1853年，太平天国攻占南京，改称天京。在两江总督府原址，建起规模宏大的天王府宫殿。宫阙巍峨，金碧辉煌——太阳城、金龙城、金龙殿、大照壁、吹鼓亭、内宫、后花园......方圆数里，气象万千。
1864年7月19日夜，湘军攻入天朝宫殿，两江总督曾国荃下令焚烧天朝宫殿，“大肆抢掠焚烧，屠杀官员宫女，1864年7月19日夜，十年壮丽天王府，化作荒庄野鸽飞”，仅存前朝留下的一座石舫的底座。为彻底毁除“长毛”之患，曾国藩在天朝宫殿的废墟上重建两江总督府，基本沿袭原先总督府的格局，后人又有所扩建改建，也就形成如今大体规模。
