公元589年正月初一，隋吴州总管贺若弼从广陵渡过了长江，同时，隋庐江总管韩擒虎也轻易占领了采石。正月初六，贺若弼攻拔京口，并于正月二十在建康附近的白土冈击溃南陈大军。韩擒虎接着顺利占领南陈的宫城，生擒了陈后主陈叔宝。
贺若弼乘胜进军到乐游苑，南陈都督鲁广达还继续带领残余部队苦战不息，杀死和俘虏了好几百隋兵。天黑时，他才解去甲胄，面朝宫廷的方向下拜了两次，哭着跟部众说：“我不能救国，自身负罪深重！”士卒们也都痛哭流泪。于是他们放下武器，束手就擒。其他宫门的卫兵也都逃走了。贺若弼当夜烧了北掖门，进入台城。他听说韩擒虎已得到了陈叔宝，便叫他前来相见。陈叔宝惊惶恐惧，浑身流汗，两腿发抖，并对贺若弼接连下拜了两次。贺若弼跟他说：“小国的君主应当算是大国的公卿，下拜也是礼数。你到我们隋朝后也会封个归命侯什么的，所以不用恐惧。”接着他因为功居韩擒虎之后而感到羞耻，和韩擒虎吵了起来，然后气呼呼地拔剑出去。他想叫蔡征为陈叔宝书写投降的笺文，命令他乘坐一辆骡车到自己的军营来，但后来事情没办成。贺若弼将陈叔宝安置在德教殿，并派兵守卫他。
高颎先进入建康。他儿子高德弘担任晋王杨广的记室，杨广派高德弘快马感到高颎那里，让他将张丽华（即张贵妃）留下。高熲说：“当年姜太公蒙了自己的脸孔杀了妲己。我们今天又怎能留下张丽华！”因此在青溪把她给杀了。高德弘回来汇报给杨广，杨广气得脸色大变，说：“古人说，‘无德不报’，我必定有报答高公的时候！”于是非常痛恨高颎。
正月二十二（丙戌），晋王杨广进入建康。他因为施文庆当权却不忠诚，专门从事谄佞的勾当，用以掩蔽陈后主的耳目；又因为沈客卿加重赋税，收刮民间财富，用以取悦君王；便下令将他俩连同太市令阳慧朗、刑法监徐析、尚书都令史暨慧等民害，在石阙下处斩，以向三吴民众谢罪。他还让高颎和元帅府记室裴矩一道负责收集图片书籍，封存府库，对南陈国库的资产一无所取。因此天下人都盛赞杨广，觉得他非常贤能。裴矩是裴让之弟弟的儿子。
杨广因为贺若弼在约定的期限前擅自决战，违犯了军令，派人收捕了他，交给廷尉官吏。隋文帝杨坚得悉后，急忙派驿马去把贺若弼召回，并下诏给杨广说：“平定江表都是贺若弼和韩擒虎的功劳。”他还赐给贺若弼一万段丝帛；又赐给贺若弼和韩擒虎一道特别诏书，赞美他们的功劳。
开府仪同三司王颁是王僧辩的儿子。当夜，他挖掘了陈武帝陈霸先的陵园，把他的尸骨烧成灰烬，掺上水喝了下去，为他父亲复仇。然后他将自己绑了起来，到晋王杨广那里自首。杨广将这事上报朝廷，隋文帝命令赦免了王颁。隋文帝还下诏，总共派五户人家专门照看陈武帝陈霸先、陈文帝陈蒨、陈孝宣帝陈顼的陵园。
隋文帝派人去把南陈灭亡的消息告诉被扣留在隋朝的南陈使臣许善心。许善心穿着衰服在西阶之下号哭，然后铺了些草，面朝东方，在上头连坐了三天。隋文帝派人送敕书向他吊唁。三天后，有诏书命令他回到他住的馆舍，宣布任命他为通直散骑常侍，还赐给他一套官服。许善心为陈朝的灭亡痛哭尽哀。他到房间里换了衣服后，重新出来，朝北站立，哭着拜受了诏令。次日他上朝晋见隋文帝，又跪伏在殿下，悲痛得不能自已。隋文帝看着身边的侍从们说：“我平定了陈国，唯一的好处就是得到了这人。他能如此怀念他往日的君主，今后一定会是我的忠臣。”于是敕令，让他以本官在门下省当值。
许善心字务本，是高阳北新城人。他祖父许懋曾历任南梁太子中庶子，始平和天门二郡守、散骑常侍。他父亲许亨，也在南梁任过给事黄门侍郎，在南陈历任羽林监、太中大夫、卫尉卿，领大著作。许善心九岁时就成了孤儿，由母亲范氏抚养成人。他幼年时就很聪明，很有思理，听到什么马上就能背诵，知识渊博，很有见识，被世人称道。他家里有旧书一万多卷，他全都通读过。他十五岁就能写文章，还写信给父亲的友人徐陵。徐陵看后非常惊奇，跟人说：“许善心的才调极高，真是个神童。”他最早担任新安王的法曹。太子詹事江总举荐他为秀才，在朝堂上对策时，他高中头奖，授为度支郎中，后来转为侍郎，补了撰史学士的空缺。祯明二年（588），他加授通直散骑常侍，出使隋朝，接着被隋文帝留下，不让回去。
再说南陈水军都督周罗和郢州刺史荀法仍然在坚守江夏。隋秦王杨俊督领三十位总管和十多万水路大军进驻汉口，但前进不得。两军相持了一个多月。南陈荆州刺史陈慧纪派南康内史吕忠肃进驻岐亭，占据巫峡。他派人在北岸凿穿岩石，固定住三条铁锁，横截住上游下来的隋军战船。吕忠肃将自己的所有财产都捐献出来补充军用。杨素和刘仁恩率军奋勇出击，前后经历了四十多战。吕忠肃坚守险要，拼死力争。隋兵战死了五千多人，南陈士兵把隋兵的鼻子割下来领取奖赏。后来隋军也打了不少胜仗，俘虏了很多南陈士卒，却接二连三地将他们放回去。就这样，隋军得到人心，士气也更为高涨。吕忠肃最终只好放弃他的栅寨逃走了。杨素于是慢慢移走了横截江面的铁锁。吕忠肃又重新占据荆门的延洲。杨素接着派了一千巴族人，乘着四艘五牙船，用拍竿（船上用来发射石块等东西的武器）击碎了吕忠肃的十来艘战舰，彻底打垮了他，还俘虏了南陈甲士二千多人，吕忠肃仅仅逃得了性命。南陈信州刺史顾觉驻扎在安蜀城，这时也弃城逃走。
陈慧纪驻扎在公安，把他的储藏全都烧了，然后带兵东下。于是巴陵以东再也没有南陈的守军了。陈慧纪率领三万将士，和一千多艘建有高楼的战舰，沿江而下，想入援建康，但被秦王杨俊拦住，无法前进。这时，南陈晋熙王陈叔文从湘州卸任回来，刚好抵达巴州，陈慧纪便推举陈叔文为盟主。而陈叔文已经带领巴州刺史毕宝等人写信给杨俊请求投降了。杨俊于是派人前去迎接并慰劳他们。刚好建康被占领的消息传来，晋王杨广便请陈叔宝用亲笔信去招降上游的将领们，并派樊毅去见周罗，派陈慧纪的儿子陈正业去见陈慧纪，劝他们放下武器。当时大部分城池的南陈守军都已经放下武器了，周罗也只好和部将们举行了三天哭悼仪式，遣散了将士，然后到杨俊那里投降。陈慧纪也投降了，于是长江上游全都被隋朝平定了。杨素来到汉口，和杨俊会合。隋蕲州总管王世积在蕲口，听说南陈已经灭亡，便写信告谕江南的各郡。于是南陈江州司马黄偲弃城逃走，豫章各郡的太守也都到王世积那里投降。
正月二十九（癸巳），隋文帝下诏，派使者巡视并安抚南陈各个州郡。二月初一（乙未），隋文帝取消了淮南行台省。
隋朝纳言苏威上奏，请求每五百家设置一个乡正，负责管理百姓，简化诉讼纠纷。李德林认为：“本来取消乡官判案的原因，就是因为他和乡里的人非亲即熟，所以无法公平断案。现在再让乡正专管五百家，恐怕为害更甚。而且有些边僻的小县，总共不到五百家人。怎能让两县共管一乡！”隋文帝不听。二月初二（丙申），朝廷下制：“五百家为乡，置乡正一人；一百家为里，置里长一人。”
南陈吴州刺史萧瓛很得人心。南陈亡国后，吴人推举他为主。隋右卫大将军武川人宇文述带领行军总管元契和张默言等人讨伐他。隋落丛公燕荣也带着水军从东海过来。南陈永新侯陈君范从晋陵率军赶来，和萧瓛合并，共同抗拒宇文述。宇文述大军即将到来时，陈君范在晋陵城东树立栅寨，留下士兵抗拒宇文述，又派部将王褒守卫吴州，自己带兵从义兴进入太湖，想到宇文述的背后袭击他。宇文述攻破他的栅寨后，回兵出击，击溃了陈君范。接着他又派兵从另一条路去袭击吴州。王褒守不住，只好穿了道士衣服弃城逃走。萧瓛带领剩余部众退保包山，但又被燕荣率军打败。他带着身边几个人躲在百姓家中，但被人捉住了。宇文述进军到奉公埭，南陈东扬州刺史萧岩在会稽投降，但连同萧瓛一道被送到长安斩首。
杨素攻下荆门后，派别将庞晖带兵在那一带攻城略地，往南直至湘州。湘州城中的南陈将士，早都没了斗志。刺史岳阳王陈叔慎，这时才十八岁。他设宴招待属下的文武僚吏。酒喝得半醉时，陈叔慎叹道：“我们之间的君臣关系，就到此为止了！”长史谢基伏在案几上痛哭流泪。湘州助防遂兴侯陈正理也在座，当场起身说：“主辱臣死。各位难道就不是陈国的臣子吗！如今天下有难，实在是我们为国效命的时候。即使不能成功，还可以见证我们作臣子的气节。青门之外，还怕一死不成！今天有这样的机会，我们绝不能再犹豫了。迟迟不响应的人斩！”大家也都答应了。于是他们杀了牲口结盟，并派人送了封诈降信给庞晖。庞晖信以为真，便按照信中的指定日期进城。结果陈叔慎派兵埋伏在门旁，当庞晖来了时，马上捉拿了他示众，然后把他杀了，连同他的部众。陈叔慎坐在射堂上，招募兵马。短短几天之内，他就得到了五千人。衡阳太守樊通和武州刺史邬居业也都请求起兵相助。隋朝任命的湘州刺史薛胄带兵前来，和行军总管刘仁恩一道出兵攻打湘州。陈叔慎派陈正理和樊通一道抵御他们，但都战败了。薛胄乘胜攻进城里，生擒了陈叔慎。刘仁恩也在横桥打败邬居业，并生擒了他。他们把陈叔慎和邬居业都送到秦王杨俊那里，在汉口将他们处斩。
当时岭南尚未归附，那里的各郡共同推奉高凉郡太夫人洗氏为领袖，号称圣母，保境拒守。隋朝下诏派柱国将军韦洸等人前去安抚岭外。南陈豫章太守徐墱占据南康抗拒隋军，韦洸他们过不去。晋王杨广让陈叔宝给洗夫人写信，解释说陈国已经灭亡，请她归顺隋朝。洗夫人召集几千部落首领，痛哭了一整天，然后派她的孙子冯魂率领部众去迎接韦洸，并出击南康，杀了徐墱。韦洸进入岭南地区后，来到广州，向岭南各州的军民分析了形势，解释了事情的本末，于是岭南全部得以平定。韦洸还上表举荐冯魂为仪同三司，朝廷同时册封洗氏为宋康郡夫人。韦洸是韦敻的儿子。
陈朝衡州司马任瓖劝说都督王勇出兵占领岭南，然后访求一位陈氏宗室的子孙，立他为帝。王勇没有听从任瓖的劝告，率领所部归降隋朝。任瓖于是弃官而去。任瓖是任忠弟弟的儿子。
于是南陈被全面平定，隋朝总共得到它的三十个州，一百个郡，四百个县。隋文帝下诏将建康的城邑和宫室，全部夷为平地，变作农田进行开垦耕作，改在石头城设置蒋州。
晋王杨广班师回朝，留下王韶镇守石头城，把处理南陈的后事全交给他。三月初六（己巳），陈叔宝和他的南陈王公以及百官离开建康，前往长安。他们男女老少全都上路，五百里连绵不绝。隋文帝下令，暂且分出部分长安士大夫的民宅给他们居住，并派人在房屋内外修整一番，还派使者去迎接慰劳。南陈君臣到了长安后有宾至如归的感觉。夏四月初六（己亥，通鉴作辛亥为误），隋文帝来到骊山，亲自慰劳归来的大军。四月十二（乙巳），各路大军凯旋归来，并在太庙举行献俘仪式。陈叔宝和南陈诸位王侯将相，以及他们的乘舆和服御、天文图籍等，依次排列，还由隋军的铁骑包围着，跟从晋王杨广和秦王杨俊进入太庙，排列在殿庭之中。隋文帝拜杨广为太尉，赐给他一辆辂车、一匹乘马、和一套衮服和冠冕、以及玄圭和白璧。四月十三（丙午，通鉴作丙辰，疑有误。《隋书》无此记载，但根据时间判断，应该不会跟献俘相隔太久），隋文帝坐在广阳门观礼台上，接见了陈叔宝和他的太子以及诸王二十八人，还有司空司马消难以下直至尚书郎，共二百余人。隋文帝让纳言向他们宣诏慰劳；然后又让内史令宣诏，责备他们君臣不能相辅，最终直至灭亡。陈叔宝及其群臣全都惭愧无比，害怕地跪伏在地，大气都不敢出，更不用说回答了。隋文帝接着全都宽宥了他们。
当初，隋文帝的父亲杨忠被派去接应从北齐投奔北周的司马消难（见558年三月的故事），因此和司马消难结为兄弟，关系非常密切。隋文帝总是把他当作自己的叔父。灭陈之后，司马消难也从南陈过来了。隋文帝特别赦免了他的死刑，依法发配去当乐户（即为贵族家庭奏乐的隶户），但才二十来天就又赦免了。隋文帝还经常因为往日的关系引见他。司马消难不久就死在家里。
四月十七（庚戌），隋文帝在广阳门宴请功臣将士。他派人将赏赐给将士的布帛摆在门外大道的两侧，布帛多到一直摆到长安的南城。将士们都得到不同程度的奖赏，一共用了三百多万段。隋文帝还下诏，免除原来南陈境内百姓十年的租赋。其他州郡也免除了当年的租赋。
乐安公元谐进言说：“陛下的威德远播，臣从前就请求过让突厥的可汗担任候正，让陈叔宝担任令史。今天陛下可以采用臣当年的建议了。”隋文帝说：“朕平定陈国，本来只是为了除掉暴逆，并非为了夸耀自己。元公所奏的，实在不是朕的本意。突厥人不懂得山川地形，怎能让他侦察报警？陈叔宝昏聩醉酒，怎能录用驱使？”元谐不声不响地退下了。
四月二十八（辛酉），隋文帝将杨素进爵为越公，并提拔他儿子杨玄感为仪同三司，杨玄奖为清河郡公；还赐给他一万段布帛，一万石谷粟。隋文帝让贺若弼登上御座，并赐给他八千段布帛，进位为上柱国，封宋公。隋文帝还赐给他金宝，并把陈叔宝的妹妹嫁给他为妾。
贺若弼和韩擒虎在隋文帝面前争功。贺若弼说：“臣在蒋山前拚死作战，才击溃他们的精锐部队，生擒他们的骁勇战将。正因为这场战役震扬了我军的威武，才得以平定陈国。韩擒虎几乎没和陈军交锋过，怎能和臣相比！”韩擒虎说：“本来根据朝廷的明旨，让臣和贺若弼同时合力夺取伪都。而贺若弼竟然胆敢擅自提前进军，遇见贼兵就马上开战，结果造成将士死伤了很多。臣只率领轻骑五百，兵不血刃，直取金陵，降服了蛮奴，活捉了陈叔宝，占据他的府库，打翻了他的巢穴。贺若弼到那天傍晚才攻打陈国宫廷的北掖门，而臣还开门接纳了他。他本该忙着请罪才是，怎能和臣相比！”隋文帝说：“你们二将的功劳都是最大的。”于是将韩擒虎进位为上柱国，也赐给他八千段布帛。有司部门弹劾韩擒虎放纵士卒，奸淫南陈宫里的宫女。所以隋文帝没有为他提升爵位和增加封邑。
隋文帝还提升高颎为上柱国，进爵为齐公，赐给他九千段布帛。隋文帝慰劳他说：“高公伐陈后，有人诬告高公反叛，朕已把他杀了。我们君臣的彼此信任，并非那些青蝇之辈所能离间的。”隋文帝私下让他和贺若弼比较平定南陈的功劳，高颎说：“贺若弼先是献上了十道计策，后来又在蒋山苦战破贼。臣只不过是个文官而已，怎敢和大将论功！”隋文帝听后大笑，嘉奖他懂得谦让。
隋文帝伐陈时，曾让高颎向上仪同三司李德林请教平定南陈的方略，然后将这些意见转授给晋王杨广。到这时，隋文帝为了奖赏他的功劳，便授李德林为柱国，封郡公，赏了他三千段布帛。在敕令已经宣读之后，有人跟高颎说：“如今把平陈的事都归功于李德林，大将们一定会感到愤概和惋惜。而且后世也会把高公的这趟出征当作白跑了一趟。”高颎觉得有理，急忙进宫把这话转告了隋文帝。隋文帝于是取消了对李德林的封赏。
隋文帝接着任命秦王杨俊为扬州总管，并负责那里四十四州的军事，出镇广陵。他同时让晋王杨广回到并州。
要想知道隋文帝平定南陈后的情况，请看下篇文章。
