1986年10月30日，陈云、邓小平与李先念的会晤中共领导层在1987年发生重大变化，先是胡耀邦在1月份辞去总书记一职，11月份邓小平、陈云、李先念等人退出一线。而这一系列重大的人事变动，在此前一年邓小平、陈云和李先念的一次秘密会谈中就已经决定了。邓小平、李先念和陈云的秘密会晤中共十二届六中全会决议决定：第十三次全国代表大会将于1987年11月在北京召开。在主持十二届六中全会的政治局常委中，邓小平、李先念和陈云三位都已进入耄耋之年，他们也开始考虑中共领导层的新老交替问题。而1986年10月，韩先楚、刘伯承、叶剑英等多位中共元老的辞世，也让邓小平邓人感到了交班的紧迫。十二届六中全会开完不久，10月30日上午，邓小平和李先念来到陈云家中，三人进行了一次长时间的秘密谈话。这三位老人聚在一起密谈，是很难得的事，身边工作人员赶紧为他们拍了几张照片。但还没等身边的人忙完，陈云便将工作人员支出了办公室。据陈云的警卫员赵天元后来回忆说：“我刚走到值班室，电铃响了，我又赶紧转回，打开办公室门，看到李主席已起身往门口走，见我进来，三位老人都高声说：‘烟，拿烟。’我赶忙向邓小平的秘书张宝忠要烟……谈话结束，邓小平和李主席走后，我看见烟灰缸里有六个过滤嘴烟头，邓小平在八十分钟内抽完了六支香烟。”据《党史博览》的文章分析，在他们三人中，只有邓小平一人抽烟，陈云、李先念都如此急迫地为邓小平找烟，可见谈话内容必定涉及中共的重大问题，谈话是秘密的，除了他们三人外，连身边的工作人员也不知道内情，高声找烟只是为了掩盖当时的谈话情形。三人密谈后几个月，1987年1月，中共中央政治局常委会发生重大人事变化，胡耀邦辞去总书记职务。陈云自1986年10月之后，一直未公开露面。这就引起了外界的种种猜测，尤其是境外舆论，纷纷预测中共领导层将在十三大时作何种变化，还有说陈云重病在身。就在这个时候，《国际金融研究》在1987年第1期刊登了两篇文章：一篇是全文发表了1973年6月7日《陈云同志在听取银行工作汇报时的谈话》；另一篇是该杂志特约评论员写的一篇文章，题目取的是陈云当时的原话：《要很好地研究资本主义》。这两篇文章在2月14日的《人民日报》上全文转载，引起人们的关注。一些人看出了点门道：这个时候发表陈云的这些东西，表明这样一个信息——中共并不会因为反对“资产阶级自由化”而改变进一步改革开放的政策。久不出门的陈云3月中旬从北京悄然来到杭州。 4月4日，陈云前往位于杭州西郊被列为西湖新十景之一的云栖，在那里与民众一起植树。当时还是有些凉意，但陈云却脱下大衣和帽子。警卫员说：“天凉，可以戴上帽子。”陈云这次来，除了参加植树外，还有一层“辟谣”的意思，所以他说：“戴帽子照相看不清楚。”几天后，中共元老薄一波到杭州看望陈云，两人一见面就谈起了前几天植树的事。薄一波说：“我在电视里看你种树使劲还挺大哩。”陈云笑说：“台湾报纸说我‘半身不遂’，香港报纸说我是‘重病在身，卧床不起’。老汉走路还可以嘛，还可以种树嘛。”薄一波明白了陈云的用意，称赞说：“植树辟谣，谣言不攻自破呀。”公开秘密会晤核心内容陈云在1987年10月19日召开十三大前的最后一次纪委全会上公布了1986年10月与邓小平、李先念那次秘密谈话的核心内容：“去年10月，小平同志、先念同志和我共同商定，十三大时一起退下来。这是党的事业的需要。”中共十三大决定邓小平任中央军事委员会主席，批准陈云为中央顾问委员会主任，赵紫阳、李鹏、乔石、胡启立、姚依林等人进入政治局常委行列，赵紫阳任总书记，中共最高领导层实现了新老交替。
