《辛丑条约》第六款议定，清政府赔偿俄、德、法、英、美、日、意、奥八国及比、荷、西、葡、瑞典和挪威六“受害国”（共十四国，而不只是八国）的军费、损失费4亿5千万两白银，赔款的期限为1902年至1940年，年息4厘，本息合计为9亿8千万两，是为“庚子赔款”。其中俄国以出兵满洲，需费最多，故所得额最大，为1亿3037多万两。中国当时的人口大约45000多万人，庚子赔款每个中国人被摊派大约一两银子。1911年民国之后，中国仍然履行此赔款条约。
《辛丑条约》中规定，清政府向西方八国共赔款白银4亿5千万两，美国应得到其中的3200多万两，折合美金2400多万元。
1904年12月上旬，中国驻美公使梁诚就中国的赔款是用黄金还是用白银一事，与美国国务卿海约翰据理力争。谈话间海约翰透露出一句：“庚子赔案实属过多---”这一信息立刻被梁诚捕捉。这说明美政府已发现其有关部门在上报庚子之乱的损失之中，有“浮报冒报”的现象。梁诚非常机敏地放弃了谈判战略，不再去和海约翰纠缠赔款用金还是用银的了，而是“乘其一隙之明，籍归已失之利”。于是他不放过任何机会，在美国国会及议员中四处游说退还不实赔款。
1906年初美国伊利诺大学校长爱德蒙·詹姆士送呈总统西奥多·罗斯福一份备忘录，要求美国政府加速吸引中国留学生到美国去。同年3月6日美国传教士明恩溥到白宫进谒罗斯福总统。他建议总统将中国清政府的庚子赔款退还一部分，专门开办和津贴在中国的学校。1907年明恩溥发表《今日的中国和美国》一书，他在书中指出,应该多让一些中国知识分子去美国留学。
在明恩溥等人的推动、鼓吹下，罗斯福给国会提出了一个谘文，指出："我国宜实力帮助中国厉行教育，使此巨数之国民能以渐融洽于近世之境地。援助之法宜招导学生来美，入我国大学及其它高等学社，使修业成器，伟然成才，谅我国教育界必能体此美意，同力合德，赞助国家成斯盛举。"
1908年5月25日，美国国会通过罗斯福的谘文。同年7月11日，美国驻华公使柔克义向中国政府正式声明，将美国所得“庚子赔款”的半数退还给中国，作为资助留美学生之用。留下的那部分“实应赔偿”，内容包括美国出兵中国的军费赔偿及美在华商人与传教士的损失赔偿。
当时为什么美国人想用退赔的庚款办学呢？美国伊里诺大学校长詹姆士在1906年给罗斯福的一份备忘录中声称：“哪一个国家能够做到教育这一代中国青年人，哪一个国家就能由于这方面所支付的努力，而在精神和商业上的影响取回最大的收获。”“商业追随精神上的支配，比追随军旗更为可靠。”因此他敦促美国政府采取措施通过吸引中国留学生来造就一批为美国从知识和精神上支配中国的新的领袖。
1908年10月28日，两国政府草拟了派遣留美学生规程：自退款的第一年起，清政府在最初的4年内，每年至少应派留美学生100人。如果到第4年就派足了400人，则自第5年起，每年至少要派50人赴美，直到退款用完为止。被派遣的学生，必须是“身体强壮，性情纯正，相貌完全，身家清白，恰当年龄”，中文程度须能作文及有文学和历史知识，英文程度能直接入美国大学和专门学校听讲，并规定他们之中，应有80%学农业、机械工程、矿业、物理、化学、铁路工程、银行等，其余20%学法律、政治、财经、师范等。
同时，中美双方还商定，在北京由清政府外务部负责建立一所留美训练学校。于是，1909年6月，北京设立了游美学务处，这就是清华大学的雏形。1909年8月，内务府将皇室赐园---清华园，拨给学务处，作为游美肆业馆的馆址，学务处在史家胡同招考了第一批学生，从630名考生中，录取了47人，于10月份赴美。这就是后来庚款留美学生的由来。
1910年8月又举行了第二次招考。400多人应考，最后录取了70人。这第二批庚款留美学生中，后来出了一个大名鼎鼎的胡适，他当年考了个第55名。同榜中还有后来的语言学家赵元任、气象学家竺可桢等。
1911年初，利用庚款而专门为培养赴美留学生的清华留美预备学校正式成立。在此后十多年间，据统计，由清华派出的留美学生就达1000多人。1928年8月17日，清华学校改名为清华大学，罗家伦出任校长。那一年开始公开招考留美公费生。1933年，又开始公开招考第一批庚款留英学生。
美国的退款，产生了很大的国际影响。第一次世界大战爆发后，北京政府于1917年8月对德奥宣战，并停付庚款。大战平息后，中国也涉足于战胜国的地位，各国都表示愿与中国“友好”，以便用和平的办法维护和扩张其在华利益，所以都紧步美国的后尘，陆续放弃或退回了庚子赔款余额。退款被广泛地应用到中国的教育文化事业和实业中。只有日本分文不退，用这笔钱财发展军备，建立教育，遂速成为20世纪的强盛帝国。
1924年，美国国会通过决议，将其余的庚子赔款用于中国，成立“中国文教促进基金会”（或称“中国基金会”），掌管的金额为1254·5万美金，北洋政府任命了由10名 中国人和5名美国人组成的托管董事会。其中的相当部分金额以奖学金的方式提供给清华大学。由于这样的一种特殊的经费来源和运作模式，清华从创建伊始，在诸多方面就已经具备了自己的一些特别的优势和办学条件，也因此而有别于国内的其他大学。这样的环境也给了梅贻琦治校在客观上奠定了一定的物质基础和提供了必要的办学条件。国外的历史学家评论道：“清华其成功的一大秘诀是，当其他院校求助于军阀政 权不稳定的施舍时，清华的年度预算是有保障的。”（4）这种观点虽暗含夸大美国所起 的作用之意，但基本还是公允的。
在中国科学院院士中，“清华人”几近三分之一。1949年掌管“清华基金”的杰出教育家梅贻琦先生到台湾后，又利用这笔款项创办了新竹清华大学。
由于清华的经费来源较为充裕，使其办学亦有相当的自主性，这些条件又对治校方面自然产生一些影响，促进了清华在学校的管理制度方面和运行机制上逐渐地形成一套独立的、具有清华自身特点的东西，并由此产生了一些特殊的体制和风格，乃至后来清华校风与学风的逐步形成，都与此有千丝万缕的内在联系。而这种特徵较明显的反映出来的一个例证，即是20－30年代初期，清华大学出现的几次大规模的学校风潮。其中，清华校长多次易人，竟有十几任之多，甚至出现清华几年没有校长，由校务会 议维持的尴尬局面。
美国用心良苦的教育计划，成效卓然。考取庚子赔款（胡适是第二批）而留美的中国学生，在后来的几十年间成了中国学术界最闪亮的明星，而他们的言传身教，又深深地影响了后来者。
到了30年代，美国已超过日本，成为中国留学生最多的国家。而同时，美国人在中国建立了12所教会大学，这其中包括赫赫有名的燕京大学。教会医院则出现了协和医院，洛克菲勒基金会则资助了中国学者们的农村调查与考古行动。
1926年初，英国国会通过退还中国庚子赔款议案（退款用于向英国选派留学生等教育项目），即派斯科塞尔来华制定该款使用细则。当时，胡适是“中英庚款顾问委员会”中方顾问1917年俄国十月社会主义革[和]命成功后，苏俄政府宣布放弃帝俄在中国的一切特权，包括退还庚子赔款中尚未付给的部分。俄国人在中国的特权也将取消，而所有这些的交换条件只有一个：北洋政府承认新生的苏维埃政权。 1924年5月，两国签订《中俄协定》，其中规定退款用途，除偿付中国政府业经以俄款为抵押品的各项债务外，余数全用于中国教育事业，由中苏两国派员合组一基金委员会（俄国退还庚子赔款委员会）负责处理。
法国庚款退还余额总数为39·158万余法郎，折合美金为7·555万余元。此项余额总数，按照协定自1924年l2月1日起，至1947年止。逐年继续垫借中法实业银行，作为该行发行五厘美金公元担保。而中法实业银行即以此项美金债权，充作四项费用之用：1．换回远东债权人所持之无利债券；2．办理中法间教育及慈善事业；3．代缴中国政府未缴清之股本余额；4．拨还中国政府所欠中法实业银行贷款。
1920年初，李石曾与蔡元培、吴敬恒，利用庚子赔款，创办中法大学于北京。先生任董事长，蔡元培任校长。同年冬，蔡元培与先生再度赴法，与法国里昂市长赫礼欧，里昂大学医学院院长雷宾等，合作设立里昂中法大学协会，决 定在里昂成立中法大学。
王树槐：《庚子赔款》中央研究院近代史研究所专刊第31号，台北，精华印书馆，民国六十三年三月：
各国议定赔款分配数额：（P27）
单位：海关两（1海关两合$0.742）
俄 国：130,371,120
德 国： 90,070,515
法 国： 70,878,240
英 国： 50,620,545
日 本： 34,793,100
美 国： 32,939,055
意大利：26,617,055
比利时： 8,484345
奥 匈： 4,003,920
荷 兰： 782,100
西班牙： 135,315
其他趁火打劫的：204,540
合计：450,000,000（辛丑条约规定，必须分39年还清，年息4％，不得提前偿付，因此
中国实际需付980,000,000海关两）
关于苏俄赔款停付：（民国九年，1920）九月二十七日，苏俄代理外务委员加拉罕，草拟第二次对华宣言，十月二日递交张斯麐，共计八点，其第六点有关庚子赔款部分如下：
劳农政府放弃拳匪赔款，不再收受，惟中国政府将来无论何时，不得因前俄国领事或他项人等，以及俄国各种团体不合法之要求，将此项赔款付与。（P260）
读此书还了解了一个事实：所谓退还，并非不继续收取，而是一边收我们的赔付，一边给我们退还，两码事。只有因为苏联放弃且不许我们付给流亡的白俄，我国停止对俄赔付；还有因一次大战，停止对德、奥匈两个敌国赔付；1937年，停止对日本赔付。
关于美国：表三八（P287）显示，中国应付美国赔款$24,440,778，分39年偿清，年息4％，则到1940年总共赔付$46,189,359；而最后美国保留$17,266,840，退还$28,922,519。占获得赔款总数62.6％。
关于法国：法国退还过程较复杂，本来直接退还，但是因为法国在中国所开中法实业银行倒闭，法国遂与中国“协商”，以退还庚款作为中国“支持”银行复业之用（也就是说，把“战争赔偿”的名义变成了中国“借给”法国银行的“启动资金”），同时，改组该行，使中国取得该行管理权和议决权。中国原来从该行贷得之款项，从该借款数中扣除（即是，退回的庚款中一部分还了中国从中法实业银行的贷款）。最后，中国合计获得利益（不全是现钱，还有中法实业银行的债权）$37,658,451，合50,752,629.38海关两，占法国获得赔款配额71.6％（其实应该不足这个百分比，因为中国应当还有利息付给，最后可能是34—35％）。可惜其中只有极少数用于学校医院（尧曰所知仅中法大学）。
而且根据王先生所述，法国纠缠偿还方式，先要求以法郎偿还，继而要求换算成“金法郎”——中国认为“金”当指“金本位”，法国认为“金”当指金属状态的黄金，反复改变换算单位，中间中国损失甚重。
关于英国：该书记录颇繁杂，条目多重复处，至于一下无法计算退还总数。但是在P476有一处明示：英款退还之数，约为美庚款的一·七倍（到1940年）。美退还数目为$28,922,519，那么英国退还数目当为$49,168,282，合66,264,531海关两，竟然比1901年获得的配额多——这怎么可能——应当是中国多付了1倍的利息所致。
关于日本：日本所获赔偿，去掉补偿实际损失，得七千余万日圆。然而为了仿效美国，从中国获取更大利益，竟在国内发行公债，与庚款余额组成基金，用于与中国合办或单独开办学校、医院及实业。“所开发之物质，皆为日本最缺乏者”（P483）。就是说，虽然款项用于中国，但是不由中国人掌握处理。学校有天津、汉口的同文书院和上海东亚同文书院研究部。医院有北京同仁医院（！！），汉口医院，九江医院、青岛医院，北平立民卫生实验所。此外还有资助中国赴日、日本来华留学生，资助中国自然、人文科学研究。完全用于中国利益（日本从中不得好处）之处，总计6,100,000日圆（1916—1937），这似乎该算“退还”，但是本着首尾一致的原则，仍然排除之。
比利时：赔付的是因为拳乱造成的卢（沟桥）汉（口）铁路损失。所得之赔款，一部分还给中国政府（可能是多收的部分），剩下$5,000,000（相当于6,738,544海关两）用于京汉陇海等铁路建设和教育慈善事业——仍然给中国创造利益。
意大利：民国二十二年七月一日中意协定：民国二十二年十一月以后之庚款不必再付，中国少付1,000,000$以上（至少1,347,708海关两）。（P554）
荷兰：全部退还。
西班牙：未减未退，最后两年未付（少付79,723法郎）。
结论：除俄、德、奥中途止付外，我国庚款负担总计668,661,220海关两。最后实付261,495,000海关两（P565）。因为中国未向国外银行借款赔付，得以不负担利息，实际上反而比1895年赔偿日本数目还少（赔偿日本231,500,000海关两，但是还其他各国银行利息甚多）。
以美国倡议和身体力行，我国得以少付庚款（668,661,220－261,495,000＝）407,166,220海关两。俄、德、奥三国停付，可以说非美国直接功劳（可以算间接功劳：如果不是美国出兵打败德国，也许中国还要继续支付德奥赔款）。最后支付部分占条约负担的（261,495,000 ÷ 980,000,000 ＝）26.7％。至于有些国家退还数目大于辛丑条约配额数目（英国）或占当时配额数目百分比过高（达到70—80％），系退还数目中包括中国所付利息所致。
如果按辛丑条约我国负担算，我国少付（980,000,000 － 261,495,000 ＝）718,505,000海关两，大于自1840年以来赔款负担（约13亿海关两）的50％。
附：支付对日本赔款的艰辛历程
日本在近代历史上是中国的一大外患。在庚子事变中日本获益多多，对赔款的退还却不积极、不配合，包藏祸心。这一点不能不为中国人永远记取。
甲午战后，日本标榜“脱亚入欧”，把加入列强行列视为其国家的第一目标，因此在庚子年，以“各国将大兵派往天津，日本亦不得不调派兵员赴该地”作答，先后派出了达２．２万多人的日军参战，成为八国联军进攻天津和北京的主力军。日本此次出兵是它有史以来第一次参加国际部队，意在通过与列强的合作来显示自己的国力，进一步增强其对中国的影响，实现其“掌握东洋霸权”的野心。
日本在这场联合侵华战争中，不但残酷地杀戮中国人民，而且在所到之处大肆抢劫，如在攻占天津后抢银２３万余两，在通州抢银１２９４００余两。攻占北京后更是肆无忌惮，日军抢在各国之前先是从户部银库搬了２９１万多两银子送到日本使馆，继则从户部的缎匹库和颜料库抢劫无数绫罗锦缎，还洗劫了内务府仓库所存的仓米和全部银两。据统计，日本的抢劫共达３６７万余两。日本的这些抢劫基本上是一种有组织的行为，他们所抢劫的银两、武器、粮食大部分归于国家，其中留给侵华部队的银两为２１万余两，占总额的７％，交给日本中央金库１９３万两，占总额的６６％，其余的则归陆军省支配。
日本侵略者不但重视战时抢劫，更看重战后的战争索赔。１９０１年４月１０日，日本第一个提出了它的索赔要求，其政府要求为４７５７４０００日元，民间赔偿要求为２５０万日元（此数系日本政府在当时的初步估计），合中国海关银３５５７７０００余两。各国向中国索取款的总数大致确定后，日本又看到其他国家所提出的要求高于它的要求，后悔当初所提出的数目太低，因此，当５月间各国讨论中国赔款的利息时，日本反对将利息定为４厘，坚持要求按５厘的利息计算。日本的这一要求除了英国表示同情外，其他列强均表示反对。无奈之下，日本只好放弃这一要求。赔款总额确定后，列强又将这笔赔款按当时各国所要求的数目，按比例进行了再分配。１９０１年８月达成了分配协定，日本在庚子赔款总额中所得赔款本额占中国庚子赔款总数的７．７％。根据和约第六款第十三号附件甲所载的金银比价，１海关两合１．４０７日元，中国对日庚款数为１０６８５４１７７日元。
各国在确定了各自的所得数后，又与清政府就赔款是属于银本位还是金本位的问题进行了争执。本来按条约规定，中国应付与各国海关银，但在银价日益下跌的情况下，帝国主义国家感到按银付款对他们不利，于是便以条约中规定有海关两和外币比价为借口进行讹诈，无理坚持赔款为金本位赔款。在帝国主义压迫下，１９０５年７月，清政府被迫承认向列强的赔款为金本位赔款，同时还答应向列强各国支付１９０５年以前所欠各国金镑之亏损。据此，中国对日本的庚款部分也便改用英镑来支付，按９７６３日元折合１英镑的比价支付。此外，中国另付与日本１９０５年以前的所谓“镑亏”７２４４８７日元（５１４９１６关平两）。日本还得寸进尺，无理要求中国今后的对日庚款部分“按期以电信汇票购镑汇交驻扎伦敦日本总领事接收”。
１９１４年帝国主义两大阵营爆发了第一次世界大战，协约国集团为了拉拢中国参战，向中国提出了缓付５年庚子赔款并免加利息的条件做诱饵。日本由于也参加了协约国集团，在庚子赔款问题上只得采取与英美一致的步调。１９１７年１２月１日，日本同意中国将对日庚子赔款缓付５年。１９２２年底，中国对日庚款暂缓５年的期限已满，于第二年３月，日本国会通过法令，决定把庚子赔款余额（７２１０８７７６日元）移充“对华文化事业”之用。据此，日本制定了“对华文化事业特别会计法”，并在外务省设立了文化事务局，掌管有关对华文化事业的事务性工作，另外还设置了对华文化事业调查会作为咨询机关，审议对华文化事业。这年底，日本主管对华文化事务的官员出渊胜次等与中国驻日公使汪荣宝等进行了非正式磋商，大致商定，将此后的庚子赔款等用于中国所办的文化事业为主，如在北京设立图书馆、人文科学研究所，在上海设立自然科学研究所，并每年拨出３０万补助中国留日学生经费，此外如再有余款，在适当地点设博物馆、在济南设医科大学、在广东设立医学院及附属医院等。１９２４年２月６日，中日双方正式签订了《关于以庚子赔款办理对华文化事业之协定》，共９款，决定由中日双方各出１０人组成评议委员会。日本以所得庚款每年３８０万元投资对华文化交流演讲及互派学生旅行费、留日中国学生补助费等。
《中日文化协定》签订后，北京政府教育部在１９２４年颁布了《庚款补助留日学生学费分配办法》，规定各省按众议院议员名额，确定留日生人数。但中国学术界则从一开始就对日本的“对华文化事业”持反对态度，教育界不少人士认为此举是“似是而非之退还赔款”、“似是而非之合作”。４月２７日全国教育会联合会退还庚子赔款事宜委员会等１１家国内学术团体，筹划决定并管理日本以庚子赔款办理文化事业之一切事务。全国教育学术团也发表宣言，主张中日合设文化事业理事会，理事人数中日各半，别设理事长一人，由中国人充之，这是最低之限度，并提出如果日本不能容忍这些办法，将决不参加此种事业。留学日本的中国学生早在日本初议退回中国庚款、用于“对华文化事业”时，就群起反对。１９２３年６月２６日，留日学生总会发表宣言，认为日本对在日中国留学生的补助包藏日本文化侵略之祸心，不能接受。７月，留日学生又发表宣言，指出：“日本对华文化事业不容中国人参加意见，只为日本帝国利益打算，全不计及中国人本身之利益，这分明是日本在中国大陆上实施殖民政策之前驱或附属事业而已。”
１９２５年５月４日，《中日文化协定》在北京换文，在中国人民的坚决反对下日本稍作让步，同意组织中日协商总委员会。该委员会虽由中方１０人，日方１０人组成，委员长也由中国方面充任，但日方规定该委员会的职权不得超出日本法令范围，对于事业的计划、规定和管理３项权限，将来如有计划，仍须经过日本帝国议会协赞后始能生效，日本外务省的文化事务局仍然有最后决定的实权。由此可见，这个总委员会不过是一个处处得听命于日本的虚设机构而已。有鉴于此，５月９日，全国教育联合会庚款委员会通电各省教育会，明确表示反对《中日文化协定》。６月３日，教育界１９大团体发表宣言，反对日本文化侵略，坚决要求取消协定。８月１７日至２３日，中华教育改进社在太原召开会议，通过了《拒绝日本、英国以庚款行使其侵略主义之教育文化办法案》。１９２６年６月，中华改进社又向北京政府提议，以日本文化事业办法有损我国主权为由，请求交涉废止。８月６日，教联会发表对日庚款特别宣言，认为中方所选定的中日协商总委员会中的中方１１名委员，多数迎合日本意旨，号召国人不承认他们的所做所为。８月１３日，日本秘密将原中日协商总委员会改名为东方文化事业总委员会，２１日，在东京开会，中国委员江庸参加会议，国内教育团体表示，不能承认日本庚款的非正式退还。教育改进社通电留日学生就近监视江庸的行动。
尽管知识界坚决反对日本的对华文化事业，但北京政府屈于日本的压力，不但继续支付对日庚款，而且也任由日方打着退还庚款的旗号来从事“对华文化事业”。从１９２３年底到１９３７年１４年间，中国共付给日本赔款达４５７３１１８１日元，加上青岛公有财产及制盐业补助国库券，中国实付与日本的赔款数额占庚款的９９％，而在这些费用的支出中，由中国人所用部分，仅有留日学生之补助和中国学者学生之访问费用，两项共计不到整个庚款的１９％。日本将庚子赔款用于所谓对华文化事业只不过是一种幌子而已，它虽想以此博得中国人民的好感，但却掩盖不了其侵略实质。从日本设立的处理庚款等项的机构来看，１９２３年４月成立了“对华文化事务局”，直属外务省，局长由亚洲局长兼任；１２月又设立“对支文化事业调查会”，会长由外务大臣充任，其委员多为日本政府、议院、银行及大学的要员。此外日本在华设立的各项所谓文化事业机构，也无一不是处于日方的完全控制之下。中国对日认款所有预算，都须由日本国会逐年通过，完全由日本操纵，这与有的国家将退还庚款指定专项用途是有本质区别的。如美国的退还虽不是无条件的，但其所指定的条件也只是要中国必须将所退庚款用于教育事业，中国对其所退之庚款有很大的自主权；而对日庚款的使用权操在日本手中，使用去向最终还得服从于日本的利益。
