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前天终于把折腾了六个多月的一组实验数据在组会上作了总结。这是和一个即将毕业的博士生合作的课题:用我两年前通过CRISPR技术创建的突变癌细胞系,这个学生通过RNA-Seq手段和wild-type的癌细胞进行了基因表达的比较,发现了几个可能与肿瘤转移有关的基因的表达出现了异常。这种基因表达的变化,似乎印证了带这些突变的病人肿瘤出现扩散的病症,但在体外是不是能通过实验模型来验证,成了我们实验室的攻关项目。六个月前我完成了老鼠模型需要的stable cell line的构建。移交给别的学生去进行老鼠实验,就接受这个新的挑战。

翻阅了一些资料,发现invasion assay其实是一个相对成熟的实验。但具体到我用的细胞系,就是不同的故事了:大约一半文章说做不出来,一半能做出来。不知道该相信谁,就找了一家欧洲实验室,他们去年有文章声称作出来了。我老板比较相信欧洲的实验室的数据,就去信问。对方倒是大方地说了:我们数据用的是倍数。基数是2-4个细胞,增加2-4倍就是8-10个细胞!老板这下也知道了任务艰难,对我说:你也没作过这个类型的实验,你就试试吧。

三次失败的实验就让我找到了可能原因。我们的细胞系不能转移,但对照的癌细胞系转移得不错,证明了我的实验流程没有问题。而无意中的一个观察让我联想到我读到的一篇Nature Method文章里提到的可能原因,而我的观察也被实验室另一个同事在一个不相干的project里得到了证实。我的观察,同事的实际数据,文献的支持,让我决定放弃现有声称做出来的文献里使用的材料。但当我开始order新材料的时候,才发现我要用的材料,那些文献里提到的公司两年前就停止生产了。。。

换了材料就成功了。我观察到了突变癌细胞和wild-type的巨大差别。可现有的定量方法我不满意--数细胞的方式,人为操纵结果的可能性太大了。为了找一个合适的定量方法,我和老板讨论了多次,也换了四五种不同的方式。一个月前终于找到我自己满意,老板也认可的定量方式。。。

合作的学生要毕业,等不及我的结果,文章里用了我不满意的定量方法的结果,送到Nature的一家子杂志,还在review中。但最新的实验结果让老板有信心,即使不接收,他也准备用新的数据,送同级杂志。而我期望的不是一篇文章,而是一个新的proposal--再拿一个grant, 我就不必担心为儿子的大学学费去Walmart打工了。


组会后把数据交给老板。他说:中间你想放弃的时候我没同意,我想放弃的时候你没同意。这六个月熬下来不容易。得把几个相关的同事召集起来,商量怎么写proposal。。。上一轮没有我的数据,申请没有成功。有了新方法和数据,也就有了更多设想,给实验室开拓了一个全新的方向,希望这次能成功。。。

(二0一八年三月九日)

花树2017 发表评论于
赞! Best luck!
goldjay 发表评论于
祝你申请项目成功!!!
风清fq 发表评论于
钦佩,用CRISPR技术。我梦想着却从未有机会学。
done_that 发表评论于
祝你好运!希望有好的结果!
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