这个问题我曾考虑过，不一定对，供参考：
用药讲究君臣佐使，光杆司令的作用往往不如协同作用。如冰片，本身直接的药性不大，但是能使得药物的有效成分能更快的进入体内，细胞之间。故而使得方剂药物的作用更大。再如狗皮膏药的药引麝香；这里麝香本身气味的主要作用－－－ 因该 －－－ 是强活血而非镇痛。
再如，生化的某一条反应链，提取的药物成分可能仅促进或者抑制这条链中的一个关键酶，但方剂中的多个成分可能影响该链的多个酶的活性，使得最终效果显著。特别是在方剂中的某药抑制他药的副作用时，单纯提取的活性分子可能就更不如方剂的效果了。
在生命体，如草药中，一个成分的分子合成要经过多个生化反应，应该会有相似但不同结构的类似物。这些不同的分子各具不同的药效。它们对于某另一生化反应的不同阶段的酶的活性影响一定会有差异。但是如果以对于该生化反应的最终产物，或者某个阶段产物的影响，这些类似物的合同作用应该要大于某个单一分子的作用。
虽然各例不同，但依此类推。
由此可见西药的局限性。
