公元304年正月底，河间王司马颙的部将张方残酷烧死长沙王司马乂之后，西晋八王之乱已经进入最后阶段。司马乂虽然死了，但战争还没结束。当时司马颙驻军在郑（今河南新郑），声援司马颖的东军。他听说雍州刺史刘沈起兵，急忙回镇渭城（今陕西咸阳），派遣部将虞遵夔去抵御刘沈。刘沈与虞遵夔在好畦对阵，结果虞遵夔大败。司马颙大为恐惧，连忙退回长安，召张方回师。张方在掠夺了洛阳城中官府和私人的奴婢一万多人之后，班师而西。张方军中缺乏粮食，只好杀牛马吃。
刘沈渡过渭水进军，派部将衙博和皇甫澹率领精甲五千为前锋。司马颙又派虞遵夔等出战，还是多次失败。新平太守张光跟刘沈说：“河间王的猛将张方正在回长安的路上。他要来到，我们很可能抵挡不住。明公应该派遣其他将领驻兵在霸上阻止张方。如果能拦他十来天，我军则可以全力以赴，攻克西京，诛灭司马颙。一旦司马颙死了，张方将不战自溃。”刘沈道：“我如果全线出击，可以早日攻克长安。现在实在不宜分兵从而挫伤我的锐气。”便不听张光的劝告。
不几日，衙博又与司马颙军队作战，阵斩虞遵夔。司马颙军队慌忙退入城中，然而来不及关闭城门。衙博与皇甫澹便直驱而入，司马颙军不能制止。衙博等人奋力作战，直打到司马颙的帐下。但是当刘沈大军随后赶到时，司马颙的军队已经关闭了城门，衙博和皇甫澹等少数人马便陷在长安城内。刘沈军队缺乏云梯等攻城器械，连日攻城不下。冯翊太守张辅见衙博和皇甫澹军队没有后继，便带兵横向围攻。衙博和皇甫澹兵马被张辅和司马颙前后夹击，虽然拼死奋战，终于寡不敌众，全部战死沙场。刘沈听说衙博等全军覆没，张方又从洛阳赶到，知道大势已去，便收集残部退兵。当夜，刘沈在扶风扎营，不料张方派遣部将郭伟连夜追击。刘沈军队半夜遭到突击，溃不成军。刘沈麾下几十个骑兵力保刘沈南逃，但最终还是被司马颙军队追上，把刘沈绑了去见司马颙。
司马颙愤怒责备刘沈道：“我历来待你不薄，前不多久还留你为长史，无事不亲自咨询于你。你为何反而起兵反叛我？”刘沈答道：“殿下知己的恩惠为轻，皇上君臣的大义为重，我不能违背天子的诏命，去衡量谁强谁弱而苟且偷生。当我挥袖受诏的那天，就知道必死。为忠君而死，死也甘美。”司马颙大怒，令人鞭打刘沈，然后将他腰斩处死。张光多次为刘沈出谋献策，司马颙捉住他后责难他，张光说：“只可惜刘雍州不用我的计谋，才叫大王得有今日！”司马颙觉得他出言豪壮，是个人才，便亲自下堂为他解绑，设宴欢迎，上奏拜张光为右卫司马。
同年二月中旬，当时身为丞相的司马颖因为一贯讨厌羊玄之，便上奏废黜了他的女儿皇后羊氏，把她关进金墉城，并废皇太子司马覃为清河王。
司马颙上表请求改立司马颖为嗣，晋惠帝只得下诏封司马颖为皇太弟，负责朝廷内外军事。又任命司马颙为大宰、大都督、雍州牧；任命前太傅刘实为太尉。刘实因为年老，坚决辞让。
司马颖当权之后，日益奢侈，让自己宠幸的小人用事，让大臣们大失所望。司空司马越便和右卫将军陈眕以及长沙王原来的部将上官巳等人密谋道：“成都王近来的行为，比昔日的长沙王有过之而不及。我想恢复皇后羊氏以及太子，戒严京都，然后举兵讨伐他。二君以为如何？”上官巳说：“我有这个意思很长时间了。然而成都王亲信石超掌管殿兵，殿下要想成事，必先除石超。”陈眕说：“石超近来耽于酒色，做事无所用心。殿兵惟我命是从，将军勿忧。”秋七月的一个傍晚，陈眕率领殿兵进入云龙门，以诏书召三公百僚到宫殿里来，宣布戒严，讨伐司马颖。石超听说事情不妙，便斩关出走，连夜逃奔邺城。
接着，司马越让晋惠帝大赦天下，恢复皇后羊氏以及太子司马覃，把他们从金墉城迎回宫廷。七月中旬，司马越带着晋惠帝北征，自己为大都督，并征召前侍中嵇绍参加天子的跟班。侍中秦准跟嵇绍说：“今日前往北征，安危难测，先生有好马没有？届时或许可以帮助先生逃难。”嵇绍正色地说道：“臣子护卫皇上乘舆，应当生死相予，有好马干嘛！”
嵇绍是曹魏名臣嵇康的儿子。嵇康被杀时他才十岁，因为父亲的罪，只得安居私门。当初山涛是选拔人才的重要官吏，便启奏晋武帝道：“《康诰》有言：‘父子罪不相及。’嵇绍的贤能比得上古时的郤缺，陛下应该任命他为秘书郎。”晋武帝问山涛道：“要真像爱卿所说的那样，既然可以为丞，却为何仅仅为郎？”便发诏书征用嵇绍为秘书丞。嵇绍刚到洛阳时，有人跟大臣王戎说：“昨天我在众人中头一次见到嵇绍，昂昂然就好像野鹤立在鸡群之中。”便有鹤立鸡群的成语。尚书左仆射裴頠也深为器重嵇绍，常说：“如果让嵇绍作吏部尚书，那么将不再有人才遗留在野。”沛国人戴晞少年时有才智，和嵇绍的侄子嵇含是好朋友，当时人们都认为他前途无量，而嵇绍却以为他必不成器。戴晞后来在司州主簿任上，因为行为不检而被免职，所以州里的人都称赞嵇绍有知人之明。晋惠帝初年，侍中贾谧因为外戚得宠，年少而居高位，潘岳、杜斌等人都依附他。贾谧请求和嵇绍交往，嵇绍拒不答应。最后贾谧伏诛，嵇绍当时在中书省，因为不阿附贾谧，所以得以升迁为散骑常侍。
司马越发送檄文号召四方的兵马来加入他，响应的人很多。他的军队到达安阳时，已增加到十多万人，邺中震撼。司马颖惊慌失措，想要出走，他的谋臣步熊懂得道术，预测道：“明公勿动！南军必败。”司马颖仍然半信半疑，便召集臣下问计。东安王司马繇说：“天子亲征，殿下应当放下兵甲，身着白衣，出城迎接天子，向他请罪。”司马王混和参军崔旷都劝司马颖出战抗拒，说：“这是司马越挟持天子造反，人人都可以把他捉住杀了，说什么天子亲征！”司马颖觉得有理，便派遣石超率领五万大军迎战。折冲将军乔智明劝司马颖奉迎天子车舆，司马颖怒道：“先生名为通晓事理，投身于我。今天主上被一群小人所逼，先生怎么竟然劝我束手就擒！”
陈眕的两个弟弟陈匡和陈规从邺城出来加入晋惠帝的亲征行宫，扬言说邺城里面都已经人心离散，于是司马越军队放松了防备。不久，石超的大军突然来到，司马越带着天子的车驾乘舆在荡阴仓促应战，结果兵败。司马越丢弃晋惠帝的乘舆，带着残兵败将往东逃跑。晋惠帝面颊受伤，身中三箭。侍奉皇帝身边的官员都逃散了，惟有嵇绍身穿朝服，下马登上天子的乘舆，用身体保卫晋惠帝。石超的士兵来到时，嵇绍手持杖节大喝道：“大晋皇帝在此，谁敢无礼！”石超兵士退离天子乘舆十来步，然后把嵇绍捉到辕门里头要杀他。晋惠帝说：“他是忠臣，你们不能杀他！”石超兵士说：“我们奉太弟的命令，惟独不侵犯陛下一人而已！”便杀了嵇绍，鲜血溅到晋惠帝的衣裳上。晋惠帝跌倒在草丛里头，遗失了六枚玉玺。石超见到晋惠帝，急忙亲自扶他起来，并迎接他临幸自己的军营。晋惠帝气馁口渴，石超便给他水喝，左右随从还奉上秋桃。司马颖派遣卢志前往石超军营迎接晋惠帝前赴邺都。两天后，晋惠帝进入邺城，大赦，改元建武。左右随从要浣洗晋惠帝的衣裳，晋惠帝阻止道：“嵇侍中的鲜血在这衣服上头，请不要洗去！”
南宋文天祥曾作词赞扬嵇绍的忠义：“在秦张良椎，在汉苏武节。为严将军头，为嵇侍中血。”
陈眕和上官巳等人带着太子司马覃坚守洛阳。司马越兵败荡阴之后，率领残部奔往下邳，徐州都督司马楙关闭城门不肯接纳。司马越无奈，便径自回到藩国东海去了。司马颖因为司马越很有宗室人望，便下令召他回朝，但司马越不肯应召。前奋威将军孙惠写信劝司马越联合其他藩国，一同保卫王室。司马越便重用孙惠为他参谋军事。朝廷的另一位大将苟晞这时投奔了范阳王司马虓，司马虓自作主张任命苟晞为兖州刺史。
司马颖非常怨恨司马繇当时“释甲请罪”的建议，便把他杀了。当初，司马繇兄长琅邪王司马觐死时，他长子司马睿世袭王位。司马睿沉着机敏而有度量，和东海国参军王导关系密切。王导少年时就有风鉴，识量清远。他十四岁时，陈留高士张公见到他就感到惊奇，跟他堂兄王敦说：“这孩子容貌志气，将来一定出将入相。”王导知道天下已乱，便倾心推奉司马睿，暗中有兴复的大志。司马睿也非常器重王导，对他如同贽友。王导以为朝廷多变故，经常劝司马睿回到他的琅邪藩国。那时司马睿跟从晋惠帝在邺都，待到司马颖杀了司马繇时，司马睿因为是近亲，担心连累到自己，便和王导等人商议对策。王导说：“以成都王今日的所作所为，他很可能加害殿下。自从汝南王伏诛之后，先后已有六王丧命。然而成都王非但不吸取教训，反而变本加利，矜恣任为，我恐怕大祸不远。因此即使成都王现在没有相害的意思，邺都也不是久留之地。我多次劝殿下早日归还琅邪，今日实在事不宜迟。”司马睿十分恐惧，便连夜和王导等亲信随从出城往南逃奔。司马颖先前有命令让各个关卡严查出入，所有贵人没有成都王的令牌均不得出境。司马睿到河阳时，被关卡官吏阻住，怀疑他是贵人，因而多方盘问。随从宋兴从后头前来，用马鞭拂着司马睿，调侃地笑道：“舍长，官府禁止贵人出境，你难道也是贵人？为何被拘留在此？”官吏听到后颇感惭愧，便放司马睿过关。司马睿先回到洛阳，接了母亲太妃夏侯氏一道回归藩国。
司马颖谋臣王澄揭发孟玖的奸利行为，劝司马颖把他杀了，司马颖同意，于是杀了孟玖。孟玖陷害陆机，为非作歹，终于得到报应。
再说上官巳在洛阳，残暴横行。河南尹周馥和司隶校尉满奋等人阴谋杀他，但事情泄露，满奋等人被杀，周馥得以逃脱。先前，当司马越讨伐司马颖时，司马颙派遣大将张方带兵二万救司马颖，后来听说晋惠帝已进入邺都，便命令张方回兵镇守洛阳。上官巳与部将苗愿带兵在建春门外抗拒张方，结果大败而归。
那时太子司马覃因为上官巳在洛阳横行霸道，对他愤恨已久，听说他战败，便趁夜率领禁卫军袭击上官巳和苗愿。二人战败逃走，于是张方再次进入洛阳。司马覃在广阳门迎接张方并下拜，张方急忙下车扶止住他。司马颖又一次让晋惠帝废掉司马覃和羊后，自己又成为皇太弟。这是羊后第二次被废。
当初，三王起兵讨伐司马伦时，负责幽州军事的宁朔将军王浚持中立态度，首鼠两端，禁止部下军民接受三王的召募。王浚字彭祖，母亲赵氏十分贫贱，经常出入司空王沈的家门，和他私生了王浚。王沈最初以他为耻，不肯相认。王浚十五岁时，王沈死了却没有婚生的儿子，亲戚们便共同立王浚为嗣，后来升官当了驸马都尉。王浚官运亨通，做到中郎将，镇守许昌。待到前太子司马遹被关在许昌时，王浚秉承贾后的旨意，和黄门宦官孙虑共同谋害了太子，因而又升迁为宁北将军兼青州刺史。王浚不久又迁为宁朔将军、负责幽州的军事。当时朝廷昏暗混乱，盗贼蜂起，王浚为求得自己的安宁，便和幽州的夷狄部落结好，将女儿嫁给鲜卑酋长段务勿尘为妻，又把另一个女儿嫁给另一个酋长苏恕延。王浚少年时王家亲人对他都不太熟悉，只有他伯父王浑跟弟弟王深等人说：“你们不要看不起彭祖。这孩子太平盛世时应当不亚于方州牧伯，乱世时则可以成为都督三公。”在后来晋怀帝和晋愍帝的混乱时代，王浚果然成为幽冀都督，位至鼎辅，正如王浑所说。
司马颖心想讨伐王浚但却力不从心，王浚内心也想图谋司马颖。司马颖任命他的右司马和演为幽州刺史，暗中让他把王浚杀了。和演便和乌桓单于审登密谋，邀请王浚和他一道到蓟城南边的清泉去游玩，同时埋伏了弓弩手在山的旁边，打算趁机射杀王浚。刚巧那天下暴雨，伏兵的兵器都被淋湿，他们的箭镞太沉而射不到王浚及其随从，最终无功而返。审登以为王浚得到天助，便将和演的密谋告诉了王浚。王浚于是和审登秘密招集兵马，约同司马越弟弟并州刺史司马腾共同包围和演，将他杀了，然后自己接管了幽州的兵马。
司马颖大怒，让晋惠帝下诏征讨王浚。王浚和他女婿段务勿尘、乌桓酋长羯朱以及司马腾共同起兵讨伐司马颖，于是外族首次大规模参与晋室诸王的战争。司马颖随后派遣部将王斌和石超抗击王浚。
王浚和司马腾合兵攻击并打败了王斌和司马颖另一部将王粹。王浚派部将祁弘为前锋，与石超在平棘大战。石超因为王粹和王斌新败，士气大衰，便被祁弘击破。祁弘乘胜进军。报告败绩的候骑来到邺都，邺中大震，官员们纷纷逃走，土兵也都散了。卢志劝司马颖带着晋惠帝回洛阳。当时司马颖还有一万五千带甲的士兵，卢志便连夜动员部分将士，等到清晨即将出发。然而司马颖母亲程太妃留恋邺都不愿离去，司马颖便狐疑未决。很快动员起来的兵众都散了，司马颖只得和卢志仅仅带了帐下几十骑，护卫着晋惠帝的御用牛车往洛阳逃命。仓猝之间，他们没来得及准备钱财，只有中黄门宦官被囊里有私房钱三千，晋惠帝便下诏借贷用了，在道途中买饭。夜晚则盖中黄门的布被单，吃饭用的都是瓦盆。到温城时，晋惠帝将要拜谒皇陵时，却把鞋履搞丢了，只好穿上随从的鞋，哭着下拜皇陵。到渡过黄河时，张方从洛阳派遣他儿子张罴带了三千骑兵，用自己所乘的车驾奉迎晋惠帝。到芒山下头，张方亲自率领一万多骑兵来迎接晋惠帝。张方将要下拜谒见，晋惠帝赶忙下车亲自止住他。晋惠帝回到洛阳的宫殿后，走散的官员才陆续回来，朝廷才勉强像个样子。
王浚进入邺都，士兵大肆掠夺，死的人不可胜数。王浚派乌桓酋长羯朱去追赶司马颖，一直赶到朝歌，但最终没追上。王浚回到蓟城，因为鲜卑人喜欢抢掠汉人妇女，所以王浚想报答鲜卑人帮自己打败司马颖的恩典，下令道：“有敢窝藏妇女的，斩！”于是城里人家骇然逃难，溺死在易水的多达八千人。
晋惠帝回到洛阳后，张方拥兵专制朝政，不允许势单力薄的司马颖干预政事。豫州都督司马虓和徐州都督司马楙等上奏道：“司马颖不再担负做出决断的重任，应当将他的封邑减少一个，保全他的生命。陛下必须将关中的重任委托给太宰司马颙，自州郡以下，选举授任，任凭他处置；朝廷大事，废兴损益，也都必须咨询他。张方虽然为国效劳，然而不达变通，没有及时回到西边去。陛下现在应当将他遣返，加给张方的官职，请一律不予变动。司徒王戎和司空司马越，忠于国家，小心谨慎，应当让他们参与机事，委以朝政。王浚有平定社稷的功勋，应当特别重用，让他巡抚幽州和朔方，长期成为北方的藩帅。”
张方在洛阳时间长了，兵士剽掠够了，也不想久留，于是众情喧喧，都不想呆在洛阳，议论说要带着晋惠帝迁都到长安。张方担心晋惠帝和公卿不肯，便密谋想趁晋惠帝出宫时将他劫持。张方于是请晋惠帝拜谒皇庙，晋惠帝不肯。公元304年十一月中旬，张方带兵进入宫殿，用自己所乘的车驾迎接晋惠帝，晋惠帝匆忙躲避到后园竹林中。军人找了半天才看到，便把晋惠帝带出来，逼他上车，晋惠帝哭着勉强答应了。张方在马上稽首说：“今日寇贼纵横，宿卫很少，愿陛下临幸臣的兵垒，臣将尽死以备不虞。”
那时，大臣们都逃跑躲了起来，唯有中书监卢志侍奉在晋惠帝身边，劝道：“陛下今日的事情，还是应当听从右将军（即张方）的。”晋惠帝只好临幸张方的兵垒，请张方准备车辆运载宫人和宝物一道前往长安。军人趁机奸污后宫的女眷，争抢宫里的财宝，魏晋以来的积蓄，到这时已被一扫而光。张方准备焚烧宗庙和宫室，用以断绝人们返回洛阳的念头，卢志劝道：“昔日董卓无道，焚烧洛阳，怨毒之声，百年犹存，右将军为何如法炮制？”张方才打消了这一打算。
晋惠帝在张方的兵垒停留了三天，然后张方拥着晋惠帝以及司马颖和豫章王司马炽等人前往长安，王戎出奔到郏城(今河南中牟县)去了。司马颙率领官属和步骑三万人在霸上迎接皇帝车驾。晋惠帝到时，司马颙上前拜谒，晋惠帝急忙下车止住。晋惠帝进入长安，以征西将军府为皇宫。只有尚书仆射荀藩、司隶刘暾、河南尹周馥等人在洛阳留守，承制行事。于是洛阳与长安分别称作东台和西台。晋惠帝不久又改元恢复为永安年号，并恢复了皇后羊氏。
十二月上旬，司马颙让晋惠帝下诏让司马颖以成都王的身份回到邺都；改立司马炽为皇太弟。晋惠帝兄弟二十五人，到这时只剩下司马颖和司马炽以及吴王司马晏。司马晏头脑不是很好使，而司马炽年幼而且历来好学，因此司马颙要立他。司马颙部将马瞻劝司马颙道：“成都王新败，然而东海王实力还在。殿下应当召他来，委与重任，让他放心之后，再慢慢想办法除掉他。”司马颙觉得有理，便请晋惠帝下诏任命东海王司马越为太傅，与司马颙共同辅佐帝室，也让王戎参领朝政。又任命王衍为尚书左仆射；高密王司马略为镇南将军兼司隶校尉，镇守洛阳；东中郎将司马模为宁北将军，负责冀州军事，镇守邺都。百官各还本职。司马颙并命令州郡革除苛政，爱民务本，宣言等待一切清通之后，皇上将回到东京洛阳。司马略和司马模都是司马越的弟弟。王浚离开邺都后，司马越派司马模前往那里坐镇。司马颙因为四方动荡离心，祸难不已，因此让晋惠帝下此诏想调解各派，希望以此获得稍微的安定。司马越辞去太傅。朝廷又下诏让司马颙负责朝廷内外军事，任命张方为中领军兼京兆太守。于是朝廷的大权现在全归司马颙。
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