1. 杂交育种与转基因
可以说杂交育种属于细胞遗传，是两个不同品种的细胞“融合”，融合后的细胞中的染色体（遗传物质分子）来源于不同品种的亲代细胞。由于细胞分裂（繁殖）涉及染色体配对（一条来自父本，一条来自母本），正常情况下，只有同源染色体（来自同一品种）才可以配对，杂交对象必须是血缘比较近的植物之间。
植物细胞染色体配对同源性要求较低（细胞识别能力较差），杂交后细胞可以产生后代。由于染色体重组，后代细胞获得了部分外源染色体的基因，从而呈现出与原来不同的特性。通过筛选，可以获得具有某种特性的新品种。因为需要多代杂交和筛选，这种方法所需时间长，结果没有保证。
转基因则是在分子水平上引入外源基因，也就是说在宿主染色体中“嵌入”特定基因，具有定向性和特异性。
严格来说，杂交育种与转基因育种只是操作技术差别，所希望获得的结果并无本质不同。
2. 转基因载体
据我所知，目前在分子水平上将外源基因导入植物或者动物细胞，必须借助于特殊“载体”。因为外源DNA正常情况下，很难进入细胞，进入细胞的DNA片断（你想转入的基因）也无法自己“嫁接”到宿主细胞染色体。要将外源DNA整合到宿主染色体，一般借助于来源于病毒的“载体”。
目前尚不具备在实验室加工修改人类染色体的能力。染色体是一个完整的DNA分子，长度以百万核苷计。现在的技术需要把染色体打成碎片，把长度为数千或者数万的基因片断，首先嫁接到来源于病毒的载体。
我们知道，某些病毒，比如乙肝病毒和艾滋病毒，编码逆转录酶和特定识别序列，进入人体细胞后，可以把自己的病毒基因组整合到人体细胞。换句话来说，这时人的细胞获得了外源病毒基因，病毒基因可以随宿主细胞染色体复制而复制。如果研究人基因组，会发现人类基因组中有很多遗留的病毒基因（绝大多数不完整或已变异，没有表达活性）。
载体中病毒的编码基因被部分切除，并换成了特定外源基因（要转的基因）。利用这个手段，可以将指定的外源基因“转”入植物或动物细胞（具体操作可能不同）。
3. 体细胞和生殖细胞
无论是随机变异，还是病毒感染，或者“人为导入”体细胞的基因，不会传给下一代。只有发生在生殖细胞（卵子和精子）中的改变，才会传给后代。
4. 细胞分化与基因表达
人体或者动物的所有细胞，虽然都是从原始受精卵一个细胞经过多次分裂而来，细胞的形态和功能可以完全不同。也就是说，虽然构成你的脚趾头和大脑神经细胞，其中的遗传物质（染色体）基本相同，但是功能不一样，形态也不一样。这是由于细胞分化过程中基因选择性表达的原因。
可以这么说，染色体（从另外一个角度可以看作是成串的基因）上任何一个基因，只在特定细胞，特定时期，接收特定信号之后，才会被选择性地激活，通过表达产生蛋白质而其作用。
目前，人类对这种特意性表达调控知之甚少。
5. 蛋白不都是活性物质，很多是起结构功能。具有活性的蛋白寿命一般很短，会很快被降解或灭活。在植物中有活性的蛋白在人体不一定有活性，因为细胞代谢途径不同。
6. 转基因作物中的“转基因”即使经过烹调和消化道能够存活，可以自己整合到人染色体中的可能基本不存在；即使进入人细胞染色体，并不一定有表达活性；即使在某一细胞表达，现在所用的“转基因”对人体生理基本没有作用；即使由于不知道原因，这个“转基因”对人体有害，以人体器官总体细胞数目来说，这个有害细胞可以忽略不计；人体很多组织细胞处于不断更新中，这些个别“变异”细胞会很快被淘汰。食物中未被消化的“转基因”整合到生殖细胞染色体而传给后代的几率，全世界也不够摊上一个。
（不要跟病毒比，病毒可怕是因为会借助宿主细胞繁殖自己，而且数度比细胞繁殖快不知多少倍，那个［转基因］不会自己繁殖）。
从另外一个角度，食物中的外源遗传物质，或者外源基因，如果可以通过饮食途径被人体获取的话，那么任何食物，天然也好，转基因也好，都一样危险。人类取食某些植物或者动物已有很长历史，大概可以万年计，那么有没有来源于这些动物植物的基因，比如说，小麦基因，大豆基因，或者鸡的基因，慢慢成了人的基因？
人类基因组工程已经完成，所有染色体的DNA序列都被测定并公布。我不认为有人，不管是否支持转基因，通过研究对比，可以得出支持这个结论的结果。但是，人类基因组有大量来源于病毒的DNA片断。
★★★ 至于转基因作物对环境影响或者是否对人健康，是另外一个问题。作者并不赞成转基因作物推广，（如果可能的话），也不从事任何与转基因有关的工作。★★★
