到這季開始時，X檔案已是家喻戶曉的科幻影集了。雖然仍被某些人認為太過偏激，但在金球獎艾美獎紛紛獲得肯定。今年仍是一貫過去的風格，但加入了許多穆德、史卡利個別的個人生活。穆德的另一資料來源–X在今年死亡。另外一重大發展則是史卡利發現自己患有癌症，住院治療，病情雖穩定住，但仍有危險。本季也介紹了癌人的年輕時代，向觀眾交待他的歷史。本季也包括了一集喜劇，相信看過的朋友都知道。本季結束於穆德在從阿拉斯加調查回來後對生命厭倦，而舉槍自殺。
英文名稱 單元編號 美國播出時間 中文名稱
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Zero Sum 4X21 04/27/97 天花蜂
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Gethsemane 4X24 05/18/97 真相與謊言
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