清軍平定准噶爾貴族叛亂之戰，是一次維護祖國統一、反對民族分裂的正義戰爭。這次戰爭，起於清康熙二十九年（1690年），迄於清乾隆二十二年（1757年），迭經三朝，歷時70年，最終弭叛息亂，取得了完全勝利。
明末清初，我國北方的蒙古族分為三大部：在今內蒙古地區的是漠南蒙古，在原外蒙古一帶的是漠北喀爾喀蒙古，遊牧於天山以北一帶的是漠西厄魯特蒙古。厄魯特又稱衛拉特，又分為四部，即和碩特（遊牧於今新疆烏魯木齊地區）、准噶爾（遊牧於今伊犁河流域）、土爾扈特（遊牧於今新疆塔城地區）、杜爾伯特（遊牧於今額爾齊斯河流域）。四部中，准噶爾部勢力最強，先後兼併了土爾扈特部及和碩部的牧地，迫使土爾扈特人轉牧於額濟勒河（今伏爾加河）流域，和碩特人遷居青海。到噶爾丹執政時，在吞併了新疆境內的杜爾伯特和原隸屬於土爾扈特的輝特部後，進佔青海的和碩特部，又攻佔了南疆維吾爾族聚居的諸城。隨著准噶爾勢力範圍的不斷擴大，噶爾丹分裂割據的野心愈益膨脹。此時，正是沙皇俄國瘋狂向外擴張的時期，為達到侵略中國西北邊疆的罪惡目的，對噶爾丹進行拉攏利誘。康熙二十六年（1687年）底，沙俄參加中俄邊界談判的全權代表戈洛文，在伊爾庫茨克專門接見了噶爾丹的代表，陰謀策動噶爾丹叛亂，支持他進攻喀爾喀蒙古。在沙皇俄國的唆使下，噶爾丹終於率兵進攻喀爾喀蒙古，發動了一場旨在分裂祖國的叛亂。
康熙二十七年（1688年），噶爾丹親率騎兵3萬自伊犁東進，越過杭愛山，進攻喀爾喀，佔領整個喀爾喀地區。喀爾喀三部首領倉皇率眾數十萬分路東奔，逃往漠南烏珠穆沁（今內蒙古烏珠穆沁旗）一帶，向清廷告急，請求保護。康熙一面把他們安置在科爾沁（今內蒙古科爾沁旗）放牧，一面責令噶爾丹罷兵西歸。但噶爾丹氣焰囂張，置之不理，反而率兵乘勢南下，深入烏珠穆沁境內。對於噶爾丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地徵集兵馬，嚴行防堵，一面調兵遣將，準備北上迎擊。康熙二十九年（1690年）六月，康熙決定親征，其部署是分兵兩路出擊：左路軍出古北口（今河北灤平南），右路軍出喜峰口（今河北寬城西南），從左右兩翼迂迴北進，消滅噶爾丹軍於烏珠穆沁地區。康熙親臨博洛和屯（今內蒙古正藍旗南）指揮。同時令盛京將軍（治所今遼寧瀋陽）、吉林將軍（治所今吉林市）各率所部兵力，西出西遼河、洮兒河，與科爾沁蒙古兵會合，協同清軍主力作戰。右路軍北進至烏珠穆沁境遇噶爾丹軍，交戰不利南退。噶爾丹乘勢長驅南進，渡過沙拉木倫河，進抵烏蘭布通。清左路軍也進至烏蘭布通南，康熙急令右路軍停止南撤，與左路軍會合，合擊噶爾丹於烏蘭布通，並派兵一部進駐歸化城（今內蒙古呼和浩特），伺機側擊噶爾丹歸路。
馬蘭布通位於克什克騰旗（今內蒙古翁牛特旗西南）之西。該地北面靠山，南有高涼河（沙拉木倫河上游的支流），地勢險要。噶爾丹背山面水佈陣，將萬餘駱駝縛蹄臥地，背負木箱，蒙以濕氈，擺成一條如同城柵的防線，謂之「駝城」，令士兵於駝城之內，依托箱垛放槍射箭。清軍以火器部隊在前，步騎兵在後，隔河佈陣。八月初一中午，交戰開始。
清軍首先集中火銃火炮，猛烈轟擊駝陣，自午後至日落，將駝陣轟斷為二，然後揮軍渡河進攻，以步兵從正面發起衝擊，又以騎兵從左翼迂迴側擊，噶爾丹大敗，倉皇率全部撤往山上。次日，遣使向清軍乞和，乘機率殘部夜渡沙拉木倫河，狼狽逃竄，逃回科布多（今蒙古吉爾噶朗圖）時只剩下數千人。
噶爾丹自烏蘭布通失敗後，分裂叛亂之心未死，他以科布多為基地，招集散亡人員，企圖重整旗鼓，東山再起。為防禦噶爾丹再次進攻，康熙採取了以下措施：調整部署，加強邊境守備；巡視漠北諸部，穩定喀爾喀蒙古上層，將逃居漠南的喀爾喀蒙古分為左中右三路，編為37旗；設立驛站和火器營，溝通內地與漠北地區的聯絡，專門訓練使用火銃火炮。康熙三十三年，清廷詔噶爾丹前來會盟，噶爾丹抗命不至，反而遣兵侵入喀爾喀，康熙遂決定誘其南下一戰殲之。為使此次作戰順利進行，清軍在戰前做了充分準備：調集兵馬，徵調大批熟悉情況的蒙古人為嚮導，隨軍攜帶5個月口糧，按每名士兵配備一名民伕四匹馬的標準，組成龐大的運輸隊，備有運糧大車6000輛，隨軍運送糧食、器材；籌備大量防寒防雨器具，準備大批木材、樹枝，以備在越過沙漠和沼澤地時鋪路。康熙三十四年九月，噶爾丹果然率3萬騎兵自科布多東進，沿克魯倫河東下，揚言借得俄羅斯鳥槍兵6萬，將大舉內犯。
在此形勢下，康熙決定再次親征，次年二月，調集9萬軍隊，分東中西三路進擊：東路9000餘人，由黑龍江將軍薩布素率領越興安嶺西進，出克魯倫河實行牽制性側擊；西路4．6萬人由撫遠大將軍費揚古為主將，分別出歸化、寧夏（今寧夏銀川），越過沙漠，會師於翁金河（今蒙古德勒格爾蓋西）後北上，切斷噶爾丹軍西逃科布多之路；康熙自率中路3．4萬人出獨石口（今河北沽源南）北上，直指克魯倫河上游，與其他兩路約期夾攻，企圖殲滅噶爾丹軍於克魯倫河一帶。三月，康熙率中路軍出塞。五月初，經科圖（今內蒙古蘇尼特左旗北）繼續渡漠北進，逐漸逼近敵軍。噶爾丹見康熙親率精銳前來，又聞西路清軍已過土剌河，有遭夾擊的危險，便連夜率部西逃。五月十三日，清西路軍進抵土剌河上游的昭莫多（今蒙古烏蘭巴托東南），距噶爾丹軍15公里紮營。昭莫多，蒙語為大森林，位於肯特山之南，土剌河之北，汗山之東。費揚古鑒於清軍長途跋涉，饑疲不堪，決定採取以逸待勞、設伏截擊的方針，以一部依山列陣於東，一部沿土剌河佈防於西，將騎兵主力隱蔽於樹林之中；振武將軍孫思克率步兵居中，扼守山頂。戰鬥開始後，清軍先以400騎兵挑戰，誘使噶爾丹軍入伏。噶爾丹果然率兵進擊，企圖攻佔清軍控制的山頭。孫思克率兵據險防守，雙方激戰一天，不分勝負。此時費揚古指揮沿河伏騎分兵一部迂迴敵陣，另一部襲擊其陣後家屬、輜重，據守山頭的孫思克部也奮呼出擊。噶爾丹軍大亂，奪路北逃，清軍乘夜追擊15公里以外，俘殲數千人，收降3000人，擊斃噶爾丹之妻阿奴。噶爾丹僅率數十騎西逃。
在噶爾丹率軍東侵喀爾喀之際，其後方基地伊犁地區被其侄策妄阿拉布坦所襲占。加之連年戰爭，噶爾丹「精銳喪亡，牲畜皆盡」，噶爾丹兵敗窮蹙，無所歸處，所率殘部不過千人，一旦羸弱不堪，內部異常混亂。康熙三十六年二月，康熙鑒於噶爾丹拒不投降，再次下詔親征。噶爾丹在眾叛親離的情況下，服毒自殺而死，至此康熙時期平定噶爾丹叛亂之戰始告結束，喀爾喀地區重新統一於清朝。
噶爾丹死後，策妄阿拉布坦便成為準噶爾部的統治者。隨著他的統治地位的鞏固和地盤的不斷擴大，又滋長了分裂割據的野心，沙皇俄國也積極支持其叛亂。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不斷襲擊清軍據守的科布多、巴裡坤（今新疆巴裡坤）、哈密等軍事重鎮，並派兵侵入西藏，進行分裂叛亂活動。由於康熙及時派兵進藏協同藏軍進行圍剿，才將策妄阿拉布坦叛亂勢力趕出西藏。康熙逝世後，雍正繼續堅持平定准噶爾貴族割據勢力的鬥爭。雍正五年（1727年）冬，策妄阿拉布坦死，其子噶爾丹策零繼位後，在沙俄支持下，繼續進行叛亂活動。從雍正六年以後，清朝多次出兵平定噶爾丹策零叛軍。十年七月，噶爾丹策零率軍襲擊駐紮於塔半爾河的清軍。八月初，清軍以精騎3萬夜襲其營，准噶爾軍潰逃。
清軍乘勝追擊，將其大部殲滅於光顯寺（今蒙古共和國鄂爾渾河上游），噶爾丹策零被迫降附。
乾隆十年（1745年）噶爾丹策零死後，准噶爾部內亂，達瓦齊奪得汗位。清乾隆二十年（1755年）二月發兵5萬直搗伊犁，達瓦齊猝不及防，兵敗被俘。不久，歸降清廷的阿睦爾撒納，因統治厄魯特蒙古四部的野心未能得逞，聚眾叛亂。
二十二年春，清廷遣軍從巴裡坤等地分路進擊，叛軍潰敗，阿睦爾撒納叛逃沙俄後病死。清軍平定准噶爾貴族分裂叛亂的戰爭，至此取得了勝利。
清軍平定准噶爾貴族分裂叛亂戰爭的勝利，不僅維護、鞏固了西北邊陲，消滅了准噶爾貴族分裂勢力，而且也打擊了沙皇俄國侵略中國准噶爾的野心，對於以後挫敗帝國主義勾結利用民族敗類分裂祖國的陰謀，捍衛西北邊疆的鬥爭，產生了良好影響。清軍之所以取勝，首先，清軍進行的是維護祖國統一、反對準部貴族分裂叛亂的正義戰爭，因而得到各族人民也包括准噶爾人民的支持。其次，清廷剿撫並用的策略運用的比較成功。第三，清廷此時內部穩定，國力強盛，軍隊紀律嚴明，戰鬥力較強。第四，在戰爭指導上，能依據客觀情況，制定出切合時宜的作戰方針；針對作戰地區地理條件的特點，認真作好戰爭準備，注意發揮騎兵快速機動作戰的能力和發揮火器部隊的作用。
當然，清軍平定叛亂的戰爭所以延續70年之久，除了沙俄極力插手和支持叛亂者以及民族關係等原因，增加了戰爭的複雜性外，清軍在作戰指導上的一些失誤也是重要原因。而准部貴族在沙俄支持下掀起的民族分裂叛亂戰爭，是違背各族人民利益的不義之戰，必然遭到各族人民的強烈反對，政治上的不得人心，及其統治集團內部的爭權奪利和軍事上存在許多不可克服的致命弱點，決定了其失敗是必不可免的。
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