第二节 在民初政争中
事实上，从蔡元培由德归来、踏入国门之日起，便已置身政治活动的舞台，在民国初年的南北政争中甚至一度扮演重要角色，成为举国注目的人物之一。
归国之初，寓居上海，正值张謇、章太炎、汤寿潜及赵凤昌等沪上名流酝酿大元帅人选，此时孙中山还未归国，多数人倾向黎元洪，陈英士等人则属意于黄兴。蔡元培两相权衡，选择后者，因为黎氏有与袁世凯部下妥协之嫌，恐于革命不利。表决之前，他夜访章太炎、汤寿潜，劝说二人改推黄兴，章、汤勉从其意。翌日，黄兴被举为大元帅，黎元洪次之。蔡氏此举，显然与同盟会诸人有所默契，在各派势力之间，他的政治归属颇为分明。亦因如此，当同盟会与光复会这两个反清革命团体之间的矛盾日显尖锐之时，蔡元培的处境便有些微妙。还在辛亥的前一年，章太炎脱离同盟会，在东京设立光复会总部，公开与孙中山等人闹分裂。武昌起义后，他提出“革命军兴，革命党消”，意在解散同盟会。由于一些光复会系统的浙军将领在推举临时大总统问题上持有异议，章氏便乘此要求十七省代表延缓选举。蔡元培与光复、同盟两会均有渊源，身处内争之中，只得调停、周旋。他曾赶赴南京，代为转达章太炎的意见，又将各省代表决意推选孙中山为临时大总统的情况告知章氏。太炎此时在上海自组统一党，邀蔡共寓一处。鉴于孙中山当选将成定局，章氏乃与蔡相约，浙人不入南京临时政府任职，蔡敷衍应之。不久，孙中山派人招蔡入阁，太炎援引前约，扣其行装，极力阻止。蔡则顾全大局，执意赴命，不惜刊登通告，以谢“背约之罪”。随后，蔡元培出任孙中山政府的总长，而章太炎却没有发表蔡拟就的“谢罪通告”。此事当可窥见，蔡元培在内部纷争中的实际倾向。
1912年2月中旬，国内军事和政治的实权人物袁世凯，借南方革命之威，迫使清帝退位，孙中山如约让以临时大总统之位，但坚持袁氏须南下就职，以避由清禅位之嫌。为此，迭发电报，促袁南行，而袁氏则托词延宕，殊无来意。在此情况下，孙中山决定派遣专使，北上迎袁。专使的条件，为同盟会员同时又是南方政府阁员者，蔡元培具备这些资格，遂被派为专使。南方政府派专使迎袁南下，似乎是要表明一种政治姿态，但也显示了孙中山等人维护革命成果的意志和决心。不过，这一使命能否达到目的，局内之人表示悲观者居多。有的朋友认为，此乃“倒霉的差使，以辞去为是”，蔡元培则觉得：南京政府必须有此一举，畏难推诿，实不足取。遂偕宋教仁、汪精卫、魏宸组、钮永建、王正廷、刘冠雄等八位欢迎员与唐绍仪、李石曾等共乘招商局“新裕”号客轮由海路北行。船行海上，众人畅论迁都及改良社会风习等话题。同盟会诸人大多主张迁都南京，唯宋教仁持异议，以为首都南迁势必减缓对北方的控制力。此前不久，吴稚晖等在上海发起进德会，提倡不嫖、不赌、不娶妾、不吸烟、不饮酒、不食肉、不做官吏、不当议员，旨在砥砺私德，净化风气。同船之人多数热衷政治，乃删除后两项，索性俗称“六不会”；唐绍仪进而提议成立社会改良会，以破除迷信，改变陋俗。蔡元培均列名其间，日后亦以培育良好风气自任。
2月下旬，蔡氏一行由津入京，刻意布置的欢迎场面虽然隆重浩大，但舍舟登岸后感受到的气氛却与南方迥然不同。前来访晤的当地代表反对迁都几乎众口一词，蔡元培屡屡申明来意，排除“误解”，不胜其苦。与袁世凯相见后，接连三天会谈，这位权倾一时的“大人物”似乎心无芥蒂，表示，只要军队有人统摄，颇愿脱离北京这个“臭虫窝”。然而，袁派要人则力持袁氏不能南行，蔡坚守来意，履行使命。会谈并无实质性进展。29日夜晚，蔡元培在专使团下榻的东城煤渣胡同法政学堂寓所与钮永建、汪精卫闲谈之间，骤闻枪声响起，急忙打电话询问陆军部，答以第三镇兵变。枪声渐近，守护专使团的卫兵不知何往，情急之中，蔡等越墙避入相邻的青年会教士、美国人格林的寓所。乱兵闯入专使团住地，大肆抢掠。翌日晨，蔡一行人避往东交民巷六国饭店。不久，与袁世凯关系密切的孙宝琦首先赶来慰问，述说昨晚正在袁氏官邸，得知兵变，袁即传令切实保护专使团，并说：人家不带一兵，坦然而来，我们不能保护，如何对得住云云。经此变乱的专使团诸人姑妄听之而已。乱兵声称：“袁宫保自己要到南京做总统去，不要我们了！我们还是各人抢一点，回老家去！”京中舆论视此为兵变起因。继北京之后，天津、保定等地也相继发生兵变。外国列强借口护卫使馆和侨民，拟议调兵入京，更无异火上浇油。面对如此局面，蔡元培及专使团承受的压力之大，可以想见。几经磋商之后，蔡致电孙中山，认为：“速建统一政府，为今日最大问题，余尽可迁就，以定大局。”进而具体建议：取消迎袁南下之议，确定北京为临时政府之地点。同时，推定宋教仁等返宁面商变通办法。这一事态的演变，显然对袁氏集团有利，袁氏甚而乖巧地提议请副总统黎元洪代其赴宁就职。南京方面并无良策可施，最后只得让步。3月10日，袁世凯在北京宣誓就任临时大总统，蔡元培代表南方接受誓词，并致祝贺。此刻，他的使命已戏剧性地发生了改变。
迎袁失败，表面上的责任在蔡元培一行人。以往史家责其“胆量不足”，“为袁所欺”，大多着眼于当事人的政治素质。不必讳言，书生气十足的蔡元培出任艰巨，与历尽波凶浪险的政界高手袁世凯相周旋，居于下风当在意料之中。问题在于，促袁南下就职这一决策究竟有多大的可行性。辛亥之后，政体变更，国基未稳，袁世凯的北洋系占居北方军政重心，牵毫发而动全身。促袁南下隐含国都南迁之义，如此重大举动急骤行之，显然有失草率。京、津一带兵变，固然不排除袁氏施用伎俩的因素，但北方既得利益集团抵制军政重心转移的社会心理也有其作用。政治较量的成功，取决于军事、财政、社会等多种实力要素构成的综合优势。孙中山领导的南京政府作为新兴的政治力量，与袁世凯所代表的传统势力相比，还过于稚嫩、弱小，几经交手，均为输家。蔡元培迎袁不果，可谓南方一系列失败中的一例。
专使团离京之前，受命筹组南北统一政府的唐绍仪拟议一内阁名单，蔡元培仍名列其中，主管教育，蔡极力辞却，遂改为范源濂。外界不明，乃传言：蔡迎袁无效受惩而被削职。此说一出，涉及南北关系，孙中山、唐绍仪等力主其留任，蔡亦不便再辞。唐绍仪内阁由南北两方面人员混合组成，十名阁员，双方各居其五。同盟会方面除蔡外，尚有王宠惠、宋教仁、王正廷，分主司法、农林、工商各部。唐本人与袁世凯有二十年的交谊，曾任南北议和的北方代表，前不久，由谋客赵凤昌提议，经孙中山、黄兴赞同，加入了同盟会，成为兼顾南北的特殊人物。内阁中的外交、陆军、内政、财政、交通五部则由袁派大员分任。置身于这样一个政府之内，蔡元培充分体验了民国初年政治风云中专制与共和的矛盾冲突。他信守自由民主的价值观念，原以为创建民国之后，共和政治即成为现实，依法履行公务的政府应当有所建树。然而，袁世凯作为总统却蔑视《临时约法》规定的责任内阁制，独揽大权，专断行事。内阁中的袁派成员，事无巨细，惟袁命是从；南方阁员欲有所为，却受多方掣肘。遇事认真的蔡元培在内阁会议上不免常与段祺瑞、熊希龄等袁派阁员发生争执，但收效甚微。总理唐绍仪力持责任内阁制，亦遭袁氏疑忌，接连受到诋毁。深深的失望，使蔡元培感到，与其“任此伴食之阁员”，不如高蹈远引。于是约集同盟会阁员，对他们说：“目前情形，政府中显分两派，互相牵制，无一事可以进行。若欲排斥袁派，使吾党同志握有实权，量力审时，决无希望。不如我辈尽行退出，使袁派组成清一色的政府，免使我辈为人分谤，同归于尽。”宋教仁对此主张不甚赞同，但面对内阁现状亦无可如何，乃相约：遇适当机会，一齐辞职。
不久，唐绍仪与袁世凯就直隶总督人选发生尖锐对立。唐组阁时，孙中山提出由王芝祥任直隶总督，唐商之于袁，并无反对表示。然时日迁延，此项任命迟迟不见发表。唐催促再三，岂料袁氏另有安排，直督一职委于心腹冯国璋，王芝祥改派他职。唐坚执原议，袁则将未经总理副署的委任状迳自颁发。唐愤而出走天津，随后辞职。蔡元培等同盟会四阁员践行前约，连带辞职。袁氏设法挽留，其亲信梁士诒奔走游说，力劝四人取消辞意。宋教仁对公开与袁抗争有所保留，但蔡元培援引前约，执意共同退出政府。他在7月10日起草的致继任总理陆征祥的四阁员联名辞职函中毅然宣布，到部视事以14日为截止期限。这样，袁世凯只得准予辞职。蔡等此举，被某些人视为“闹党见而不顾及国家”。为此，蔡元培发表《答客问》，陈述原委，辨析是非。其实，蔡元培真诚追求民主政治，极愿在共和制的政党内阁中为国家开创一个新格局，可是理想与现实之间相距甚远，厕身于“无方针无线索”之政府中，“机关停滞，万事丛脞”，在袁氏的集权高压之下，不过“充纸糊台阁之片断”而已，于国家前途毫无裨益可言。所以，他申明：“吾党不必无执拗粗暴之失德，而决无敷衍依阿之恶习。”显示出为了理想和人格，决不与污浊的现实共浮沉的高洁气度，因而被颇具识见的新闻界人士赞许为“同盟会第一流人物”。
7月底，蔡元培离京南返上海。十余日后，武昌起义领导人张振武及方维二人未经审判即被袁世凯杀害。随后，中国社会党首领江亢虎又在汉口被无理拘捕。此类破坏法律、蹂躏人权的事件，与共和政体极不相容。蔡元培与吴稚晖等十余人发起组织法律维持会，致电参议院，要求追究当局的法律责任。然而，民国成立以来的风风雨雨使蔡元培对于辛亥革命的实际意义有了比较客观的认识。他在致蒋维乔的信中写道：“此次革命，实专属民族问题，于政治上排去满洲亲贵之权力而已。清代汉官之流行病，本未曾动，望其一时焕然更新，谈何容易。惟乘此波动之机会，于各种官僚社会中，已挤入新分子，将来竞争之结果，必新胜而旧败。”冷静的思考，切身的体验，并没有磨蚀掉他笃守进化公理的信念，而可行的方法是在民族革命后进行社会改良。可以说，这是他辛亥之后选择的政治路径。闲居沪上，冷眼观察国内时局，他料想到政治上的纠纷正方兴未艾，自己一介书生亦难有作为，不如仍往德国，继续深造。9月，即携眷赴德，仍进莱比锡大学听课与研究。翌年三月，国民党领导人宋教仁在上海遇刺身亡。“宋案”调查结果显示，袁世凯及其党羽正是这一政治谋杀的指使人。孙中山力主与袁世凯决裂，遂招请海外同志归国。蔡元培接到陈英士催促其返沪的电报后，迅即与汪精卫经西伯利亚回国，于6月初返抵上海。此后的三个月，他经历了“二次革命”从酝酿、发动到失败的全过程。
到达上海当天，蔡元培便到爱文义路100号访孙中山和黄兴，筹商对策。孙中山主张兴师讨袁，黄兴则鉴于兵力不足，倾向通过法律解决争端。蔡元培的态度如何呢？6月8日他在国民党上海交通部的演说足以反映其主张，他说：“吾党革命，本为大多数人民谋幸福，今仍当体察大多数人民之心理。现多数人民不主极端进取……吾党只须以坚忍之决心，持稳健之步调，誓死缔造真正共和，则多数国民，必表同情，吾党自有战胜之一日。吾同志诸公，处此危疑艰险之日，惟有运静细之心思，蓄坚实之力量，采取舆情，以维持大局，则民国幸甚。”不难看出，蔡元培注重民意，强调稳健，不赞同军事冒险，企望从长计议。这一立场与孙中山不同。因此，当张謇、赵凤昌等约请他和汪精卫往谈，声称北京方面愿意与黄兴探讨妥协办法之时，他曾积极奔走赵黄之间，磋商条件，希望和平解决南北之争。当然，对于军事抗争，蔡亦并非完全放弃。激烈主战的李烈钧欲赴南京劝说精锐之部第八师起事，因该师旅长王用功曾为爱国学社成员，乃请蔡同行，以便洽谈。蔡亦曾与之前往，无奈高级军官反应持重，只得废然而返。7月中旬湖口起兵“讨袁”之后，南京等地纷起响应，蔡再次赴宁，为已参加起兵的第八师起草反袁通电。“二次革命”进行期间，蔡元培与吴稚晖、张继等在上海编印《公论晚报》，并在《民立报》撰文，投身反袁斗争。他还与唐绍仪、汪精卫联名致电袁世凯，要求其“宣布辞职，以塞扰攘”。国民党在南方各省的军事行动不久即相继失败，孙中山、黄兴等人流亡海外，革命进入低谷时期。
9月，又是秋风乍起之时，蔡元培与吴稚晖各自挈妇将雏，踏入日本邮船“北野丸”的三等舱，离开上海，驶向海天万里之外的欧洲大陆。
归国之初，寓居上海，正值张謇、章太炎、汤寿潜及赵凤昌等沪上名流酝酿大元帅人选，此时孙中山还未归国，多数人倾向黎元洪，陈英士等人则属意于黄兴。蔡元培两相权衡，选择后者，因为黎氏有与袁世凯部下妥协之嫌，恐于革命不利。表决之前，他夜访章太炎、汤寿潜，劝说二人改推黄兴，章、汤勉从其意。翌日，黄兴被举为大元帅，黎元洪次之。蔡氏此举，显然与同盟会诸人有所默契，在各派势力之间，他的政治归属颇为分明。亦因如此，当同盟会与光复会这两个反清革命团体之间的矛盾日显尖锐之时，蔡元培的处境便有些微妙。还在辛亥的前一年，章太炎脱离同盟会，在东京设立光复会总部，公开与孙中山等人闹分裂。武昌起义后，他提出“革命军兴，革命党消”，意在解散同盟会。由于一些光复会系统的浙军将领在推举临时大总统问题上持有异议，章氏便乘此要求十七省代表延缓选举。蔡元培与光复、同盟两会均有渊源，身处内争之中，只得调停、周旋。他曾赶赴南京，代为转达章太炎的意见，又将各省代表决意推选孙中山为临时大总统的情况告知章氏。太炎此时在上海自组统一党，邀蔡共寓一处。鉴于孙中山当选将成定局，章氏乃与蔡相约，浙人不入南京临时政府任职，蔡敷衍应之。不久，孙中山派人招蔡入阁，太炎援引前约，扣其行装，极力阻止。蔡则顾全大局，执意赴命，不惜刊登通告，以谢“背约之罪”。随后，蔡元培出任孙中山政府的总长，而章太炎却没有发表蔡拟就的“谢罪通告”。此事当可窥见，蔡元培在内部纷争中的实际倾向。
1912年2月中旬，国内军事和政治的实权人物袁世凯，借南方革命之威，迫使清帝退位，孙中山如约让以临时大总统之位，但坚持袁氏须南下就职，以避由清禅位之嫌。为此，迭发电报，促袁南行，而袁氏则托词延宕，殊无来意。在此情况下，孙中山决定派遣专使，北上迎袁。专使的条件，为同盟会员同时又是南方政府阁员者，蔡元培具备这些资格，遂被派为专使。南方政府派专使迎袁南下，似乎是要表明一种政治姿态，但也显示了孙中山等人维护革命成果的意志和决心。不过，这一使命能否达到目的，局内之人表示悲观者居多。有的朋友认为，此乃“倒霉的差使，以辞去为是”，蔡元培则觉得：南京政府必须有此一举，畏难推诿，实不足取。遂偕宋教仁、汪精卫、魏宸组、钮永建、王正廷、刘冠雄等八位欢迎员与唐绍仪、李石曾等共乘招商局“新裕”号客轮由海路北行。船行海上，众人畅论迁都及改良社会风习等话题。同盟会诸人大多主张迁都南京，唯宋教仁持异议，以为首都南迁势必减缓对北方的控制力。此前不久，吴稚晖等在上海发起进德会，提倡不嫖、不赌、不娶妾、不吸烟、不饮酒、不食肉、不做官吏、不当议员，旨在砥砺私德，净化风气。同船之人多数热衷政治，乃删除后两项，索性俗称“六不会”；唐绍仪进而提议成立社会改良会，以破除迷信，改变陋俗。蔡元培均列名其间，日后亦以培育良好风气自任。
2月下旬，蔡氏一行由津入京，刻意布置的欢迎场面虽然隆重浩大，但舍舟登岸后感受到的气氛却与南方迥然不同。前来访晤的当地代表反对迁都几乎众口一词，蔡元培屡屡申明来意，排除“误解”，不胜其苦。与袁世凯相见后，接连三天会谈，这位权倾一时的“大人物”似乎心无芥蒂，表示，只要军队有人统摄，颇愿脱离北京这个“臭虫窝”。然而，袁派要人则力持袁氏不能南行，蔡坚守来意，履行使命。会谈并无实质性进展。29日夜晚，蔡元培在专使团下榻的东城煤渣胡同法政学堂寓所与钮永建、汪精卫闲谈之间，骤闻枪声响起，急忙打电话询问陆军部，答以第三镇兵变。枪声渐近，守护专使团的卫兵不知何往，情急之中，蔡等越墙避入相邻的青年会教士、美国人格林的寓所。乱兵闯入专使团住地，大肆抢掠。翌日晨，蔡一行人避往东交民巷六国饭店。不久，与袁世凯关系密切的孙宝琦首先赶来慰问，述说昨晚正在袁氏官邸，得知兵变，袁即传令切实保护专使团，并说：人家不带一兵，坦然而来，我们不能保护，如何对得住云云。经此变乱的专使团诸人姑妄听之而已。乱兵声称：“袁宫保自己要到南京做总统去，不要我们了！我们还是各人抢一点，回老家去！”京中舆论视此为兵变起因。继北京之后，天津、保定等地也相继发生兵变。外国列强借口护卫使馆和侨民，拟议调兵入京，更无异火上浇油。面对如此局面，蔡元培及专使团承受的压力之大，可以想见。几经磋商之后，蔡致电孙中山，认为：“速建统一政府，为今日最大问题，余尽可迁就，以定大局。”进而具体建议：取消迎袁南下之议，确定北京为临时政府之地点。同时，推定宋教仁等返宁面商变通办法。这一事态的演变，显然对袁氏集团有利，袁氏甚而乖巧地提议请副总统黎元洪代其赴宁就职。南京方面并无良策可施，最后只得让步。3月10日，袁世凯在北京宣誓就任临时大总统，蔡元培代表南方接受誓词，并致祝贺。此刻，他的使命已戏剧性地发生了改变。
迎袁失败，表面上的责任在蔡元培一行人。以往史家责其“胆量不足”，“为袁所欺”，大多着眼于当事人的政治素质。不必讳言，书生气十足的蔡元培出任艰巨，与历尽波凶浪险的政界高手袁世凯相周旋，居于下风当在意料之中。问题在于，促袁南下就职这一决策究竟有多大的可行性。辛亥之后，政体变更，国基未稳，袁世凯的北洋系占居北方军政重心，牵毫发而动全身。促袁南下隐含国都南迁之义，如此重大举动急骤行之，显然有失草率。京、津一带兵变，固然不排除袁氏施用伎俩的因素，但北方既得利益集团抵制军政重心转移的社会心理也有其作用。政治较量的成功，取决于军事、财政、社会等多种实力要素构成的综合优势。孙中山领导的南京政府作为新兴的政治力量，与袁世凯所代表的传统势力相比，还过于稚嫩、弱小，几经交手，均为输家。蔡元培迎袁不果，可谓南方一系列失败中的一例。
专使团离京之前，受命筹组南北统一政府的唐绍仪拟议一内阁名单，蔡元培仍名列其中，主管教育，蔡极力辞却，遂改为范源濂。外界不明，乃传言：蔡迎袁无效受惩而被削职。此说一出，涉及南北关系，孙中山、唐绍仪等力主其留任，蔡亦不便再辞。唐绍仪内阁由南北两方面人员混合组成，十名阁员，双方各居其五。同盟会方面除蔡外，尚有王宠惠、宋教仁、王正廷，分主司法、农林、工商各部。唐本人与袁世凯有二十年的交谊，曾任南北议和的北方代表，前不久，由谋客赵凤昌提议，经孙中山、黄兴赞同，加入了同盟会，成为兼顾南北的特殊人物。内阁中的外交、陆军、内政、财政、交通五部则由袁派大员分任。置身于这样一个政府之内，蔡元培充分体验了民国初年政治风云中专制与共和的矛盾冲突。他信守自由民主的价值观念，原以为创建民国之后，共和政治即成为现实，依法履行公务的政府应当有所建树。然而，袁世凯作为总统却蔑视《临时约法》规定的责任内阁制，独揽大权，专断行事。内阁中的袁派成员，事无巨细，惟袁命是从；南方阁员欲有所为，却受多方掣肘。遇事认真的蔡元培在内阁会议上不免常与段祺瑞、熊希龄等袁派阁员发生争执，但收效甚微。总理唐绍仪力持责任内阁制，亦遭袁氏疑忌，接连受到诋毁。深深的失望，使蔡元培感到，与其“任此伴食之阁员”，不如高蹈远引。于是约集同盟会阁员，对他们说：“目前情形，政府中显分两派，互相牵制，无一事可以进行。若欲排斥袁派，使吾党同志握有实权，量力审时，决无希望。不如我辈尽行退出，使袁派组成清一色的政府，免使我辈为人分谤，同归于尽。”宋教仁对此主张不甚赞同，但面对内阁现状亦无可如何，乃相约：遇适当机会，一齐辞职。
不久，唐绍仪与袁世凯就直隶总督人选发生尖锐对立。唐组阁时，孙中山提出由王芝祥任直隶总督，唐商之于袁，并无反对表示。然时日迁延，此项任命迟迟不见发表。唐催促再三，岂料袁氏另有安排，直督一职委于心腹冯国璋，王芝祥改派他职。唐坚执原议，袁则将未经总理副署的委任状迳自颁发。唐愤而出走天津，随后辞职。蔡元培等同盟会四阁员践行前约，连带辞职。袁氏设法挽留，其亲信梁士诒奔走游说，力劝四人取消辞意。宋教仁对公开与袁抗争有所保留，但蔡元培援引前约，执意共同退出政府。他在7月10日起草的致继任总理陆征祥的四阁员联名辞职函中毅然宣布，到部视事以14日为截止期限。这样，袁世凯只得准予辞职。蔡等此举，被某些人视为“闹党见而不顾及国家”。为此，蔡元培发表《答客问》，陈述原委，辨析是非。其实，蔡元培真诚追求民主政治，极愿在共和制的政党内阁中为国家开创一个新格局，可是理想与现实之间相距甚远，厕身于“无方针无线索”之政府中，“机关停滞，万事丛脞”，在袁氏的集权高压之下，不过“充纸糊台阁之片断”而已，于国家前途毫无裨益可言。所以，他申明：“吾党不必无执拗粗暴之失德，而决无敷衍依阿之恶习。”显示出为了理想和人格，决不与污浊的现实共浮沉的高洁气度，因而被颇具识见的新闻界人士赞许为“同盟会第一流人物”。
7月底，蔡元培离京南返上海。十余日后，武昌起义领导人张振武及方维二人未经审判即被袁世凯杀害。随后，中国社会党首领江亢虎又在汉口被无理拘捕。此类破坏法律、蹂躏人权的事件，与共和政体极不相容。蔡元培与吴稚晖等十余人发起组织法律维持会，致电参议院，要求追究当局的法律责任。然而，民国成立以来的风风雨雨使蔡元培对于辛亥革命的实际意义有了比较客观的认识。他在致蒋维乔的信中写道：“此次革命，实专属民族问题，于政治上排去满洲亲贵之权力而已。清代汉官之流行病，本未曾动，望其一时焕然更新，谈何容易。惟乘此波动之机会，于各种官僚社会中，已挤入新分子，将来竞争之结果，必新胜而旧败。”冷静的思考，切身的体验，并没有磨蚀掉他笃守进化公理的信念，而可行的方法是在民族革命后进行社会改良。可以说，这是他辛亥之后选择的政治路径。闲居沪上，冷眼观察国内时局，他料想到政治上的纠纷正方兴未艾，自己一介书生亦难有作为，不如仍往德国，继续深造。9月，即携眷赴德，仍进莱比锡大学听课与研究。翌年三月，国民党领导人宋教仁在上海遇刺身亡。“宋案”调查结果显示，袁世凯及其党羽正是这一政治谋杀的指使人。孙中山力主与袁世凯决裂，遂招请海外同志归国。蔡元培接到陈英士催促其返沪的电报后，迅即与汪精卫经西伯利亚回国，于6月初返抵上海。此后的三个月，他经历了“二次革命”从酝酿、发动到失败的全过程。
到达上海当天，蔡元培便到爱文义路100号访孙中山和黄兴，筹商对策。孙中山主张兴师讨袁，黄兴则鉴于兵力不足，倾向通过法律解决争端。蔡元培的态度如何呢？6月8日他在国民党上海交通部的演说足以反映其主张，他说：“吾党革命，本为大多数人民谋幸福，今仍当体察大多数人民之心理。现多数人民不主极端进取……吾党只须以坚忍之决心，持稳健之步调，誓死缔造真正共和，则多数国民，必表同情，吾党自有战胜之一日。吾同志诸公，处此危疑艰险之日，惟有运静细之心思，蓄坚实之力量，采取舆情，以维持大局，则民国幸甚。”不难看出，蔡元培注重民意，强调稳健，不赞同军事冒险，企望从长计议。这一立场与孙中山不同。因此，当张謇、赵凤昌等约请他和汪精卫往谈，声称北京方面愿意与黄兴探讨妥协办法之时，他曾积极奔走赵黄之间，磋商条件，希望和平解决南北之争。当然，对于军事抗争，蔡亦并非完全放弃。激烈主战的李烈钧欲赴南京劝说精锐之部第八师起事，因该师旅长王用功曾为爱国学社成员，乃请蔡同行，以便洽谈。蔡亦曾与之前往，无奈高级军官反应持重，只得废然而返。7月中旬湖口起兵“讨袁”之后，南京等地纷起响应，蔡再次赴宁，为已参加起兵的第八师起草反袁通电。“二次革命”进行期间，蔡元培与吴稚晖、张继等在上海编印《公论晚报》，并在《民立报》撰文，投身反袁斗争。他还与唐绍仪、汪精卫联名致电袁世凯，要求其“宣布辞职，以塞扰攘”。国民党在南方各省的军事行动不久即相继失败，孙中山、黄兴等人流亡海外，革命进入低谷时期。
9月，又是秋风乍起之时，蔡元培与吴稚晖各自挈妇将雏，踏入日本邮船“北野丸”的三等舱，离开上海，驶向海天万里之外的欧洲大陆。
