克隆人战争已经进行了三年。贸易联盟的旗舰上，格里弗斯将军、杜库伯爵和他们的俘虏帕尔帕廷议长正准备离开。欧比旺和阿纳金分别驾着共和国的战机去营救议长,降落在贸易联盟的飞船上，与杜库一场大战。阿纳金面对这个让他三年前失去右手的西斯，心底燃烧起愤怒的火焰。在击飞了杜库的光剑后，他砍掉了杜库的双手。帕尔帕廷命令阿纳金干掉了杜库。
在这次绑架事件后，帕尔帕廷要求议会给他更大的权力。他暗示，杜库伯爵的行为说明杰迪武士对这场战争负有不可推卸的责任，并利用他的权威为阿纳金争取到了参与杰迪长老会的权力。在会议中，阿纳金和帕德梅不时地眼光相交，已经成为杰迪大师的欧比旺注意到了，但什么也没说。
极力诱导阿纳金的黑暗力量，而受到延续生命蛊惑的阿纳金也开始了解到帕尔帕廷的专制主义。他对帕尔帕廷的忠诚导致与帕德梅之间关系阴影的产生。
欧比旺和克隆军团司令官科迪一同率领部队进攻格里弗斯将军。欧比旺在关键时刻用原力从有着四只机械臂的格里弗斯的枪套中夺取了激光枪，干掉了将军。由于格里弗斯将军是全银河系分裂主义联盟机器人军队的主脑，他一死，所有的机器军团都瘫痪了。历时三年的“克隆大战”终于结束！ 阿纳金成了帕尔帕廷的私人保镖，帕尔帕廷向阿纳金说出了自己是达斯·普拉奎斯的弟子。阿纳金无法抉择，于是赶往杰迪神殿将情况告诉了温都大师。温都率领着三名杰迪大师立即赶去帕尔帕廷的官邸。而议长把光剑悄悄藏在了袍子内，并开启了录像装置，等着他们的到来。当四位杰迪大师拿着光剑面对议长时，他装作惊慌地叫着“谋杀！造反！”，然后忽然抽出光剑，毁掉了录像装置，并用前所未见的剑法杀死了除温都外的其他杰迪大师。并在赶来的阿纳金面前施展出西斯的原力闪电，然而他依然不是温都的对手，阿纳金请求温都放过帕尔帕廷，温都没有理会他，准备挥出最后一剑。阿纳金愤怒地拔剑，砍断了温都拿剑的手。帕尔帕廷则西斯闪电把温都扔出了窗外！
英勇的温都大师牺牲了。这时应该叫西斯·西迪欧斯的帕尔帕廷向阿纳金公开了他的真实身份。阿纳金跪下，归顺了西斯武士，被西迪欧斯授予了“达斯·维德”这个西斯名字。
帕尔帕廷来到议会发表演说，声称温都想刺杀他，杰迪武士已经完全背叛了共和国，宣称将共和国改为帝制。黑暗皇帝现身了！他的第一个命令就是取缔杰迪体制，消灭所有的杰迪武士！阿纳金和暴风军团闯进杰迪神殿，大开杀戒，将包括儿童在内的所有杰迪武士全部杀害。
在外面的欧比旺、尤达大师等人率领乔巴卡的族人打败了贸易联盟的残余军队，却没想到克隆军团忽然向他们发动了进攻。他们躲过了克隆军团的袭击，回到了杰迪神殿，面前是杰迪们死伤殆尽的惨状。通过监视录像，他们发现了阿纳金的所作所为。
这时，阿纳金来找帕德梅，告诉她一些杰迪武士发动了叛乱，要她不要再对抗帕尔帕廷。他还说，他将去穆斯塔法星去结束战争，等他回来，两个人就能永远在一起了。帕德梅对阿纳金的爱影响了她的判断。
阿纳金走后，欧比旺找到了帕德梅，告诉她阿纳金已经倒向了黑暗。帕德梅不愿意相信这一切。她告诉欧比旺，她同阿纳金已经秘密结婚并有了身孕，并谎称不知道阿纳金去了哪里。心情沉着的帕德梅准备去穆斯塔法星寻找阿纳金，欧比旺悄悄跟到了船上。
尤达大师来到了帕尔帕廷的办公室，光明与黑暗力量的两位顶级大师展开了一场前所未有的巅峰对决！尤达被黑暗皇帝的西斯闪电击中后被议员贝尔·奥加纳救走。西迪欧斯召来了帝国军队追捕尤达。
帕德梅来到穆斯塔法星，这里遍布着火山岩浆。她见到阿纳金，质问他神殿大屠杀的事，同时却又担心欧比旺会找来杀死阿纳金。阿纳金问她告诉没告诉欧比旺自己的行踪，帕德梅回答说没有。阿纳金放心了，他向帕德梅透露了自己的野心：将来要消灭帕尔帕廷，统治银河。
正在这时，欧比旺出现了，一场宿命之战已经不可避免的展开。C-3PO和R2D2将帕德梅救回了飞船。阿纳金愤怒的原力超过了欧比旺，但欧比旺利用有利的地形砍断了阿纳金一条腿。阿纳金继续顽抗，很快，他的一条胳膊也被砍断了。
欧比旺最后一次恳求阿纳金放弃原力的黑暗面，重回光明。但阿纳金已经无法回头了。他抽出了另一把光剑--自制的红色西斯光剑，使出最后的力量想杀死欧比旺。欧比旺及时躲过。阿纳金的身体失去了平衡，跌入下面的熔岩中。
欧比旺收起阿纳金的那把蓝色光剑，去同帕德梅会合。这时，帝国歼星舰着陆了，暴风军团蜂拥而出。欧比旺等人驾机逃离了星球。肢体残缺、奄奄一息的阿纳金被帕尔帕廷的侍卫救回，送到帝国的医疗室，浸泡在治疗液中。
帕德梅在早产生下女儿莉亚和儿子卢克后永远的闭上了眼睛。欧比旺、尤达和贝尔·奥加纳商量如何保护婴儿，欧比旺建议把他们分开，躲避皇帝和阿纳金。贝尔·奥加纳将莉亚当作自己的女儿带回奥德朗星球抚养……
星战经典之人物篇
星球大战之场景篇