语）能力者，可不必受入学资格的限制，此项命令也适用于中等教育和高等教育）和台日通婚制等等。他进一步大量规划和建造各项基础建设，如修建遍布全台的道路桥梁、自来水与下水道、电气工程、卫生机构、政府厅舍、教育机构和公园绿地等。为了推动“农业台湾，工业日本”的政策，田健除了大力鼓励台湾农民种植蔗糖和稻米外，还组织大量开采金、铜、煤、森林和食盐等台湾自然资源，以供日本工业所需。
