高雄县长杨秋兴
屏东县长曹启鸿
台东县长邝丽贞
中评社台北8月30日电／中国时报刊登专题报道指出，八八水灾重创南台，不仅中央部会行政团队被批评反应慢半拍，部分地方政府救灾指挥体系同样也呈现兵荒马乱状态。高雄县长杨秋兴、屏东县长曹启鸿、台东县长邝丽贞此次救灾作为皆引起争议抨击，显示灾后检讨除了中央首长要积极究责，灾区县市首长也必须要面对外界公评检验。
高雄县长杨秋兴八月一日率团赴欧洲考察太阳能产业、爱尔兰经济成长经验与招商，他强调当时气象预报并不确定莫拉克台风会扑向台湾，才会照着既定行程出发。不过，当时气象预报台风路径亦有扑向台湾可能性，加以县市长台风天出境屡遭抨击已有前例可循，权衡轻重应以防灾为优先考量，不应该离台。
引起外界更大挞伐的是，八月六日已确定台风会登陆，这一天，高雄县府农业处水土保持科人员还集体前往澎湖参加研习（“立委”邱毅爆料指是集体旅游），因而受困，无法立即投入防救灾工作。
八月九日清晨六点十分至十五分，甲仙乡小林村遭土石流灭村，当天杨秋兴已经返台，但政府却迟至十日才派空勤总队直升机前往查看，十一日才调派军方直升机进入灾区救人，整个救灾系统通报、勘灾查证、救援联系全有问题，错失救援黄金时间，杨秋兴身为救灾指挥官难辞其咎。
另外，据小林村民称，该村七日已有淹水情形，八日上午出现土石流，当天下午六点多就有房子被土石压毁，县府却只通报该村土石流潜势流域列入黄、红色警戒，未通知、强制撤离村民。
虽然杨秋兴表示，检察官已针对责任问题开始调查，等救灾告一段落，中央与“监察院”也会调查，县府本身也会检讨，但外界认为县府应对小林村灭村负一定责任。
屏东县方面，不论灾害应变中心或现场救灾，全呈现兵荒马乱状态。县长曹启鸿在八日早上八点向军方申请支援救灾兵力、机具，九点半抵达现场，但救灾机具无法应付来势汹汹的淹水高度；地方错估灾害情势，致使救援工作停滞不前，地方首长应负一定责任。
此外，林边乡长陈朱云突然向“总统”告御状，指责县政府扣着中央十亿元救灾款不放，造成乡公所连便当钱都发不出来，直接杠上曹启鸿。后来虽发现乡公所还有库存款，但无论如何，中央拨下来的应急款，县府押了十几天未发出，却等着公所的公文申请，就是十足的官僚心态。
此项风波再次显示，救灾工作全靠对杠才有奥援，地方在灾情发生不提出申请，中央就当作没事；灾后复建也是一样，县府明知灾情严重乡公所急需用钱，还是等着乡公所提出申请。
在台东县方面，八日清晨七点多，南太麻里溪溃堤已经到了万分火急地步，还好紧急疏散得宜，否则会有更大伤亡。台东县长邝丽贞身为灾害应变中心总指挥官，虽然在九点多就到现场，但却到各个灾区跑来跑去，令人感觉根本是自乱阵脚。
由于邝丽贞没有坐镇指挥调度，更未设前进指挥所，搜救单位各自为政，效果大打折扣，廿四位民众受困了近八个小时，才被直升机救出。坊间甚至传言，如果邝丽贞强烈要求直升机快速救援，两位警察也许就不会白白牺牲。
另外，一直到十三日为止，包括大溪、土阪等部落还处于断电、断讯，虽然当时救援物资已大量涌入，但是这两个部落却面临弹尽援绝惨况，后来调动海军运补又遭来分配不均、效率不彰的批评。
相较于高屏东三县，台南和嘉义县长的灾情掌握和因应就相对好些。
台南县在八八水灾中共有廿八人罹难，以往灾变中心最多接收五百个状况，八八水灾突破两千个状况，全县只有六十艘动力与非动力救生艇，根本自救不及。县长苏焕智在水患之前学习噗浪此时派上用场，由于一一九电话拥挤，噗友另辟蹊径，苏焕智在第一时间接获灾民待救援讯息，立即派员抢救，部份弥补了中央救援不及的缺口。
嘉义县此次救灾工作最大问题，在于山区道路毁损严重，不仅人员无法进入救援，灾害讯息也仅靠行动电话断断续续传出，县长陈明文最后请军方协助，在十日徒步进入山区救灾，算是全台最早进入灾区的救灾人员之一。
