乾隆准备修《四库全书》，纪晓岚力排群雄，成总篆官。和珅自然很不服气，于是将与纪晓岚有私仇的如玉安插在纪晓岚身边，伺机报复。为了顺利编篡《四库全书》，纪晓岚巧妙设计，使得大臣推举的人选在乾隆面前露出了外强中干的原形，从而招揽了真正的有学之士。如玉的才学得到了纪晓岚的赏识，就在纪晓岚认为万事具备之时，如玉在和珅的指示下，开始推行暗中破坏，并嫁祸纪晓岚，纪晓岚陷入了一次次的风波……
刚刚修完《四库全书》的纪晓岚被调至都察院任左都御史，眼看危及自己的利益，和珅及其党羽使计将纪晓岚排挤出都察院。和珅栽赃纪晓岚，却反被捉弄，于是耿耿于怀，寻找报仇机会。大学士阿桂亲戚海升之妻自杀，海升的妻弟贵宁在本家亲戚和珅的指使下，诬告海升谋杀妻子，纪晓岚主持验尸，结果仍是自缢。和珅指使贵宁告御状，并暗中对试题作了手脚，以诬陷纪晓岚“失察”。和珅此举不仅针对纪晓岚，还直接指向了阻碍自己实现政治野心的忠臣——阿桂，于是，都院内外，一场正义与邪恶的较量开始了……
为了招贤纳士，乾隆要开恩科考试。想到既能聚敛钱财，又能广招门徒，和珅热烈回应。而纪晓岚大加反对，招致处分。由于科场舞弊成风，考生刘进薪大闹科场，乾隆得知后大怒，命和珅查办此事。和珅舍卒保车，严惩查办考官，而科考作弊的真正操纵者——总督敏德并未被涉及。刘进薪因揭露了考场丑闻而被敏德迫害，接状的纪晓岚决定查清真相。经过与和珅的一番较量，纪晓岚怒揭科场舞弊病，敏德伏法，而和珅却因自己的受贿罪证被毁而更加肆无忌惮，表示要借科考培植自己的势力，与纪晓岚对抗到底…
纪晓岚奉命调查浙江巡抚卢焯贪污国库银两之事，和珅指使卢焯收买美女张了了为饵，引纪晓岚上钩。俗话说的好“英雄难过美人关”，面对张了了，纪晓岚不禁升起怜爱之心，这让小月醋意大发。张了了因为自己的爱人在卢焯手中，只得听从和珅的安排，对纪晓岚的调查工作百般阻挠。卢焯为了掩盖罪行，挟持清官富春孙的女儿瑶琴，以迫使富春孙顶罪。小月无意中救下正欲寻死的瑶琴，劝其去京城告御状，瑶琴在途中巧遇微服私访的乾隆，误会百出。张了了被纪晓岚的正直所感动，暴露了自己的身份……
内务府黄家私吞国库银两之事败露，和珅极力为黄家开脱，纪晓岚却揭露出黄家假公济私的真相。黄家以高价回收丢失的国库元宝，纪晓岚私下调查却被抓进黄家大牢。为了掩盖罪行，黄家给纪晓岚纪晓岚投毒，被纪晓岚巧妙识破。纪晓岚将计就计，开始装疯卖傻，了解隐情。围绕着两枚丢失的国库元宝，一场明争暗斗开始了……
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