抗战期间,《申报》数度历经种种波折,数度停刊又复刊。首先是1937年11月,上海沦陷后,日方企图控制该报,《申报》拒绝其新闻检查,于1937年12月14日宣布停刊。1938年1月、3月,申报汉口版和香港版先后复刊,但汉口版于当年7月停刊,香港版于次年7月停刊。
1938年10月10日,《申报》借美商之名在上海租界内复刊。1941年12月8日,日军开进了上海公共租界,申报再次停刊。一周后,在日军威胁下,《申报》复刊,完全为日军报道部所控制。1942年日军军部突然派人查封《申报》。12月6日,日本海军派汉奸陈彬龢以“军管会”的名义接管《申报》,并任命陈为社长。日本投降当天,陈彬龢潜逃。1945年9月17日《申报》停刊。
抗战结束后,由于战时《申报》为日军强占,于是政府以《申报》“附逆”为名,成立以CC系要员潘公展为主任的申报报务管理委员会,对其实施接管,将设备封存。1945年11月22日《申报》复刊,潘公展任指导员,立法委员陈训悆为总经理兼总编辑。从此,《申报》完全被国民党CC系控制。
1949年5月27日,中国人民解放军进入上海后,因意识形态不同且《申报》为中国国民党党产,中国共产党宣布立即停刊。