黄吴李邱关押5年后“升级”秦城
1971年10月24日，黄永胜（九大中央政治局委员、总参谋长）、吴法宪（九大中央政治局委员、副总参谋长、空军司令员）、李作鹏（九大中央政治局委员、副总参谋长、海军第一政委）、邱会作被“诱骗”到人民大会堂开会，随即被隔离审查。
1973年8月20日，中共中央一致通过并批准中央专案组《关于林彪反党集团反革命罪行的审查报告》，开除林彪、叶群的党籍，开除黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作、李雪峰（九大中央政治局候补委员、北京军区第一政委、河北省革委会主任、河北省军区第一政委）的党籍，撤销他们党内外一切职务。但是并没有撕掉黄吴李邱的领章、帽徽，他们被称作“特殊首长”。负责监管的北京卫戍区接到指示：“不病不逃不死，其余不用管。”监管副连长对邱会作说：“中央决定安置历届犯错误的中央政治局委员，每月200元生活费养起来。……此前曾两次通知要你走，都没有走成。李震（公安部部长）死后，中央对你们的审查也就停下来了。有人提出，黄吴李邱就是那些问题，可以处理了。毛主席、周总理都同意，但汪东兴（十大中央政治局委员、中央办公厅主任兼中央警卫局党委第一书记）提出李震的死，可能与你们有关，这样就拖下来了。1974年2月19日，周总理安排你到新地方，但江青等人反对，你们的事也就没人管了。”
1975年3月6日，汪东兴、纪登奎（十大中央政治局委员、国务院副总理、中央政法小组组长、北京军区第一政委）、华国锋（十大中央政治局委员、国务院副总理兼公安部部长）、吴德（十大中央政治局委员、北京市委第一书记、市革委会主任）等报告，中央专案组670个审查对象，准备释放除林彪案外的“绝大多数”。3月7日，周恩来主持中央政治局会议通过。3月8日，毛泽东调看350人的释放名单后批准。而涉及林彪案的320人依然在押。邱会作认为，对人不加审判就长期关押，本身就是严重的政治和人身迫害。
1976年9月9日毛泽东逝世，吴法宪从广播里听到后心跳加速，不得不服用镇静药。他那时对毛泽东充满了感情，同时他也担心江青掌权，听到毛泽东治丧委员会以华国锋为首，他的心情才平静一些。10月中旬，吴法宪从广播里得知抓获“四人帮”，欣喜若狂，大概也有出头之日了。邱会作日夜盼望的就是这一天！他甚至梦见叶帅通知他重新工作，鼓励他放下包袱好好干。
12月5日，中共中央通知：“凡属反对‘四人帮’的人，已拘捕的，应予释放；已立案的，取消刑期予以释放；给予党内处分的，应予撤销……”有人提出黄吴李邱是反“四人帮”的，应该解放他们。汪东兴说：现在主要是集中精力搞“四人帮”，把他们先“放”到秦城监狱。12月31日，华国锋下令，黄吴李邱“到秦城集中学习，继续审查”。进秦城的第一件事就是扒掉领章、帽徽，邱会作从小参加红军，他坚决不让扒掉红领章，国民党都没有扒下来过！正激烈争执，外面进来一个人说：“不要搞那些事了，以后不穿就是了。”
秦城监狱内部是圆圈，一个个小房，墙是软的。狱室是棺材形，不到8平方米，一张离地30公分高的单人床板，一张高60公分的小条桌，一个抽水马桶，一个汤碗大小的洗脸池。李作鹏被抽走鞋带，摘走手表。监狱长宣布：第一，只准叫监狱编号7103；第二，不准乱写乱画；第三，不准大喊大叫。李作鹏不服：“为什么不能平反？毛主席发动和领导的文化大革命彻头彻尾是错误的。各种大小冤案都平反了，难道文革中唯独林彪一案是正确的，不能平反？只有华国锋的‘凡是’思想，才是如此逻辑！”
邱会作认为毛主席、周总理健在时，主要是清查他们与林彪有没有“两谋”（谋害毛主席，南逃另立中央）。“毛主席是下决心不要我们了，但还没有要彻底打倒我们，对我们还是审查。……只要我们没有‘两谋’，就是在文化大革命特殊而复杂情况下的路线问题。现在想起来，当权者是匆忙决定把我们关进秦城的，秦城方面几乎毫无准备，寒冬腊月，暖气是坏的，可见这帮当权的家伙多狠心。这是一个重大的历史错误，完全混淆了两类不同性质的矛盾。他们既然已经把我们放到斜坡上往下推，那就收拾不住了。后来邓小平、彭真（中共十一届四中全会补选中央政治局委员、中央政法委书记）等人又借势踹上一脚，一踹到底了。”
邓小平首先提出“两案”结合
1977年7月，邓小平对胡耀邦（中共中央党校副校长）说：“林彪反党集团的问题也应该重新审理了，在揭批‘四人帮’中必须联系林彪！”1978年6月2日，邓小平在全军政工会议上，主张在制订若干历史问题决议时审理“两案”，“要把‘四人帮’揭深批透，非联系揭批林彪不可。”“过去没有怎么批，被‘四人帮’包庇下来。……揭批‘四人帮’联系批林彪，这是顺理成章的事，不存在什么‘纠缠历史旧账的问题’。”邓小平对陈云（中共十一届三中全会当选政治局常委、中央副主席）说：“林彪、江青一伙的问题弄清楚之后，党内解决不了，就交给人民。”
1978年12月，陈云担任中央纪律检查委员会第一书记，邓颖超、胡耀邦分任第二、三书记。黄克诚（中纪委常务书记、中央军委顾问）只有一只眼睛有微光，他三次拒绝胡耀邦的邀请。陈云说：“中纪委最重要的工作就是抓党风，现在党风这个样子，我们能安心待在家里，安度余年吗？”这才把黄克诚动员出来。
12月18日，中纪委成立第二办公室，负责审理“两案”。由于涉案者被开除出党，陈云提议：由中纪委抽调人员与有关方面（中组部、总政治部、公安部、最高人民检察院、最高人民法院）配合，组成审理领导小组办公室。一组审查林彪集团，二组审查“四人帮”，三组审查陈伯达。
1979年初，中央成立“两案”领导小组。胡耀邦（中央组织部部长）提议黄火青（最高人民检察院检察长）任组长。黄火青则考虑此案重大，需各方面配合，建议由胡耀邦兼任组长，自己任副组长，得到中央同意。组员有黄克诚、王鹤寿（中纪委副书记，负责日常工作）、刘顺元（中纪委副书记）、张启龙（中纪委副书记）等。下设办公室，主任曹广化（军事检察院检察长），副主任刘鸣九（中纪委委员、一室主任）、刘丽英（中纪委二室副主任）等。审批组负责接收案件材料，林彪案材料在公安部，“四人帮”材料在中办。清点工作花了一段时间，交接清楚后拉回“两案”办，全由自己搬运，大概有好几十箱。
林彪案由总政治部具体组织。韦国清（总政主任）让黄玉昆（总政副主任）、史进前（总政副主任）组织保卫部、检察院、法院和总参、总后、空军、海军及各大军区、各军兵种的力量，由中央“两案”领导小组直接领导。
1979年8月11日，胡耀邦在中央“两案”领导小组会议上说：“小平同志提出，要召开全国‘两案’工作会议，林彪和‘四人帮’这两个案子，要合起来通盘考虑，避免发生畸轻畸重。……这两个案子在国内国外影响都很大，不公开审交不了账。”8月15日，第一次全国“两案”审理工作座谈会召开。中央明确指出：林、江反革命集团犯的不是党的路线错误，而是触犯了《中华人民共和国刑法》，应移送司法机关处理，按照法律，依法审判。
国际上对审判“两案”有各种看法。有的认为不能审，不敢审，审不了。他们怀疑，林彪是毛泽东确定的接班人，江青是第一夫人，你们能审吗？国内则有人担心审理“两案”有损毛泽东的形象和声誉。有些人提出，先处理人民内部矛盾，分清党内的功过是非，等党的若干历史问题决议做出后，再处理敌我矛盾。还有一些人担心，我国法制不完备，又经过十年内乱，遭到严重破坏的公检法正在恢复之中，审判这么重大的案子，没有先例，担心审不了。中央经过研究，认为一定要审，不审不足以平民愤。按照法律规定，本应由司法机关独立审判，但“两案”问题复杂，16名主犯中13个中央政治局委员，5个政治局常委，3个党中央副主席。更重要的是他们犯罪时，大多是利用合法的地位和权力，审判他们必然涉及党的路线错误问题，涉及党的领导方面特殊复杂的问题，而这些问题仅靠司法部门是难以弄清楚的。由于这一案件特别重大，情况特殊，工作进行得好坏将对国内外造成很大影响，所以必须置于党中央的直接领导之下。但是关于审谁，审什么，怎么审？党内高层认识并不完全一致，座谈会没有最后决断。
9月3日，邓小平对胡耀邦说：“黄吴李邱、陈伯达可算一案，王张江姚作为一案，作为篡党夺权、阴谋政变的集团来处理。不要一个人一个人地去判，按集团案把起诉书写出来。”“审判时把他们的主要罪行，祸国殃民的罪行写出来就行了，其它小的罪行不一定那么细。……”
9月11日，中央“两案”办正式通知由总参、总后、海军、空军组织专人审查，起草黄吴李邱的单人起诉书。9月25日，林彪案被移交总政治部。10月初，陈云主持中纪委会议，基本结束党内审查，交司法部门处理。10月6日，通知将个人起诉转为集团起诉。黄玉昆回忆：中央 “两案”领导小组原拟审判两大集团的108名罪犯，后来几经研究，递减至80、60、40、20人。10月25日讨论林彪案起诉书第三稿，为增加气势，拟让江腾蛟（空军政治部党委书记）、胡萍（空军司令部副参谋长、空34师党委书记）、王维国（空4军第一政委）、陈励耘（空5军政委）、周建平（南京军区空军副司令员）、李伟信（空4军秘书处副处长）等12人列入主犯起诉。如何增加“气势”呢？鉴于在侦查中没有发现“四员大将”黄吴李邱与“两谋”有关的罪证，那就要从承担这一罪证的“小舰队”中定一个主要人物。
