唐代以后，徽州文化开始昌盛，研究医学的也逐渐出现。到明、清时代，名医辈出，出现了百家争鸣的大好形势。根据不完全的统计，自宋代至清末，共有名医466人，其中197人装写了355部医学著作，为发展祖国医学事业做出了巨大贡献。
新安医学的发展，大体上分为两个时期。
一、兴起时期。
唐代，吴人杨玄操任歙县蔚，对《难经》进行注释工作，是三国事吴太医令吕广注解《难经》的继起者。又歙西七里头圣僧庵慧明，精研医学，时称 “圣僧”。从宋神宗原丰年年间至宋末（1080---1276年），新安有名医14人，有2人写了3部医学著作。歙县张扩（1054---1102 年？），从学于湖北蕲水庞安时，随后又到四川向王朴学习脉诀，于是医名大振。他享年四十九岁，从事医学活动约在1080—1102年间。张扩之学传弟张挥，又传子张师孟。张挥再传于子张彦仁，继传于孙张杲，仰承俯授达110多年，成为新安第一代名医世家。张杲以儒医著称于世，究心医学五十余年，于南宋淳熙十六年（1189年）写出了新安第一部医学著作——《医说》10卷。此书博采宋以前古代医书案而成，记叙了从三皇到唐代名医110多人的临床治验，也是我国现存最早的医史传记。明`天启三年（1623年）再版时，田启亮誉之为“医林之珍海”。此后，婺源名医程怒倩（著《医方图说》），歙县御赐“医博“黄孝通，休宁吴源，婺源江，程约、马荀仲等相继涌现，为新安医学的兴起揭开了序幕。
到了元代（1277~1367），共有名医12人，有4人写了6部医学著作。歙县翰林鲍同仁撰《通元旨要》、《二赋注》、《经验针法》、吴以凝撰《去病简要》27卷，婺源太医王国瑞撰《扁鹊神应针灸玉龙经》一卷（现均为四库珍本）。此外，休宁太医提举程深甫，郡医学提领范天锡，医学教授马萧、张良卿和祁门名医徐存诚等，均相继驰名于时。
明初至正德末年（1368~1521年），共有名医21人，其中有9人写了11部医学著作。歙县程宏宾有《伤寒翼》，汪源有《保婴全书》、许宁有《医学伦理》等。休宁程充辑成《丹溪心法》五卷，使丹溪学说在新安发生了很大影响。歙县程颉阶撰有《松崖医径》、《医论集粹》、《脉法指明》，其兄程阶撰有《太素脉决》、《经验方》，太医陆彦功于弘治十年（1497）撰写《伤寒便览》十一卷，新安刘锡于正德五年（1510年）撰写《活幼便览》，休宁吴显忠则撰有《医学权衡》。在这一百五十多年中，新安医学较宋、元时期，有稍有发展。
二、全盛时期。
明嘉靖至清末（1522~1911），新安医学进入了全面发展的时期。这时候医学名家大量涌现,纷纷著书立说。从嘉靖至清末（1522~1911年），即有名医137人，有45人撰写了96部医学著作。祁门汪机以毕生精力研究医学，写出了《石山医案》、《续素问钞》、《医学原理》、《外科理例》、《针灸问对》等著作13部76卷、歙县江颧编成了我国第一部《民医类案》12卷，吴昆之老师徐午亭撰写了《诸症析疑》、《余午亭医案》。此外还有：休宁方广的《丹溪心法附余》二十四卷（1536），祁门汪宦的《医学质疑》，陈家谟的《本草蒙筌》，徐春圃的《古今医统大全》100卷（1566），休宁孙一奎的《医旨绪余》、《赤水玄珠》、《孙文垣医案》，歙县方有执的《伤寒论条辨》8卷（1589），吴琨的《素问吴注》24卷（1594）和《脉语》、《医篡》、《医方考》，以及婺源江时途的《医学原理》30卷、《丹溪发明》5卷等。大量的医学著作问世，使新安医学为之一振。
从清代来看（1644~1911年），新安医家进一步开展了学术争鸣。在这268年中，涌现出名医281人，有136人撰写了239部医学著作。著名的医家有程敬通、程应乐旌、郑重光、程云来、汪昂、程国彭、郑海涧、程杏轩、汪钹、许豫和等人。许多医学著作在全国都有一定影响，其内容有医学经典的注释，理论的发挥，诊断、方药、运气等方面的学说，而且内、外、妇、儿、伤、后、眼、针灸、推拿等各科，无不具备，在新安医学史上出现了一个光辉灿烂的时期。
汪机、吴谦分别被誉为明、清四大医学之一。徐春圃的《古今医统大全》、程杏轩的《医述》等，已被列为中国十大古代医著。
汪机提出“调补气血，固本培元”的医学思想，开创了新安医学的“培元派”先河。方有执认为张仲景《伤寒论》垂世远久，当有错简，竭20余年之精力，寻求端绪，撰成《伤寒论条辨》，称为“错简派”之组。喉科名医郑梅涧父子用养阴清润之法，治疗白喉，开创了喉科医学史上的“养阴清润派”。徐春浦发起组织的“宅人医会”，是中国最早的医学学术团体。这些成就在新安医学乃至整个中医学的继承和发展中，都起了很大作用。
新安医学专科齐全，世代相传，形成很多的“家族链”，至今不息。如始于南宋的“医博”黄孝通的“黄氏妇科”，至今已有二十五世，代不乏人，延续至今的还有明代余午亭和吴正伦创办的“内科”，清代王雪健创始的《新安王氏医学》、郑于丰、郑于蕃创始的“南园喉科”、“西园喉科”等。这些专科，内容丰富，经验独特，在中医学发展史上具有重要地位。随着新安医著的外传，还对日本、朝鲜及东南亚各国的医学发展发挥了积极作用。
新安医学主要著作 ：《医说》宋代歙县人张昊撰，新安医学的经典著作。 《眼科宝籍》明代著名医学家程玠（歙县人）著。 《石山医案》明代汪机（祁门县城人）著。 以及《名医类案》（我国第一部总结历代医案的专著）、《本草蒙荃》、《慎斋遗书》、《古今医统大全》等等。
一、 现存最早载有大量医学史料之著述——张杲与《医说》
张杲，字季明，南宋歙县人其伯祖张扩受业于庞安时，祖张挥，父张师孟均业医。张杲行医五十余年，为了弘扬轩吱及古来名医之道，将古来医者，医案汇集为《医说》于1189年刊行。是书十卷，内分四十七门，总论名医110多人.首七门为医书总叙、针灸、诊视之类，次分杂证六门，次妇人、小儿二门，次疮及五绝、痹疝三门，而以医功报应放卷末。有评论，有本人实践附后，取材较丰富。还收载了古代一些不太公开的处方，对保存和传播古代医籍起了一定的作用。虽在张杲之前有唐代甘伯宗的《名医传》，但原书已失，故《医说》是我国现存最早载有大量医史人物传记和医学史料的书籍，也是第一部较为完整的新安医学著作。该书东传，朝鲜李斯王朝成宗十五年（公元1488年）曾刊行，日本万治二年（公元1659年）也刊行。因此《医说》也是最早流传国外的新安著作。
二、 第一部注介医方之专著——吴昆与《医方考》
吴昆，字山甫，别号鹤皋山人，明代歙县人。15岁时从歙县余家山余午亭学医。临证16年，体会到生搬硬套地用古人成方治疾，不仅疗效不显，而且容易误病殃人，用古方必须要掌握方义和加减进退的规范。于是“取古昔良医之方七百余首，揆之于经，酌以心思，订之于证，发其微之，编为六卷，凡二十门，题之端曰《医方考》”。
