1553年瑟維特終忍不住用假名發表了他的神學宣言《基督教復原》The Restitution of Christianity,此書原名,隱然是與加爾文在1534年出版的《基督教要義》Institution of the Christian Religion針鋒相對。書中不少論點,加氏早前給他的信中經已作覆,但他新著中似都未聞未見,只不斷重複其個人的推論。然瑟氏絕非無理取鬧,他信聖經字字無誤,更通新舊約原文,熟悉尼西亞前期教父著作,所有立論,言必有據。其失在于欠缺足夠融通消化,很少咀嚼不同的意見,只顧拋出自己的反對。瑟氏認為,尼西亞大會後神學己把上帝分成父、子、靈三神,教會敬拜了三頭怪,開始墮落,其實已非信仰獨一真神上帝,變無神論者,故終產生羅馬教宗暴君和改教者敵基督。這種挑釁的語言再形諸文字,硬針對舊的與新的基督教世界整體,自難免馬上引起近在身邊的天主教會注意。瑟氏先受民事法庭傳召,遲到兩小時毫無歉意,態甚倨傲,其後收押,准身邊留有僕役。偵訊開始,他手按聖經,表示自己素守天主教禮儀,只出版過世俗的地理和醫書,從無反對聖教會,否認他就是瑟維特。待揭示他留有與新教加爾文的手稿,他始含淚承認,那是多年前出于好奇,以對方為有學問的人,所以通過信,他說那時候加氏曾懷疑我是瑟維特,我已否認了啦!翌晚深夜,他借尿遁,由看守所逃脫。民事法庭震怒,加大搜證力度,搶先在宗教法庭裁決之前完成證供,以異端罪判之火刑,將其畫像伴其著作,當眾焚毀。不過瑟氏肉軀,避得了公教的火柱,卻免不了新教的。亡命往意大利,他經過日內瓦。但是明明有很多路可走,為甚麼偏要路過那裡?路過也罷,一留竟月,所欲何為?訂了水路的船要離城前的禮拜天,他突現身教堂,給加爾文認出,他遭逮捕審查,最終當然是驗明異端,綑上火柱。自第六世紀以來,羅馬政府法典用焚刑處死異端,政府以為有責任執行法律,終止瀆神的極惡,減少將來永罰的機會。千年的觀念,羅馬教會無改,改教的新教,依然不改。發表異見的瑟氏,自己其實早也清楚這結局,他的下半生,也正為逃避這結局,但何以最後一年,又像故意佈置,一步又一步,把自己推向該結局?他以身試法,是在想甚麼?難道因為羅馬教是暴君,有新教反對,新教是敵基督,非要等他來做殉道者表明不成?這真是天曉得!