李自成山海关失利，败退北京后，开始曾打算据守北京。经再三斟酌，决定放弃北京，主动西撤。原因是大顺军在北京地区没有足够的增援兵力，清军一旦围城，大顺军兵将可能成为瓮中之鳖。此时，城内百姓眼见大顺军败阵而回的狼狈景象，谣言四起，潜在的敌对势力蠢蠢欲动，在此情况下，李自成于29日在北京匆匆举行登基典礼后，即刻率部西撤。撤离时下令焚毁明代宫殿和各门城楼。
清军在山海关地区短暂休整后向北京进发。4月30日，多尔衮在蓟县获悉大顺军已经撤离北京，命令多铎，阿济格和吴三桂率清军火速追击，以穷追猛打进一步重创大顺军，夺取被大顺军运走的金银财物。多尔衮自己率领部分兵力于5月2日进入北京。北京城里的官绅百姓并不知道吴三桂已经降清，纷纷传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位，准备了皇帝的法驾卤簿出城迎接。不料迎来的是昂然而来的多尔衮，大为惊讶之下不少人偷偷溜走，也有部分官员将错就错把多尔衮迎进武英殿，拜倒在其脚下。
5月8日，清军在庆都追上大顺军。李自成命令部下谷英阻击，被清军击败，谷英被杀。接着，清军在真定再次杀败大顺军。大顺军在畿辅丧失立足之地，只得退入山西，以精兵扼守固关。追击的清兵于5月12日返回北京。
京师二度易手，在明朝官绅里造成重大影响。大顺军占领北京时，明朝官绅大多申请留用，与此相反，清兵入京后，大多汉族官绅因为民族隔阂不愿出仕清朝，纷纷南下。清廷为争取汉族缙绅势力支持，采用灵活政策，明显比大顺政权和随后建立的南明弘光政权技高一筹。大顺政权的追赃助响，南明弘光政权的追究南逃官绅曾经投降大顺政权的“顺案”，都使得很多官绅心灰意冷大失所望，因而另寻出路。多尔衮进京后，采纳范文程，洪承畴等汉族官僚的建议，为了得到汉族官绅地主的支持，他以为明帝复仇讨贼为标榜，先下令京城官民为崇祯帝服丧三天，以争取民意。同时，多尔衮不拘一格征用前朝官员，唯才是用，不论是明朝官员还是大顺政权官员，也无论是明朝政权内部的东林-复社党人还是魏忠贤阉党等敌对派别，只要有才，又愿意归附清廷，一律官复原职，甚至加官晋级。多尔衮还经常命令降清的汉族官员举荐人才，形成门生旧友相率入朝的热闹局面。明朝中叶以来，缙绅势力膨胀，成长为各地举足轻重的社会力量。多尔衮兼容并蓄，求贤若渴的方针策略，为快速奠定清朝在关内的统治起到了至关重要的作用。
在经济上，多尔衮也实行维护官绅地主利益的政策，将被起义农民夺去的田产一律归还原主。同时规定各地所征田赋一律按万历年间标准，废除崇祯年间加征的辽饷，剿饷和练饷。又对明朝的卫所制度进行改革，把卫所军士改为屯丁，遇有缺额永不勾补。多尔衮有鉴于明朝不顾人民死活横征暴敛终于导致自身覆亡的教训，有意减轻百姓负担，他的政策对于稳定人心，使流离失所的人口与荒废的土地逐步重新结合起来，起到了积极作用，为以后社会生产的恢复和发展创造了比较有利的条件。
清廷占领北京初期所采取的措施，在相当程度上改变了汉族居民对于清军之前三次深入内地时屠杀掳掠的残暴印象，尤其是对于汉族官绅招徕有方，不仅使得清廷迅速在畿辅及附近地区站稳了脚跟，也为之后征服全国奠定了基础。
大顺军在山海关战役中失败的消息传开后，原大顺政权管辖区内的明朝官绅乘机纠集兵力发动叛乱，推翻当地的大顺政权。叛乱的官绅以明朝为正统，他们对于山海关战役和清军入京的详情并不了解，只知道大顺军被吴三桂杀败，有的稍闻清军入关，以为只是吴三桂借用清方兵力。因此，他们打的旗号多是“擒贼复明”。
大顺军撤入山西之后，清军也停止了追击，返回北京休整，其间有大约一个月没有采取军事行动，当时清军所占地方只是京师附近一带。但李自成没有乘机坐镇太原，抓紧从陕西等地调集军队入晋，以加强山西防务；而是如惊弓之鸟，带领刘宗敏等高级文武官员率主力继续一路向西，于6月初渡过黄河，返回西安。清军占领畿辅地区后，山西原本成为大顺政权与清廷对峙的前线，李自成不战而退是他对于清廷心生恐惧的表现。
5月10日，一度投降大顺政权的明朝大同总兵姜瓖叛变，先以“复明”为号召，后归附清廷。之后唐通（就是最初被李自成派去山海关劝降吴三桂的原明朝降将）在晋，陕交界地区发动叛乱，进而投降清廷多尔衮。唐通原奉李自成命令镇守同陕西相邻的军事要地保德州，由于他的叛变，不仅使得山西北部全部沦入清廷之手，而且由于唐军占领了府谷，黄甫川，清水营和佳县一带，在黄河西岸的陕西也建立了据点，直接威胁到大顺政权的陕北防务。李自成对唐通的叛变极为愤怒，下令把唐通的母亲和儿子处死。
从1644年到1645年，仅仅一年之中，原归附大顺的明朝旧将几乎都叛变投降清廷，这对于整个局势的逆转起到至关重要的影响。李自成的嫡系部队原本不如清军八旗兵将能征惯战，对于投降大顺的原明朝将领应该授予高官厚禄尽力笼络，并改编其军队，在使用降将时候，应该以嫡系大将统领精兵为主，降将为辅，可惜李自成对此经验警惕不足，经常任用刚刚投降大顺的明朝将领率原部兵马独挡一面，导致风向一转就叛乱四起，终至土崩瓦解。（待续）
