前天终于把折腾了六个多月的一组实验数据在组会上作了总结。这是和一个即将毕业的博士生合作的课题:用我两年前通过ＣＲＩＳＰＲ技术创建的突变癌细胞系，这个学生通过RNA-Seq手段和wild-type的癌细胞进行了基因表达的比较，发现了几个可能与肿瘤转移有关的基因的表达出现了异常。这种基因表达的变化，似乎印证了带这些突变的病人肿瘤出现扩散的病症，但在体外是不是能通过实验模型来验证，成了我们实验室的攻关项目。六个月前我完成了老鼠模型需要的stable cell line的构建。移交给别的学生去进行老鼠实验，就接受这个新的挑战。
翻阅了一些资料，发现invasion assay其实是一个相对成熟的实验。但具体到我用的细胞系，就是不同的故事了:大约一半文章说做不出来，一半能做出来。不知道该相信谁，就找了一家欧洲实验室，他们去年有文章声称作出来了。我老板比较相信欧洲的实验室的数据，就去信问。对方倒是大方地说了:我们数据用的是倍数。基数是２-４个细胞，增加２-４倍就是８-１０个细胞！老板这下也知道了任务艰难，对我说:你也没作过这个类型的实验，你就试试吧。
三次失败的实验就让我找到了可能原因。我们的细胞系不能转移，但对照的癌细胞系转移得不错，证明了我的实验流程没有问题。而无意中的一个观察让我联想到我读到的一篇Nature Method文章里提到的可能原因，而我的观察也被实验室另一个同事在一个不相干的project里得到了证实。我的观察，同事的实际数据，文献的支持，让我决定放弃现有声称做出来的文献里使用的材料。但当我开始order新材料的时候，才发现我要用的材料，那些文献里提到的公司两年前就停止生产了。。。
换了材料就成功了。我观察到了突变癌细胞和wild-type的巨大差别。可现有的定量方法我不满意--数细胞的方式，人为操纵结果的可能性太大了。为了找一个合适的定量方法，我和老板讨论了多次，也换了四五种不同的方式。一个月前终于找到我自己满意，老板也认可的定量方式。。。
合作的学生要毕业，等不及我的结果，文章里用了我不满意的定量方法的结果，送到Nature的一家子杂志，还在review中。但最新的实验结果让老板有信心，即使不接收，他也准备用新的数据，送同级杂志。而我期望的不是一篇文章，而是一个新的proposal--再拿一个grant, 我就不必担心为儿子的大学学费去Walmart打工了。
组会后把数据交给老板。他说:中间你想放弃的时候我没同意，我想放弃的时候你没同意。这六个月熬下来不容易。得把几个相关的同事召集起来，商量怎么写proposal。。。上一轮没有我的数据，申请没有成功。有了新方法和数据，也就有了更多设想，给实验室开拓了一个全新的方向，希望这次能成功。。。
（二０一八年三月九日）
