关于中药的毒副作用问题，中医理论自身本来就有经典论述。“病有新久，方有大小，有毒无毒，固宜常制也。大毒治病，十去其六；常毒治病，十去其七；小毒治病，十去其八；无毒治病，十去其九。谷肉果菜，食养尽之。无使过之，伤其正也。”[1]这本来已经转化为民间的常识，“是药三分毒”，就是这种常识的反映。但这种常识在近30年中逐渐转化为中药无副作用的说法了，这本与中医理论无关，其原因需要另行研究说明。
《黄帝内经》的这种传统，在中药学中是一直传承下来了的。从《神农本草经》到《本草纲目》，再到今天沈丕安先生著的《中药不良反应与临床》，一脉相承，既有在古代条件下人们通过临床经验总结出具体药物的“大毒”、“有毒”、“小毒”、“无毒”的努力，也有吸收在现代条件下“毒理研究”成果以图中医中药现代化的尝试。这些努力和尝试都是卓有成效的，如果我们不是别有用意的话，我们都会对这些努力和尝试投以赞许的目光，而不是像方舟子这样无视其存在且肆意鞑伐。
下面在西药具有垄断性优势的时代里说说中药的优势：中药的一般应用形态是饮片。所谓饮片，就是虽然通过中药炮制加工而没有损坏其自然形态的但是却又可直接临床运用的中药材料。与中药饮片相对的一个名词是单体，所谓单体就是将用实验检验所确定的中药材料里的有效成分用化学方法提取出来后的离开了中药材料的独立存在的有效成分。现代药理毒理学研究证明：饮片无毒，单体可能有毒；饮片有毒，单体则毒性更大；饮片长期使用没有产生抗药性，单体则很容易产生抗药性；饮片有毒，通过复方使用，则有减毒增效作用。这些结论，应当引起我们深思！