公元361年五月，晋穆帝在显明殿去世。他没有留下子嗣，朝廷便决定让晋成帝的长子司马丕继承皇位，成为晋哀帝。晋哀帝即位后马上大赦。不久，他改封弟弟东海王司马弈为琅邪王。秋七月，朝廷将晋穆帝安葬在永平陵，庙号孝宗。
九月，晋哀帝立王濛的女儿王氏为皇后。穆帝何皇后改称穆皇后，移居永安宫。
东晋徐兖二州刺史范汪，历来被桓温所厌恶。桓温准备北伐，命令范汪率领他的部众从梁国出发。冬十月，桓温借口范汪错过出征日期，将他免为庶人。范汪后来居住在吴郡，平时讲话从容谨慎，不谈政治的曲直。有一次他去姑孰见桓温。桓温当时正权倾朝廷，便以为范汪远道专门来拜谒自己，于是十分期待他的来访。他问记室袁宏道：“范公这次前来，可否让他担任太常？”范汪入府坐定之后，桓温先感谢他来看望，接着问他为何远来。范汪其实是专门来造访桓温的，然而又怕时人会以为他趋炎附势而对自己的名声有损，便答道：“去世的孩兒埋葬在此地，所以特来探视。”桓温结果非常失望，重新启用范汪的打算也就作罢了。范汪当时也六十五了，最终死在家里。他儿子范宁，喜好儒学，性格耿直，经常宣扬王弼和何晏的罪孽超过夏桀和商纣。有人认为这样对他俩的贬低也太过分了。范宁说：“王弼何晏蔑视抛弃律令条文，全不把仁义当作一回事。他们尽说一些虚无浮华的东西，误导年轻人，还致使朝廷大臣们翻然改辙，最终导致国家礼坏乐崩，中原倾覆落入胡寇手中。他们留下的残余风气，至今还遗患无穷。夏桀、商纣纵暴一时，刚好足以他们自己丧身覆国，从而成为后世的警戒，又岂能混淆百姓的视听！所以我认为一世的祸害为轻，历代的遗患为重。自己丧亡的罪恶为小，迷惑众人的罪恶为大。”
公元361年这年，东晋归义侯原成汉君主李势去世。
公元362年春正月，朝廷大赦并改元。不久，朝廷减田租，每亩收谷二升。
前燕豫州刺史孙兴请求进攻洛阳，上奏说：“晋将陈祐只有老弱士卒一千多人，守着洛阳一座孤城，不用费劲就可以把他拿下！”前燕君主听从了他的建言，派宁南将军吕护进驻河阴，准备进攻洛阳。
二月，东晋任命庾冰的儿子吴国内史庾希为北中郎将兼徐兖二州刺史，出镇下邳；任命龙骧将军袁真为西中郎将、假节，负责豫、司、并、冀四州的军事兼豫州刺史，出镇汝南。
不久，司马丕拜生母周贵人为皇太妃，礼仪和服装都和太后的相似。
同时，吕护开始进攻洛阳。三月，东晋河南太守戴施逃到宛城，陈祐向朝廷告急。五月，桓温派庾希和邓岳的儿子竟陵太守邓遐率领水师三千人去帮助陈祐守卫洛阳。
桓温上疏再次请求迁都洛阳。奏章说：“巴蜀的成汉已经平定，逆胡的石赵也已经消灭，时来运转的机会已经来到，康泰的气象业已经明显。然而人事反常失误，屡次造成王军出师不利，因此又让燕秦二贼双起，致使海内崩溃破裂，黄河洛水一派萧条，皇家山陵受到危逼。因此远近的百姓无不悲伤惶恐，为错过的时机深感痛心。但希望陛下禀承乾坤自然的英姿，继承伏羲深奥玄朗的品德，像凤凰栖息外籓，神龙飞来皇极一样，对时务的更替和人情的真伪，了解得一清二楚。这样，就会九州归心，远近企盼，各族民众都想依附圣朝。因此陛下的确应当把目光放远，以雄才大略，去光复旧京，收回华夏疆土，使暖风和阳光遍及大地，将严霜和寒飙排除于外，这样岂不顺天应人，天人共乐！如今江河宽阔，风马久远，所以向义和建节的人士为收复中原前仆后继，无怨无悔。更何况北极已经出现，群星自然都来仰望；主流已经汹涌，支流自然都来汇入。晋的遗民为能得到皇德的幽护而欢欣，那些妖逆则知道离灭亡的日子不远了。利用民众思盼归顺的心理，鼓起雷霆万钧的势头，那么燕秦二寇不用大动干戈就可以自己绝灭。所以说圆通的人贵在不拖拖拉拉，明哲的人尚于掌握时机。而和磐石一样坚定的人，才能成就大事。如果这么好的机会来了，而照样不肯展翅飞翔，却永远呆在这南方的边陲，弃神州于不顾，这样只能让五尺的儿童都不免掩口叹息。
“当年先王开始建立大业时，雄心玄圣，领土有九州之广，官制有九服之多，既重视中央地区也关心边远州郡。正是因为决策英明，处事公允，所以后来成为万国之冠，统御四海。自从强大的胡寇入侵以来，中原荡乱倾覆，朝廷狼狈失地，政权只好转移到江南扬越一带，委屈求全等待卷土重来的机会。这实在是因为时局的艰难困顿，并非理性决定的。然而丧乱持久，至今已经五十多年。先朝的旧臣大都去世了，而后来的幼童，放弃了乡音，逐渐入乡随俗，开始忘记了家乡，在江南苟且偷安。回首往事，能不让人悲叹！臣虽然平庸拙劣，才干不足以成大事，然而既然位居人臣之极，便应该担起重任。臣愿意竭尽全力，充当先锋，披荆斩棘，驱除豺狼。臣要求自从永嘉之乱以来流落到江东的人们，全部往北迁徙，以充实河南地区。朝廷将资助他们恢复旧业，让他们返回故乡，从事农业养蚕业。同时充分利用天时地利人和，教导他们做人的原则，对他们尽到礼数，从而使文武都得到宣扬，信用得到流通。一旦民间的根基打了下来，那么自然就会初步做到纲举目张。然后陛下建立章法，飞扬旌旗，坐在金銮御驾里，携带身着朝服的大臣们一道渡过长江。这样宇宙之内谁不欢欣鼓舞！
“人情都贪图安逸，很难让人主动去艰苦创业。非同寻常的大事，总是被大家怀疑。但愿陛下痛下决心，赋予臣成功复兴朝廷的重任。这件大事一旦办成，那么陛下的功勋将比前代君主更为盛大，堪比周宣王当年的中兴。如果不成功，那是臣的罪过，即使遭受烹杀，也心甘情愿。”
朝廷大臣们都害怕桓温，没人敢提出异议。然而北方一片萧条，大家都怕北迁。虽然都知道现在迁都绝对行不通，但大臣们都不敢首先谏阻。只有散骑常待领著作郎孙绰上疏说：“当年中宗（晋元帝）登基，并非完全因为顺天应人，其实依赖的是万里长江的天险可守。如今自丧乱以来，六十多年，黄河洛水一带早已是一片废墟，中原也是一派萧条。士大夫阶层流落到江东，已经几代人了，还活着的都已经是有孙辈的老人，而死去的则墓丘成行。虽然对北方的思念还会感动心头，但眼前的哀痛却真正让人心切。如果真到了迁都回车的日子，那么中兴之后的五座皇陵（元，明，成，康，穆五帝），就又变成遥远的地域。秦山的安全，既然难以保证，那么孝敬的思念，岂不常常会缠绕在圣上的心头！桓温今日的建议，确实是想让朝廷有始有终，完全是为国着想。然而百姓震惊害怕，都怀着恐惧的心理。这样岂不是将造成这样的局面：那就是返回旧日家园的快乐还遥遥无期，而对危险不安定的担忧却就在眼前！为什么这么说呢？我们植根在江东已经几十年了，怎么好一下子就都放弃了，然后把自己驱赶到穷困荒凉的地方去？携家带口万里远行，跨越艰难险阻，远离家坟，放弃产业，田宅也未必卖得出去，车辆船只也无从得到。舍下安乐的家园，想去适应刚经历过战乱的地方。路途的劳顿很可能导致很多人要不累死在路上，要不淹死在江里，真正能到达北方的人应该不会很多。这是仁义的人和国家都应当设身处地为百姓好好考虑的事情！臣的愚见是，应当暂且派遣有威名和实力的将帅，先去镇守洛阳，扫平梁州许昌一带，好好清理河南地区。待到运漕的水路陆路通畅，开垦农田的积蓄也已丰富，豺狼已经远窜，中原进入小康，然后才可以慢慢商讨迁都事宜。现在怎么能舍弃无可争议的道理，去冒着天下的安危而孤注一掷！”孙绰是孙楚的孙子，少年时就景慕高尚，曾著有《遂初赋》以表明志向。桓温看了孙绰的奏章之后，很不高兴，说：“我要跟兴公（孙绰的字）说，干吗不去找你的《遂初赋》读读。好像挺知道国家大事！”
当时朝廷十分担忧恐惧，准备派侍中去劝止桓温。扬州刺史王述说：“桓温其实只是虚张声势，想在朝廷立威而已，并非真打算迁都。就听从他吧，不会有什么事的。”朝廷便下诏给桓温说：“自从丧乱以来，不知不觉地已经历了五纪。将军铲除贼寇，奋勇征伐，忧心西迁，慨叹满怀。朕知道将军准备亲率三军，涤荡污秽，廓清中原，光复旧京。除非舍身为国的忠臣，谁能够这么做？将军所提的各项建议，都是良好的考虑。但黄河洛水一带的重建工作，需要大量的劳作，真让将军费心费力了。”朝廷就这样应付了他一下，结果迁都的事果然不了了之。
桓温又提议要将洛阳的原来放置皇钟雕有猛兽的格架搬到建康。王述说：“永嘉的不幸，致使我们暂时定都在江东。现在正应当荡平海内，很快将重返旧京。如果一时办不到，则应当改迁皇陵，而不应当先考虑这皇钟格架的事！”桓温这才作罢。
朝廷因为交州和广州过于边远，便改授桓温负责并、司、冀三州。但桓温上表坚决推辞不受。
秋七月，前燕大将吕护挡不住庾希和邓遐的进攻，退守小平津，但在路上中了流矢，不久就去世了。燕将段崇收集了残军北渡黄河，进驻野王。邓遐则进驻新城。八月，东晋西中郎将袁真进驻汝南，运送大米五万斛到洛阳。
十二月，庾希从下邳退驻山阳，袁真从汝南退驻寿阳。
要想知道桓温和晋哀帝以后的情况，请看下篇文章。
