清代治学的主轴是考据学，以乾嘉学派核心，前后从事治学研究者大致约二百位清代学者。关于考据学的具体分析，笔者会在后文展开，需要指出的是和今天做学问追求“立竿见影”“成绩显著”的西拼东凑般完成论文的“新学风”相比，从事考据研究，是在大量书籍中检索，核对和认证，是一个耗尽时间，枯燥沉闷，有时花上好几年认证出的结果竟是“原文无误”似无成绩可言的工作，竟有这么多“笨”学者愿意从事之，这是何等动力在起作用！比如为《尚书》正本清源的清代大学者阎若璩qu2，从二十岁读《尚书》就发现古文尚书有可疑之处，后遂穷三十八年的研究考证，写成《尚书古文疏证》八卷。而和阎先生齐名的大学者，略数就有近二十多位。清代学者治学两汉古籍动因是何？后人如何评价他们所取得的成就？进一步假释，如果没有清代整治汉学，留到民国以后还有哪些人会扛住这个宏大整治工程？可能没有。如果没有，后人面对汉学是怎样一个状态？也许经典变成了神话传说，或者是在错误的经典里自娱自乐。这是冷到后脊梁骨的恐惧。
分析清代治学，先要理清两汉时代经典的传承和考证情况。 笔者认为，五经的起源和文字的演变有密切关系。被视为汉字源头的甲骨文作为殷商晚期形成的文字，不能算严格意义上人类成熟文字，所谓文字要具备发音和意思，以此意义上说，甲骨文只能算是成熟的文字符号。在目前已知的五千多字的甲骨文中破译的只有两千字不到，这其中含有争议的甲骨文。秦统一后规范了汉字的书写，篆书和作为快写的隶书同时存在已被考古认证，而作为承载经典文献的载体，以西汉末年为界，之前是简牍，后来随着纸张的发明逐步被纸质书取代。那么在秦以前形成的经典书籍，若以简牍形式保存是何等艰巨，庄周《庄子 天下》：“惠施多方，其书五车。”说得就是车载简牍，何况还有抄写错误，简牍脱线遗失情况下，将经典保存至两汉实属艰难。于是西汉学界出现了“师法” 和“家法”的分类。所谓“师法” 就是因为简牍这样载体过于笨重而流失错误过多，老师对学生作口耳传道反而比阅读容易得多，这样西汉时代验证一位学者学问如何，和他是哪位老师教的成为其学问正误的标准。由于文献甚少，考据学就在西汉末年形成，它的主要任务就是将口耳相传的经典辨别真伪并重新作以记录，在这之际学界急需要一本类似字典的工具书来作为记录书写范本，于是乎东汉初年许慎《说文解字》如乌云中一道闪电横空出世，《说文解字》除了具有一般字典解释功能外，最重要的是它罗列的每个字从甲骨文到隶书演变历史，和其同类的“异体字”，共收编近一万个汉字和一千多个异体字。它是世界上最早的一部字典。因原作流失严重，北宋徐铉于986年校订完成“大徐本”流传至今，宋以后的说文研究著作多以此为蓝本。清代学者对《说文解字》作了更加完整的修订，段玉裁著《说文解字注》、朱骏声著《说文通训定声》、桂馥著《说文解字义证》、王筠著《说文句读》尤备推崇，四人被后人尊称为“说文四大家”。可以说《说文解字》成于东汉许慎，补充修整于清代，是后人阅读两汉以前所有典籍的钥匙。
孔子选定六经，后《乐经》失传而成五经，秦朝始皇帝为推重法家经典实施“焚书坑儒”，而秦末战乱对经典的摧残其实更甚。汉高祖、文景二帝推崇黄老道家思想，夹杂法家刑名之学。至汉武帝时代儒家受宠，儒生亦多，五经之流传开始繁荣，他们的经书靠口耳传授而且以汉代通行的隶书写成，被朝廷推为正统。汉武帝推崇“罢黜百家，独尊儒术”的直接动作就是立“五经博士”，用官方的俸禄来拴住儒学家为朝廷的意识形态服务，于是乎为俸禄利益的冲突导致各路儒学家开派立宗，相对于“师法”，“家法”孕育而生。所谓“家法”就是一个学术集团坚持自身对五经的解释权而同时不接受或不讨论别的解释。同时为维护各自“家法”，著书传道目的仅是维护自身地位，至于对五经的解释是否正确已无讨论之必要。同时景帝时代鲁恭王刘余在修建孔宅时发现宅壁夹层中所藏用古蝌蚪文书写的简牍书籍《论语》，《书经》，《孝经》等数十篇，加上当时在民间流传用篆文书写的旧经典被视为相比通过“家法”用汉代隶书书写的被官方认可的经文注疏要更加接近儒家原意，这就是经学史上著名的“古文经学和今文经学之争”，西汉晚期古文经学在刘歆的倡导下，获得振兴并逐渐成为主流。因为今文经学含有董仲舒提倡的天人感应，大量的占卜，阴阳学说过多，一些儒学家两派皆修，其中的佼佼者当推郑玄。无论古文经学还是今文经学，大量传抄和注疏传至清代各类古书五花八门且残缺严重，各种对五经的注释正误混淆无从辨别，无法认证其叙述是否脱离原意，清代学者干脆先搁置两汉五经的整理，而着力于对文字学的研究，只有先理顺两汉的文字再着力分辨两汉五经的真伪。
清代治学秉承的是一个“复古”的理念，简单的描述就是“越古越真，越近越假”，面对汉学古典文献尤其是儒家经典，存在以下几个问题。1，伪书太多。形成这个原因一个是“托古”之作，所谓“托古”就是有人写了一个东西不敢公开只能借用前人学者的名义公开，甚至说是大禹，黄帝写的。还有就是政治目的，清代学者研究的就是通过求证来分辨伪书，上述的大学者阎若璩写成《尚书古文疏证》将孔安国传古文《尚书》判定为伪书，认为《古文尚书》为东晋梅赜所伪。阎若璩首先依《汉书》〈儒林传〉、〈艺文志〉及〈楚元王传〉的记载，确定古文尚书出自孔子故居墙壁，为鲁恭王改建孔宅时所发现。并确定古文尚书的篇数即今文尚书篇数再加十六篇，接着阎若璩再确认真本《古文尚书》亡于永嘉之乱，到了东晋元帝时豫章内史梅赜所献《尚书》却多出二十五篇，此二十五篇“无论其文辞格制迥然不类，而只此篇数之不合，伪为可知也”。接下来，阎若璩透过各种实证法确立二十五篇古文为伪。
2，历代佚书太多，很多书亡佚散佚。清代学者查阅文献可以得知某时代有此书但已经失传无从查阅，清代学者通过检索大量文献对这些佚书进行部分恢复或记录其大致内容。
3，因当时学者对古文字生疏导致了对古奥难懂经典之曲解。清代学者认为与其作什么注疏，不如从文字下手，在小学问题上下功夫，对经典中的名物文字音韵，进行细致的考察，如戴震著《孟子字义疏证》，对孟子学说逐字考证恢复经典本意，同时反证朱熹对《孟子》的解读错误很重。《孟子字义疏证》着重于批驳程朱理学的“存天理，灭人欲”的理念，他指出“举凡民之饥寒愁怨、饮食男女、常情隐曲之感，咸视为人欲之甚轻者矣，轻其所轻，乃‘吾重天理也、公义也’，言虽美，而用之治人，则祸其人。”段玉裁在《东原先生年谱》札记中对此评价很高：“朴生平著述最大者为《孟子字义疏证》一书，此正人心之要。今人无论正邪，尽以意见误名之曰理，而祸斯民，故《疏证》不得不作。”同样段玉裁穷其三十多年心血著《说文解字注》，对古文字的字形字意进行整理和纠正。戴震最早将古韵分为九类二十五部，以为“故训音声相表里”。作为戴氏学生，段玉裁在这个基础上分古音为十七部，根据许慎《说文解字》的体例和宋朝以前的著作中所引用的《说文解字》的词句，对《说文解字》进行了校正，改正讹误，创通条例，嘉庆二十年（1815年）五月《说文解字注》全书刻成。王念孙推祟说：自许慎之后“千七百年来无此作矣”。
4，注疏经典的思想偏移。两汉经典之后总有附上很多“注”，这是后辈学者对经典的解释文本，在“注”之后还附有“疏”即对此注的再进一步解释。严格意义上说，两汉之后的治学其实没有思想的创新而是埋头于“注”和“疏”，而在“注疏”之中，后辈学者有意无意地将自己的观点夹杂进去或者干脆就是以自家观点来注疏经典。比如朱熹《四书集注》就是此论的好例，因元代以后科举考试选《四书集注》为出题标准，故朱熹著作在学子中影响深远。根据清代学者考证，《四书集注》中很多带有朱熹个人思想，即是朱熹本人对儒家经典的理解，不是原典原意。除上文提到的毛奇龄《四书改错》外，还有黄式三著《论语后案》提出“礼”的重要性，认为“理”即“礼”，“天理就在社会规范中”等观点更富有现实意义。还有扬州学派人物杨宝楠及其子著《论语正义》，笔者觉得是清代研究《论语》的代表作。
再比如后人对《易经》玄乎其玄的注解多半把道教一些思想融入其中，清代学者把《易经》拽出来进行一番考证，结论是河图洛书不是《易经》形成时有的。宋明以来，已经有人怀疑自汉至宋所称的河图洛书皆为附会古代传说而作，不足为凭。宋末元初道士俞琰著《周易集说》认为河图为玉之有纹者，洛书为白石而有纹者，伏羲之时未有文字，因河图洛书之纹而画卦。至清代一批重量级大家为此作了详尽考辩，黄宗羲、黄宗炎以河图洛书是图经或方志，毛奇龄认为是规划、简策。胡渭认为河图为载道之宝器，洛书为象形之初文。他断定是宋代邵雍周敦颐后来掺和进《易经》。黄宗炎指出周易图学是道教学说，儒者若以此解《易》，是背离经学。《易经》在清代恢复了原本原意。
梁启超著《中国近三百年学术史》论清代治学，认为“清季学术有近代科学的实证精神。”笔者觉得这种说法殊不确当。清代学术确有一种实证性。只是这种实证性并非象“文艺复兴”以后西方思想界面向自然和人类生活，即自然学和人文学之实证主义。相反，这种实证性只是面对文献和古代语言，只是一种语言和文献学的实证主义。所以前者在近代西方导致了近代自然科学和社会科学的兴起。而后者在近代中国，却只导致了文献学和语言学(即传统训诂学，包括音韵学、语义学和文字学)的高度发达。清代学者重视文献中的语言文字问题，他们主张为求知而求知，耻以急功近利为目的。从这一点上看清代学者治学思想类似后来产生的分析哲学。维特根斯坦的分析哲学反对形而上学、反知识论。清代治学是反宋明理学的形而上系统，反“心、性、义、理”的知识论和价值论。是语言分析方法对形而上思辨哲学的胜利。
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