1949年9月，周保中任东北人民自卫军总司令兼政治委员、东北民主联军副总司令兼东满军区司令员、吉林省政府主席、中国人民解放军东北军区副司令员兼吉林军区司令员、东北行政委员会常委。
[8] 1950年2月20日，与二野四兵团率部队进入昆明城，3月4日，中国人民解放军西南军区昆明市军事管制委员会成立，陈赓为主任，周保中为副主任；3月10日，中央人民政府政务院总理周恩来任命陈赓为云南省人民政府主席，周保中、张冲、杨文清为副主席。在云南省第一届各界人民代表会议上，周保中当选为第一届人民代表会议协商委员会主席。。
[7] [9] 1951年10月，政务院任命周保中兼任云南大学校长。
[9] 1953年8月7日，中共中央西南局决定由西南军政委员会政治法律委员会主任周保中兼任西南政法学院院长、党组书记，为西南政法学院历史上首任院长。
[18-19] 1954年，由于心力衰竭严重，身体极度虚弱，无法再继续担负繁重工作，党中央决定，周保中调离现任职务，8月，赴北京治病休养。9月，当选为第一届全国人大代表，并由毛泽东任命为国防委员会及国家民族事务委员会委员。10月18日，出席中华人民共和国国防委员会第一次会议。 [20]
1955年，被授予一级八一勋章、一级独立自由勋章和一级解放勋章。
[8] [10] 1956年4月，当选为第二届全国人民代表大会代表和国家民族事务委员会委员。9月，在中央“八大”上被选为中央候补委员。
[19-20] 1958年2月，在吉林通化参加了杨靖宇将军烈士陵园揭幕仪式暨杨靖宇殉国十八周年公祭大会，作长诗纪念战友，并和抗联战友冯仲云等人一起，为英雄杨靖宇遗体盖棺封墓。5月，应邀前往北京市第八十五中学参加纪念中国共产党诞辰三十七周年大会。
[20-21] 1959年4月，当选为第二届全国人民代表大会代表和国家民族事务委员会委员。
[20] 1963年6月，带病参加国务院为来访的朝鲜民主主义人民共和国最高人民会议常任委员会委员长崔庸健一行举行的欢迎仪式。
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