《尼希米记》记载的是尼希米带领以色列人修造圣城耶路撒冷城墙的过程。虽然修造城墙本身只花了52天的时间，可是全书却有长达13章的经文。实际上，当书卷以“尼希米”为标题的时候，就已经说明了这卷书的重点不是单单集中在修造城墙，而更多的是在尼希米的身上。虽然尼希米是波斯王的酒政，犹大省的省长，同时也像是一个包工头，具体组织实施城墙的修造，但他实际上是以色列当时的属灵领袖。他所带领的不仅仅是城墙的修复，更是以色列人与神关系的修复。
在修造城墙的过程中，尼希米遇到的挑战包括外部仇敌的百般阻挠，以及以色列人自己内部的纷争。然而尼希米紧紧依靠神，城墙得以完工。可是，巨大的压力并没有随着工程的结束而停止。相反，尼希米开始面临更大的挑战，就是人心的分别为圣：从世界中分别出来，追求圣洁。城墙建好，圣城耶路撒冷再一次竖起了轮廓，圣俗之分也明确起来。可是以色列人中愿意居住在耶路撒冷的人很少，大家都各住自己的地方。不单如此，会众对圣殿税以及十一奉献也不那么上心。可以说，回归的以色列人除了完成圣殿的重建和城墙的修复这些工程以外，对圣殿和圣城并不向往；他们完成了指派的任务，就回家过日子去了。以色列人对圣的事情若即若离，可是对世俗倒是紧密联系。他们与外族通婚，甚至连祭司也参与其中；他们与外邦人做生意，甚至连安息日也照做不误。对此，尼希米采取了“零容忍”的态度，斥责官长、祭司、贵胄、百姓悔改。我们看到，回归不是回到真空状态的圣殿和圣城，乃是回到被世俗包围的犹大地。神带领以色列人的回归，实际上是让他们进入到外邦人的世界中，在那里建造圣殿和圣城，恢复律法和敬拜。这也是神对我们的呼召，在地上高举耶稣基督的名，彰显神国的荣耀。
尼希米的一个特点就是常常祷告，而他的祷告词中最常见的片语就是“我的神啊，求你记念...”。不但是求神记念仇敌的作为，尼希米更常常求神记念他自己。我们可能会觉得尼希米的祷告太自私，怎么会求神记念自己的劳苦呢？可是从整卷书中我们看到，尼希米所祈求的，乃是求神记念他为百姓的愁苦与眼泪。他急切地希望百姓回归正传，急切地希望他们分别为圣。尼希米祈求神记念他的这颗心，实际上就是盼望神带领百姓回转，让他可以看到百姓的分别为圣成为现实，心里得安慰。我们当今的社会与尼希米的时代非常相像。神也是把我们放在这样一个世俗的环境当中。不但我们的信仰会受到极大的挑战，而且世俗化的影响也常常让我们如同“温水煮青蛙”。我们与世俗的紧密联系，已经可以用通婚来形容；我们对世界的依赖，已经可以用放弃安息日来陈述，我们对教会的疏离已经可以用其中的民稀少来表达。可是弟兄姐妹们，我们不要灰心，要学习尼希米，坚持不懈，为教会守望，为弟兄姐妹代求；求神记念我们的眼泪，成就祂的善工。
