颜元是从旧营垒中杀出，反戈一击的人，年轻时相信宋明理学是孔孟真传，每逢“疑论诸先生者，忿然力辩，如訾父母。”然而一旦认定理学背离了孔孟学说，他抨击的力度超越了以往和同时代的所有人。南宋陈亮曾痛斥朱熹之流，“今世之儒士，自谓得正心诚意之学者，皆疯痹不知痛痒之人也。举一世安于君父之大仇，而且扬眉伸手以谈性命，不知何者谓之性命乎？”颜元四十三岁时曾描画过两幅图景：一幅孔子佩剑古装，七十子环侍，习礼、鼓瑟、乐舞、问仁孝及商兵农政事，四壁挂着各种兵器和礼服。另一幅，“一堂上坐程子，峨冠博带，垂目坐如泥塑。”朱熹等人陪侍，“或返观打坐，或执书唔咿，或搦管著述。壁上置书籍字卷，翰砚梨枣。”两幅图的人物装束、神态、活动、讨论内容皆不相同，可见习斋已经进一步把程朱理学从形象到理论剥离出孔孟之道。他明确表示，所谓“宋儒”，其实是“集汉晋释道之大成”者，不是“尧、舜、周、孔之正派”。颜元与当时学者不同的地方在于，不仅反程朱，也批陆王，认为宋儒的主静持敬，读讲著述，和王阳明的“致良知”都是不能解决实际问题的空洞说教，和镜花水月、画饼望梅一类没什么两样。
颜元目睹明末危急存亡之时，学者文人仍然深陷争斗，从讲学到门户之见，划分党派团体，产生恩怨，彼此攻击，结果把国事与个人是非搅得一团糟。所以他对宋以来语录结集与讲学风气很不以为然。主张应改“书院”为“学堂”，去除空读，代以实学。纠正只读书，不学而实习之的学风。
理学论读书的目的，是要穷理、养心性变气质。考据学派读书是为了广博学问，以便考证准确。习斋与也强调“经世致用”的顾炎武、黄宗羲等人不同，干脆连泛泛读书也废了（这一点颇像子路）。他认为道不在诗书章句，学不在诵读顿悟，最要紧的是要集中在学以致用。所以他把考据学派和理学都列入“伪儒”另册。他曾针对考据痛斥道：“书之病天下久矣！使生民被读书者之祸，读书自受其祸。而世之名为大儒者，方欲读尽天下书，欲每编读三万遍以为天下倡！”只是对考据学派稍留情面，说必不得已，宁肯使考据流行于世。
颜元对文人的鄙视程度不下于对理学的憎恶。他认为文人不是儒者，而是一些光说不练，只读不行，专门玩弄词章，点篡古籍，不晓时务者，玩的是“心口悬空之道，纸墨浮华之学”。对这种人，历代均有人针砭。颜元痛斥之狠，可说是史上仅见。他连世人尊崇的唐代著名文学家韩愈、柳宗元、李白、杜甫都不放在眼里，在一封信中叹惜“韩、柳猥以文名，李、杜仅以诗著”，一个“猥”，一个“仅”，真是把“一命为文人，便无足观矣”的观点发挥到了极致。最让人听得目瞪口呆的是颜元的疾呼“诗文字画，天下四蠹”，把文人们借以遮羞掩丑满世界炫耀的看家本事贬得一钱不值，而且视为啮食人心的四害。他自己就不大写作，流传至今的都是后人辑录和回忆。
自古儒家有重义轻利的传统，宋明理学讲求向内的功夫，愈发轻视实用的政治经济。黄宗羲说：“夫儒者均以钱谷非所当知，徒以文字华藻，给口耳之求，不顾郡邑之大利小害。”而“明季士大夫，问钱谷，不知；问甲兵，不知。”更是成为明亡的原因之一。颜元有感于此，特别提出重实践，讲实用的教育思想和学风，回归他所认为的真正的孔孟之道上，以期从根本上改变书生的体质、才能与精神面貌。
从习斋六十二岁时，帮人创立漳南书院，设定文事（含礼、乐、书、数、天文、地理诸科）、武备（含兵法与军事技术等）、经史（含经史诗文诸科）、艺能（含水利、火力、象数等）以及表示兼收并蓄意义的理学和帖括八股等科来看，他确实在教育中贯彻了实用原则。不仅有文科，还有理工科；不仅有新学科，还有应时的旧八股，以便学生选择和就业。在很大程度上突破了旧式书院的狭窄框框，开创了中国近代教育体系的新模式。
