首先来了解禅坐对身心的影响。日本的笠松明（Akira Kasamatsu）和肥田富雄（Tomio Hirai）研究记录了45位禅者坐禅30分钟的变化，发现他们在坐妥后一两分钟，α脑波就开始出现；而且随着禅定的加深，渐渐变强、变慢。最热烈的人，还会出现θ脑波。α脑波是一种清醒、放松的脑波，若长时间出现α脑波，往往代表入睡的前奏，但θ脑波则是清醒放松的脑波，若长时间出现α脑波，往往代表入睡的前奏，但θ脑波则是清醒、放松而又保持觉察的脑波。
坐禅的人，对于外界轻微干扰的反应与瑜伽静坐的结果略有不同。若以每15秒响一声“咔嚓”来干扰他们，禅坐组的α脑波会阻滞几秒，继又恢复原来状况，他们开始保持警觉状态。瑜伽静坐组则在第二、三声后，α脑波减少阻滞，到第四声之后已不再受干扰。他们已经习惯那声音的干扰。禅者的报告是：
在禅坐冥思时，对外界每一个刺激，感觉比平常更敏锐。但心灵一点也不受外在或内在刺激的影响。他感觉到什么就作出反应，接受每一个刺激的本来面目，而且任它流过脑际。此时，心灵状态就像走在街上，注意人潮中的每一个人，走过就走过，从来没有回看一眼的想法。
外离相，内不乱
禅是一种内在效能的训练，从脑波的证据可看出，它是一种清醒的心理状态。禅是透过坐禅的训练，培养一个人在日常生活中，保持一种清醒、放松和随时待动的态度。《六祖坛经》解释禅定时说：外离相为禅，内不乱为定。
当外界的种种刺激呈现在自己眼前时，只是觉察看得清楚，但不会被它给欺蒙或系缚，而内心仍保持清醒、明白而不紊乱，这就是禅定。
从禅坐的内在训练，迁移到日常生活动静的响应，是禅所谓向内学习的要领。于是，坐禅成为习禅的重要训练，不只安定其心，而且包含了清醒的觉照。
坐禅使人安定下来，不过它比一般的静坐更进一步达到觉察和清醒的效果。现在，进一步讨论静坐冥思对生理机能的变化。哈佛大学医学院的罗伯特·华里斯（Robert K. Wallace）和赫伯特·班逊（Herbert Benson）两人，研究36位学习超觉静坐（TM）三年的人。他们学习想着一个单纯的念头或一个令他安静的声音，舒适的静坐，把注意力集中于思想的精微部分，直到心灵超越了它，而归于此意念的本源。这个冥思方法与禅宗参话头的法门，有异曲同工之妙。研究这些受试者静坐30分钟，结果是：
一开始，他们的耗氧量快速下降，身心舒缓下来。
皮肤电阻升高，表示放松、不紧张。
心跳缓慢下来，身心感到舒适。
出现α脑波，身心安定、放松。
血液中乳酸盐的浓度下降，焦虑得到缓解。
这些受试者静坐30分钟，耗氧量减少16％；相对于睡眠6小时，才减少8％，催眠时则没有什么改变，静坐的休息效果可见。血乳酸与焦虑息息相关：焦虑症的人，每逢紧张，乳酸盐浓度立刻上升；如果将乳酸注入人体，不但会引起病人发病，也会使正常人出现焦虑症状。低浓度乳酸盐显然与心神宁静有关。研究发现，静坐对于降低乳酸盐，比睡眠要快四倍。至于皮肤电阻，是松弛的指标，静坐对于皮肤电阻的提升，要比一般睡眠快四倍。
研究还发现，超觉静坐能使自主神经系统平息，产生清醒和代谢的效果，使心跳跟着缓和。如果我们经常紧张、焦虑，心跳加快，氧的消耗增加，全身进入备战状态，生理平衡容易受到干扰，则会导致慢性高血压，心脏功能失常。研究指出，静坐不失为舒缓身心的良方。
此外，泰瑞·拉斯（Terry V. Lesh）曾经对心理辅导人员作过每天一小时坐禅的训练，为期四周，主要的发现是：
同理心（empathy）增加。
产生开放的经验（open to experience）之态度。
提高生活中的自我实现（self actualization）。
同理心增加
同理心是觉察人我关系的心力。同理心强，比较能清楚了解别人的感受、立场和想法，容易和别人沟通。对自己的角色和立场也清楚，不会把自己的感受、意识硬加于别人身上。同理心就是慈悲心，是生命世界相互了解、互助互爱，从而发展民胞物与的襟怀。真正的爱建立在同理，珍贵的情感来自同理，它是精神成长的关键因素。
透过同理，个人才可能从自我中心和执著中解脱出来。透过同理，才有真正的信仰，因为它让我们与“他”有了真正的默契和会心的互动。
宗教的情操来自同理。同理心一旦开发出来，你将会仰望着他，但也明白自己的存在。彼此交流着，形成清醒和觉察，从而看清生命的真实。
同理心使人在精神生活上找到自己。因为它是内在纯净自性萌发出来的力量。
透过禅定的修持，我们看到自我，认清了“无相”的慧命。
开放的经验
其次是开放的经验。人的心很容易被自己所产生的感情、经验、知识和成见所障。心在面对生活情境时，必然产生感受、思考和反应，这是维系生命的本质。我们当然要记取前次的经验、教训和感受，作为以后前车之鉴的参考。正因如此，这些过去的经验和感受，都回过来阻碍我们清醒的思考和回应的智慧。
