方舟子发表在中国青年报后来又在很多中文网站转载的《屠呦呦研究的青蒿素和中药有多大关系?》，文章一开始就设立了一个伪命题：青蒿素是不是中药。青蒿是中药，青蒿素是从中药青蒿提纯的植物药，当然不再算是中药。这个命题的虚伪性不在于对问题本身的回答。在于其真实用意是否定青蒿素的发现受到中医古方的启发，否定中医对发现青蒿素的原创性贡献。
方是民言：『中医所用的那种青蒿（又名香蒿）并不含青蒿素，已被证明对治疗疟疾无效。青蒿素是从与青蒿同属的黄花蒿（又名臭蒿）提取的。中医几乎不用黄花蒿入药，用的话也只是用来“治小儿风寒惊热”，从不用它治疟疾。』
问题的关键是存在两个命名系统中医药名与植物学分类名。此青蒿非彼青蒿。方舟子把中药名与植物学名混为一谈从而得出结论说中药青蒿不是黄花蒿。事实上，中药青蒿就是植物学上的黄花蒿（Artemisia annua L.），而不是植物学上的青蒿（Artemisia apiacea）。而植物学上的青蒿基本不被中医使用。
我们从现代学术文献开始追踪中药青蒿这个名字的脉络。
中药青蒿即黄花蒿（Artemisia annua L.），与分类学上的青蒿（Artemisia apiacea）同属菊科（Asteraceae or Compositae）蒿属（Artemisia），两者均为一年生草本植物且形态上非常相似。
中药青蒿的生理生化特征及其研究进展
http://d.wanfangdata.com.cn/periodical/yyyhjswxb200201019
药用青蒿素是从中药青蒿即菊科植物黄花 蒿的叶和花蕾(Artemisia annua L. ) 中分离获得的。
青蒿入药, 最早见之于马王堆三号汉墓出土(公元前 168 年左右) 的帛书《五十二病方》, 其后在《神农本草经》,《大观本草》及《本草纲目》等均有收录。从历代本草及方书医籍的记载, 青蒿入药治疗疟疾是经过长期的临床实践经验所肯定的。1971 年以来, 中医研究院青蒿素研究小组通过整理有关防治疾病的古代文献和民间单验方, 结合实践经验, 发现中药青蒿乙醚提取的中性部分具有显著的抗疟作用。在此基础上，于1972年从青蒿中分离出活性物质——青蒿素。
以上两篇论文均为现代科学研究者手笔。关于中药青蒿是不是黄花蒿的问题结论很清楚。从以下引用的文字也清楚表明，中医界在青蒿的命名问题上也是把中药青蒿等同于植物分类中的黄花蒿。
《中国药典》:青蒿
【来源】 本品为菊科植物黄花蒿Artemisia annua L.的干燥地上部分。
问题的核心在于，古代中药典籍的“此青蒿”是“彼青蒿”还是黄花蒿？这里我们遇到了一个颇有难度的挑战，古代中医药物命名没有现代植物学作为参照系。让我们从最早的《神农本草》开始，查证作为中药的青蒿在历代药典里是一个什么样的概念。感谢互联网技术，在一个“中医世家”的网站上，可以很便捷地查到青蒿在历代药典中的记载。
http://www.zysj.com.cn/zhongyaocai/yaocai_q/qinghao.html
青蒿，《神农本草》称草蒿。青蒿之名的来由在沈括的《梦溪笔谈》（1086-1093）中有很合理的解释：
青蒿一类，自有二种：一种黄色，一种青色。本草谓之青蒿，亦有所别也。陕西银绥之间，蒿丛中时有一两窠，迥然青色者，土人谓之青蒿。茎叶与常蒿一同，但常蒿色淡青，此蒿深青，如松桧之色。至深秋余蒿并黄，此蒿犹青，其气芬芳。恐古人所用，以深青者为胜。不然，诸蒿何尝不青？
沈括的记载透露一个关键信息。古人认定的上品青蒿是色青且香的。青蒿之青是青得特别，深青如松桧而且至深秋依然青色不改。读到这里，就不难理解青蒿素的发现者为什么明知青蒿素出自黄花蒿却坚持用中药青蒿的名字。这不仅仅是对历史对文化的尊重，也是一种对大自然的敬意。
读了从秦朝开始的《神农本草》直到清朝的《本草新编》中的青蒿条目，青蒿的形象就比较鲜明了。20多种古代中药专著对青蒿的表述基本是一致的。青蒿通体青翠，形似茵陈而叶不泛白。至夏渐高五、六尺许，香气可人。秋深开细淡黄花，花下结子如粟米。药性苦寒，苦杀虫而寒清热也。为方便查阅，本文附录汇集了九种中药文献对青蒿的记载。
问题是古籍中记载的中药青蒿究竟是青蒿还是黄花蒿。从这些文献记载中怎么能得出线索呢？我们再来回顾一下方舟子的论点：
『青蒿素是从与青蒿同属的黄花蒿（又名臭蒿）提取的。中医几乎不用黄花蒿入药，用的话也只是用来“治小儿风寒惊热”，从不用它治疟疾。』
方舟子断定古代中医几乎不用黄花蒿入药不是没有根据的。查遍所有能找到的中药古代文献，入药的几乎都是“青蒿”，有青蒿出现的文献中，根本就没有黄花蒿的名字。唯一的例外的是《本草纲目》。李时珍对青蒿的描述与其他人是一样的，不同的是他同时记载了“黄花蒿”。
黄花蒿
【释名】臭蒿
时珍曰︰香蒿臭蒿通可名草蒿。此蒿与青蒿相似，但此蒿色绿带淡黄，气辛臭不可人家采以罨酱黄酒曲者是也。
【气味】辛、苦，凉，无毒。
【主治】小儿风寒惊热（时珍）。
《本草纲目》中记载的“黄花蒿”有点像青蒿，但是色泽黄绿气味辛臭，是用来酿酒腌酱的。很明显，方舟子的论点基本是照搬李时珍的。所谓黄花蒿是臭蒿，而青蒿是香蒿。古代中医几乎不用黄花蒿入药，用的话也只是用来“治小儿风寒惊热”。正是李时珍这段话的拷贝。黄花蒿气味辛臭，古代中医用的青蒿都是香蒿，当然就不是黄花蒿。
但是方舟子错了。黄花蒿的味道是香的，这也就是今天的中医辨识上品青蒿药物的重要标准。以《中华本草》记载为证。存疑者可以自行查证其他独立来源的文献资料。
青蒿
【来源】 药材基源：为菊科植物黄花蒿的全草。
【性状】茎圆柱形，上部多分枝，长30-80cm，直径0.2-0.6cm，表面黄绿色或棕黄色，具纵棱线；质略硬，易折断，断面中部有髓。叶互生，暗绿色或棕绿色，卷缩，碎，完整者展平后为三回羽状深裂，裂片及小裂片矩圆形或长椭圆形，两面被短毛。气香特异，味微苦。以色绿、叶多、香气浓者为佳。
不仅中国人知道青蒿是香的，西方的植物学家也知道中药青蒿是香的。Artemisia annua ：A sweetly aromatic herb with small, yellow flower heads。西方人给他们的Artemisia annua 起了个nickname ——sweet wormwood，与中医把青蒿称为“香蒿”有异曲同工之妙。他们还知道中国人2000年前就用它治疗发热。并且从这种植物中提炼出了抗疟药青蒿素。香蒿中的香料甚至可以用来制作香水。
http://www.kew.org/science-conservation/plants-fungi/artemisia-annua-sweet-wormwood
黄花蒿是香的，而且可以治疗疟疾。李时珍为什么搞颠倒了。其实李时珍并没有错。正如此青蒿非彼青蒿一样，此黄花蒿非彼黄花蒿。问题还是出在两个命名系统上。李时珍的黄花蒿非植物学命名的黄花蒿。植物学命名的黄花蒿也不可能是李时珍时代的自然延续。
生物学分类有7个等级，界门纲目科属种。蒿是属的名称，而蒿的种以数百计。其中不乏介于不同种之间的亚种。尼罗河的后院就有不下三种蒿（图），有开白花的，也有开黄花的，味道有好闻的，也有刺鼻的。中医入药的青蒿根据记载都是开黄花的。但是开黄花的并不都是可以入药的。入药的青蒿在现代遗传学的意义上肯定也不止一种。但是都有非常相似的外部特征，都开黄花，既青且香。
在中医的传承里，书面文献是实践活动的记录也是行业标准。某种青蒿是否能够入药，最终决定取舍的是治疗效果，有没有具备经典要求的清热杀虫作用。而如何判断真青蒿假青蒿，还是上品青蒿，在以经验为主导的中医实践中都是如薪传火心口相传。所以没有特定药效的“青蒿”就被李时珍打入另册，名之“黄花蒿”以示与正品青蒿的区别。
所以错的是方舟子。一个失业十几年的生物化学博士，没有植物学或者中医药药学的教育背景更不用说工作经历，甚至正在逐渐丧失各学科通用的科学思辨力。错不错在他不懂，错在既便是不懂也还要挖空心思抹黑中医，更错在既然下决心抹黑中医又不肯下功夫查查黄花蒿到底是香的还是臭的。甚至不愿动动他的大脑想想，既然中医认为青蒿可以治疗疟疾，为什么没有人用李时珍说的“黄花蒿”去试试呢？如果此黄花蒿就是彼黄花蒿，岂不就可以把方舟子认为根本就不能治疟疾的中药青蒿废弃而把李时珍的“黄花蒿”扶为正品吗？
结论已经清楚地成形了。古代中药文献中只有青蒿而没有黄花蒿，正是因为黄花蒿本来就是中药青蒿的主体成员，不排除在不同地区的中医也使用与黄花蒿非常接近的其他蒿属品种入药。实际上，当青蒿素研究组开始从青蒿中寻找抗疟药物的时候，各地的中医们用来治疗疟疾的青蒿有六个品种（附录2）。这已经把目标锁定在非常小的范围，其中就有现代植物学命名的黄花蒿（Artemisia annua）。青蒿素来自黄花蒿，而黄花蒿是从中药青蒿中确定的。中医对发现青蒿素的原创性贡献不可抹杀。这就是历史的真相，也是历史的公道。
附录1：古代中药文献对青蒿的记载。
《神农本草》，我国现存最早之药学著作。作者不详，口传至秦汉（200B.C.-200 A.D.）成书。
草蒿。味苦寒。主疥搔，痂痒，恶创，杀虫，留热在骨节间。明目。一名青蒿，一名方溃。生川泽。
《本草图经》苏颂 宋 公元960-1279年
草蒿，即青蒿也。生华阴川泽，今处处有之。春生苗，叶极细，嫩时人亦取杂诸香菜食之，至夏高三、五尺；秋后开细淡黄花，花下便结子，如粟米大，八、九月间采子，阴干。根、茎、子、叶并入药用，干者炙作饮香，尤佳。青蒿亦名方溃。凡使子勿使叶，使根勿使茎，四者若同，反以成疾。得童子小便浸之良。治骨蒸热劳为最，古方多单用者。葛氏治金刃初伤，取生青蒿，捣，傅上，以帛裹创，血止即愈。崔元亮《海上方》，疗骨蒸鬼气，取童子小便五大斗，澄过，青蒿五斗，八、九月采带子者最好，细锉，二物相和，内好大釜中，以猛火煎取三大斗，去滓，净洗釜令干，再泻汁，安釜中，以微火煎可二大斗，即取猪胆十枚相和，煎一大斗半，除火，待冷，以新瓷器盛，每欲服时，取甘草二、三两，熟炙，捣末，以煎和捣一千杵为丸。空腹，粥饮下二十丸，渐增至三十丸止。
《本草纲目》李时珍 明 公元 1578 年
青蒿「释名」草高、方溃、牵、狈蒿、香蒿。「气味」（吐、茎、根、子）苦、寒、无毒。「主治」1、痨病。2、虚劳盗汗，烦热口干。3、疟疾寒热。4、温疟（只热不冷，痰多）。5、赤白痢。6、酒痔便血。7、刀伤。8、牙齿肿痛。9、耳出脓汁。10、鼻中息肉。
黄花蒿
【释名】臭蒿
【集解】大明曰︰臭蒿一名草蒿。
时珍曰︰香蒿臭蒿通可名草蒿。此蒿与青蒿相似，但此蒿色绿带淡黄，气辛臭不可人家采以罨酱黄酒曲者是也。
叶
【气味】辛、苦，凉，无毒。
【主治】小儿风寒惊热（时珍）。
子
【气味】辛，凉，无毒。
【主治】治劳，下气开胃，止盗汗及邪气鬼毒（大明）。
《本草乘雅半偈》卢之颐 明 公元1368-1644年
青蒿【主治】主疥瘙痂痒恶疮，杀虱，治留热在骨节间，明目。【核】曰∶生华阴川泽，所在有之。得春最早，望春便发。茎如指肥，叶极纤细，色并青翠，似茵陈蒿而背不白。至夏渐高五、六尺许，秋深开细淡黄花，花下结子如粟米，茎柔韧，根白硬，苗叶花实，并芬芳特胜，功力亦相若也。笔谈云∶青蒿一类，自有二种∶一黄色，一青色。青者入药，即本经所指青蒿，亦有所别。陕西银绥间，见青蒿丛中，时有一两窠，迥然特青如松桧，翠碧可观。至秋余蒿转黄，此蒿翠碧更倍，古人取深青者为胜，恐即此蒿，独得蒿力之专精者也。
《滇南本草》兰茂 明 公元1396-1476年
青蒿，形似蒿。开黄花，生子如粟米大。气味苦，性寒。无毒。主治疥癞痂痒恶疮，杀虱，治留热在骨节间，明目，妇人血腹内满，及冷热久痢。秋冬用子，春夏用苗。补中益气，轻身补劳，驻颜色，毛发令黑不老。亦治疟疾，止金疮痛。
《冯氏锦囊秘录》冯楚瞻 清 公元1644-1911年
青蒿，即草蒿，系神曲中所用者。入童便熬膏，退骨蒸劳热，生捣烂绞汁，却心痛热黄息肉肿痈；烧灰淋浓汤，点泄痢鬼气∶研末调米饮吞，愈风疹疥瘙。止虚烦盗汗，开胃明目，辟邪杀虫，善理血虚有热，专除鬼疰传尸。
《本草崇原》张志聪 高世栻 清 公元1674年
青蒿: 气味苦寒，无毒。主治疥瘙痂痒恶疮，杀虱，治留热在骨节间，明目。（《纲目》误注下品，今改正。）
（青蒿处处有之，春生苗叶极细可食。至夏高四五尺，秋后开细淡黄花颇香，结实如麻子．凡蒿叶皆淡青，此蒿独深青，如松桧之色，深秋余蒿并黄，此蒿犹青，其气芬芳，其根白色，春夏用苗叶，秋冬用子根。寇氏曰∶青蒿得春最早。）
青蒿春生苗叶，色青根白，气味苦寒，盖受金水之精，而得春生之气。主治疥瘙痂痒恶疮者，气味苦寒，苦杀虫而寒清热也。又曰∶杀虱者，言不但治疥瘙，而且杀虱也。又曰∶治留热在骨节间者，主不但治痂痒恶疮，且治留热在骨节间也。禀金水之精，得春生之气，故明目。
《本草新编》陈士铎 清 公元1644-1911年
青蒿，味苦，气寒，无毒。入胃、肝、心、肾四经。专解骨蒸劳热，尤能泻暑热之火，愈风瘙痒，止虚烦盗汗，开胃，安心痛，明目辟邪，养脾气，此药最佳。
或疑青蒿至贱，而吾子誉之如神，真所谓臭腐而出神奇矣。顾青蒿何尝臭腐哉。以青蒿为臭者，薄之辞也。余尝行田野间，往往有一种□气亲人，不见之，知气从青蒿中出，是青蒿气香，非臭也。且其气能辟蝇虱，凡案间有青蒿，蝇不集也，夫蝇逐腐，畏青蒿而不集，其非腐可知。惜其丛生至多，人皆贱之，倘或为鲜产之物，吾不知若何珍之矣。青蒿实有至补之功，以臭腐轻之惜矣。
附录2：[DOC] 青蒿素: 人类抗疟之路的重要里程碑
