科学理论的一个基本要件是其一致性。虽然这稍微超出本课程主题，然而，基督教的一致性仍是有其必要。以下有些是人们常问到的与基督教教导似乎产生矛盾的问题。
??Ⅰ. 「基督徒之间为什么有那么多冲突？基督教为什么有那么多种教派？基督教和天主教有甚么不同的方面？」
??这是一个很重要的问题。其实，教会之间的冲突并不是那么严重，平常有很多方面的合作，很多超教派的团体和活动。但是和平不是新闻，没那么多人注意到这种事情，有问题才是新闻，所以人们听到的大部份是那些冲突事件。但是我们还是要承认基督徒之间的冲突不少。太多时候人与人间的问题造成教会分裂、彼此攻击等。这是不对的，是基督徒的失败。但我还是有一些话要说。
??第一，基督徒还是不完美的人，到天国才没有缺点。基督徒这样软弱，基督教还会持续下去，就表示这是神的工作(看下面)。
??第二，教会没办法确定每一个新加入的人真是因为爱神而来的。很多时候，过一段时间就发现他有其他动机，各种都有：作生意、交男女朋友等，所以教会里面的一些问题是这种人制造的。一个国家越自由，他的教会的内部就越复杂。
??第三，不同的教会有不同的教义，所以许多人认为这些教义只是人为的、是个人的意见、是个人对圣经的解释，表示圣经的话不够清楚、很难了解。的确，圣经是很深奥的书，有很多细节无法确定是甚么意思。但是圣经在很多基本的方面很清楚，没甚么大的疑问。各种教会可能强调不同的部份、表达的方式有点不同、但基本上都是一样的意思。「正统的基督教」教派都是大同小异，非常相近。若基督徒因为些微的不同而引起很大的纠纷，那就错了。
??但是说到「正统的基督教」就牵涉到一个大问题。在西方有很多教会，原来是基于圣经的教导，但是创办以后，过了几代就有人说这样太落伍、要赶上时代、要配合现在流行的想法、而不要以圣经和耶稣基督为最高权威。他们承认有神、认为圣经包括神的话，但不是全部都是他的话、大部份是人为的、是文化的一部份，跟神的关系很难说。他们不能指出那部份是他的话所以事实上全部都怀疑。这是所谓「新派基督教」 (liberal, or modernist)，其实不是新的，也不是基督教。当一个教会有一些这种人，就不得不分清楚谁相信圣经、谁不信。教会内外的冲突也是难免的。
??一个类似的问题是有一些非常特殊的、封闭的团体，自己拥有很特别很复杂的一套教义，也都认为只有他们才真正了解圣经的意思，告诉人怎样才会被神接纳、别的教会都不对。他们说这道理是从圣经来的，但只要听一点点就可看得出其实是另有一个权威，然后从圣经找出有甚么话可以断章取意的用来「验证」他们的说法。差异不只是小细节、而是各方面的基本真理：神、耶稣、人、教会、罪、救恩及得救的办法、天国、地狱等道理。这种团体叫作「异端」 (cult)，包括「摩门教」、「统一教」、「耶和华见证人」、「基督教科学」等。在新闻上听到美国德州的「大卫枝派」有了这种情况，难怪外面的人搞不清楚、以为基督教都是这样。长话短说，是因为历史的关系，不同教派是在欧洲的不同地方开始的。以后很多人从各地方移民到美国，所以美国是世界上教派最多的地方。这本身没有问题，问题是好像那么多教派都在彼此攻击、彼此批评、每一个都说别的不对、只有他们才对。这样，旁边的人觉得无法说谁对，其实大概都不好，教会都说基督徒要彼此相爱，但是表现的却是一场战争。这对基督教实在是很丢脸的。美国的基督徒到世界各地去传耶稣的话，很多时候是传某种教会的特色及名称，各传各的，所以在别的国家也建立了很多不同的教会。
??关于天主教和基督教，两个都包括在英文的 "Christianity"里面。第一个是 "Catholic"、原文的意思是「万有的」、包括「罗马天主教」 (RomanCatholic)和几个很类似的「正教会」 (Orthodox)。罗马天主教会的总部当然在罗马、最高领导人员是教皇。第二个是 "Protestant"，意思是「抗议者」(又称「更正教」)，没有统一的总部或领导者。耶稣基督的使徒在第一世纪的很多地方建立了教会，代代相传，这些教会逐渐建立了分层负责的行政结构、罗马很自然成为其中的最高阶层。同时有一些观念和方式成为教会的传统，大部份没问题，但有一些是违背圣经的教导。但是大部份的人没受过教育、不能自己读圣经、只好听从教会的话、不知道稍微偏离了真道。到了第十六世纪初，不只稍微偏离了，有些方面变得很严重。在德国有一个很虔诚的神父，叫「马丁路德」，看出这些问题，在 1517年写出他所关心的「 95条定理」。他的目的是要求教会回到圣经原来的教义，是改革而不是革命。不幸，罗马教会不愿意接受，反而攻击他，迫使他离开教会。以后别的地方也发生类似的事，就是现在所谓的基督教的开始。
??习惯的讲法，天主教叫作「旧教」、基督教叫作「新教」好像是颠倒的。
??天主教加上了很多圣经以后的东西，基督教是以最原始的使徒记载在圣经的话为基矗这样来说，那一个是新的、那一个是旧的呢？说了这么多，还是说天主教和基督教是大同小异，相信同样的神、同样的耶稣。我们基督徒所不接受的是圣经以外的东西：教皇、神父、对马利亚和圣徒祷告认罪等。我们尊敬马利亚，但我们看圣经只是教我们对神祷告，而且说他是慈爱的、欢迎我们亲近他，天主教的观点好像把他弄的很疏远，失去了「神是爱」的好消息。
??Ⅱ. 「至于那些从没机会听到耶稣基督或圣经的人怎么办呢？还不懂事就夭折的小孩呢？智障者呢？他们都得下地狱吗？神不是爱每一个人吗？」
??显然问这些问题的人，自己并不是完全没有听过耶稣福音的人，所以他们为什么还问呢？他们的态度往往是谴责神不公平，而这是一个错误的态度：「我要了解一切之后才相信。」我们可以问问题，但要小心存谦卑的态度。
??从没有听过耶稣的人，他们的情况就像活在耶稣出生前的旧约时代的人。
??他们若相信神所告诉他们的，圣经上说他们会得到他们的奖赏。
??我们不知道过去的人对圣经的神知道多少，我们也不知道他们如何回应他们所知道的。比方说，犹太人很早以前就移民到中国，有许多中国习俗和旧约的教导也颇类似，显然是受了犹太信仰不小的影响。我们研究历史，发现越古老的社会，越有独一真神的概念。那时代的人握有不少真理，却仍背向真理。
??我们必须承认，大多数人信仰的动机是害怕和自私。他们害怕鬼神，设法不让它们来找麻烦；他们自私自利，想要什么，就设法去得到。如果某一神明不给他们所要的，他们就不要他，或不理会他要什么，转而寻求别的神。他们不寻求真理、赦免，也不寻求那位爱他们的神。
??当我们信任圣经中神的爱，就有很大的不同。当他没应允我们所求的时候，我们相信错的不是他，而是我们。他比我们有智慧，他拥有比我们要的还好的东西。
??神看见我们的内心，他爱每个人，希望每个人都认识他、爱他。神处罚我们，不是因为我们不知道，而是因为我们明知故犯。罗马书 1:18到 2:16，就是解释这道理。每个人都应该知道有位创造主，但大部份的人都不肯承认这事实或亲近这位神。
??圣经没有明确地告诉我们关于上帝要怎么对待死去的小孩、或智障者…等，但它告诉我们上帝爱每个人，而且他是公正的。
??Ⅲ. 「一个好人不信仰耶稣而下地狱，一个坏人在最后一刻相信耶稣却上了天堂，这公平吗？那些道德高尚、仁慈、内心平和的人呢？他们还不够好吗？」
??这不只是在西方国家之外才会发生的问题，每个国家(包括西方的「基督教」国家)的每个基督徒都有所爱的父母、亲戚或朋友不是基督徒的，所以这是每个人都关心的问题。
??假如一个人不希望更了解上帝，这个人是太骄傲且不愿承认他犯了任何错而需要赦免，上帝会认为他是个好人吗？一个拒绝上帝的「好人」，会影响许多的人也拒绝神。耶稣曾说，诫命中最大的一条就是爱上帝，假如一个人违背了这个诫命，也影响到很多人，那么就是犯了最大的罪，即使他从来不曾犯过其他的过错。当然没有这种人，我们都犯了很多错。
??一个犯了很多错的人比较不会影响到别人，吸引他们来跟他一样。如果他最后却能认错、悔改并要求上帝赦免他，是比那个骄傲的人好。
??我们必须重复前面我们所说「信心」的意义，它并非只是简单地说一些真理罢了，它是一种很深入、很诚恳的态度，并献身于此。圣经上并没有说人们在最后一刻说了几句话就能避免惩罚。一个人听过了真理，但在这一生却仍然拒绝它，那么这个人很可能无法在最后的时刻诚实地改变他的态度。如果他在最后说了一些话，很可能只是当时对于他不信神的后果感到害怕。上帝能看透我们的心。
??圣经说我们被上帝接纳不是因为我们有一些宗教性的行动(包括基督教)。谁曾经全然合乎道德标准或全然有爱心？只有一个人做到了，耶稣基督。我们被接纳是因为耶稣被接纳，而我们选择属于他。我们不认为基督徒被接纳是因为他们够好了。那么为什么有人要我们相信其他的人可以做到呢？没有其他的宗教有这种接纳。如果一个人对别的宗教感到满意，则他从未承认他需要被赦免，或需要一个与上帝亲近的关系。他不蒙神接纳是因为这态度而不是因为他没听到耶稣的教导。神不会强迫一个不喜欢他的人去跟他住在一起。
??拓荒的宣教士都有这类经验：看到一些人在他们的宗教中找不到满足，这些人知道必定有一个爱我们的真神。上帝多次做了些不寻常的事去引导这些人到传教士那儿去，因此他们也能够听到关于这位上帝的事。
??上帝的目标不仅是要有好人跟和谐的社会，他的目标是要我们与他有一份关系。如果你过得很好，又富有又出名，对社会有很大的贡献，但从不去看望父母、不关心父母的生活、不与父母联络…，如此你的双亲会心满意足吗？很多人就是这样对待上帝，而他们认为他应该满足了。
??我们的好行为不能跟坏行为相抵消。如果你告诉警察：「我在红灯前停过五十次，所以我闯五十次红灯，你不能开罚单给我。」他将怎么说？如果你告诉法官：「我曾救过三条人命，所以你不能因为我杀了三人而判我刑。」他将怎么说？你要他说什么？
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??Ⅳ. 「上帝如何知道未来呢？圣经的教导是预定论吗？它意味著发生的每一件事都是预先决定的吗？我们真的有自由意志吗？对于惩罚我们的选择，上帝是公平的吗？」
??上帝已经预定他将接受那些选择相信他的人，他也知道谁将要做这样的选择。
??最重要的问题是上帝如何知道我们的未来。很多基督徒的解释是说，上帝知道目前的任何事情，所以他可以预知未来。假如这是正确的，那么未来取决于现在，而且我们也没有自由意志，所以这个答案不可能是真的。比较好的答案是说上帝在时间之外。时间是上帝创造的一部份，他不像我们在时间之内，从一个时刻移动到另一个时刻。他看到我们的过去、现在、未来，包括我们的选择，但那仍是我们的选择，我们不是像电脑一样去执行一个预定的程式。上帝很少会告诉我们他在未来所看见的一些事情，这就叫做预言。
??若要完全了解这些事，那是超乎我们能力之外的，也许最接近的例子是我们可以了解三度空间怎么样超越了二度空间，而有些科幻小说就是描述住在二度空间的人，他们不能了解三度空间。
??上帝有个计划，而且他一定会完成他的计划。我们不能阻止他，我们只能选择在他的计划里要扮演何种角色。圣经的上帝不断地劝导我们悔改并且顺服他，而且告诉我们必须为自己的选择负责，这也就意味著我们真正有选择的自由。
??我们并没有做像我们以为那么多的选择。但我们至少有个选择就是要不要回应上帝的爱。神看到我们的心，而只按著我们真正做的选择来审判我们。别人会误会我们，但令人感到安慰的是神不会这样误会我们；有关我们的思想和动机，我们可以欺骗别人，但令人感到吃惊的是我们无法这样欺骗神。
