最后宦官势力的坐大，和官僚体系的清流化，导致了明朝政治的分裂，成为阉党和东林党的对抗。这个内斗也是导致明朝灭亡的一大主要原因，两派官员在李自成攻破北京，在清军入关之后，仍然忙于在南明小朝廷继续斗争，一直到大家都投降满清之后，仍然在朝廷上对垒。
当然这些都是后话，可是在明惠帝的时候，他没有明白如何建立自己稳定的官僚体系，来御不靖的诸王，这个应该是他受到手下那帮靠嘴皮子执政的少壮文官的拖累。
当时在明朝建立的时候，如何清扫元朝残余势力，防止流荡在大漠的北元势力复辟，是政务的着重点。元顺帝北逃之后，经历几代，蒙古各部族内部分裂，大致形成了3大势力，就是鞑靼、瓦刺和兀良哈三部。
这三个蒙古部落联盟，兀良哈在东部，大概就是在老哈河和辽河流域之间。瓦刺部在西部，大概就是从新疆的准葛尔盆地到蒙古国的西部一带。鞑靼部在中部，就是蒙古国大部分地区到现在俄罗斯的贝加尔湖一带。
为了防止蒙元复辟，朱元璋在北方防线上，布置了9个边防重镇，从东到西，分别为辽东（现辽宁辽阳）、宣府（现河北宣化，在张家口之南）、大同（现山西大同）、延绥（现陕西绥德，后来北移到榆林）这四个，加上后来增加的蓟州（现天津蓟县）、太原（现山西太原）、固原（现宁夏固原）、宁夏（现宁夏银川）和甘肃（现甘肃张掖），算是衔制住了蒙古各部落。
在长城以北地区，朱元璋还建造了三个卫城，就是大宁卫（现内蒙古的宁城）、开平卫（现内蒙古的多伦）和东胜卫（现内蒙古的呼和浩特东南），和九个边境重镇形成互为犄角，保证了九边的整体防御。
当然这个防线比起以前的秦朝、汉朝和唐朝，就要差一些了。比如说，在西北的防线，本来都是要在黄河以北，乌加河以南，建立五原卫（现内蒙古的五原），以保证控制鄂尔多斯这个养马草场，来保证军马的供应。明朝在银川和榆林的防线，已经在河套草原之南。
另外就是汉朝和唐朝在西北走得很远，至少是把河西走廊，从嘉峪关那里，控制得稳稳的。然后在新疆建立了各个都护府，以保证西北方向的安全。
可是这样的防线，又因为削藩之战而削弱了。燕王朱棣因为得到了兀良哈部的朵颜三卫的蒙古骑兵的助战，得到皇位后，就把大宁卫送给了兀良哈部。因为没有了这个卫城，开平卫和东胜卫没有的声援，只好放弃而内迁入长城。而最要命的是，辽东和宣化、大同之间的联系，因为没有了大宁，就被隔断了。
因此明朝的削藩，和汉朝的不同，虽然失败了，只是换了一个皇帝而已。原因就是中央集权制度已经深入民心，不会像汉朝那样，削藩失败就导致新制度的失败。不过因为削藩而导致的北方防线的虚弱，就为后来蒙古势力开始重新坐大，提供了机会。
这也是导致永乐之后，明朝的边防形式从此变得比洪武时期薄弱。后来朱棣利用分而治之，互相牵制，挑动蒙古三部之间的互斗，谁势力强大就干掉谁的做法。在永乐8年（公元1410年），朱棣亲自领军征伐鞑靼，在斡难河（现俄罗斯鄂嫩河）之战，打得鞑靼可汗本雅失里只剩下7骑而逃。在永乐12年（公元1414年）亲自领军征伐瓦刺，又打得瓦刺溃不成军。
但后来在明英宗年间，蒙古瓦刺部开始崛起，在也先可汗对蒙古各部进行部分整合之后，不断冲击明朝北方防线。明朝掌权的宦官王振处理失当，明英宗儿戏一般亲征大同，最后在撤军时，酿成土木堡之变，不光是全军崩溃，连皇帝自己都成了战俘。虽然在于谦的主持下，北京保卫战打退了瓦刺，明朝从此在北方防线上一直处于被动防守的状态。
土木堡事变之后，瓦刺部又开始陷入内乱，但鞑靼部却开始兴起，在占领河套草原之后，开始以这里为基地，攻击明朝西北的陕甘宁地区。在弘治年间，鞑靼部的达延汗统一各部，以十万骑兵不断骚扰西部。后来其孙俺答汗在嘉靖29年（公元1550年）从古北口入侵，在北京郊外大肆抢掠，而明朝北京城的守军不敢出战，作壁上观。
当年俺答可汗在军事实力上，其实已经可以号令蒙古。但在法理继承上，却因为虽然是成吉思汗后人，但不是忽必烈一系，因此无法名正言顺的号召蒙古各部。当时的忽必烈后裔，是林登可汗，虽然名正言顺，却缺乏军事实力。结果就是在西藏的新兴起的黄教首领索南嘉措，和俺答汗形成政治联盟，索南嘉措确信俺答可汗为忽必烈大汗的转世，因此应该可以合法的统领蒙古各部。
作为报答，俺答汗封索南嘉措为达赖喇嘛，开启了达赖喇嘛的转世制度，并答应以蒙古各部的军力，帮助黄教对付西藏的其他教派。当然这个转世忽必烈的忽悠，没有搞定蒙古其他的汗王们，因此迫使俺答无法对明朝形成更大的威胁，不得不妥协，而接受了明朝顺义王的封号。倒是俺答的孙子，云丹嘉措成了达赖四世，在蒙古军队的扶持下，杀回西藏。不过这个非藏族的黄教领袖受到藏地其他教派和藩王们的打击，到了下任达赖五世，才靠着蒙古和硕部的力量，在西藏建立了黄教法统。
明朝在国防上的困境，也表现在东南沿海一带，兴盛起来以日本武士、福建海盗和当地官员利益共同体，希望打破明朝政府禁止海外贸易的倭寇之乱。这个南部和北部收受到的挑战，和政府应对的乏力，体现了中央权威衰弱，地方势力各自为政的情况。这个情况，一直到明朝灭亡，都没有得到改进。
