公元418年十二月，东晋宋公刘裕因为谶文说过“昌明之后尚有二帝”（即晋孝武帝司马昌明之后还得经历二帝后才能禅让给宋），便派中书侍郎王韶之和晋安帝身边的人密谋毒杀晋安帝，然后立琅邪王司马德文为帝。司马德文经常在晋安帝左右，饮食寝处都未曾片刻相离。王韶之等待了很长时间，都无机可趁。正巧司马德文生病，暂时到外面居住。十二月十六，王韶之用散衣将晋安帝缢死在东堂。晋安帝死时三十七岁。王韶之是王廙的曾孙。刘裕趁机称说他得到遗诏，奉晋安帝弟弟司马德文即皇帝位，成为晋恭帝，同时宣布大赦。
同时，东晋尚书右仆射袁湛也去世了。
公元419年正月初一，东晋改元。晋恭帝立琅邪王妃褚氏为皇后。褚后是褚裒的曾孙女。正月初三，朝廷征宋公刘裕入朝，进爵为宋王，但刘裕推辞了。正月二十九，朝将晋安皇帝安葬在休平陵。东晋任命刘道怜为司空，出镇京口。
当初，司马楚之带着他父亲司马荣期的棺柩回到建康时，正好遇上刘裕在剪除宗室成员里有才望的人。司马楚之的叔父司马宣期和兄长司马贞之都被处死，司马楚之不得不逃亡并藏匿在竟陵的蛮人中间。待到他堂伯公司马休之从江陵逃奔后秦后，司马楚之逃亡到汝水和颍水之间，聚众图谋复仇。司马楚之少年却有英气，能屈尊下士，因此聚集了部众一万多人，进据长社。刘裕派刺客沐谦去行刺他。沐谦找机会混进司马楚之身边，而司马楚之待他非常优厚。沐谦打算行刺，但找不到机会。于是他夜里称病，知道司马楚之一定会去看望他，便想趁机行刺。司马楚之果然亲自带了汤药前往探视，非常诚恳地问候病情。沐谦不忍心下手，便把匕首扔到席下，将真情全盘告诉了司马楚之说：“将军深为刘裕所忌惮，希望不要轻率，千万注意保全自己。”于是委身事奉，成为他的贴身护卫。
王镇恶死时，沈田子杀了他兄弟七人，只有弟弟王康逃脱，跑到彭城去投奔刘裕，刘裕便任命他为相国行参军。王康请求回洛阳探视母亲。恰好遇上长安失陷，王康便纠合关中流亡出来的难民，得到一百多人。他又率领侨民七百多家，共同保卫金墉城。当时晋室的宗室成员多数都逃亡在河南。有个叫司马文荣的，带领一千多户讨饭的驻扎在金墉城南；又有个叫司马道恭的，从东垣率领三千人进驻城西；还有个叫司马顺明的，率领五千人进驻陵云台；而司马楚之则驻扎在柏谷坞。北魏河内镇将于栗磾率领游骑在芒山上，经常下来和这些宗室部队一道进攻金墉。王康在那里坚守了六十天。刘裕任命王康为河东太守，派兵去救他。敌军后来都散走了。王康在当地鼓励农业和养蚕，百姓都信任和依赖他。
司马顺明和司马道恭以及平阳太守薛辩都投降了北魏，北魏任命薛辩为河东太守以抗拒胡夏。
秋七月，宋公刘裕接受了宋王的爵位。八月，刘裕移镇寿阳（今安徽寿县），任命度支尚书刘怀慎为负责淮北军事的徐州刺史，出镇彭城。
九月，宋王刘裕自己要求解除扬州牧的职位。
冬十月，东晋任命尚书右仆射王松寿为益州刺史，出镇漒川。
刘裕因为河南十分萧条，便于十月二十八，迁徙儿子司州刺史刘义真为扬州刺史，出镇石头。萧太妃跟刘裕说：“道怜是你平民出身的兄弟，你应当用他作扬州刺史。”刘裕说：“我寄奴对道怜，难道还有什么东西舍不得给他！但扬州是国家的根本所在，事务非常繁多，不是道怜干得了的。”太妃说：“道怜都五十出头了，难道还不如你那个十岁的儿子？”刘裕说：“义真虽然名为刺史，但事无大小，都是由我寄奴决定。道怜年长，又不亲自理事，名望也不行。”太妃这才没话可说。刘道怜生性愚蠢卑鄙，而且贪婪放纵，所以刘裕不肯用他。
十一月初一，日食。十一月初五，朝廷给刘裕加特殊的礼仪，进王太妃为太后，世子为太子。
公元420年春正月，宋王刘裕很想接受晋恭帝的禅让，但又难于自己启齿。于是他召集朝廷大臣们到寿阳来参加宴会，在筵席上从容地说道：“桓玄篡位时，皇鼎和天命都已经转移了。我首倡大义，兴复了帝室。接着又南征北战，平定了四海。现在功成业就，因此接受了九锡。如今我年龄即将衰暮，而位置又是如此极端的崇高。俗话说，物皆忌盛，非可久安。所以我今天打算奉还爵位，归老京师。”大臣们个个都只盛赞他的功德，却没有人懂得他的真实意图。到了晚上，大家都散了。中书令傅亮到了宋王宫殿外头时，才突然醒悟过来，但宫门已经关闭。傅亮扣门，然后进入宫扉求见。刘裕当即开门见他。傅亮进去后只说了一句：“臣很快就会回来。”刘裕明白他的意思，没再说什么，只是直接地问他：“须要多少人相送？”傅亮说：“几十人就可以了。”当即告辞。傅亮出宫后，已经深夜。他见到长星划过夜空，于是拍着大腿叹道：“我通常不信天象，现在居然应验了。”傅亮于是马上前往建康。
夏四月，在傅亮的安排下，朝廷征宋王刘裕入朝辅佐。刘裕留下儿子刘义康为负责豫、司、雍、并四州军事的都督兼豫州刺史，出镇寿阳。刘义康年龄还小，刘裕便让相国参军南阳人刘湛为长史，决定府里和州里的大事。刘湛自从二十岁弱冠时就有主宰四海的情操，经常自比管仲和诸葛亮。他博涉书史，但不写文章，也不喜欢空谈议论。刘裕非常器重他。
六月初九（壬戌），刘裕抵达建康。傅亮暗示晋恭帝禅位给宋，并写好诏书的草稿上呈给晋恭帝，让他亲手誊写。晋恭帝欣然操笔，跟左右随从说：“桓玄那时，晋氏已经失去了天下。后来重新被刘公延续，至今将近二十年了。今天的事情，本来我也是心甘情愿的。”于是在赤纸书写禅让诏书。
六月十一，晋恭帝逊位后回到琅邪王的府第，百官向他拜辞。秘书监徐广伤心得流泪痛哭。刘裕受到禅让诏书后上表陈让，但晋恭帝已经逊位了，所以刘裕的奏章无法上呈。接着陈留王曹虔嗣等二百七十人，以及宋王朝台的大臣们，一道上表劝进。刘裕还不肯接受。太史令骆达陈述了天文符瑞等几十条，大臣们又再三请求，刘裕这才答应。
六月十四（丁卯），宋王刘裕在南郊设置祭坛，即皇帝位，成为宋武帝。礼仪完毕，刘裕从石头城预备法驾进入建康皇宫。徐广又一次悲感交集，痛哭流泪。侍中谢晦警告他说：“徐公难道一点小过错都没有吗？”言外之意是，刘裕可能以他的其他过错处置他。徐广答道：“先生是宋朝的佐命大臣，贫身却是晋室的遗老。悲伤的事情，当然你我不同。”徐广是徐邈的弟弟。宋武帝临幸太极殿，大赦，改元。同时，让那些受到乡论清议谴责的和犯有贪赃淫盗的官吏，一律从文档中消除对他们的非议，一切都重新开始。
到这时，东晋正式灭亡。
宋武帝刘裕然后封晋恭帝司马德文为零陵王。对他优崇的礼遇，完全仿造晋初晋武帝对待曹魏后裔的方法，并在原来的秣陵县为他建造宫宇，派冠军将军刘遵考带兵防卫。同时降皇后褚氏为王妃。
六月十七，宋武帝任命司空刘道怜为太尉，封长沙王。又追封司徒刘道规为临川王，让刘道怜的儿子刘义庆世袭他的爵位。其余功臣像徐羡之等人，增位进爵各有差别。
宋追封刘穆之为南康郡公，王镇恶为龙阳县侯。刘裕到海上悼念刘穆之，说：“要是刘穆之不死，他将会帮助我治理天下。真可以说‘人之云亡，邦国殄瘁’！”又说：“刘穆之的死，让人看不起我。”
刘裕接着立皇子桂阳公刘义真为庐陵王，彭城公刘义隆为宜都王，刘义康为彭城王。
六月二十六，刘宋朝廷将《泰始历》改为《永初历》。同时太史上奏，说在东方黑龙出现了四次。
当初，宋武帝将一瓮毒酒授予前琅邪郎中令张伟，让他鸩杀零陵王司马德文。张伟叹道：“为了求生而去毒杀君主，我还不如自己去死！”便在路上自己喝下毒酒死了。张伟是张邵的兄长。太常褚秀之和侍中褚淡之，都是褚后即现在的褚王妃的兄长。司马德文每次生了男孩，宋武帝即命令褚秀之兄弟找方便的机会把他杀了。司马德文自从逊位之后，非常担心遭到祸殃。他总是和褚妃住在一个房间，自己在床前煮东西吃。饮食所用的，都出自褚妃的亲手料理，所以宋人得不到下手害他的空隙。公元421年九月底，宋武帝命令褚淡之和他的兄长右卫将军褚叔度前往探视王妃，王妃于是到别的房间和他们相见。有士兵趁机爬墙进入司马德文的房间，把毒药给司马德文喝。司马德文不肯喝，说：“根据佛教的教义，自杀的人是不能再轮回的。”士兵就把他用被子盖住窒息而死。宋武帝率领百官临朝三天悼念他。晋恭帝司马德文死时三十六岁。他后来被安葬在冲平陵。
晋恭帝年幼时性情就比较能忍。他在籓国时，曾叫善射的人射马作为游戏。后来有人说：“马是国姓，而现在殿下自己把它杀了。这很不吉祥。”他恍然大悟，十分后悔。晋恭帝后来深信佛教，花了上千万的钱财，造了一个高达一丈六尺的金塑佛像，并亲自步行了十多里，到瓦官寺去迎接金像。他兄长晋安帝是个弱智，所以晋恭帝在即位前总是侍奉在他身边。他照顾晋安帝的起居，以恭敬谨慎见闻，受到当时人们的称赞。最初，晋元帝是在丁丑年称晋王和安置宗庙。他让郭璞占卜，郭璞说“可享二百年。”自从丁丑年到禅让给宋武帝刘裕的那个庚申年，总共有一百零四年。然而严格地说，开始的丁丑年应该还算西晋，而终结的庚申年则应算刘宋，所以剩下的只有一百零二年。郭璞觉得一百零二年太短促了，所以委婉地倒过来，成了二百年。
刘裕建立的宋朝从史学意义上开创了中国历史上的南北朝。虽然这时五胡乱华时期的十六国仍然还有一些国家继续存在，直到许多年后才被北魏兼并，但两晋十六国从此转入了南北朝时期。要想知道宋武帝的未来，请看南北朝系列的文章。
