1996年1月，姚文元刑满出狱。他站在那间他蹲了十多年的牢房里，看了看四周，对着屋子长长地叹了一口气。然后慢慢地脱下身上的囚衣，换上了家里人早已送来的一套新中山装。
狱警打开了那扇沉重的大铁门。姚文元对狱警说：“这么多年，真麻烦你们了。”狱警严肃地说：“不要客气，回去后好好想一想，以后可不能做那些坏事了。”姚文元点点头连说：“说得对，说得对！”他提着自己在监狱里的东西，跟着狱警到了监狱的办公室，办理完了一切出狱手续，看着外面灿烂的阳光，高兴地向大门外走去。此时，家里的人早已在大门外面接他来了。
姚文元在亲人们的陪同下，提着东西来到北京火车站，购买回上海的火车票。这位昔日出门时都是前呼后拥的中央政治局委员，这时在排队的人群中，将头上帽子压得低低的，生怕有人认出自己。当火车在上海火车站停靠，姚文元下车看到自己的妻子金英时，眼泪都快流出来了，不觉长叹一声：“唉，这真是十年一梦啊！”
姚文元是在被通知到怀仁堂开会时被捕的。那是1976年10月6日下午3点钟的时候，机要秘书郭木文将一份紧急通知送到了他的办公桌上。
信的内容是这样的：
中共中央办公厅 汪东兴(签字) 1976年10月6日
姚文元此时既表示怀疑，可又不愿放弃有可能升为“常委”的机会，为了稳妥，便决定找一下张春桥，再将情况弄清楚。他来到了张春桥住地，知道张春桥同样也接到了一份会议通知。姚文元怀疑这次会议是一场“鸿门宴”。他刚谈出自己的想法，一向被尊敬为军师的张春桥却笑他太多虑了，并当场指点他说：“你为何不能参加呢，现在你不是常委，可十年前你是什么，连中央委员都不是，现在已经在政治局干了这么多年，事物从来都是发展的嘛！”
接着，张春桥又举起几根手指说：“这4个行吗？怎么也得是个单数。”姚文元了解到，这次会议没有通知江青参加，这使他放了心。
姚文元就在这种复杂而多虑的情况下，于7点40分从家里驱车前往怀仁堂开会。姚文元是继张春桥、王洪文之后最后一个来开会的。他被人领到东廊的休息室。这时，中共中央警卫局政委武健华走进来，向他宣读了中央决定。
当听到宣读后他并没有像王洪文一样穷凶极恶地向对方扑去，而是表现得很平静，没有反抗，也没有争辩，只说了一声“走吧”。早已做好准备的行动人员，此时竟没有了“用武之地”，就领着姚文元出了大门。
可以说，在林彪、江青这两个反革命集团受审的十名主犯中，没有哪一个有姚文元如此的“辩护本领”，也没有哪一个敢在法庭上，公开将自己罪责说成只是“工作责 任”。对于这一点，林彪那伙耍枪杆子的不必说，就连姚文元之前耍惯了笔杆子的陈伯达，此刻也望尘莫及。在法庭上公诉人指出：“……姚文元同张春桥、王洪文 诬陷、迫害陈丕显、曹获秋等，是为了巩固他们在上海篡夺的权力，把上海变成他们反革命活动的基地，决不是什么工作责任，而是他们蓄意犯罪。”公诉人发言 后，审判员问辩护律师对被告人还有什么要发问的。姚文元的辩护人名叫韩学章，是一位深通法律的女律师。
韩学章问姚文元：“你诬陷上海市委书记、市长曹荻秋同志是叛徒，你跟张春桥是怎么商量的？是怎么定下来的？”
姚文元是一个“聪明人”，他从自己的角度出发，对辩护人提出的问题答道：“关于曹荻秋的问题，我没有跟张春桥专门讲过……在叛徒问题上没有进行过什么指使人策划或者专门要他们定为叛徒……我画过圈，我没有蓄意要一定迫害他，但是定为叛徒是错误的，我这一点要负责任。”
擅于玩弄文字游戏的姚文元在这里用了几个很特别的程度副词。在谈到与张春桥共同密谋迫害曹荻秋时，他用了“我没有跟张春桥专门讲过”，这里的“专门”二字很 值得研究。从另一个角度理解，就是他没有否认自己参与迫害曹荻秋这个事实，曾讲过这个问题，但不是专门讲的，就不存在蓄意迫害，一般的工作上讲一讲，你如何定罪？
另一点就是他说自己“没有蓄意一定要迫害他”，这里的“一定”也用得很有分寸。因为迫害已是事实，但也只是“画过圈”，属于一般的工作问题，并不是自己“一定”要这么做，罪行自然不同了。
还有在最后，他也只承认“这一点要负责任”。原上海市委在张春桥的控制下，马天水等人把持原上海市委常委通过的诬陷曹荻秋同志的所谓“审查报告”……上报 中央之前，先直送北京给张春桥和姚文元等人，经他们“审查”圈阅，并根据他们所定调子修改后，才能正式上报党中央。
由此不难看出，姚文元无论如何狡猾地为自己辩护，他在迫害陈丕显、曹荻秋，参与篡夺上海市委大权的反革命行动的罪行是无论如何都赖不掉的。
姚文元被特别法庭判处有期徒刑十八年。
入狱后，他不像江青一样大吵大闹，也不像张春桥一言不发，他总是装出一副老实改造的样子，每天读报、看书、写检查、谈自己的认识，要与林彪、江青反革命集团划清界线。除此之外，为了表现积极，他还根据报上得到的消息，不断向监狱方面提出各种有关国家大事的建议，并要他们向中央政治局转达。这其中最可笑的是， 当他看到报上登的全国人民生活富足了，家家丰衣足食，很多人家过年时都是大米白面猛吃时，就向监狱方面提出，这样可不行啊，这样搞几年就会没有粮食吃了，得有个计划，发个票进行限制。请你们赶快代表我向中央政治局同志们转告一下，提醒他们，我们还是要艰苦奋斗，对粮食要有计划，不能这样敞开肚皮来吃啊！
在服刑的时间里，姚文元还遇到了烦心事，那就是家里的财产纠纷。姚文元的父亲姚蓬子病逝，留下了一笔遗产，1986年，姚文元母亲周文修为继承姚蓬子的遗产扯起了风波，家里为此闹得不可开交，最后还是要姚文元这个亲儿子表态。事情终于通知了正在服刑的姚文元，此时的姚文元需要的是自由，对于财物之事早已看穿，于是他写信给妻子，动员她在这个事情上对母亲让步。由于姚文元表现了灵活的态度。这件闹到了监狱的家事，最后终于平息。
2006年1月6日新华社发出以下不足百字新闻稿：“林彪、江青反革命集团案主犯姚文元因患糖尿病，于2005年12月23日病亡。姚文元，男，74岁，於1981年被最高人民法院特别法庭判处有期徒刑20年，剥夺政治权利5年。1996年1月刑满释放。”
