各方翘首以待的“国务机要费案”侦察结果于11月3日提前发布，检方将起诉陈水扁妻子吴淑珍。这份陈瑞仁检察官的起诉书，犹如在台湾投下了一枚威力无比的超级重磅炸弹。陈水扁面临的已不单单是下不下台的问题，而是如何让扁嫂及自己躲过未来的牢狱之灾。然而，目前仍不能断言“九头鸟”的阿扁就一定会因此而下台。阿扁的结局，其实有五种可能。
由陈瑞仁检察官主办的编号为“95年度侦字第23708号”（注：“95年度”是“中华民国”纪年，即公历2006年度）的台北地检署起诉书明确指出，陈水扁及妻子吴淑珍皆涉嫌贪污犯罪，检方将起诉扁嫂；阿扁则因“刑事豁免权”暂免起诉，等任期届满或下台后，再行追诉。
阿扁在今年的“倒扁年”里遭遇了无数颗“克星”，“台开案”（注一）、“SOGO礼券案”（注二）、“台新银行秘密帐户案”（注三）、两次“罢免案”、红衫军波澜壮阔的“倒扁运动”、美国对扁冷眼而视，等等。在一连串来势汹汹的事件中，阿扁有时镇静自若，有时匆忙应战，要么毫发未损，要么皮开肉绽，但均未伤筋动骨。
正当外界普遍相信阿扁已经熬过了“九九八十一难”、最后的“国务机要费案”最多是走走过场、势利的美国人开始挺扁、阿扁自己更是坚信“盘又变了”；因此如释重负、得意忘形的时候，陈瑞仁的起诉书给了阿扁当头一棒，这一棒可谓是打中了阿扁的痛处。
陈瑞仁的起诉书称得上是压垮阿扁的“最后一根稻草”，几乎没人相信，阿扁及民进党还能拿出什么起死回生的“解药”。身为阿扁同门师兄弟、与阿扁同属深绿人士的陈瑞仁，不顾自己深绿母亲的担忧，排除各方干扰，秉公办案，绝不徇私枉法，令人肃然起敬，同时对台湾司法独立的精神和制度发出由衷赞叹。
然而，现在就断言阿扁已经“死亡”，必下台无疑，仍未免太乐观了。阿扁的结局可能有下面几种情况。
一、挖掘新证据，漂白自己，证明无罪。“国务机要费案”涉及“六次秘密外交”，检方认为，其中只有两件是存在的，一件是虚构的，另三件则根本与国务机要费无关。扁诡辩因为“秘密外交工作”的花费，加上往往要“私下垫支”，因此平日也有需要预支花费；坦承曾因为“拚外交”的关系，以他人消费发票来报帐、核销国务机要费；并称有些因为涉及“极机密”，所以并未完全向检方作出说明。
起诉书公布后，扁扬言要公开“机密文件”。扁称所谓的六件外交机密，他只讲了两件，必要时一定会提出充分证据，证明有其它四件外交机密存在。“总统府”人士乐观地表示，这是一次法律攻防战，他们可以就起诉书的漏洞一一击破。或许阿扁搞“机密外交”“金钱外交”，确有难言之隐。阿扁本人就是律师出身，因此不排除老奸巨滑的阿扁把死棋走活。
二、拖延战术，拖到2008年任期届满。阿扁现在只是涉嫌犯罪，又因“刑事豁免”特权免于起诉。起诉书只是为迫使扁下台提供了大气候，并无直接赶扁下台的功效。“行政院长”苏贞昌在11月3日指，（扁）是否有具体事证涉案，应交由司法三审定谳；司法三审定谳耗时，很可能会跨过陈水扁任期届满的2008年5月。
扁继续赖在台上，逍遥法外，但度日如年，任满离职后仍难摆脱司法纠缠。缺乏保护伞的扁嫂就没有那么幸运了，随时面临牢狱之灾；只是出于对残疾人的人道关怀，可能改用监外执行。
三、被罢黜。台“立法院”分别在6月27日、10月13日搞过两次“罢扁案”，皆因赞成票数未过三分之二门槛而闯关失败，原因是民进党立委全体缺席，台联党立委投下废票。
6月27日的第一次罢扁案，门槛为148票赞成；结果：赞成119票，弃权（废票）14票，反对0票。10月13日第二次罢扁案，门槛为147票赞成；结果：赞成116票，弃权（废票）13票，反对1票。第二次罢扁案的战绩尚不如第一次罢扁案。马英九是“人在江湖，身不由己”，明明知道罢扁案通不过，特别是第二次罢扁案纯属多此一举，为了不失人心，避免授人以口实，指责他不作为及“倒扁不力”，马硬着头皮推动了两次罢扁案。
目前台“立法院”的席次如下：总席次220席（原221席），国民党90席，民进党85席（原86人，后1人病故），亲民党22席，台联党12席，无党联盟8席，无党籍3席。国民党、亲民党组成的蓝营拥有112席，即便加上无党联盟、无党籍的11席，也只有123席，距147票的门槛仍差24票。这就是说，要使罢扁案在“立法院”通过，必须要台联党“起义”，民进党部分立委倒戈。
乘着陈瑞仁起诉书的东风，国亲两党趁热打铁，紧急行动，积极推动第三次罢免案；马英九向民进党立委大声喊话，望其支持罢扁案。
至于弹劾案，程序与罢免案相似，门槛比罢免案更高。弹劾案必须要有大法官介入，一旦进入司法程序，案子会旷日持久；且大法官为陈水扁所提名，审案时立场是否公正、无私受怀疑。因此国民党不看好弹劾案。
四、狗急跳墙，孤注一掷，最后决战，解散“立法院”。这是阿扁“宁为玉碎，不为瓦全”的“焦土策略”，阿扁拥有这张王牌和特权。此计虽壮烈，但太毒辣。为了一己之私，把台湾政局搞得一团糟，会留下万世骂名。况改选立委后，阿扁仍逃不脱下台的命运，不过是苟延残喘多做了几十天“总统”而已。阿扁断不会用此下策，除非他疯了。
五、辞职。阿扁多次表示：如果什么什么，我就辞职。“拼命三郎”的性格注定阿扁决不会轻易辞职，所以人们看到阿扁只说不做；他如早辞职，台湾早已是另一番景况了。这次可不一样了，“狼来了”不再是戏言。“不见棺材不掉泪”，估计阿扁已把“辞职”列入可能的选项。民进党部分立委表示，不排除要求陈总统辞职，甚至有数名立委认定陈水扁一定会自行下台。根据阿扁的性格，一定会负隅顽抗到最后一刻，才会考虑辞职，所以，陈水扁在5日表示若吴淑珍一审被判有罪才会下台，外界一点也不意外。即使是一审，也可能会在2008年5月阿扁的任期届满后才有结果，因而外界对他的承诺也没甚么寄望。
若阿扁真要辞职，他事前或会与各方商定一个先决条件：事后司法不追诉他，及扁嫂不予审判，总之是免于监禁，阿扁夫妇安享晚年。这实际上是“照葫芦画瓢”，在“水门事件”中下台的美国总统尼克松就因一纸“特赦令”而免于司法追究。
受到阿扁的拖累，民进党除非与阿扁切割，“断头求生”“丢帅保车”，否则前景堪忧。
（注一）“台开案”是台湾土地开发公司内线交易案的简称，是发生于2006年5月的一件涉嫌台湾土地开发股份有限公司股票内线交易的案件。台湾立法委员邱毅爆料指出，总统陈水扁亲家简水绵于2005年六、七月间以每股新台币2至3元的价格，向彰化银行购入20000多张台开股票。2006年初，股价飙涨至18元左右，一年内简水绵就获利达3亿多元新台币。2006年5月12日，陈水扁结束外交访问回到台湾的前夕，立法委员邱毅爆料指出此为赵建铭以其母亲简水绵名义从事内线交易。事发后检调单位约谈赵玉柱、简水绵、赵建勋和程雅玲，并拘提赵建铭到案。5月25日赵建铭遭台北地检署声请收押禁见获准，并移送台北看守所。这也是台湾历来第一家庭第一次有成员遭羁押。
（注二）SOGO礼券案主要缘于经营权争夺战。位于台北市忠孝东路四段的台湾百货业龙头SOGO百货，因二00一年九月纳莉台风造成大淹水，百货公司被迫暂停营业长达一周，财务严重周转不灵，百货公司拥有者，太平洋建设章家父子有意向财政部申请纾困，因此找上与官邸关系良好的太平洋流通董事长李恒隆，协助解决财务困难，又在李恒隆的介绍下，请来有“台湾艾科卡”之称的国票金控董事长林华德，对太设集团进行企业诊断。可是，李恒隆与林华德觊觎SOGO这只金鸡母，萌生谋取犯意，刻意排除有意高价购买SOGO的寒舍集团，与远东集团总裁徐旭东签定“密约”，协议事成后以33%（约四十亿新台币以上）做为酬庸。徐旭东为了打败强敌顺利取得SOGO经营权，勤走官邸疏通“高层”，李恒隆、林华德两人亦频频放话表示受“高层”指示，SOGO经营权无法转让，逼使寒舍打退堂鼓，SOGO最后终于成为远东集团的囊中物。从检方的结案报告指出，在官邸负责与李恒隆“接头”者，就是陈水扁的家庭医生黄芳彦，已比对出黄芳彦所使用两百一十九万（新台币，下同）礼券，都是李恒隆所给的“谢礼”；而第一家庭，包括吴淑珍、陈幸妤、陈致中等人比对出以SOGO礼券消费共二十七万七千多元，则是黄芳彦所转赠。
（注三）立委邱毅8月5日表示，早在二○○四年总统大选前二年，陈水扁女儿陈幸妤和儿子陈致中曾先后各汇款二次、每次上百万元款项至陈水扁台新银行秘密帐户，他质疑该帐户根本是负责洗钱的户头。
