第二节 学界泰斗
南京国民政府的建立，全国形式上的政治统一，为国民党内热心教育改革和文化建设的有志之士提供了施展其抱负的现实可能。蔡元培即是这部分人的突出代表。多年来，魂牵梦绕的“教育独立”构想终于获得了一次全面试行的机会，而系统发展中国科学事业的宿愿，显然也到了付诸实行的阶段。他的这种主观判断，颇为激奋地促使他投身南京政府初期的一系列重要活动。很明显，蔡元培指望政治上的变动会有助于教育文化上的更新。正如人们所评论的那样：“蔡先生之进于庙堂，是为了实行他的主张。”
在南京政府成立不到两个月的时间里，蔡元培以中央教育行政委员会委员的身份，先后领衔提出设立大学院和推行大学区的改革措施。早先成立于广东南方政府时期的中央教育行政委员会，在全国性政权创建之后，只能作为一个临时性过渡机构，按照政府体制，应当设立教育部。但是，蔡元培等人“筹议再三，以为近来官僚化之教育部，实有改革之必要”。于是，他们创设了大学院，作为管理全国学术及教育行政的最高机关。何以要舍弃人们熟知的教育部之名而代之以国人生疏的大学院呢？蔡等人的考虑是：民国建立后的“十余年来，教育部处于北京腐败空气之中，受其他各部之熏染；长部者又时有不知学术教育为何物而专骛营私植党之人，声应气求，积渐腐化，遂使教育部名词与腐化官僚亦为密切之联想”。欲改官僚化为学术化，莫若改教育部为大学院。从表面上看，此举只不过做了名称上的变动而已，然而，其内中所孕含的深义却颇堪玩味。北洋政府教育部在全国学界留下的腐败形象确实应予清除，一个新兴的全国性政权在某一领域推出革故鼎新举措亦在情理之中。问题在于，大学院标榜学术化，而反对官僚化，其内部建制中的大学委员会，纯然由学术权威组成，负责“议决全国学术教育上一切重要问题”，这便使大学院从一般政府职能部门中游离出来，具有了一定的自主性，而强烈地表现出教育独立的倾向。大学院全称“中华民国大学院”，而不称国民政府大学院，这在当时就产生诸多议论，甚至被指为欲独立于政府之外。蔡元培的本意，是希望从体制上将教育完全交予教育家管理，减少非学术性因素的支配作用。
与创设大学院相并行的是试行大学区制。这一取自法国的教育行政制度，是将全国划分若干大学区，通常以省为单位，区内各级教育全部委诸作为教育学术中心的大学校负责，其校长综理大学区内全部教育行政。以大学区为教育行政单元，这便取代了各省和区的教育厅、局，使从事教育的学者直接管理地方教育，排除了政治官员涉足学界的弊端。蔡元培等人认为，先前“一般教育之行政机关，薄书而外，几无他事。其所恃以为判断之标准者，法令成例而已，不问学术根据为如何。于是而与学术最相关之教育事业，亦且与学术相分离，岂不可惜！”。因此，他们设想通过大学区内组建的评议会和研究院，突出体现“以学术化代替官僚化”的宗旨，从教育体制上改变“吾国年来大学教育之纷乱与一般教育之不振”的状况。仿行法国的大学区制，是蔡元培多年来执着追寻的一个梦想，在他看来，这样做不仅使教育独立能够成为现实，而且会大大促进各省高等教育的发展，为学术和教育的振兴注入活力。
在触及从中央到地方的教育改革问题上，蔡元培与李石曾、吴稚晖，甚至张静江，均采取了一致的积极主动立场，从而使国民党的中央政治会议于1927年6月先后通过了他们提出的呈文和议案，同时，任命蔡元培为大学院院长，并且决定首先在江苏、浙江两省试办大学区。时隔十五年，蔡元培再次出掌全国学政，并且肩负着较之1912年的改革似乎更为艰巨的重任，因为那次改革主要是适应政治上的更新，而此次变更教育行政制度，则是谋求从根本上解决多年来困扰中国教育的机制性问题，这不仅要涉及人们的观念和习惯，还将冲击乃至打乱社会政治肌体的平衡。对于年逾花甲的老教育家来说，此番“出山”，是实现其生平理想的最后一次尝试。
同年10月，蔡元培在南京正式就任大学院院长。他随即提出“使教育科学化、劳动化、艺术化”的主张，以作为制定教育方针的基本内容。他具体阐释道：“一、提倡科学教育，一方面从事科学上高深之研究，一方面推广民众的科学训练，俾科学方法得为国内一般社会所运用；二、养成全国人民劳动的习惯，使劳心者亦出其力以分工农之劳，而劳力者亦可减少工作时间，而得研求学识机会，人人皆须致力于生产事业，人人皆得领略优美的文化；三、提起全国人民对于艺术的兴趣，以养成高尚、纯洁、舍己为群之思想。”应当说，这是一个颇为全面而又理想化的教育方针，其中既强调了科学的提高，也十分明确地提出要使科学方法普及于国人；而关于劳动化的解释，则再一次反映出蔡的教育平等思想和“泛劳动”的观念，这是他所企望的理想社会；至于艺术化，则是其美育主张的扩展和继续。这个教育方针的框架，基本上是属于“纯教育型”的，尚未参杂当时的“党化”色彩。在大学院，蔡元培力谋教育经费得到充分保障，他深知，经费支绌，再好的教育计划亦无从落实。为此，他曾筹备教育银行，指拨各项附税，充作基金，预为教育事业之用。12月，他与孙科联名向国民政府提出《教育经费独立案》，拟请“通令全国财政机关，嗣后所有各省学校专款，及各种教育附税，暨一切教育收入，永远悉数拨归教育机关保管，实行教育会计独立制度，不准丝毫拖欠，亦不准擅自截留挪用……如此，则教育经费与军政经费完全划分，经济公开，金融巩固，全国教育永无废弛停顿之虞”。这项议案，虽然在国民政府第十六次会议上获得通过，但几个月后，随着“财政统一”措施的推行，教育经费问题又陷入“有待讨论”的境地。
蔡元培主持大学院，为时仅仅十个月。这期间，大学院在南京举行了全国教育会议，与会的各方代表和专家八十余人，审议议案近四百件，内容广泛涉及各级各类教育的重要问题，这对于国民政府时期各项教育法规和条例的制定具有直接影响。在会上，蔡元培重申了“教育科学化、劳动化、艺术化”的主张，强调此三项乃“今后亟须努力进行者”。大学院先后在上海和杭州创办了劳动大学、音乐院和西湖艺术院，这三所高等院校的建立，具体体现了蔡的教育主张。同时，大学院还分别通令全国：废止春秋祀孔的旧典；并在中小学校倡行语体文。废止把孔之举，曾在社会上引起不小的反响，一些保守人士痛诋这项决定，尽管如此，坐落于广大城乡的孔庙还是终于丧失了其本来的功用，孔夫子的威灵在经历了“五四”冲击波之后，看来确实是气数已尽。在破除独尊孔子的问题上，蔡元培的确做到了前后一贯，义无反顾。此外，大学院还设置了特约著作员，聘请国内在学术上贡献突出而无职务收入者担任，听其自由著作，每月致送补助费。吴稚晖、李石曾、鲁迅、刘海粟等均曾受聘。实质上，这是蔡元培对知名学人给予特别资助的一种独有方式。
作为新式的教育行政管理机构，大学院在创设之初，仅下设秘书处和教育行政处。蔡元培力主简化内部组织，提高办事效能。然而，随着实际工作的展开，这种状况反而有碍于高效率的管理，遂先后两次修改大学院组织法。一方面扩充职能机构，实行对口管理，另一方面增设一名副院长，主持日常事务。这样一来，大学院的内部机构设置便颇近似于以往的教育部。原先，对大学院持怀疑态度的人，即以大学院不伦不类为口实，提出恢复教育部，以求与国民政府其他各部相一致。教育界的一些人士亦对大学区制易于忽略普通教育提出反对意见，而实际工作中出现的混乱更增加了反对大学院和大学区制的声浪。尤其是在试行大学区制的中央大学区（江苏）内，问题和矛盾十分突出，在很大程度上非但未能实现教育行政的学术化，反而助长了官僚化的恶性蔓延，因而招致教育界的极大不满。蔡元培显然承受着很大的压力，他曾利用不同场合，说明“大学院本为一草创之新组织，无日不在试验之中”，而大学区制的试行更须逐步见效。但是，来自国民党内和教育界的反对意见颇为尖锐，蔡作为发起者处于被动境地。1928年8月，国民党五中全会依据孙中山《建国大纲》确立了政治体制，其中包括在行政院设立教育部。这样，大学院的取消便只是个时间问题。就在此时，蔡元培和李石曾这两位积极倡行大学区制的教育界耆宿，在北平大学区问题上发生意见分歧，蔡的主张未被多数人采纳。在此情况下，蔡于8月17日提出辞去大学院院长等本兼各职。10月，大学院被恢复为教育部，一年之后，大学区制的试验亦以失败而告终。
蔡元培鉴于北洋政府时期官僚化的教育部扰乱学界事务、阻碍学术发展的种种弊端，认为，只有使教育从政治中分离出来，获得独立地位，才能顺利发展。他确信，法国的大学区制是实现教育独立的最佳方案，故而，以国民政府的建立为契机，急切地实施了这项改革。这一举措，实质上是对中国集权政治的某种挑战。可是，在法国行之有效的良好制度移植华夏之后，竟弊窦百出，顿成众矢之的，确乎使蔡元培大为意外。问题出在他以理想色彩浓重的良好愿望在中国这块古老的土地上嫁接法国大革命之后结出累累果实的根苗，不同的社会物候必然产生大相径庭的结果。蔡氏一生，为理想所驱动，其成功在此，其失败亦在此。令人感兴趣的是，蔡元培等人的大胆改革之举，何以顺利地为国民党核心集团所允准？看看这一改革试验施行的时间，便不难找到答案。蔡于1928年4月发表关于大学院组织问题的谈话时提道：“当时国民政府方以全力应付军事，于对教育事业，尚无具体计划。”因此，当蔡与李石曾、吴稚晖等元老提议试行大学区制时，未遇任何阻力。一年之后，军事行动大体结束，而改革试验则步履维艰，国民政府进入正轨运转，教育界的“独往独来”局面随即终止。可见，蔡元培等人推行的大学区制只是特殊历史时期的一次有限的局部试验。教育和学术自有其发展的客观法则，但毕竟仍属社会的有机部分，很难设想它能够真正摆脱政治而独立。不过，减少不合理的行政干预，使教育和学术在宽松的氛围中健康发展，是“五四”以来觉悟了的中国知识界的共同追求。正是在这一点上，蔡元培的努力深刻反映了一种正当的社会心理，尽管他所选取的欧洲方案未必行得通，但人们理解这一尝试背后的拳拳之心。
离开大学院之后，蔡元培没有再直接参与教育行政，他表示，“愿以余生，专研学术”，从此，中央研究院成为这位老人唯一的事业寄托。作为中国有史以来的最高学术研究机关，中央研究院是遵照孙中山的遗愿于1928年创办的，蔡元培负责筹备建院，并出任院长。该院最初归属大学院，后直接隶属国民政府。蔡元培一生中大部分经历是从事教育，而晚年转而倾注全部精力培育和扩展科学研究事业，这一选择，并非偶然。
在向西方学习的过程中，蔡元培深深服膺欧洲文化中的科学精神，他认定，“现代文化，基于科学”。正是在科学技术迅速发展的前提下，近代文明才得以产生。反观中国，令他痛心疾首的是：“我们的教育至少两千年来没有面向更高的科学教育，而却是用完美的品质去塑造人，赋予他一种文学素养而已。”尽管中国古代也曾出现一些伟大的科技发明，但在强大的儒家正统文化居于至尊地位的情况下，只能听任其自生自灭，由墨子而萌发的科学精神始终难以形成强劲的文化传统。虽然，在清代中期，朴学大师们颇为表现出严谨的科学态度，但这少得可怜的科学成分与国计民生相去甚远，在实际社会生活中难成风气。回首中国的近代化历程，蔡元培指出：“我国输入欧化，六十年矣。始而造兵，继而练军，继而变法，最后乃始知教育之必要，其言教育也，始而专门技术，继而普通学校，最后乃始知纯粹科学之必要。”正是基于这些认识，他反复强调：“欲救我国之沦胥，必以提倡科学为关键。”“欲救中国于萎靡不振中，惟有力倡科学化。”他确信，“我国科学智识之落后，绝非国人智慧之后人”，只要我们“一改空谈之旧习，致力于实际探讨”，国家前途就有希望。具有蔡元培这种认识和信念的人，在那个时代决非少数。然而，像蔡那样如此虔诚地尊崇科学的价值，为提高国人的科学素养而数十年不懈地进行韧性的努力，则至少在他那一辈人中间显得十分难得。不论是在民元教育部，还是主持北京大学，他都高度重视科学教育，对诸如科学社、中华学艺社等科学团体也尽全力予以赞助，扶掖其发展。在大学院，他更是明确地将“科学化”列为教育宗旨之首，主张大力“实行科学的研究与普及科学的方法”。这位毕生致力中西文化融合的学界巨子，曾语重心长地告诫国人：“欧化优点即在事事以科学为基础；生活的改良，社会的改造，甚而至于艺术的创作，无不随科学的进步而进步。故我国不言新文化就罢了，果要发展新文化，尤不可不于科学的发展特别注意呵！”由此可知，蔡元培晚年专心供职中央研究院，与他的理想和追求大有关系。
国立中央研究院，系“中华民国最高学术研究机关”，其职责为“实行科学研究，并指导、联络、奖励全国研究事业”。按照蔡元培的说明，该院乃“综合先进国之中央研究院、国家学会及全国研究会议各种意义而成……其组织分行政、研究、评议三部，而研究为其中坚”。到1929年初，中研院先后建立了物理、化学、地质、天文、气象、动植物、心理、工程、历史语言、社会科学等十个研究所，分布于南京、上海、北平等地。担任这些研究所所长职务的，均为在各学科领域具有高深造诣的科学家和学者，诸如丁燮林、庄长恭、李四光、余青松、竺可桢、王家楫、汪敬熙、周仁、傅斯年、陶孟和等。据1931年的统计：中研院的专职研究人员约为170人，其中研究员50人，助理研究员120人。此外，兼职或特约研究员尚有49人。可以说，中研院的科研阵容达到了前所未有的规模，而且确实做到了极一时之选。许多知名学者都曾先后在这一研究机构任职，如翁文灏、涂长望、严济慈、胡刚复、吴有训、陈遵妫、伍献文、唐弢、赵元任、王小徐、陈垣、李济、王云五、陈寅恪、林语堂、周鲠生、杨端六、陈翰笙、吴定良等。中央研究院的总办事处设在南京，同时设有上海办事处，行政人员总计二十余人，全院行政事务由总干事负责。在蔡元培主持中央研究院期间，先后担任或代理总干事一职的有杨杏佛、丁燮林、丁文江、朱家骅、傅斯年和任鸿隽。其中，以杨杏佛和丁文江二人的成绩最为突出。
杨杏佛早年留学美国，先后在康乃耳大学和哈佛大学攻读机械以及工商经济专业，曾与任鸿隽等共同发起成立中国科学社。大学院成立后，杨担任教育行政处处长，旋即出任副院长，是蔡元培的得力助手。蔡自述：“我在大学院的时候，请杨君杏佛相助。我素来宽容而迂缓，杨君精悍而机警，正可以他之长补我之短。”这种合作关系也带入了中央研究院。中研院草创之时，百事待举，杨协助蔡元培筹划落实，充分展现了他多才多艺，处事干练的管理才能。杨遇刺后，蔡顿失股肱，继而聘请丁文江担任总干事。丁文江早年留学日本和英国，是中国近代地质学的主要开拓者之一，同时又在古生物学、人类学和军事历史等方面有所建树。他曾先后出任北票煤矿总经理和淞沪商埠督办，具有很强的管理能力和决策魄力。在中研院，丁在蔡的全力支持下，组织评议会，成立基金保管委员会，制定各研究所预算标准，为该院日后的发展做了必要的基础工作。尤其是组建中研院评议会，意义甚大。由于种种复杂的关系，中研院创立之后，拟议中的评议会迟迟难以组成，延宕七八年之久。丁文江到院后，广泛与各方协商，拟订条例，在不长的时间内即组织起全面代表国内各类研究机构和高等学校的评议会，使之成为全国学术机关的联席会议，十分有利于学术联络和合作，也大大拓展了中研院的工作范围，增强了其权威性。与此同时，丁还针对中研院的实际情况提议将研究工作分为三类：即：一、属于常规或永久性质的研究，如天文、气象、地质等；二、利用科学方法研究本国的原料及生产，以解决各种实业问题；三、纯粹科学研究及与文化有关的历史、语言、人种和考古学。这种分类，使科研工作层次清晰，易于管理，并具有广泛的适应性。蔡元培对丁文江的工作予以高度评价，称其“为本院定百年大计”，值得“特笔大书”。
那么，在精英荟萃、群龙聚首的中央研究院，蔡元培如何实施领导以发挥其各自的特长呢？翁文灏曾作过一段全面的记述：“蔡先生主持中央研究院的主要办法，是挑选纯正有为的学者做各研究所的所长，用有科学知识并有领导能力的人做总干事，延聘科学人才，推进研究工作。他自身则因德望素孚，人心悦服，天然成为全院的中心。不过他只总持大体不务琐屑干涉，所以总干事、各所长以及干部人员，均能行其应有职权，发挥所长。对于学术研究，蔡先生更充分尊重各学者的意见，使其自行发扬，以寻求真理。因此种种，所以中央研究院虽然经费并不甚多，却能于短时期内，得到若干引起世界学者注目的成绩。”事实确实如此，蔡元培领导中央研究院，奉行的是人才主义和学术自由，以及理论性科研与应用性科研相互兼顾的办院方针。创建全国最高学术研究机构，蔡尽力网罗一流科学人才，只要学术造诣深厚，胜任研究工作，便不顾及其学派门户和政治倾向，充分予以任用和尊重。同时，倡导科学研究的自由精神，实行西方通行的“学院的自由”，即在保证重点研究项目的同时，充分尊重研究者在合理范围内凭自己的兴趣与见解选择和决定研究方向、研究项目，而不受他人的限制。因为“学院自由，正是学术进步之基础”。上述做法，与蔡在北京大学的实践可谓一脉相承。进行专业性科学研究，往往容易在处理理论性研究与应用性研究问题上产生偏差。蔡主持制订的《中央研究院进行工作大纲》中强调：“纯粹科学研究之结果，因多为应用科学之基础，而应用科学之致力亦每为纯粹科学提示问题，兼供给工具之方便。故此，二事必兼顾然后兼得，若偏废或竟成遍废。”这就为在中国开展有组织的系统学术研究确立了正确的指导原则。
然而，在当时的社会历史条件下，组织和进行具有一定规模的科学研究工作谈何容易！姑且不论由于科学落后、基础薄弱而面临的困难，以及来自传统观念和落后势力的阻力，即以经费来说，便使蔡元培焦思苦虑，举步维艰。1929年7月，中研院正式创建已经一年，但“并未领有建筑费及设备费。各研究所及图书馆、博物馆筹备处，均于每月经常费中提出大部分，以供设备之需”。草创阶段的这个“全国最高学术研究机关”，只能就现有经费“截长补短，逐渐布置”。国民政府规定，每月由财政部门拨付10万元，作为中研院经常费用，但实际上由于连年内战，耗费巨资，经费拖欠严重。1930年10月，蔡元培在院务报告中抱怨道：“本院经费经常支绌。以经常费数目而论，用之办理一二研究所，尚嫌不足，现本院已成立之研究所、处、馆等计有十一处之多，虽平时尽量从事节省，而欲求计划之实现，颇感困难。”这种状况，显然大大限制了中研院工作的全面展开。但同时，愈加展现出蔡元培为发展中国科学事业所付出的巨大努力。他以“非求速成，而常精进”之语恳切勉励院中同仁在艰难时世中创造一番业绩。同时，他利用自己在国民党政权中的影响，尽力为中研院创造一个适宜的发展环境。
从20年代末到30年代中期，国立中央研究院逐渐完善，在短短数年之内形成了一定的学术规模，并在天文、气象、地质和考古发掘领域取得可观成绩。其中，南京紫金山天文台的建立，全国范围内地层结构和矿物资源的调查，以及对河南安阳小屯殷墟遗址的发掘，都具有十分重要的意义。比之具体的研究成果更为重要的是，蔡元培主持的中央研究院，为中国形成独立的科学研究体系初步奠定了根基，相当一批科学技术研究人才得以组织起来，从事专业性学术工作，发挥其特长，这便造就了一个对于科技落后的中国来说弥足珍贵的科技群体。五四新文化运动中大力提倡的“赛先生”（科学）终于在这个东方古国有了安身立命的固定场地。自19世纪末叶以来，中国人一味译介转述西方科学成果的状况，到中研院独自进行研究工作时，方告结束。不论中央研究院曾怎样受到时局因素的影响和制约，它的成立及其工作，都是中国“五四”以来新文化建设的一桩大事，它在中国学术发展史上所具有的转折性意义以及对知识价值的更新作用均是不可低估的。如果说，蔡元培改革北京大学，开创了“学术至上”、自由竞争的一代风气，那么，他所主持的中央研究院则为学术科学化进程打通了道路。
在领导国立中央研究院的同时，蔡元培还兼任了与学术文化有关的许多或属名誉或系实质的职务。1929年始，他被选为中华教育文化基金董事会的董事长，主持管理和支用美国退还的庚子赔款。运用这笔款项，他一意扶持科学研究事业和各项文化教育设施，并资助了众多有志于科学技术的莘莘学子。他还分别兼任国立北平图书馆长、故宫博物院理事长、全国国语教育促进会会长等职。众多的学术教育文化方面的兼职，说明了蔡元培在中国学界所受到的高度尊敬和推崇。1935年秋天，蒋梦麟、胡适、丁燮林、王星拱、赵太侔、罗家伦等人，提议集资为蔡元培营造一处住宅，作为庆祝他七十寿辰的献礼。此举立即得到数百人的热烈响应。蒋、胡等人联名致函蔡称：“我们知道先生为国家、为学术劳瘁了一生，至今还没有一所房屋，所以不但全家租人家的房子住，就是书籍也还分散在北平、南京、上海、杭州各地，没有一个归拢庋藏的地方。因此，我们商定这回献给先生的寿礼，是先生此时最缺少的一所可以住家、藏书的房屋……我们希望先生把这所大家献奉的房屋，用作颐养、著作的地方；同时，这也可以看作社会的一座公共纪念坊，因为这是几百个公民用来纪念他们最敬爱的一个公民的。”1936年元旦，蔡元培回复了一封词意恳切的信，内谓：“诸君子的用意，在对于一个尽忠于国家和文化而不及其私的公民作一种纪念。抽象的讲起来，这种对于公而忘私的奖励，在元培也是极端赞成的。但现在竟以这种奖励加诸元培，在元培能居之不疑么？但使元培以未能自信的缘故，而决然谢绝，使诸君子善善从长的美意，无所藉以表现；不但难逃矫情的责备，而且于赞成奖励之本意，也不免有点冲突。元培现愿为商君时代的徙木者，为燕昭王时代的骏骨，谨拜领诸君子的厚赐，誓以余年益尽力于对国家对文化的义务；并勉励子孙：永远铭感，且勉为公而忘私的人物，以报答诸君子的厚意。”
赠屋祝寿，堪称美谈。建屋计划虽因中日战事而流产，但人们心中已筑成的“公共纪念坊”，将会铭记这位近代中国学术建设的大师所立下的不世之功。
§§第六章 著述概观
在南京政府成立不到两个月的时间里，蔡元培以中央教育行政委员会委员的身份，先后领衔提出设立大学院和推行大学区的改革措施。早先成立于广东南方政府时期的中央教育行政委员会，在全国性政权创建之后，只能作为一个临时性过渡机构，按照政府体制，应当设立教育部。但是，蔡元培等人“筹议再三，以为近来官僚化之教育部，实有改革之必要”。于是，他们创设了大学院，作为管理全国学术及教育行政的最高机关。何以要舍弃人们熟知的教育部之名而代之以国人生疏的大学院呢？蔡等人的考虑是：民国建立后的“十余年来，教育部处于北京腐败空气之中，受其他各部之熏染；长部者又时有不知学术教育为何物而专骛营私植党之人，声应气求，积渐腐化，遂使教育部名词与腐化官僚亦为密切之联想”。欲改官僚化为学术化，莫若改教育部为大学院。从表面上看，此举只不过做了名称上的变动而已，然而，其内中所孕含的深义却颇堪玩味。北洋政府教育部在全国学界留下的腐败形象确实应予清除，一个新兴的全国性政权在某一领域推出革故鼎新举措亦在情理之中。问题在于，大学院标榜学术化，而反对官僚化，其内部建制中的大学委员会，纯然由学术权威组成，负责“议决全国学术教育上一切重要问题”，这便使大学院从一般政府职能部门中游离出来，具有了一定的自主性，而强烈地表现出教育独立的倾向。大学院全称“中华民国大学院”，而不称国民政府大学院，这在当时就产生诸多议论，甚至被指为欲独立于政府之外。蔡元培的本意，是希望从体制上将教育完全交予教育家管理，减少非学术性因素的支配作用。
与创设大学院相并行的是试行大学区制。这一取自法国的教育行政制度，是将全国划分若干大学区，通常以省为单位，区内各级教育全部委诸作为教育学术中心的大学校负责，其校长综理大学区内全部教育行政。以大学区为教育行政单元，这便取代了各省和区的教育厅、局，使从事教育的学者直接管理地方教育，排除了政治官员涉足学界的弊端。蔡元培等人认为，先前“一般教育之行政机关，薄书而外，几无他事。其所恃以为判断之标准者，法令成例而已，不问学术根据为如何。于是而与学术最相关之教育事业，亦且与学术相分离，岂不可惜！”。因此，他们设想通过大学区内组建的评议会和研究院，突出体现“以学术化代替官僚化”的宗旨，从教育体制上改变“吾国年来大学教育之纷乱与一般教育之不振”的状况。仿行法国的大学区制，是蔡元培多年来执着追寻的一个梦想，在他看来，这样做不仅使教育独立能够成为现实，而且会大大促进各省高等教育的发展，为学术和教育的振兴注入活力。
在触及从中央到地方的教育改革问题上，蔡元培与李石曾、吴稚晖，甚至张静江，均采取了一致的积极主动立场，从而使国民党的中央政治会议于1927年6月先后通过了他们提出的呈文和议案，同时，任命蔡元培为大学院院长，并且决定首先在江苏、浙江两省试办大学区。时隔十五年，蔡元培再次出掌全国学政，并且肩负着较之1912年的改革似乎更为艰巨的重任，因为那次改革主要是适应政治上的更新，而此次变更教育行政制度，则是谋求从根本上解决多年来困扰中国教育的机制性问题，这不仅要涉及人们的观念和习惯，还将冲击乃至打乱社会政治肌体的平衡。对于年逾花甲的老教育家来说，此番“出山”，是实现其生平理想的最后一次尝试。
同年10月，蔡元培在南京正式就任大学院院长。他随即提出“使教育科学化、劳动化、艺术化”的主张，以作为制定教育方针的基本内容。他具体阐释道：“一、提倡科学教育，一方面从事科学上高深之研究，一方面推广民众的科学训练，俾科学方法得为国内一般社会所运用；二、养成全国人民劳动的习惯，使劳心者亦出其力以分工农之劳，而劳力者亦可减少工作时间，而得研求学识机会，人人皆须致力于生产事业，人人皆得领略优美的文化；三、提起全国人民对于艺术的兴趣，以养成高尚、纯洁、舍己为群之思想。”应当说，这是一个颇为全面而又理想化的教育方针，其中既强调了科学的提高，也十分明确地提出要使科学方法普及于国人；而关于劳动化的解释，则再一次反映出蔡的教育平等思想和“泛劳动”的观念，这是他所企望的理想社会；至于艺术化，则是其美育主张的扩展和继续。这个教育方针的框架，基本上是属于“纯教育型”的，尚未参杂当时的“党化”色彩。在大学院，蔡元培力谋教育经费得到充分保障，他深知，经费支绌，再好的教育计划亦无从落实。为此，他曾筹备教育银行，指拨各项附税，充作基金，预为教育事业之用。12月，他与孙科联名向国民政府提出《教育经费独立案》，拟请“通令全国财政机关，嗣后所有各省学校专款，及各种教育附税，暨一切教育收入，永远悉数拨归教育机关保管，实行教育会计独立制度，不准丝毫拖欠，亦不准擅自截留挪用……如此，则教育经费与军政经费完全划分，经济公开，金融巩固，全国教育永无废弛停顿之虞”。这项议案，虽然在国民政府第十六次会议上获得通过，但几个月后，随着“财政统一”措施的推行，教育经费问题又陷入“有待讨论”的境地。
蔡元培主持大学院，为时仅仅十个月。这期间，大学院在南京举行了全国教育会议，与会的各方代表和专家八十余人，审议议案近四百件，内容广泛涉及各级各类教育的重要问题，这对于国民政府时期各项教育法规和条例的制定具有直接影响。在会上，蔡元培重申了“教育科学化、劳动化、艺术化”的主张，强调此三项乃“今后亟须努力进行者”。大学院先后在上海和杭州创办了劳动大学、音乐院和西湖艺术院，这三所高等院校的建立，具体体现了蔡的教育主张。同时，大学院还分别通令全国：废止春秋祀孔的旧典；并在中小学校倡行语体文。废止把孔之举，曾在社会上引起不小的反响，一些保守人士痛诋这项决定，尽管如此，坐落于广大城乡的孔庙还是终于丧失了其本来的功用，孔夫子的威灵在经历了“五四”冲击波之后，看来确实是气数已尽。在破除独尊孔子的问题上，蔡元培的确做到了前后一贯，义无反顾。此外，大学院还设置了特约著作员，聘请国内在学术上贡献突出而无职务收入者担任，听其自由著作，每月致送补助费。吴稚晖、李石曾、鲁迅、刘海粟等均曾受聘。实质上，这是蔡元培对知名学人给予特别资助的一种独有方式。
作为新式的教育行政管理机构，大学院在创设之初，仅下设秘书处和教育行政处。蔡元培力主简化内部组织，提高办事效能。然而，随着实际工作的展开，这种状况反而有碍于高效率的管理，遂先后两次修改大学院组织法。一方面扩充职能机构，实行对口管理，另一方面增设一名副院长，主持日常事务。这样一来，大学院的内部机构设置便颇近似于以往的教育部。原先，对大学院持怀疑态度的人，即以大学院不伦不类为口实，提出恢复教育部，以求与国民政府其他各部相一致。教育界的一些人士亦对大学区制易于忽略普通教育提出反对意见，而实际工作中出现的混乱更增加了反对大学院和大学区制的声浪。尤其是在试行大学区制的中央大学区（江苏）内，问题和矛盾十分突出，在很大程度上非但未能实现教育行政的学术化，反而助长了官僚化的恶性蔓延，因而招致教育界的极大不满。蔡元培显然承受着很大的压力，他曾利用不同场合，说明“大学院本为一草创之新组织，无日不在试验之中”，而大学区制的试行更须逐步见效。但是，来自国民党内和教育界的反对意见颇为尖锐，蔡作为发起者处于被动境地。1928年8月，国民党五中全会依据孙中山《建国大纲》确立了政治体制，其中包括在行政院设立教育部。这样，大学院的取消便只是个时间问题。就在此时，蔡元培和李石曾这两位积极倡行大学区制的教育界耆宿，在北平大学区问题上发生意见分歧，蔡的主张未被多数人采纳。在此情况下，蔡于8月17日提出辞去大学院院长等本兼各职。10月，大学院被恢复为教育部，一年之后，大学区制的试验亦以失败而告终。
蔡元培鉴于北洋政府时期官僚化的教育部扰乱学界事务、阻碍学术发展的种种弊端，认为，只有使教育从政治中分离出来，获得独立地位，才能顺利发展。他确信，法国的大学区制是实现教育独立的最佳方案，故而，以国民政府的建立为契机，急切地实施了这项改革。这一举措，实质上是对中国集权政治的某种挑战。可是，在法国行之有效的良好制度移植华夏之后，竟弊窦百出，顿成众矢之的，确乎使蔡元培大为意外。问题出在他以理想色彩浓重的良好愿望在中国这块古老的土地上嫁接法国大革命之后结出累累果实的根苗，不同的社会物候必然产生大相径庭的结果。蔡氏一生，为理想所驱动，其成功在此，其失败亦在此。令人感兴趣的是，蔡元培等人的大胆改革之举，何以顺利地为国民党核心集团所允准？看看这一改革试验施行的时间，便不难找到答案。蔡于1928年4月发表关于大学院组织问题的谈话时提道：“当时国民政府方以全力应付军事，于对教育事业，尚无具体计划。”因此，当蔡与李石曾、吴稚晖等元老提议试行大学区制时，未遇任何阻力。一年之后，军事行动大体结束，而改革试验则步履维艰，国民政府进入正轨运转，教育界的“独往独来”局面随即终止。可见，蔡元培等人推行的大学区制只是特殊历史时期的一次有限的局部试验。教育和学术自有其发展的客观法则，但毕竟仍属社会的有机部分，很难设想它能够真正摆脱政治而独立。不过，减少不合理的行政干预，使教育和学术在宽松的氛围中健康发展，是“五四”以来觉悟了的中国知识界的共同追求。正是在这一点上，蔡元培的努力深刻反映了一种正当的社会心理，尽管他所选取的欧洲方案未必行得通，但人们理解这一尝试背后的拳拳之心。
离开大学院之后，蔡元培没有再直接参与教育行政，他表示，“愿以余生，专研学术”，从此，中央研究院成为这位老人唯一的事业寄托。作为中国有史以来的最高学术研究机关，中央研究院是遵照孙中山的遗愿于1928年创办的，蔡元培负责筹备建院，并出任院长。该院最初归属大学院，后直接隶属国民政府。蔡元培一生中大部分经历是从事教育，而晚年转而倾注全部精力培育和扩展科学研究事业，这一选择，并非偶然。
在向西方学习的过程中，蔡元培深深服膺欧洲文化中的科学精神，他认定，“现代文化，基于科学”。正是在科学技术迅速发展的前提下，近代文明才得以产生。反观中国，令他痛心疾首的是：“我们的教育至少两千年来没有面向更高的科学教育，而却是用完美的品质去塑造人，赋予他一种文学素养而已。”尽管中国古代也曾出现一些伟大的科技发明，但在强大的儒家正统文化居于至尊地位的情况下，只能听任其自生自灭，由墨子而萌发的科学精神始终难以形成强劲的文化传统。虽然，在清代中期，朴学大师们颇为表现出严谨的科学态度，但这少得可怜的科学成分与国计民生相去甚远，在实际社会生活中难成风气。回首中国的近代化历程，蔡元培指出：“我国输入欧化，六十年矣。始而造兵，继而练军，继而变法，最后乃始知教育之必要，其言教育也，始而专门技术，继而普通学校，最后乃始知纯粹科学之必要。”正是基于这些认识，他反复强调：“欲救我国之沦胥，必以提倡科学为关键。”“欲救中国于萎靡不振中，惟有力倡科学化。”他确信，“我国科学智识之落后，绝非国人智慧之后人”，只要我们“一改空谈之旧习，致力于实际探讨”，国家前途就有希望。具有蔡元培这种认识和信念的人，在那个时代决非少数。然而，像蔡那样如此虔诚地尊崇科学的价值，为提高国人的科学素养而数十年不懈地进行韧性的努力，则至少在他那一辈人中间显得十分难得。不论是在民元教育部，还是主持北京大学，他都高度重视科学教育，对诸如科学社、中华学艺社等科学团体也尽全力予以赞助，扶掖其发展。在大学院，他更是明确地将“科学化”列为教育宗旨之首，主张大力“实行科学的研究与普及科学的方法”。这位毕生致力中西文化融合的学界巨子，曾语重心长地告诫国人：“欧化优点即在事事以科学为基础；生活的改良，社会的改造，甚而至于艺术的创作，无不随科学的进步而进步。故我国不言新文化就罢了，果要发展新文化，尤不可不于科学的发展特别注意呵！”由此可知，蔡元培晚年专心供职中央研究院，与他的理想和追求大有关系。
国立中央研究院，系“中华民国最高学术研究机关”，其职责为“实行科学研究，并指导、联络、奖励全国研究事业”。按照蔡元培的说明，该院乃“综合先进国之中央研究院、国家学会及全国研究会议各种意义而成……其组织分行政、研究、评议三部，而研究为其中坚”。到1929年初，中研院先后建立了物理、化学、地质、天文、气象、动植物、心理、工程、历史语言、社会科学等十个研究所，分布于南京、上海、北平等地。担任这些研究所所长职务的，均为在各学科领域具有高深造诣的科学家和学者，诸如丁燮林、庄长恭、李四光、余青松、竺可桢、王家楫、汪敬熙、周仁、傅斯年、陶孟和等。据1931年的统计：中研院的专职研究人员约为170人，其中研究员50人，助理研究员120人。此外，兼职或特约研究员尚有49人。可以说，中研院的科研阵容达到了前所未有的规模，而且确实做到了极一时之选。许多知名学者都曾先后在这一研究机构任职，如翁文灏、涂长望、严济慈、胡刚复、吴有训、陈遵妫、伍献文、唐弢、赵元任、王小徐、陈垣、李济、王云五、陈寅恪、林语堂、周鲠生、杨端六、陈翰笙、吴定良等。中央研究院的总办事处设在南京，同时设有上海办事处，行政人员总计二十余人，全院行政事务由总干事负责。在蔡元培主持中央研究院期间，先后担任或代理总干事一职的有杨杏佛、丁燮林、丁文江、朱家骅、傅斯年和任鸿隽。其中，以杨杏佛和丁文江二人的成绩最为突出。
杨杏佛早年留学美国，先后在康乃耳大学和哈佛大学攻读机械以及工商经济专业，曾与任鸿隽等共同发起成立中国科学社。大学院成立后，杨担任教育行政处处长，旋即出任副院长，是蔡元培的得力助手。蔡自述：“我在大学院的时候，请杨君杏佛相助。我素来宽容而迂缓，杨君精悍而机警，正可以他之长补我之短。”这种合作关系也带入了中央研究院。中研院草创之时，百事待举，杨协助蔡元培筹划落实，充分展现了他多才多艺，处事干练的管理才能。杨遇刺后，蔡顿失股肱，继而聘请丁文江担任总干事。丁文江早年留学日本和英国，是中国近代地质学的主要开拓者之一，同时又在古生物学、人类学和军事历史等方面有所建树。他曾先后出任北票煤矿总经理和淞沪商埠督办，具有很强的管理能力和决策魄力。在中研院，丁在蔡的全力支持下，组织评议会，成立基金保管委员会，制定各研究所预算标准，为该院日后的发展做了必要的基础工作。尤其是组建中研院评议会，意义甚大。由于种种复杂的关系，中研院创立之后，拟议中的评议会迟迟难以组成，延宕七八年之久。丁文江到院后，广泛与各方协商，拟订条例，在不长的时间内即组织起全面代表国内各类研究机构和高等学校的评议会，使之成为全国学术机关的联席会议，十分有利于学术联络和合作，也大大拓展了中研院的工作范围，增强了其权威性。与此同时，丁还针对中研院的实际情况提议将研究工作分为三类：即：一、属于常规或永久性质的研究，如天文、气象、地质等；二、利用科学方法研究本国的原料及生产，以解决各种实业问题；三、纯粹科学研究及与文化有关的历史、语言、人种和考古学。这种分类，使科研工作层次清晰，易于管理，并具有广泛的适应性。蔡元培对丁文江的工作予以高度评价，称其“为本院定百年大计”，值得“特笔大书”。
那么，在精英荟萃、群龙聚首的中央研究院，蔡元培如何实施领导以发挥其各自的特长呢？翁文灏曾作过一段全面的记述：“蔡先生主持中央研究院的主要办法，是挑选纯正有为的学者做各研究所的所长，用有科学知识并有领导能力的人做总干事，延聘科学人才，推进研究工作。他自身则因德望素孚，人心悦服，天然成为全院的中心。不过他只总持大体不务琐屑干涉，所以总干事、各所长以及干部人员，均能行其应有职权，发挥所长。对于学术研究，蔡先生更充分尊重各学者的意见，使其自行发扬，以寻求真理。因此种种，所以中央研究院虽然经费并不甚多，却能于短时期内，得到若干引起世界学者注目的成绩。”事实确实如此，蔡元培领导中央研究院，奉行的是人才主义和学术自由，以及理论性科研与应用性科研相互兼顾的办院方针。创建全国最高学术研究机构，蔡尽力网罗一流科学人才，只要学术造诣深厚，胜任研究工作，便不顾及其学派门户和政治倾向，充分予以任用和尊重。同时，倡导科学研究的自由精神，实行西方通行的“学院的自由”，即在保证重点研究项目的同时，充分尊重研究者在合理范围内凭自己的兴趣与见解选择和决定研究方向、研究项目，而不受他人的限制。因为“学院自由，正是学术进步之基础”。上述做法，与蔡在北京大学的实践可谓一脉相承。进行专业性科学研究，往往容易在处理理论性研究与应用性研究问题上产生偏差。蔡主持制订的《中央研究院进行工作大纲》中强调：“纯粹科学研究之结果，因多为应用科学之基础，而应用科学之致力亦每为纯粹科学提示问题，兼供给工具之方便。故此，二事必兼顾然后兼得，若偏废或竟成遍废。”这就为在中国开展有组织的系统学术研究确立了正确的指导原则。
然而，在当时的社会历史条件下，组织和进行具有一定规模的科学研究工作谈何容易！姑且不论由于科学落后、基础薄弱而面临的困难，以及来自传统观念和落后势力的阻力，即以经费来说，便使蔡元培焦思苦虑，举步维艰。1929年7月，中研院正式创建已经一年，但“并未领有建筑费及设备费。各研究所及图书馆、博物馆筹备处，均于每月经常费中提出大部分，以供设备之需”。草创阶段的这个“全国最高学术研究机关”，只能就现有经费“截长补短，逐渐布置”。国民政府规定，每月由财政部门拨付10万元，作为中研院经常费用，但实际上由于连年内战，耗费巨资，经费拖欠严重。1930年10月，蔡元培在院务报告中抱怨道：“本院经费经常支绌。以经常费数目而论，用之办理一二研究所，尚嫌不足，现本院已成立之研究所、处、馆等计有十一处之多，虽平时尽量从事节省，而欲求计划之实现，颇感困难。”这种状况，显然大大限制了中研院工作的全面展开。但同时，愈加展现出蔡元培为发展中国科学事业所付出的巨大努力。他以“非求速成，而常精进”之语恳切勉励院中同仁在艰难时世中创造一番业绩。同时，他利用自己在国民党政权中的影响，尽力为中研院创造一个适宜的发展环境。
从20年代末到30年代中期，国立中央研究院逐渐完善，在短短数年之内形成了一定的学术规模，并在天文、气象、地质和考古发掘领域取得可观成绩。其中，南京紫金山天文台的建立，全国范围内地层结构和矿物资源的调查，以及对河南安阳小屯殷墟遗址的发掘，都具有十分重要的意义。比之具体的研究成果更为重要的是，蔡元培主持的中央研究院，为中国形成独立的科学研究体系初步奠定了根基，相当一批科学技术研究人才得以组织起来，从事专业性学术工作，发挥其特长，这便造就了一个对于科技落后的中国来说弥足珍贵的科技群体。五四新文化运动中大力提倡的“赛先生”（科学）终于在这个东方古国有了安身立命的固定场地。自19世纪末叶以来，中国人一味译介转述西方科学成果的状况，到中研院独自进行研究工作时，方告结束。不论中央研究院曾怎样受到时局因素的影响和制约，它的成立及其工作，都是中国“五四”以来新文化建设的一桩大事，它在中国学术发展史上所具有的转折性意义以及对知识价值的更新作用均是不可低估的。如果说，蔡元培改革北京大学，开创了“学术至上”、自由竞争的一代风气，那么，他所主持的中央研究院则为学术科学化进程打通了道路。
在领导国立中央研究院的同时，蔡元培还兼任了与学术文化有关的许多或属名誉或系实质的职务。1929年始，他被选为中华教育文化基金董事会的董事长，主持管理和支用美国退还的庚子赔款。运用这笔款项，他一意扶持科学研究事业和各项文化教育设施，并资助了众多有志于科学技术的莘莘学子。他还分别兼任国立北平图书馆长、故宫博物院理事长、全国国语教育促进会会长等职。众多的学术教育文化方面的兼职，说明了蔡元培在中国学界所受到的高度尊敬和推崇。1935年秋天，蒋梦麟、胡适、丁燮林、王星拱、赵太侔、罗家伦等人，提议集资为蔡元培营造一处住宅，作为庆祝他七十寿辰的献礼。此举立即得到数百人的热烈响应。蒋、胡等人联名致函蔡称：“我们知道先生为国家、为学术劳瘁了一生，至今还没有一所房屋，所以不但全家租人家的房子住，就是书籍也还分散在北平、南京、上海、杭州各地，没有一个归拢庋藏的地方。因此，我们商定这回献给先生的寿礼，是先生此时最缺少的一所可以住家、藏书的房屋……我们希望先生把这所大家献奉的房屋，用作颐养、著作的地方；同时，这也可以看作社会的一座公共纪念坊，因为这是几百个公民用来纪念他们最敬爱的一个公民的。”1936年元旦，蔡元培回复了一封词意恳切的信，内谓：“诸君子的用意，在对于一个尽忠于国家和文化而不及其私的公民作一种纪念。抽象的讲起来，这种对于公而忘私的奖励，在元培也是极端赞成的。但现在竟以这种奖励加诸元培，在元培能居之不疑么？但使元培以未能自信的缘故，而决然谢绝，使诸君子善善从长的美意，无所藉以表现；不但难逃矫情的责备，而且于赞成奖励之本意，也不免有点冲突。元培现愿为商君时代的徙木者，为燕昭王时代的骏骨，谨拜领诸君子的厚赐，誓以余年益尽力于对国家对文化的义务；并勉励子孙：永远铭感，且勉为公而忘私的人物，以报答诸君子的厚意。”
赠屋祝寿，堪称美谈。建屋计划虽因中日战事而流产，但人们心中已筑成的“公共纪念坊”，将会铭记这位近代中国学术建设的大师所立下的不世之功。
§§第六章 著述概观
