第一节 办学之初
1898年深秋时节，蔡元培回到故乡绍兴。比起秋风瑟瑟，一派肃杀景象的京城来，家乡显得格外温馨、平静、怡然。伫立在笔飞坊自家庭院中，四周的一切似乎依旧是老样子，唯独那块悬挂在门厅上方的“翰林第”匾额，好像在提示主人这里曾经历过荣耀与辉煌。然而，耀祖光宗的记忆在闯荡大千世界和领略新知西学之后，早已失却原有的华彩；四年京官生活的风风雨雨也差不多荡尽了仕途腾达的残梦，所余下的只有那纯然属于自己的书生本色。此时此刻，萦绕脑际多时的投身新教育的念头变得清晰而强烈，这是自身特长和兴趣之所在，这也是目睹维新党人惨烈失败后所认定的一条报国之路。就这样，蔡元培怀抱“志以教育挽彼沦胥”的信念，决意踏上教育救国的漫漫途程。
回乡一个半月之后，蔡元培接受绍兴知府熊再莘和乡绅徐树兰的敦请，出任绍郡中西学堂总理（即校长）。该学堂是由徐氏捐资并筹得部分府衙官款于1897年初创立的，校舍即在龙山脚下古贡院西侧，约有学生三十人，略如后来的高小至中学程度。所习课程可谓中西混合，既有经学、词学、史学，又有物理、算学、外文，教师亦多为当地俊彦，在当时，这已是一所颇为维新的学堂了。蔡元培到校后，聘任教职人员，修订学堂章程，整理校藏图书，并“移寓学堂”，主持校务。外语课程原有英、法二种，他增设日语，辗转托人延聘日籍教师中川外雄来校任教。同时，鼓励课外阅读，对《强学报》、《时务报》、《国闻报》及维新志士的著作予以“解禁”，以扩大师生的阅读范围。他还以“究心学术，不沾沾于利禄”等为条件，邀集校内同人，分别编写各类课程的教科书。兼任学堂督办（校董）的徐树兰欣然应允出资刻印。此外，他设法求购理科教学需用的仪器、标本和教具，旨在提高这方面的教学水平。后来曾任北京大学校长的蒋梦麟和北大地质学教授王烈，此时均为该学堂低年级学生。据蒋氏回忆，中西学堂的课程虽然中国旧学居多，毕竟已有西洋学科，正是在此知晓了地圆说、雨的形成及燃烧的原理，“这是我了解一点科学的开端”。藉此亦可知当时所谓新教育的初期概貌。
在中西学堂任职期间，蔡元培得读严复的译著《天演论》及亚当斯密的《原富》、斯宾塞的《群学肄言》等书，他在1899年初笔录下书中要点。严译著作使他对西方社会学说的了解更加系统，思想认识也跃上一个新高度。他曾自述：“得阅严幼陵氏之说及所译西儒天演论，始知炼心之要，进化之义，乃证之于旧译物理学、心灵学诸书，而反之于《春秋》、《孟子》及黄梨洲氏、龚定庵氏诸家之言，而怡然理顺，涣然冰释，豁然拨云雾而睹青天。”可以说，在蔡元培探求新知的过程中，严译诸书起到了十分重要的作用，因此，他将严复与谭嗣同并列，视为自己的引路人，即所谓的“侯官浏阳，为吾先觉”。这段时间，他特别喜好以《公羊春秋》的三世说阐释进化论观点，从而将自己早先颇为倾心的“常州学派”的论点与风行当时的西方进化论观念嫁接起来，以此求得外来学说的可接受性，也达成一种文化心理上的平衡。这大概就是上述所谓“拨云雾而睹青天”的境界吧。与此同时，他仍孜孜于外文学习，读、译日文书《日清战史》和《生理学》，并开始自修英文。
随着探求新知过程的深化，蔡元培的社会政治态度也逐渐改变。从黄宗羲到全祖望，以民族大义一以贯之的浙东学派对他颇有影响，面对外侮频仍的严酷现实，其内在的民族激情必然有力冲击现存的法统观念，表现出一种不甚确定的政治激进。据当年的学生忆述：1899年的一个秋夜，中西学堂宾客云集的花厅内杯盘交错，酒酣耳热之时，蔡先生起身高声批评康、梁变法不彻底，提出欲谋变革非摒弃清廷而不足为，于不经意中流露出内心深处的排满意念。虽然此后不久他也曾列名经元善领衔阻止清廷立储废帝的通电，但数以千计的人参加的社会活动难以真正衡量一个人的微妙的内心倾向。就在“己亥废储”活动声振东南之际，1900年初，蔡在致徐树兰的辞职书中又一次显现出“叛逆”情绪：“元培而有权力如张之洞焉，则将兴晋阳之甲矣。”颇有取清而代之之概。尽管其间不无冲动成分，但确可看出其君臣大义的观念已十分淡漠。这样说，并非将此时的蔡元培与革命派等量齐观，只是意在说明其社会政治态度变化的程度。
中西学堂的教员中，存在新旧两派。新派中有马用锡、杜亚泉等，他们信奉进化论，不时诋斥尊君卑民、重男轻女的社会积习，招致薛炳、任秋田等旧派的反对。蔡元培明确支持新派教员，旧派不服，请来学堂督办徐树兰出面干涉。徐是老辈，自然赞成旧派观点，遂将《申报》所载清廷旨在压制新思潮的“正人心”上谕送来，请蔡恭录悬于学堂。蔡致书痛诋，并愤而辞职，后经多方斡旋，终回校复职，直至同年10月学堂暂时停办始离去。这期间，他还兼任嵊县剡山书院院长和诸暨丽泽书院院长，为时均一年。在前述辞职风波中，他即赴嵊县，在剡山书院演讲数次，并为之撰订书院学约。在这篇文字中，这位翰林公初次提出，治学“当以益己、益世为宗旨”，士人应当摆脱“应试求官之积习，而急致力于有用之学”，并以自己读书求学的经历现身说法，策励读书人适应时代的变迁。此学约实为研究蔡早期教育思想的重要文献，惜之以往论者对此甚少留意。此外，蔡元培还曾以乡贤身份受聘兼任嘉善县宁绍会馆董事，几次前往襄理馆务，对会馆的注册立案及拟订规章尽力颇多，成为他办学之外的一项社会公务。在此期间，蔡夫人王昭病逝，年仅三十五岁，元培悲痛之中撰悼文一篇，哀祭亡妻。
1900年10月，蔡元培离开绍兴中西学堂，前往杭州筹办师范学校，虽几经奔波，终无结果，但由此结交了不少浙省学界人士。他与养正书塾教员陈黻宸（介石）、林少泉（即林白水）、陈叔通等时相过从，并进而结识了该书塾的学生汤尔和、马叙伦。同时，又与当年颇有些维新思想的“浙东三杰”之一宋恕密切往还，其时，宋任教于求是学堂。蔡与章太炎的交谊也自此时始。蔡为绍兴同乡筹建小学事，与友人童亦韩由杭州往临安，途经余杭，遂登门造访章太炎，童与章本故交，便介绍元培与太炎相识。这时，章氏所撰《訄书》第一版已印行，其排满思想毕现无遗，蔡主动访章，当与获读此书有关。1901年上半年，蔡元培时常旅居上海，广泛收集各类新式学堂的学制和课程设置等资料，潜心研究，撰成《学堂教科论》，由杜亚泉开办的普通学书室印行。其间，他与蒋智由、叶翰、王季同、汪允宗等一班文化人过从颇密，此时，蒋主编一种文摘性质的《选报》，王、汪等人则在办理由蒯光典拨资，专以刻印严译书籍为务的金粟斋书坊。同年8月，蔡元培应澄衷学堂监督刘树屏之邀前往协理校务，一个月后经刘介绍，进入南洋公学担任特班中文教习。
南洋公学是由盛宣怀于1897年创办的一所兼备初、中级教育和专科教育的近代学校，校址在沪西徐家汇，即今交通大学的前身。义和团事件后，清廷励行“新政”，时任会办商约大臣的盛宣怀采纳沈曾植的建议，决定在公学内开设“特班”，专收优于国学、年力强健者，授以西学，以备将来经济特科之选。特班章程规定：“西课余暇，当博览中西政事诸书。”蔡元培即负指导之责。他参采书院方式，确定选修门类及应读书目，学科涉及政法、财经、哲学、文史、外交、教育及自然科学，由学生任选一至两类，定期送交读书笔记，并轮流与学生谈话，当面指导，每月出题考核。特班学生近四十人，年龄在二十至三十岁之间，已有功名者不乏其人。蔡元培常在课业评语和谈话中向其灌输民权观念及爱国思想，启发他们放眼世界大势，炼就真才实学。同时还主动教授日文，组织演讲和辨论，激励学生培养多种才能。他为人师表的良好风范和循循善诱的教学方式深得学生的敬重。特班生中颇受蔡元培赏识的有：邵闻泰（力子）、王世徵、胡仁源、谢无量、李叔同、黄炎培、贝寿同等。
此时，张元济在南洋公学任译书院院长，蔡元培常向这位同年好友借阅西学书籍和日文资料，彼此不时彻夜长谈，甚为契合。二人商定：邀约同道合资创办一份报纸，向国人译述外国报刊对中国的评论和报道，初名为《开先报》，后改称《外交报》。蔡撰写该报《叙例》，阐明宗旨：“荟我国自治之节度，外交之政策，与外国所以对我国之现状、之隐情，胪举而博译之，将以定言论之界，而树思想之的。”此报于同年10月发刊，张任主编，蔡撰写论说、翻译日文稿件。不久，张元济投资商务印书馆，并向其主办人夏瑞芳建议设立编译所，以拓展事业。翌年，编译所成立，张推举蔡兼任所长，负责组织编写新式学校的各类教科书。蔡元培积数年办学经验，详订编纂体例，并约请蒋维乔等分别编撰。这是蔡与商务印书馆数十年合作关系的开端。在此期间，蔡元培编选的三卷本《文变》一书亦由商务代印。此书选入文章四十二篇，近人之作居多，且广泛涉及当时知识界普遍关心的社会、政治、文化、伦理等问题，诸如《中国士流改进策》、《论义和团与新旧两党之相关》、《清朝兴衰之关键》、《男女婚姻自由论》、《女子亟宜自立论》等等。所选少量古人作品亦“于新义无忤”。虽然此书的用途是为科举改八股为策论后取代昔日的古文选本，但编者的主旨是使“读者寻其义而知世界风会之所趋”。编印此书，反映出蔡元培在文化教育领域锐意求新的思想风貌，与他这时的社会政治立场似乎没有多少直接关系。
1901年冬，蔡元培与黄世振女士在杭州结为伉俪，随后夫妻寓居上海。与他们时相往来的蒋智由、黄宗仰、林白水、陈范及吴彦复等常偕女眷聚谈，“众议教育之根本在女学”，于是发起筹建女子学校。此举在当时可谓开风气之先，阻力自然不小。延至第二年9月间，方正式创办爱国女学，租校舍于登贤里，经费由黄宗仰介绍犹太富商哈同之妻罗迦陵独力承担，蒋智由被推为校长，学生仅十余人，主要是发起人的妻、女。同年12月爱国女学开学，此时，蔡元培已接替去日本的蒋智由担任校长。爱国女学的创立，在上海颇有影响，带动了近代中国女子教育的发展。至于这所女子学校自身规模的扩大及其在反清革命中所发挥的特殊作用，那是1903年以后的事情。在筹建女校过程中，蔡元培与叶瀚、蒋智由、钟观光、黄宗仰、王季同、汪允宗等于1902年4月发起成立中国教育会，会址设在上海泥城桥外福源里，蔡元培被选为事务长（会长）。该会是在废八股兴学校的“新政”气氛中应运而生的，最初以完善新教育、编订教科书为己任，曾拟议印行刊物，进行通讯教学。其后，又曾计划设立学校教育部、社会教育部和实业部等机构，其宗旨亦随主持人思想的变化而屡易。教育会的种种计划基本上未能付诸实践，但在后来组建爱国学社过程中却起到了关键作用。随着反清革命运动的高涨，该会表面办理教育，暗中鼓吹革命，“隐然为东南各省革命之集团”。蔡元培作为中国教育会的核心成员，在该会各项活动中发挥了重要作用。
1902年夏，蔡元培利用暑假赴日本游历，这是他第一次跨出国门，同行者为高梦旦。到东京后，适值新任北京大学堂总教习吴汝纶在此考察教育，蔡、高曾与之晤谈。此时，中国留日学生中流动着的爱国与变革的热潮给蔡元培以很大感染，尤其对主撰《浙江潮》杂志的“浙江二蒋”--蒋百里和蒋伯器留下深刻印象。蔡预备在日本逗留一个月，由于发生吴稚晖被日警押解出境之事，遂提前回国。吴稚晖，名，又名敬恒，江苏武进人，曾在北洋大学堂和南洋公学任教，此时在东京高等师范学校留学。由于清驻日公使蔡钧无理拒绝来自江、浙等地9名自费留学生进士官学校学习的要求，吴与孙揆均率学生到公使馆请愿，蔡钧招日警予以弹压，吴、孙二人被拘后，又强行押解上船，迫令回国。蔡元培早先从杭州方言学社主持人许沅那里闻知吴稚晖在南洋公学训练学生颇有成效，即对其人予以关注，1901年冬，二人在南洋公学相识。此时，为防止吴等归途中发生不测，蔡主动登船护送，一齐返沪。蔡、吴二人性格迥异，但在思想情趣方面颇多一致，不妨说，吴是蔡众多朋友中能对其施予较大影响的。
从日本归来仅数月，便发生了南洋公学退学风潮。这所学校的课程设置在当时虽堪称一流，但校政管理却仍停留在专制顽钝的水平上，尤其是有些教员思想守旧，“以奴隶对学生”，颇不孚人望。而学生方面日益受新思潮浸染，业已萌发自由自主意识。这种观念反差终于在一次偶然事件中发展为公开抗争。11月中旬，第五班学生误将一墨水瓶放置在讲桌上，国文教习郭某发现后严厉追查，并处罚无辜学生，激起全班义愤，一致要求校方辞退郭氏，校方反以“聚众滋事”的罪名无理开除全班学生。这就激怒了包括特班在内的全校二百多名学生，遂相约全体退学。蔡元培同情学生，曾向学校当局交涉，以改变无理决定，但有人视学生此举系蔡平素提倡民权思想所致，在此情况下，他毅然辞职。随后，他将一部分退学学生组织起来，商得中国教育会同人的赞同和支持，分别募集款项，聘定义务教员，借教育会房舍，创办起爱国学社，他被推举为学社的总理（即校长）。该学社于1903年初正式开学。
爱国学社的成立，是蔡元培为新教育奔波数年之后，相对独立地创办起来的一个教学实体，在此尽可自主地贯彻教育救国的初衷，随着一批反清志士的加入和客观形势的推动，他“遂亦公言革命无所忌”，开始了一段激昂慷慨、“翰林革命”的历程。从而，使这位“恂恂儒者”增添了一层豪勇壮烈的色彩。
回乡一个半月之后，蔡元培接受绍兴知府熊再莘和乡绅徐树兰的敦请，出任绍郡中西学堂总理（即校长）。该学堂是由徐氏捐资并筹得部分府衙官款于1897年初创立的，校舍即在龙山脚下古贡院西侧，约有学生三十人，略如后来的高小至中学程度。所习课程可谓中西混合，既有经学、词学、史学，又有物理、算学、外文，教师亦多为当地俊彦，在当时，这已是一所颇为维新的学堂了。蔡元培到校后，聘任教职人员，修订学堂章程，整理校藏图书，并“移寓学堂”，主持校务。外语课程原有英、法二种，他增设日语，辗转托人延聘日籍教师中川外雄来校任教。同时，鼓励课外阅读，对《强学报》、《时务报》、《国闻报》及维新志士的著作予以“解禁”，以扩大师生的阅读范围。他还以“究心学术，不沾沾于利禄”等为条件，邀集校内同人，分别编写各类课程的教科书。兼任学堂督办（校董）的徐树兰欣然应允出资刻印。此外，他设法求购理科教学需用的仪器、标本和教具，旨在提高这方面的教学水平。后来曾任北京大学校长的蒋梦麟和北大地质学教授王烈，此时均为该学堂低年级学生。据蒋氏回忆，中西学堂的课程虽然中国旧学居多，毕竟已有西洋学科，正是在此知晓了地圆说、雨的形成及燃烧的原理，“这是我了解一点科学的开端”。藉此亦可知当时所谓新教育的初期概貌。
在中西学堂任职期间，蔡元培得读严复的译著《天演论》及亚当斯密的《原富》、斯宾塞的《群学肄言》等书，他在1899年初笔录下书中要点。严译著作使他对西方社会学说的了解更加系统，思想认识也跃上一个新高度。他曾自述：“得阅严幼陵氏之说及所译西儒天演论，始知炼心之要，进化之义，乃证之于旧译物理学、心灵学诸书，而反之于《春秋》、《孟子》及黄梨洲氏、龚定庵氏诸家之言，而怡然理顺，涣然冰释，豁然拨云雾而睹青天。”可以说，在蔡元培探求新知的过程中，严译诸书起到了十分重要的作用，因此，他将严复与谭嗣同并列，视为自己的引路人，即所谓的“侯官浏阳，为吾先觉”。这段时间，他特别喜好以《公羊春秋》的三世说阐释进化论观点，从而将自己早先颇为倾心的“常州学派”的论点与风行当时的西方进化论观念嫁接起来，以此求得外来学说的可接受性，也达成一种文化心理上的平衡。这大概就是上述所谓“拨云雾而睹青天”的境界吧。与此同时，他仍孜孜于外文学习，读、译日文书《日清战史》和《生理学》，并开始自修英文。
随着探求新知过程的深化，蔡元培的社会政治态度也逐渐改变。从黄宗羲到全祖望，以民族大义一以贯之的浙东学派对他颇有影响，面对外侮频仍的严酷现实，其内在的民族激情必然有力冲击现存的法统观念，表现出一种不甚确定的政治激进。据当年的学生忆述：1899年的一个秋夜，中西学堂宾客云集的花厅内杯盘交错，酒酣耳热之时，蔡先生起身高声批评康、梁变法不彻底，提出欲谋变革非摒弃清廷而不足为，于不经意中流露出内心深处的排满意念。虽然此后不久他也曾列名经元善领衔阻止清廷立储废帝的通电，但数以千计的人参加的社会活动难以真正衡量一个人的微妙的内心倾向。就在“己亥废储”活动声振东南之际，1900年初，蔡在致徐树兰的辞职书中又一次显现出“叛逆”情绪：“元培而有权力如张之洞焉，则将兴晋阳之甲矣。”颇有取清而代之之概。尽管其间不无冲动成分，但确可看出其君臣大义的观念已十分淡漠。这样说，并非将此时的蔡元培与革命派等量齐观，只是意在说明其社会政治态度变化的程度。
中西学堂的教员中，存在新旧两派。新派中有马用锡、杜亚泉等，他们信奉进化论，不时诋斥尊君卑民、重男轻女的社会积习，招致薛炳、任秋田等旧派的反对。蔡元培明确支持新派教员，旧派不服，请来学堂督办徐树兰出面干涉。徐是老辈，自然赞成旧派观点，遂将《申报》所载清廷旨在压制新思潮的“正人心”上谕送来，请蔡恭录悬于学堂。蔡致书痛诋，并愤而辞职，后经多方斡旋，终回校复职，直至同年10月学堂暂时停办始离去。这期间，他还兼任嵊县剡山书院院长和诸暨丽泽书院院长，为时均一年。在前述辞职风波中，他即赴嵊县，在剡山书院演讲数次，并为之撰订书院学约。在这篇文字中，这位翰林公初次提出，治学“当以益己、益世为宗旨”，士人应当摆脱“应试求官之积习，而急致力于有用之学”，并以自己读书求学的经历现身说法，策励读书人适应时代的变迁。此学约实为研究蔡早期教育思想的重要文献，惜之以往论者对此甚少留意。此外，蔡元培还曾以乡贤身份受聘兼任嘉善县宁绍会馆董事，几次前往襄理馆务，对会馆的注册立案及拟订规章尽力颇多，成为他办学之外的一项社会公务。在此期间，蔡夫人王昭病逝，年仅三十五岁，元培悲痛之中撰悼文一篇，哀祭亡妻。
1900年10月，蔡元培离开绍兴中西学堂，前往杭州筹办师范学校，虽几经奔波，终无结果，但由此结交了不少浙省学界人士。他与养正书塾教员陈黻宸（介石）、林少泉（即林白水）、陈叔通等时相过从，并进而结识了该书塾的学生汤尔和、马叙伦。同时，又与当年颇有些维新思想的“浙东三杰”之一宋恕密切往还，其时，宋任教于求是学堂。蔡与章太炎的交谊也自此时始。蔡为绍兴同乡筹建小学事，与友人童亦韩由杭州往临安，途经余杭，遂登门造访章太炎，童与章本故交，便介绍元培与太炎相识。这时，章氏所撰《訄书》第一版已印行，其排满思想毕现无遗，蔡主动访章，当与获读此书有关。1901年上半年，蔡元培时常旅居上海，广泛收集各类新式学堂的学制和课程设置等资料，潜心研究，撰成《学堂教科论》，由杜亚泉开办的普通学书室印行。其间，他与蒋智由、叶翰、王季同、汪允宗等一班文化人过从颇密，此时，蒋主编一种文摘性质的《选报》，王、汪等人则在办理由蒯光典拨资，专以刻印严译书籍为务的金粟斋书坊。同年8月，蔡元培应澄衷学堂监督刘树屏之邀前往协理校务，一个月后经刘介绍，进入南洋公学担任特班中文教习。
南洋公学是由盛宣怀于1897年创办的一所兼备初、中级教育和专科教育的近代学校，校址在沪西徐家汇，即今交通大学的前身。义和团事件后，清廷励行“新政”，时任会办商约大臣的盛宣怀采纳沈曾植的建议，决定在公学内开设“特班”，专收优于国学、年力强健者，授以西学，以备将来经济特科之选。特班章程规定：“西课余暇，当博览中西政事诸书。”蔡元培即负指导之责。他参采书院方式，确定选修门类及应读书目，学科涉及政法、财经、哲学、文史、外交、教育及自然科学，由学生任选一至两类，定期送交读书笔记，并轮流与学生谈话，当面指导，每月出题考核。特班学生近四十人，年龄在二十至三十岁之间，已有功名者不乏其人。蔡元培常在课业评语和谈话中向其灌输民权观念及爱国思想，启发他们放眼世界大势，炼就真才实学。同时还主动教授日文，组织演讲和辨论，激励学生培养多种才能。他为人师表的良好风范和循循善诱的教学方式深得学生的敬重。特班生中颇受蔡元培赏识的有：邵闻泰（力子）、王世徵、胡仁源、谢无量、李叔同、黄炎培、贝寿同等。
此时，张元济在南洋公学任译书院院长，蔡元培常向这位同年好友借阅西学书籍和日文资料，彼此不时彻夜长谈，甚为契合。二人商定：邀约同道合资创办一份报纸，向国人译述外国报刊对中国的评论和报道，初名为《开先报》，后改称《外交报》。蔡撰写该报《叙例》，阐明宗旨：“荟我国自治之节度，外交之政策，与外国所以对我国之现状、之隐情，胪举而博译之，将以定言论之界，而树思想之的。”此报于同年10月发刊，张任主编，蔡撰写论说、翻译日文稿件。不久，张元济投资商务印书馆，并向其主办人夏瑞芳建议设立编译所，以拓展事业。翌年，编译所成立，张推举蔡兼任所长，负责组织编写新式学校的各类教科书。蔡元培积数年办学经验，详订编纂体例，并约请蒋维乔等分别编撰。这是蔡与商务印书馆数十年合作关系的开端。在此期间，蔡元培编选的三卷本《文变》一书亦由商务代印。此书选入文章四十二篇，近人之作居多，且广泛涉及当时知识界普遍关心的社会、政治、文化、伦理等问题，诸如《中国士流改进策》、《论义和团与新旧两党之相关》、《清朝兴衰之关键》、《男女婚姻自由论》、《女子亟宜自立论》等等。所选少量古人作品亦“于新义无忤”。虽然此书的用途是为科举改八股为策论后取代昔日的古文选本，但编者的主旨是使“读者寻其义而知世界风会之所趋”。编印此书，反映出蔡元培在文化教育领域锐意求新的思想风貌，与他这时的社会政治立场似乎没有多少直接关系。
1901年冬，蔡元培与黄世振女士在杭州结为伉俪，随后夫妻寓居上海。与他们时相往来的蒋智由、黄宗仰、林白水、陈范及吴彦复等常偕女眷聚谈，“众议教育之根本在女学”，于是发起筹建女子学校。此举在当时可谓开风气之先，阻力自然不小。延至第二年9月间，方正式创办爱国女学，租校舍于登贤里，经费由黄宗仰介绍犹太富商哈同之妻罗迦陵独力承担，蒋智由被推为校长，学生仅十余人，主要是发起人的妻、女。同年12月爱国女学开学，此时，蔡元培已接替去日本的蒋智由担任校长。爱国女学的创立，在上海颇有影响，带动了近代中国女子教育的发展。至于这所女子学校自身规模的扩大及其在反清革命中所发挥的特殊作用，那是1903年以后的事情。在筹建女校过程中，蔡元培与叶瀚、蒋智由、钟观光、黄宗仰、王季同、汪允宗等于1902年4月发起成立中国教育会，会址设在上海泥城桥外福源里，蔡元培被选为事务长（会长）。该会是在废八股兴学校的“新政”气氛中应运而生的，最初以完善新教育、编订教科书为己任，曾拟议印行刊物，进行通讯教学。其后，又曾计划设立学校教育部、社会教育部和实业部等机构，其宗旨亦随主持人思想的变化而屡易。教育会的种种计划基本上未能付诸实践，但在后来组建爱国学社过程中却起到了关键作用。随着反清革命运动的高涨，该会表面办理教育，暗中鼓吹革命，“隐然为东南各省革命之集团”。蔡元培作为中国教育会的核心成员，在该会各项活动中发挥了重要作用。
1902年夏，蔡元培利用暑假赴日本游历，这是他第一次跨出国门，同行者为高梦旦。到东京后，适值新任北京大学堂总教习吴汝纶在此考察教育，蔡、高曾与之晤谈。此时，中国留日学生中流动着的爱国与变革的热潮给蔡元培以很大感染，尤其对主撰《浙江潮》杂志的“浙江二蒋”--蒋百里和蒋伯器留下深刻印象。蔡预备在日本逗留一个月，由于发生吴稚晖被日警押解出境之事，遂提前回国。吴稚晖，名，又名敬恒，江苏武进人，曾在北洋大学堂和南洋公学任教，此时在东京高等师范学校留学。由于清驻日公使蔡钧无理拒绝来自江、浙等地9名自费留学生进士官学校学习的要求，吴与孙揆均率学生到公使馆请愿，蔡钧招日警予以弹压，吴、孙二人被拘后，又强行押解上船，迫令回国。蔡元培早先从杭州方言学社主持人许沅那里闻知吴稚晖在南洋公学训练学生颇有成效，即对其人予以关注，1901年冬，二人在南洋公学相识。此时，为防止吴等归途中发生不测，蔡主动登船护送，一齐返沪。蔡、吴二人性格迥异，但在思想情趣方面颇多一致，不妨说，吴是蔡众多朋友中能对其施予较大影响的。
从日本归来仅数月，便发生了南洋公学退学风潮。这所学校的课程设置在当时虽堪称一流，但校政管理却仍停留在专制顽钝的水平上，尤其是有些教员思想守旧，“以奴隶对学生”，颇不孚人望。而学生方面日益受新思潮浸染，业已萌发自由自主意识。这种观念反差终于在一次偶然事件中发展为公开抗争。11月中旬，第五班学生误将一墨水瓶放置在讲桌上，国文教习郭某发现后严厉追查，并处罚无辜学生，激起全班义愤，一致要求校方辞退郭氏，校方反以“聚众滋事”的罪名无理开除全班学生。这就激怒了包括特班在内的全校二百多名学生，遂相约全体退学。蔡元培同情学生，曾向学校当局交涉，以改变无理决定，但有人视学生此举系蔡平素提倡民权思想所致，在此情况下，他毅然辞职。随后，他将一部分退学学生组织起来，商得中国教育会同人的赞同和支持，分别募集款项，聘定义务教员，借教育会房舍，创办起爱国学社，他被推举为学社的总理（即校长）。该学社于1903年初正式开学。
爱国学社的成立，是蔡元培为新教育奔波数年之后，相对独立地创办起来的一个教学实体，在此尽可自主地贯彻教育救国的初衷，随着一批反清志士的加入和客观形势的推动，他“遂亦公言革命无所忌”，开始了一段激昂慷慨、“翰林革命”的历程。从而，使这位“恂恂儒者”增添了一层豪勇壮烈的色彩。
