公元410年五月底，东晋权臣刘裕成功阻拦了卢循叛军的进攻，保卫了京都。卢循在七月回到寻阳。东晋的危机总算过去了。
这期间，西蜀的谯纵派侍中谯良和太常杨轨等人去见后秦王，请求发兵讨伐东晋。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率领部众二万入寇荆州。后秦王姚兴派前将军苟林率领骑兵和他们会合。
自从卢循东下之后，因为得不到建康的音讯，江陵一带群盗互起。荆州刺史刘道规派司马王镇之率领天门太守檀道济和广武将军彭城人到彦之入援建康。檀道济是檀祗的弟弟。
王镇之到了寻阳，被苟林打败。卢循听说后，马上任命苟林为南蛮校尉，分一部分兵马配给他，让他乘胜进攻江陵，并扬言说徐道覆已经攻克了建康。桓玄的堂兄弟桓谦是江东的望族，他的部曲遍布于荆楚一带。他沿途招募义士和故吏，民众投靠他的多达二万人。桓谦进驻枝江，苟林进驻江津，这两支部队交相威逼，使得多数江陵士大夫和平民都怀有异心。刘道规于是招集部下将士，告诫他们说：“桓谦现在就在附近。听说诸位长者都有点想去投靠他的意思。我们东边来的文武官员足以对付叛军。你们有人想到他那里去的，本帅概不禁止。”于是夜里打开城门，通宵不闭。大家全都既害怕又佩服，结果没一个人离开。
雍州刺史鲁宗之率领部众几千人从襄阳赶赴江陵。有人以为鲁宗之的意图很不明确，劝刘道规要小心为是。刘道规却单马前去迎接他，表示坦诚，鲁宗之非常感动和喜悦。刘道规让鲁宗之和自己一块，把他当作心腹，然后自己率领各路兵马去进攻桓谦。他的属下将佐都劝他说：“将军如今远出讨伐桓谦，胜败未知。苟林近在江津，时刻在等待时机。如果他来攻城，鲁宗之未必能够坚守得住。如果有什么闪失，大事就完了。”刘道规说：“苟林愚昧懦弱，没有什么出奇制胜的计谋。他知道我并未走远，必定不敢攻城。我如今进攻桓谦，一到那里就可以打败他们。苟林还在沉思犹疑之间，我就已经回来了。一旦桓谦失败，苟林必然吓破了胆。哪里还有闲暇前来！况且鲁宗之独自坚守，怎么也能支撑得了好几天！”便率领大军前往进攻桓谦，水陆并进。
桓谦等人大肆陈列水师，加上步骑，和晋军在枝江大战。檀道济身先士卒，冲锋陷阵，结果桓谦等人大败。桓谦单船逃奔苟林，但被刘道规追上杀了。檀道济回军时，来到涌口，讨伐苟林。苟林败走，刘道规派咨议参军临淮人刘遵率众追赶。当初，桓谦来到枝江，江陵的士大夫和平民纷纷写信给桓谦，告诉他江陵城内的虚实，愿意作为内应。到这时，这些书信都落入晋军手中。刘道规看都不看，命令士兵把它们全部烧毁。于是城里的民众完全安心。
江州刺史庾悦任命鄱阳太守虞丘进为前驱。虞丘进屡次打败卢循的兵马，进据豫章，断绝了卢循的粮道。九月，刘遵在巴陵打败并杀了苟林。
桓石绥趁着卢循入寇江东，在洛口起兵，自称荆州刺史。征阳县令王天恩自称梁州刺史，袭击并占据了西城。梁州刺史傅诏派儿子魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等人，把他们都杀了。到这时，桓氏基本灭绝。傅诏是傅畅的孙子。
刘毅坚决要求去追讨卢循。长史王诞暗中跟刘裕说：“刘毅既然已经惨败了，就不应当再让他立功。”刘裕听从了他的劝告。冬十月，刘裕率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等人往南进击卢循，让刘毅负责太尉的留府，将朝廷里的大事全都委托给他。十月十四，刘裕从建康出发。
徐道覆率众三万直奔江陵，突然出现在破冢。当时鲁宗之已经回到襄阳，追他回来也来不及了。于是江陵人情大震。人们纷纷传言说卢循已经平定了京邑，派徐道覆来担任荆州刺史。长江汉水一带的士大夫和平民感激刘道规焚烧他们给桓谦书信的恩情，便不再有二心了。刘道规派刘遵带上部分兵马外出为游军，自己前往豫章口抗拒徐道覆。晋军的前驱虽然暂时失利，但刘遵从外头突然出现，结果大破徐军，杀死了一万多人，其他的士兵几乎也全淹死在水里。徐道覆单船逃走，回到湓口。当初，刘道规派刘遵为游军，大家都认为强敌就在近郊，我们还只怕兵众太少，实在不应该分割兵力，安置在没有用的地方。比及打败徐道覆时，全赖刘遵游军的力量。于是大家都对刘道规心服口服。
再说王仲德和刘钟等人听说刘裕大军即将到来，便到南陵进攻范崇民。范崇民的战舰停泊在两岸。十一月，刘钟亲自去勘察敌情。因为那天雾很大，刘钟的船被一艘敌舰钩了去。刘钟趁机率领身边的士兵奋力进攻那艘敌舰。敌舰抵挡不住，只好关起舰门抗拒。刘钟于是趁机退了回来，然后和王仲德一块进攻范崇民。结果范崇民败走。
守卫广州的卢循士兵不把海道的安全当回事。十一月初二，孙处大军突然从海上过来，又正好遇上大雾，于是四面猛攻，当天就攻拔了番禺城。孙处既安抚他旧日的臣民，又将卢循的亲信党羽都杀了，带兵谨慎地守卫番禺，分别派遣沈田子等人去进击岭南的各个郡县。
十一月初五，东晋益州刺史鲍陋去世。谯道福趁机攻陷巴东，杀了东晋守将温祚和时延祖。
刘裕驻军在雷池。卢循扬言不进攻雷池，只准备顺流直下。刘裕知道他打算决战，便于十二月初一进军大雷。次日，卢循和徐道覆率众数万人塞满了长江前来应战，前后都看不到他们水师的尽头。刘裕全让轻型战舰出战，亲自率领众军齐力奋击。他又分出步骑驻扎在西岸，岸上的士兵向卢循的大船投掷火把，结果战船纷纷起火，烧得烟雾和火炎冲天。卢循士兵因此大败，退回到寻阳。他们又准备逃奔到豫章，便全力用栅栏截断左里。十二月十八，刘裕大军抵达左里，但前进不得。刘裕指挥士兵将要出战时，所执的旗竿突然折断，旗幡沉到水中。大家无不感到奇怪和害怕。刘裕笑道：“往年那场覆舟山战役，我的旗竿也折断过。今天故事重演，我知道贼兵必破。”当即命令强攻栅栏前进。卢循的士兵虽然殊死作战，但到底抵不住刘裕的部队。卢循单船逃走，他的士兵被杀或者投水淹死的总共有一万多人。刘裕接纳其中投降归附的，并原谅那些被逼迫或者抢掠的士兵，然后派刘藩和孟怀玉率领轻兵追赶卢循。卢循收集散兵游勇，还有数千人，于是带着他们逃回番禺。徐道覆则退保始兴。刘裕任命建威将军褚裕之代理广州刺史。褚裕之是褚裒的曾孙。
公元411正月十二，刘裕回到建康。刘毅很讨厌刘穆之，每次总是不动声色地跟刘裕说，刘穆之的权柄太重，但刘裕却愈益信任刘穆之。
刘藩率领孟怀玉等将领追赶卢循直到岭南。二月初五，孟怀玉攻克始兴，杀了徐道覆。
三月，刘裕终于接受太尉和中书监的任命，同时以刘穆之为太尉司马，陈郡人殷景仁为行参军。刘裕问刘穆之说：“孟昶的参佐中谁可以胜任到我府上办事？”刘穆之举荐前建威中兵参军谢晦。谢晦是谢安兄长谢据的曾孙。刘裕当即任命他为参军。刘裕曾经审讯囚犯。刚好刑狱参军有病没来，刘裕便让谢晦代替他。谢晦在车上阅览了审讯的笔录，很快便作出了决定。相府的事情很多，狱讼的案件堆积如山。谢晦将这些事处理得有条有理，几乎从无谬误。刘裕因此对他非常惊奇，当天就任命他为刑狱贼曹。谢晦风姿优美，善于言笑，而且博学多才，所以刘裕对他深为赏识喜爱。
卢循带着他的残兵败将回来后，包围了番禺。孙处据守了二十多天。沈田子跟刘藩说：“番禺城池虽然险峻坚固，但它到底是贼人原来的巢穴。如今卢循包围了它，只怕会有内部事变。况且孙季高的兵力寡弱，怕是不能持久。如果让贼兵回来占据了广州，我担心他们凶恶的势力又会振作起来。”因此于夏四月，沈田子带兵来救番禺，击败卢循，杀了一万多人。卢循逃走，沈田子和孙处一块追赶他，在危梧、郁林、宁浦三地再次大败卢循。不巧碰上孙处生病，大军暂时不能前进，卢循于是得到机会逃到交州去了。
当初，九真太守李逊作乱，交州刺史交趾人杜瑗讨伐并杀了他。杜瑗去世后，朝廷任命他儿子杜慧度为交州刺史。诏书尚未抵达时，卢循已经攻破合浦，直逼交州。杜慧度率领州府的文武官员在石碕抗拒卢循，并把他打败。卢循的剩余部队还有三千人，李逊的余党李脱等人结集南方的少数民族五千多人响应卢循。四月二十四，卢循一早来到龙编南津。杜慧度散尽家财奖赏军士，和卢循大战，投掷点着火的雉尾到卢循的战舰里，然后又派步兵在两岸向船上射箭。卢循的战舰都着火燃烧，于是兵众全都溃散。卢循知道大势已去，便先毒杀了妻子，然后招来妓妾们，问道：“谁能跟我去死？”多数人都说；“雀鼠尚且贪生，叫我们就死实在太难了。”但也有人说：“官人都要死了，我岂愿意独生！”卢循于是把那些不想死的妓妾都杀了，然后自己投水自尽。杜慧度捞上他的尸体，将他斩首，连同他的父亲和儿子以及李脱等人，将七具首级函送到建康。
到这时，卢循之乱彻底平息。
要想知道刘裕以后的情况，请看下篇文章。
