对于蒋氏父子有背历史潮流的作为，许多人并不买账，指指点点。为使长子逐步接班，蒋介石不断清除异己，扫除障碍，为“太子登基”铺平道路，可谓用心良苦。在蒋经国的“接棒”之路中，打击最烈、轰动最大的是吴国核、孙立人两案。对此，美国纽约《中报》1988年4月17日发表了美籍华人叶一舟的一篇文章，题为《弹丸江山父传子，可叹孤臣生非时——吴国桢、孙立人在蒋家王朝中的悲剧命运》。文章评论说：“国民党退台之初，最具国际声望的文武官员吴国桢和孙立人，在‘侯门深似海’的中国官场上，首先充当了蒋氏父子权力重新组合的牺牲品。”
吴国桢，湖北建始人，早年毕业于清华大学，后留学美国，获普林斯顿大学哲学博士学位。先后担任过南京政府的汉口市长、重庆市长、外交部政务次长、上海特别市长，以及国民党中央宣传部部长。1949年12月，任“台湾省政府主席兼保安司令”。
他是蒋介石眼中“红得发紫的人”，本来可以官运亨通、青云直上，但由于和蒋经国有过节，而最后导致流亡海外。
蒋介石器重吴国桢，是因为吴毕业于美国，和美国政界有相当的联系，向为美国人所欣赏，蒋介石也就“爱屋及乌”了。同时，蒋介石对吴国桢委以重任，也由于吴国桢从不结党营私，办事讲效率，令出必行，讲究法治，却也不失为一位“干才”。吴案发生后，曾任上海市参议会议长的潘公展回忆道：平心而论，吴国桢并不是一个庸才，他自有一套看家本领。他的漂亮的仪态，流利的演说，讲得一口很好的英语，十足一股洋派神气，以及按时到办公室（上海人叫写字间），见了什么人都飨上笑容，甚至和当时气焰很盛的闹学潮的学生，也表示着一种即使挨打也满不在乎的气度，的确使当时但现洋皮相的洋商和上海市民，仿佛都在想大上海何幸而得如此一位现代化的民主审长。
1949年12月，蒋介石退台后，一切行动皆以争取美援为主，而素有“民主先生”之称的吴国桢向来与美国交好，故而他就成了“台湾省主席”的最佳人眩吴国桢对此曾大惑不解，婉言相拒：“陈诚将军不是做得很好吗？最好由俞大维担任。”蒋介石毫不隐讳地说：“你很恰当，我要你今后全力争取美援。”吴国桢上任“台湾省主席”后夺了陈诚之权，陈诚对吴耿耿于怀，吴国桢向蒋介石作了报告后坚请辞职，蒋介石对吴的辞职不予批准，并说：“辞修和你斗，你就和他斗，我支持你。”吴国桢听了蒋介石和他说的“贴心话”后，深受感动：“钧座惨受大陆失败之教训，已锐意改革，故敢冒死犯险，竭智尽忠，以图报效。”遂依旧做他的“台湾省主席”，幻想励精图治，挽救党国。
吴国桢一时虽受宠于蒋介石，为何又遭贬呢？原来，吴国桢虽讨好了老子，可他却得罪了儿子。
1948年8月，蒋经国奉父之命到上海打“老虎”，时任上海市长的吴国桢一方面对蒋经国没有积极配合，抱着看热闹的态度对蒋经国之举袖手旁观；另一方面吴国桢的权力被蒋经国架空，他又很不买蒋经国的账，致使蒋经国对吴国桢早已心存芥蒂。
到了台湾以后，蒋经国独揽台湾岛的安全、情报和特务系统大权，尤其是就任“总统府资料组”组长后，更是发号施令，借故打击异己和政敌。吴国桢对此深为不满。1950年，蒋经国逮捕了台湾火柴公司总经理王哲甫，吴国桢认为蒋经国随意抓人，证据不足，不服人心。蒋介石的秘书告诉吴国桢，抓王哲甫是蒋介石的意思。吴国桢坚持认为：“大家都为蒋先生做事，上级命令，无违抗余地。但王案涉及到一个是非之争，是非是原则问题。
此刻台湾既风雷震荡，敌人伺机而动，政府标榜民主法治，焉能言行不一？”结果，蒋介石将王哲甫由死刑改判7年徒刑。但吴国桢与蒋氏父子的间隙却越来越大。
后来，蒋经国曾令全省特务以清查户口为名，一夜间逮捕398个人，其中19人仅有轻微的违警记录。吴国桢获息后出面干预，蒋经国方将这些人释放，避免了一次滥害无辜。事后，吴国侦对蒋介石进言：“非改革不可，任何机构不通过保安司令部，禁止随意抓人，逮捕后14天，一定要释放，或起诉。”蒋介石未置可否。
吴国桢与蒋经国的矛盾还涉及一个经费问题。国民党退台之初，“中央”与地方的一切开支均由省府开销，而省府应付这样大的开支，难免捉襟见肘。吴国桢作为“省府主席”曾向蒋介石进言：“国民党党费应不用国家经费而向党员筹募，且应鼓励反对党之成立，俾能奠定两党制度。”对于蒋经国领导的特务机关一些预算外的要求和请托，吴国侦往往不客气地予以婉拒。他曾悄悄对朋友说：“我只是采用消极行动，不发给经费，所以蒋经国恨死我了。”
吴国桢对蒋经国不俯首听命，早已被看成是蒋经国“登基”的障碍，而吴国桢竟还天真地向蒋介石进言：“如钧座原爱经国兄，是不应使其主持特务，盖无论其否仗势越权，必将成为人民仇恨的焦点。”忠言逆耳，蒋介石听后很是尴尬和气恼。遂产生了除掉吴的念头。
江南在《蒋经国传》中写道：“蒋先生器重吴显然事出有因。
但宠臣与爱子之间，有如鱼和熊掌，选择起来并不容易。（老蒋）派人向吴暗示只要愿意和经国合作，将以阁揆酬庸。吴坚持‘道不同不与为谋’的原则，断然挂冠。蒋氏父子见拉不过来，只有杀。而‘此后钧座对于经国兄更加信任，不独任其控制特务及军队，且使之操纵党部并主持青年团’。这使人们更加看清蒋介石‘爱权之心，胜于爱国；爱子之心，胜于爱民。’”事情的发展，远远超出了吴国桢的预料。1950年，朝鲜战争爆发后，美国的对台政策发生变化，蒋介石略微松了一口气，吴国桢的存在价值也大大降低，蒋氏父子遂对他突下狠手。吴国桢在《八十忆往》中讲述了如下一件事：1952年10月30日，蒋介石为过65寿诞，与宋美龄到台北郊外草山避寿，特邀吴国恢夫妇上山吃晚饭，并留他们过夜。第二天，吴氏夫妇要返回时，发现自己车子的驾驶员不见了，只得由蒋氏另派一名司机开车下山。那天该吴氏夫妇走运，正巧吴夫人肚子疼，开车不久就到一家饭店方便。等吴氏夫妇回到汽车旁时，发现司机脸都吓白了。原来驾驶员发现两只前轮的螺丝都被人拧掉了，如果不是吴夫人闹肚子，汽车爬坡或转弯时，车轮必飞脱出去，吴氏夫妇必将粉身碎骨。
吴氏夫妇死里逃生，深感惶恐。加之，吴国桢素与“行政院长”陈诚不合。他遂于1953年4月以“健康欠佳”为由，辞去“台湾省主席”一职，仍保留“行政院政务委员”和国民党中央常委身份，准备偕夫人赴美。5月24日，在宋美龄的周旋下，吴国桢夫妇离台。陈诚、蒋经国、蒋介石、宋美龄等五百余要人和亲友前往机场送行，盛况空前，破历史之记录。行前，吴国侦的好友张群赠送他曾国藩手书的对联一幅：“水宽山远烟霞回，天澹云闲今古同！”
江南在《蒋经国传》中述及吴国桢这次离台：“若非蒋夫人从中协助，在经国的阻挠下，绝无可能。然而，险象环生，请多插曲，先取得普通护照，第二天，外交部次长时昭瀛旋奉命收回，改发公务护照，吴最小的一个儿子吴修潢，时就读台北建国中学高二，不准偕行，在台北姨母家中寄居。79岁的老父吴经明先生，同时留台”。这样，吴国桢的父与子就双双留作“人质”了。
不料，吴国桢刚抵美不久，1954年1月，台湾就传出“吴国桢携资外逃”的流言。报刊推波助澜，接连发表社论，其中有《劝吴国桢从速回台湾》。吴国桢要求蒋介石：“转知政府对所传彻底查明，公布真相”，并作“辟谣启事”寄回台北的父亲联系报纸刊出，结果，吴老先生跑遍各报，无人敢登。吴国桢“含冤莫白”，1月29日，他在纽约《民声日报》以公开信形式辟谣：“桢之爱国，不敢后人。桢又何敢从个人一人或家着想？然而古语云：事有可行，有不可行；又云：合则留，不合则去；又云：忠臣去国，仍洁其名。桢恳贵报勿逼帧太甚，使桢不得不言所不愿言之言也。”
台湾当局见此，由国民党中央党部秘书长张其昀函告吴国桢：“前次总裁指示不必登报，纯出于爱护之意，以为此类无稽之谈，不必与之计较，今兄在纽约侨报既有公开信谈及此事，此间自亦无妨同时发表吧。”
不久，台湾《中央日报》刊登了吴的“辟谣启事”：“此次来美，曾经由行政院长陈院长批准，以私人所有台币向台湾银行购买美金五千元，作为旅费，此外未由政府或政府中之任何人员批准拨给分文公款，……为国服务三十余年，平生自爱，未曾贪污，在此国难当头之际，若尚存心混水摸鱼盗取公帑，实际自觉不挤于人类。”
2月7日，吴国桢在美国接受台电视台和合众社记者的访问，公开表示，他之所以离台，是由于“健康”和“政治”两个原因，并发表三点政见：台湾如不实行民主政治，将无法争取美国与侨胞的支持；目前的台湾政府过于专权，是一党专政，而他主张民主化；政治部完全拷贝苏联，若干人士竟认为“与共产主义作战，必须采取共产主义的方法。”
吴国桢登高一呼，美国和台湾议论纷纷。
不久，吴国桢在美刊出“上总统书”，批评蒋介石“自私之心较爱国之心为重，且又固步自封，不予任何人以批评建议之机会。”同时，把矛头直指“太子”，主张将其送入“美国大学或研究院读书”，否则，妨碍台湾进步。2月27日，吴国桢又趁台湾召开“国民大会”的机会，上书大会，提出如下建议：保障各方反共人士均能在台公开成立政党，并有批评政府之权；撤消军中党组织及政治部；明白规定特务机关之权力，不得由当局派其戚属主持；组织委员会公开接受无辜被捕及非法受扰者亲友之控诉；对于过去之非法措施，应追究其责任，藉以树信于民，使言论自由得以保障；撤销青年团，不得有变相之组织。
吴国桢条条戳到了蒋氏父子的痛处，蒋氏父子岂可饶过他。
随即发动党政官员、报纸进行围攻，指责吴国桢与“外国的粉红色伙计携手，以自由破坏自由。”3月门日，“国民大会”通过临时决议：“建议政府以该员迅即吊销护照，勒令回国依法处办，如违即明令撤职通缉归案，以维国纪而正官常案。”
同时，蒋介石发表“总统命令”，内称：据行政院里：“本院政务委员吴国桢于去年五月借病请假赴美，托故不归，自本年二月以来竞连续散播荒诞谣诼，多方低毁政府，企图淆乱国际视听，破坏反共复国大计，拟请予撤职处分。另据各方报告，该员前在台湾省主席任内，多有违法与渎职之处，自应一并依法查明究办，请鉴核明令示遵等情。查该吴国桢历任政府高级官吏，负重职责者20余年，乃出国甫与数日，即背叛国家，污蔑政府，妄图分化国军，离间人民与政府及侨胞与祖国之关系，居心叵测，罪这显著，应即将所任行政院政务委员一职予以撤免，以振纲纪，至所报该吴国桢前在台湾省政府主席任内违法与渎职情事，并应依法彻查究办”。
此后，蒋氏父子还不肯放过吴国桢，企图将他引渡回台，在美国的干预下，此事不了了之。但蒋氏父子对待异己之心狠手辣却已深深刻在了人们的记忆之中。台湾自由民主人士胡适曾对此评论说：前台湾省主席吴国桢批评政府或许对于国家还有点好处，假使吴所讲的话有一部分是真实不假，那么我们就不应该因其系出吴国桢之口便拒绝加以考虑。
1984年，吴国桢含恨而死，葬于美国佐治亚州滨海小城。
遗憾的是，在他有生之年没有完成揭露蒋家父子统治内幕的著作。有幸的是，蒋经国的老部下江南在美留学期间，和吴国桢交往密切，从吴手中搜集到大量资料，著成《蒋经国传》。然而，正当此书刚刚出版之际，江南便遭枪杀，发生震惊海内外的“江南命案”。
事后查明，枪杀江南的主谋便是蒋经国的二公子蒋孝武。蒋经国之所以急于将江南所掌握的秘密扼杀，是因为江南揭露了他们父子的种种劣迹。江南命案是吴国桢一案的继续，蒋经国的这种“此地无银三百两”的做法，引起了世界公愤。
