扬州失陷，史可法殉难的消息传到南京，弘光朝顿时陷入恐慌之中。五月初五日，清军进抵长江北岸，初九日，多铎命令汉军正蓝旗人梅勒章京李率泰带领南明降将张天禄，杨承祖等部在瓜州以西十五里处乘船渡江，在金山击败明防江水师郑鸿逵（郑成功叔父）军，随即登上南岸，占领镇江。次日，大惊失措的弘光帝和马士英带领少数宦官，不告而别朝廷其他公卿大臣，不做任何部署，于凌晨时分仓皇弃城出逃。
天亮之后，南京城内的官绅军民传闻皇帝和首席大学士已经弃城逃走，立即乱做一团。混乱之中，南京守备勋臣赵之龙为首的勋戚大臣决定降清，派人前往清营接洽。十五日，多铎率清军主力到达南京城外，赵之龙，朱国弼同魏国公徐久爵（开国功臣徐达后人），隆平后张拱日，大学士王铎，礼部尚书钱谦益等三十余名高官显贵大开城门，出迎于郊。清兵进城搜索警戒后，十七日多铎进入南京城，把城中东，北两区汉族居民尽行驱出，供清军居住。
弘光帝朱由菘和马士英于五月初十日夜间逃出南京城，原本打算避往浙江杭州，但经过溧水县时遭遇当地士兵拦截抢掠，混乱之中，马士英的儿子马銮带领勇卫营拥簇着弘光帝经太平府转入芜湖投靠靖国公黄得功。马士英则以随身兵力护卫皇太后邹氏辗转赴杭州。
黄得功对京城的变故完全不知晓，见皇帝突然驾到，大为吃惊，问明情况，意识到朱由菘张皇失措已经无可救药，但仍然决定效忠到底，把这位如同惊弓之鸟的皇帝迎接进自己的军营。
清军统帅多铎得知弘光帝出逃，进南京后立即命令刚刚投降的“四镇”之一刘良佐率领部卒充当向导，派多罗贝勒尼堪，护军统领图赖等人领兵经太平追至芜湖。刘良佐现身说法暗中劝降黄得功部下将领田雄，马得功向清廷投降。黄得功不知情，把刘良佐派来劝降的使者斩首，引兵出战。叛军乘黄得功不备之时，暗中突发一箭，射中黄得功喉部，黄得功自刎而死。弘光帝被已降清廷的黄得功部将田雄，马得功等人活捉献给清方。据记载，当时田雄背着弘光帝，马得功捉住弘光帝两只脚，弘光帝号啕大哭，哀求二人，田，马二人回答，“事关我们的功名，不能放了你。”弘光帝愤恨不已，咬田雄的后脖，田雄被咬出血，染红了衣服。弘光帝被俘后，被塞入没有门帘遮挡的小轿之中载入城去，头上包着布，沿路观看的百姓顿足唾骂，有的向他投掷瓦砾。
弘光朝建国后的整整一年里，正处于内忧外患日益加深之际，君臣上下有可为之事而不作为，朝野人士不仅没有因为北都的覆亡而振作起来，反而在腐败，内讧，争权夺利上变本加厉，腐朽程度远远超过崇祯时期。朱由菘昏庸荒淫，作为皇帝自然逃脱不了主要责任，但弘光朝廷继承的是党争，腐败，武将跋扈，忙于权力的再分配导致的内耗才是弘光朝廷土崩瓦解的主要原因。（待续）
