建武元年即公元494年年底，魏孝文帝拓跋宏因为齐明帝萧鸾废了海陵王自立，便大举入侵南齐。但战争进行了两个多月，魏军并没有占到什么便宜。
孝文帝想往南看到长江的流水，便于翌年即公元495年二月二十二（辛酉）离开钟离。司徒长乐元懿公冯诞生病，不能跟他一块走，孝文帝和他流泪诀别。走了才五十里他就听说刘诞病死了。当时崔慧景等人的部队离孝文帝的大营不过一百里，孝文帝带了几千轻骑连夜赶回钟离，伏在冯诞的尸体上痛哭，通宵达旦，声泪不绝。次日，他敕令各军取消前往长江边的行动，依照晋齐献王（晋武帝弟弟司马攸）的礼仪安葬了冯诞。冯诞和孝文帝同年，幼年时就学习生活在一块，还娶了孝文帝的妹妹乐安长公主。他虽然没有什么学术，然而资性淳朴笃厚，所以得到孝文帝特别的宠信。二月二十八（丁卯），孝文帝派人抵达长江边，数落齐明帝的罪恶。
魏军久攻钟离而无法攻克，士卒死伤很多。三月初九（戊寅），孝文帝来到邵阳，在河洲上修筑了一座城池，并用木栅截断水路，在两岸修筑了两座城池。南齐右卫将军萧坦之派军主裴叔业攻打并占领了这两城。孝文帝打算在淮南修筑城池，设置卫戍部队，用以安抚新来归附的百姓。他赐给相州刺史高闾盖有御玺的书信，具体地谈到了这事。高闾上表认为：“《兵法》说：‘十则围之，五则攻之。’意思是十倍于敌军可以包围，五倍则可以进攻。先前朝廷在接受曹虎投降的前提下，派出的军队不多。东西战线过于辽阔，所以难以成功。现在又想在淮南设置卫戍，招抚新来归附的民众。当年世祖（拓跋焘）以排山倒海的军威和几十万步骑，南征直到瓜步。刘宋的各个郡县全都投降，而盱眙一座小城，却长期无法攻克。世祖班师的时候，没有留下一个士兵，没有修筑一座卫戍城池，也没有拓广一寸土地。难道只是因为没有将才吗？其实只是因为像盱眙这样的大镇尚未平定，小地方是守不住。拦水的最好办法是先塞住它的源泉，伐木的最好办法是先砍断它的根本。根本和源泉都还在，却去对付末端和下游，最终是无用的。寿阳、盱眙、淮阴是淮南的根本和源泉。这三镇如果一镇都拿不下，而去留守一些孤城，很明显这些孤城是无法自存的。敌人的大镇紧逼其外，长江和淮河又隔绝其内。安置的兵马太少则不足以自固，太多则粮运难通。大军回去以后，士气必然低落。夏天江水高涨，救援将更加困难。以新击旧，以劳御逸，如果真这么干的话，这些卫戍城一定会失陷。即使驻守的将士忠勇奋发，终究没有什么好处！况且安于故土，留恋本乡，是人之常情。当年彭城的战役，我们占领了他们的大镇。即使卫戍城池已经安定了下来，因为水土不服而心想叛逃的士兵还不下几万人。角城不过是淮北一个弹丸之地，离淮阳只有十八里。当年五固的战役，攻打包围了好长时间，最终还是无法攻克。今天跟当年比较，难度要高出好几倍。现在天气刚转热，雨水也刚开始下降，希望陛下遵循世祖的成规，撤军回来，全力经营洛阳，积蓄兵力等待空隙。也希望陛下同时广布仁德，推行王化，那时中原大地一派和平昌盛的景象，远方的民众就会自然臣服。”尚书令陆睿上表认为：“长江浩荡宽广，是对方巨大的天然防线。加上南方闷热，暑气简直就象蒸笼。将士如果在夏季到那里去，很多人定会生病。而现在刚开始迁都，很多事情都没办完。朝廷和部省都还没有论政的楼馆，府院和律法机构也没有办公的场所。百官的居住条件就跟行路人的露宿没什么两样，经常淋着大雨，晒着炎阳，自然会导致疠疫。而且兵役和徭役同时并举，即使圣王都很难做到。如今强壮的劳力，身穿甲胄，在外攻打仇敌；而羸弱的民夫，在内从事土木工程。运输给养的费用，每天都要上千金。驱赶着这些疲惫不堪的士兵，去讨伐守卫在坚城里面的敌虏，将如何取胜！陛下去冬的大举，本来也只是想在长江汉江一带炫耀武力而已。如今接近夏季，理应罢兵回归。还希望陛下早日回到洛邑，加深加固国家的根本。这样，圣上的心里就没了内顾之忧，兆民百姓也可以免除劳苦之役。然后再命令大将出师，那时还用得着担心敌人不服！”孝文帝采纳了他的建议。
崔慧景因为魏军在邵阳修筑城池而非常担心。张欣泰说：“对方打算退兵，才修筑城池。他们在外自我夸大，其实害怕我们跟踪在他们后头。现在如果派人去劝说他们两相罢兵，对方不会不听的。”崔慧景觉得有理，便让张欣泰前往城下的兵营里跟魏军交涉，孝文帝于是答应撤军。他渡过淮河后，还有五员大将尚未过河。齐军突然占据了河洲，截断了他们到渡口的通道。孝文帝招募勇士，答应谁能打败河洲上的齐兵，就可以破格升任直阁将军。军主代人奚康生应募。他绑了木筏，上头堆满干柴，趁着风势纵火，把齐军的船舰全都烧了，然后顺着大烟直接前进，率领部下飞刀乱砍，结果守卫中洲的齐军全都溃散。孝文帝果然任命奚康生为直阁将军。
孝文帝派前将军杨播带领步卒三千、骑兵五百为殿后。当时春天的雨水正在高涨，齐兵蜂拥而至，战舰塞满了河川。杨播在南岸布下防御阵容，让各路大军尽数渡过淮河。齐兵四面八方将杨播包围起来，杨播组成圆阵抵御，亲身参与肉搏，杀了无数齐兵。他们连续作战直到夜晚，军中粮食耗尽，而围兵进攻得越来越急。孝文帝在北岸望去，因为水势太猛而不能相救。待到水势稍微减弱，杨播率领三百精骑越过齐军战舰，大呼大喊道：“我现在就要渡江了，还能战的都来吧！”于是率众渡过淮河。杨播是杨椿的兄长。
北魏大军退走后，邵阳洲上还剩下一万多残兵。他们请求南齐给他们送来五百匹马，借路回归北魏。崔慧景打算截断他们的退路，然后攻打他们。张欣泰劝道：“不要遏制归师，古人都害怕这样的队伍。被置于死地的士兵是不能轻视的。如今战胜他们也没多大光彩，不胜则前功尽弃。我看不如答应他们的要求。”崔慧景听从了建议。萧坦之回来后，跟齐明帝说：“邵阳河洲上有陷入绝境的贼兵一万人。崔慧景和张欣泰居然放纵他们回去而不消灭了他们。”于是齐明帝没有奖赏他俩。
三月十五（甲申），南齐宣布解严。当初，齐明帝听说孝文帝要饮马长江，非常恐惧，便敕令广陵太守兼代行南兖州事务的萧颖胄将居民迁入城里。民众十分惊恐，都想卷起铺盖南渡长江。萧颖胄认为魏寇还距离很远，没有马上施行诏令。后来魏兵竟然根本没来。萧颖胄是齐高帝的侄子。
齐明帝派尚书右仆射沈文季协助丰城公萧遥昌守卫奉阳。沈文季进城时，禁止游散的士兵出城，并打开城门，严加守备。魏兵很快就退走了。
北魏入侵时，北魏使者卢昶等人还在建康。齐人痛恨他们，拿蒸的辣热豆强迫他们吃。卢昶他们怕得不行，只好硬着头皮吃下去，结果吃的泪汗纵横。谒者张思宁志气不屈，宁可死于馆下。他们回来后，孝文帝责备卢昶道：“人谁无一死，何至于把自己当作牛马，屈身辱国！即使不能做古时的苏武，难道不独自觉得愧对张思宁吗！”于是贬他为民。
三月十九（戊子），北魏太师京兆武公冯熙在平城去世。三月二十六（乙未），孝文帝来到下邳；并于四月初二（庚子）抵达彭城。次日，他为冯熙举行哀悼仪式。太傅兼录尚书事平阳公拓跋丕不乐意南迁，和陆睿一道上表请求孝文帝回平城亲自出席冯熙的葬礼。孝文帝说：“开天辟地以来，哪有天子这么老远地去奔赴舅舅的丧礼！如今刚开始经营洛邑，岂能用这些事相引诱，陷自己的君主于不义！尚书令和仆射以下作这样建议的官员，应当交付法官加以贬斥。”他于是下诏将冯熙和博陵长公主的灵柩接到南方来在洛阳安葬，一切都依照晋安平献王的礼仪。
孝文帝在钟离时，仇池镇都大将兼梁州刺史拓跋英请求率领州兵会合刘藻一道进攻汉中，孝文帝答应了。南齐梁州刺史萧懿派部将尹绍祖和梁季群等人带兵二万占据险要，并修筑五道栅栏抗拒魏兵。拓跋英说：“对方的将帅下贱，缺乏统一的指挥。我一旦挑选精兵集中攻打他们的一座营盘，其他营盘一定不会前来相救。如果攻克了一座营盘，其他四营就会全都溃散。”于是带兵猛攻其中一座大营，并很快攻了下来。其他四营果然全都溃散。拓跋英还生擒了梁季群，杀死齐兵三千多，俘虏七百馀人。拓跋英乘胜长驱，进逼南郑。萧懿又派部将姜修攻打拓跋英。拓跋英伏击并全数俘虏了他们。拓跋英准备班师回去时，萧懿的另一支部队又赶来了。这时魏军将士都已精疲力竭，没想到齐军又来，便大为恐惧，打算逃走。拓跋英故意缓慢马步，徐徐后撤，神色自若。他还登上高处瞭望敌军，然后煞有介事地东西指挥，好像要一举歼敌的样子，然后才整列前进。萧懿的部队怀疑他们有伏兵，迟疑许久后决定撤退。拓跋英趁机追击，击溃了他们，接着包围了南郑。他还严禁将士侵掠强暴，于是四周的民众都来归附，还争先恐后地为他们运送军粮。
萧懿闭城自守。军主范絜先带领三千多人在外头，得悉后急忙赶回来救南郑。拓跋英再次伏击并全部俘虏了这支齐军。南郑城被包围了几十天，城里人心惶惶。录事参军新野人庾域将几十座空仓全给封了起来，贴上题了字的封条，然后指给将士们看，说：“这里面的粮食足够使用两年。我们只有努力坚守就行了！”大家这才放下心来。刚好孝文帝这时召拓跋英回去，于是他让老弱士兵先走，自己带领精兵断后，并派使者向萧懿告别。萧懿担心其中有诈，因此在拓跋英大军离开一天后，还不敢开门。直到二月他才派部将追赶魏兵。拓跋英和士兵们下马交战，萧懿的兵马不敢进逼。跟踪了四天四夜后，萧懿的军队才悻悻而归。拓跋英进入斜谷，遇上大雨。将士们用竹子装米，手拿火炬在马上煮吃，也没停下步伐。
先前，萧懿派人去游说仇池的各个氐人部落，让他们起兵断绝拓跋英的粮道和归路。拓跋英奋起反击，且战且前。他的面颊还中了流矢，但最终还是全军回到仇池，然后开始讨伐反叛的氐民，平定了叛乱。拓跋英是拓跋桢的儿子；萧懿是萧衍的兄长。
拓跋英进攻南郑时，孝文帝下诏让雍、泾、岐三州发动六千人准备去卫戍南郑，只等攻克该城后就派他们前往。侍中兼左仆射李冲上表谏道：“秦川地形险厄，又和羌民夷民接壤。自从西师（指拓跋英部队）出动后，军饷供应和部队增援连续不断。加上氐人和胡人叛逆，他们早已疲于奔命。粮草运输和武装动员，到现在还没停止。如今又预先让他们去招募卫戍士卒，孤军深入到山外；即使朝廷给他们很好的待遇，只怕他们仍然心有余悸。假使南郑最终还是攻不下来，不是白白惊扰了民心？弄不好他们或许还会连结胡人夷人，那样一来事情就难以预测了。干脆就依照陛下的旨意，秘密下诏给刺史，等到占领南郑之后，再派兵前去卫戍。但即使这样，照臣的愚见，也未必是好主意。为什么呢？西边的道路险恶，只能通行一辆战车的小路长达千里。如今想要在与我们隔绝的境外大规模地派驻卫戍，孤零零地据守在群贼之中；敌人一旦进攻我们无法马上增援，粮食尽了我们也不能及时运送。古人说过，‘虽鞭之长，不及马腹。’南郑对于我国而言，其实就是马腹。况且大魏覆盖的领土，九州中已超过八州；大魏治下的民众，十分中已有九分。尚未臣服的也只有漠北和江外而已。征服他们就在不远的将来，何必现在就要匆忙进行？陛下应当等到疆宇更广和粮食更足之后，再安置邦郡和任命大将，做吞并他们的大举。如今钟离和寿阳就在眼前都还没有攻拔；赭城和新野也近在咫尺都还没有投降。东面战线这么近都无法派兵坚守，西面的藩镇却怎么还能建立能够固守的卫戍！如果一定要这么做，臣担心最终只会成为敌人的资产。还有，我们今天在国土的中心（洛阳）建都，靠近敌国的边境，正需要大将和敢死的勇士，扫平江东会稽一带。如果因此我们只能派普通将领带领轻型部队到南郑，那么一旦城池陷落，只怕将来西征时，大家都因为先前的教训而害怕在西边留守。要求他们拼死保境，也未必容易做到。推此而论，还是不要往南郑派兵卫戍为好。”孝文帝听从了他的建议。
四月初九（丁未），孝文帝宣布免除徐豫二州百姓一年的租税，对那些参与运送军粮的人则免除三年。四月十三（辛亥），他又下诏赐给当地百岁以上平民县令的头衔，九十岁以上赐爵三级，八十以上赐爵二级，七十以上赐爵一级；并赐给不能自理的鳏寡孤独百姓谷粟和棉帛。他还让地方官员将本地有德望的人姓名报上朝廷。他还免除前来投诚的南齐居民十五年租税。四月十五（癸丑），孝文帝来到小沛，并派人用太牢（牛羊猪三牲齐备）去祭祀汉高祖的庙堂。四月二十一（己未），他抵达瑕丘，也派人用太牢去祭祀泰山，还下诏给宿卫武官增位一级。次日，他来到鲁城，亲自到孔子祠堂祭祀。第二天，他拜孔氏四人和颜氏二人为官，并挑选孔子后代嫡嗣长子一人封为崇圣侯，食邑一百户，负责孔子的祭祀。他还命令兖州修缮孔子的坟墓，重新建立石碑和雕刻铭文，褒扬圣人的仁德。然后他下诏让兖州刺史举荐部州力有能力担任文武官员，并将那些有政绩的地方守宰姓名报上朝廷，同时依照在徐州的办法赏赐兖州老人。
四月三十（戊辰），孝文帝来到碻磝。他命令谒者仆射成淹安排船舟的楫桨，打算从泗水进入黄河，然后逆流回到洛阳。成淹劝谏他，认为“黄河水流凶猛，并非陛下万乘之躯所宜冒此风险。”孝文帝说：“正是因为平城没有漕运的水路，所以京邑的百姓十分贫穷。如今迁都洛阳，就是想打通全国各地的运输，而百姓又害怕黄河流水的险急。所以朕安排了这趟旅行，正是为了让百姓放心。”
魏城阳王拓跋鸾等人进攻赭阳，但各个将领的意见都不统一。围城长达一百多天后，将领们打算不再攻城，想就这样包围着拖垮齐军。只有将军李佐独自一人率领部众日夜进攻，结果士卒死了很多。齐明帝派太子右卫率垣历生去救赭阳。拓跋鸾的部将们觉得众寡不敌，都想撤退，只有李佐单独率领二千骑兵和南齐援兵作战，但最终还是失败了。魏将卢渊等人退走，垣历生追击并击溃了他们。垣历生是垣荣祖的堂弟。南齐南阳太守房伯玉等人又在沙堨打败薛真度。
拓跋鸾等人到瑕丘见孝文帝。孝文帝责备他们道：“你们等人有辱祖先的威灵，罪当处死。朕因为刚刚迁都洛阳，所以特别从宽处理。”五月初一（己巳），孝文帝将拓跋鸾降封为定襄县王，削减了他的食邑五百户。卢渊、李佐、韦珍全都削爵为民，还将李佐流放到瀛州。因为薛真度和他堂兄薛安都有当年在彭城降魏的大功，孝文帝保留了薛真度的爵位及荆州刺史职务，其他职位和名号则全取消了。他还说：“进足以表明先前的大功，退足以彰明如今的罪过。”
这期间，广川刚王拓跋谐去世。拓跋谐是拓跋略的儿子。孝文帝说：“古时候，大臣的丧事有过三临（帝王三次亲临）的礼仪。魏晋以来，王公的丧事，都是在东堂哭悼。从现在起，诸位封王的丧礼，得服一年丧的至亲将享受三临礼仪；有大功的享受再临即二临的礼仪；有小功的和只需服緦麻丧服的享受一临礼仪。取消东堂的哭悼仪式。广川王对于朕有过大功。”即将举行大敛（将尸体放入棺木）的仪式时，孝文帝身穿素服和深衣前往哭悼。
同时，太和庙建成；五月初二（庚午），北魏将文成皇后冯氏的神像搬进太和庙。五月初六（甲戌），孝文帝来到滑台；并在两天后在石济过夜。五月十二（庚辰），太子前往平桃城迎接孝文帝。这期间，高丽和吐谷浑国都派使者前来朝贡。
赵郡王拓跋幹在洛阳，贪赃荒淫，行为不法。御史中尉李彪私下告诫他，还说：“殿下如果仍不改正，臣不敢不向皇上禀报。”拓跋幹依然悠然自得，不以为意。李彪果然上表弹劾他。孝文帝下诏让拓跋幹和北海王拓跋详一道跟从太子前来他的行宫。他们到了后，孝文帝只见到拓跋详而没见到拓跋幹。孝文帝暗地里派左右随从去观察他的神态。知道拓跋幹既不忧虑也无悔意，孝文帝便亲自数落了他的罪过，打了他一百棍杖，免了他的官职，送他回自己的府第。
五月十五（癸未），孝文帝回到洛阳，当天即到太庙祭告。次日，他宣布削减无专职官员的俸禄，用以赞助军国的开销。第二天，孝文帝举行饮至（即出征归来后祭祀太庙并举行盛宴）典礼，并不同程度地赏赐功臣。
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