中和四年即公元884年六月初三（壬辰），东川留后高仁厚上奏说他平定了原东川节度使杨师立的叛乱。
六月十五（甲辰），武宁（徐州）将领李师悦和尚让（原黄巢大将）带兵将黄巢赶到瑕丘，在那里再次打败他。黄巢的部众几乎全都被消灭了，他自己带着亲信和家属逃进狼虎谷的襄王村。六月十七（丙午），黄巢的外甥林言怕被追上，会和黄巢他们一道毙命，便砍下黄巢、黄揆、黄秉兄弟三人和他们妻儿的首级，准备到武宁节度使时溥那里投降。但他在路上遇到沙陀人的博野军；沙陀人夺走了黄巢他们的首级，并砍下林言的首级献给时溥。至此，黄巢之乱结束（《旧唐书》作七月十五癸酉黄巢伏诛；估计是徐帅时溥得到黄巢首级的日子。《新唐书》说七月二十四壬午黄巢伏诛，显然是指唐僖宗在成都接受首级那天）。
黄巢是曹州冤句人，本以贩盐为业。乾符中年，连年饥荒，很多饥饿的百姓沦为盗匪，河南尤其严重。当初，里人王仙芝和尚君长聚众为盗，在濮阳闹事，攻打和劫掠城邑，还攻陷曹、濮及郓州。先前有歌谣说：“金色蛤蟆争努眼，翻却曹州天下反。”当王仙芝起兵时，人们觉得他应验歌谣，所以很害怕。左金吾卫上将军齐克让任兖州节度使，率领本军讨伐王仙芝。王仙芝怕了，便率众跑到陈、许、襄、邓一带，不管老少，把百姓都抓了当兵，于是号称有三十万部众。乾符三年（876）七月，他攻陷江陵。十月，他又派部将徐君莒攻陷洪州（南昌）。当时王仙芝曾上表请求得到节度使的符节，但唐僖宗没答应，而是任命神策统军使宋威为荆南节度招讨使，中使杨复光为监军。杨复光派判官吴彦宏劝谕王仙芝，说朝廷会赦免他的罪行，还给他另加官爵。王仙芝于是派尚君长、蔡温球、楚彦威相继前往宫阙请罪，请求得到任命。宋威嫉妒杨复光的功劳，把尚君长他们全都擒拿后送到朝廷，唐僖宗下敕在狗脊岭将他们处斩。王仙芝勃然大怒，派出所有精锐出击官军，结果宋威军队大败。杨复光收拾了残余部众，接手统领。朝廷接着任命宰相王铎代宋威为招讨使。乾符五年八月，官军收复亳州，杀了王仙芝，将他的首级献到宫阙之下。
先前，尚君长的弟弟尚让见到他兄长出使朝廷却被诛杀，便率领部众进入嵖岈山。黄巢和黄揆兄弟八人，率领数千盗匪去依附尚让。一个多月后，他们的部众发展到数万。黄巢接着攻陷汝州，俘虏了刺史王鐐，又抢掠关东。官军加兵出讨，但屡次被他们所败，黄巢的部众继续发展到十来万。尚让于是和群盗推举黄巢为王，号称冲天大将军。黄巢因此开始署任官属，藩镇无法制止。当时天下升平的日子已久，人们都不善于作战。唐僖宗即位时才十二岁，所以号令出于臣下。文官的南衙和禁卫的北司，互相矛盾，以至九流官品一片浊乱，朝臣结党营私，小人得志，君子道失，贤豪忌愤，隐退辞职。因此一朝有变，天下离心。黄巢起兵时，甚至士人也都跑去依附他。黄巢传送全国各地的檄文，以及上呈朝廷的表章奏论，全是指责朝政的弊端，显然都是失意文人的言辞。黄巢的势力强盛之后，与王仙芝成为互援。当王仙芝败死之后，黄巢往东攻打亳州，没有攻下，便转而袭破沂州，在那里落脚。王仙芝的残余全都跑去依附他。
当时王铎虽有招讨使的兵权，却在攻取方面犹豫迟缓。淮南节度使高骈上表请求招讨贼兵，唐僖宗答应了，准备给他加都统的名号。黄巢于是渡过淮河，假装要投降高骈。高骈因此遣返了各路前来围剿的官军，派部将张璘带兵准备到天长镇受降。结果黄巢变卦，生擒张璘后杀了他，还兼并了他的部众。很快他又往南攻陷湖、湘，接着占据交、广；然后请越州观察使崔璆转奏，要求得到天平军节度使的位置，但朝议不肯。黄巢又请求封官，当时宰臣郑畋与枢密使杨复恭上奏，想请朝廷授他为同正员将军。宰相卢携驳斥了他们的建议，请求朝廷只授他为率府率，如果他不肯接受，就让高骈带兵出讨。当黄巢见到诏书后，破口大骂执政大臣，又亲自上表要求出任安南都护和广州节度使，朝廷也不答应。然而黄巢带着他士人和农民混杂的部众，想占据南海地区，成为自己永久的窠穴，坐在那里要求朝廷的任命。
这年从春季到夏季，他的部众不服南方的水土，发生流行瘟疫，死了十之三四。部众于是劝他北归，争取更大的利益。黄巢不得已，只好于广明元年（880），往北越过五岭，侵犯湖、湘、江、浙，还进逼广陵（今江苏扬州）。高骈关闭广陵城门自固，而黄巢经过的其他卫戍镇所都望风投降。九月，黄巢顺利渡过淮河。十一月十七日，他攻陷洛阳，留守刘允章率领东都分司官出迎黄巢。黄巢接着攻打陕、虢，紧逼潼关。他又攻陷华州，然后留下部将奋钤守卫。河中节度使李都假装进表给黄巢称臣。朝廷派田令孜率领神策和博野等军十万人守卫潼关。当时禁军都是长安富人的子弟，世代在神策两军挂名，白吃丰厚的空饷，坐着高车大马，专门事奉权贵豪门，从小到大，都不知道战阵是怎么回事。一听到真要集中上阵时，他们父子抱头痛哭，对出征怕得要命。他们纷纷在长安东西两市出钱数以万计，雇佣小贩和屠夫或卖酒的人，以及贫民街坊的穷人，代替他们。这些市井平民操刀持戟，甚至不知道哪头是锋芒所在。朝廷又任命宦官为将帅，驱赶着这些乌合之众去守卫潼关。潼关东边有个山谷，可走行人，但平时保留给运送租税的车辆，所以禁止常人出入，称作禁谷。当黄巢大军前来时，官军只是守卫潼关，忘了防守禁谷，以为禁谷既然被官府严禁，贼兵就无法逾越。结果黄巢大将尚让和林言率领前锋由禁谷而入，两头夹攻潼关。官军因此全面溃败，博野军径直回到京师，焚烧和抢掠西市。
同年十二月三日，唐僖宗夜里从开远门逃出长安，跑到骆谷。诸王和官属相继奔跑逃命。观军容使田令孜和王若俦集合禁军扈从御驾。次日，黄巢大军来到昭应，金吾大将军张直方率领在京两班官员到灞上迎接他们。十二月五日，黄巢攻陷京师。当时黄巢的部众累年为盗，士兵都很富有，路上遇见穷人，还争着施舍他们。他们进入春明门后，坊市民众聚集围观，尚让慰抚并向市民解释说：“黄王起义就是为了拯救生灵，不像李家人那样根本不体恤你们。大家尽管安心回家。”黄巢的部众也竞相投掷物品给长安民众。十二月十三日，黄巢即皇帝位，国号大齐，年号称作金统。他登御丹凤楼宣布大赦，还解释符命说：“唐朝皇帝知道朕起义，所以改元为广明（即廣明）。就文字而言，唐已经失去天分了。廣字是‘唐’去掉‘丑口’而安上‘黄’字，所以天意让黄在唐下，廣明也就是黄家日月的意思。土德生金，朕作为金王，所以应当改年为金统。”黄巢派人搜访旧宰相，但没有找到，便任命前浙东观察使崔璆、杨希古、尚让、赵章为四相，孟楷和盖洪为左右军中尉，费传古为枢密使，王璠为京兆尹，许建、朱实、刘塘为军库使，朱温、张言、彭攒、季逵为诸卫大将军和四面游奕使。他又挑选骁勇善战和形体魁梧的五百人，号称功臣，由他外甥林言作为军使统领，相当于控鹤（即皇帝的亲兵）。
中和元年（881）二月，尚让入寇凤翔，节度使郑畋出兵抵御，在龙尾坡击溃了他们。郑畋于是飞送檄文告喻天下藩镇。四月，泾原行军唐弘夫的军队进驻渭北，河中节度使王重荣的军队进驻沙苑，易定节度使王处存的军队进驻渭桥，鄜延节度使拓拔思恭的军队进驻武功，凤翔节度使郑畋的军队进驻盩至。六月，邠宁节度使朱玫的军队进驻兴平，忠武的三千兵马进驻武功。这年，各道勤王的官军四面集结。十二月，宰相王铎率领荆、襄一带的官军从唐僖宗在西川的行在前来。郑畋帐下小校窦玫，骁勇无敌，每天夜里都率领一百名敢死队，直接进入京师，放火焚烧各道城门，杀了些敌兵后回来。黄巢的士兵因此十分惊骇。
当时京畿的百姓都躲进山谷，耕耘因此长年荒废。黄巢坐拥一座空城，没有租赋谷物进城，所以粮价暴涨，米每斗值三十缗（贯）钱。官军争着捉拿山里的百姓，卖给叛军当食物，每人可卖到几十万（即几百缗）。朝臣都往来于同、华二州之间，有的靠卖饼为业，有的趁机逃往河中。宰相崔沆和豆卢瓒来不及扈从御驾出逃，躲藏在另外的住处；因为搜索追查得很急，便微服悄悄跑到永宁里张直方的家里。朝廷权贵利用张直方的豪爽，大多都前往依附于他。后来有人向黄巢当局告密说：“张直方谋反，收留了很多亡命之徒。”叛军于是围攻他的府第，导致张直方全家被杀；崔沆和豆卢瓒等数百人也都遇害。从此叛军开始变得残酷暴虐，经常将居民全家杀害。黄巢还派使者传命，到前宰相驸马都尉于琮的府第召他前来。于琮说：“我是唐朝的大臣，不能辅佐黄家的草莽之辈。加上自己也已年老多病。”黄巢当局很愤怒，下令诛杀了他。他的妻子是广德公主，号哭着要和贼兵拼命，说：“我是天子的女儿，不能独活，宁可和相公一道去死。”当天也一同遇害。
中和二年，王处存会合忠武的王师，打败尚让，乘胜进入京师。黄巢率众逃出长安。王处存没有很好防备，当夜黄巢的军队回来偷袭，结果官军失利。贼兵很气长安街坊市井的百姓欢迎王师，便下令血洗长安城，壮年的男子被杀戮殆尽，血流成渠。九月，黄巢的大将同州刺史朱温投降了王重荣。十一月，沙陀领袖李克用率领代北的军队，自夏阳渡过黄河，进驻沙苑。
中和三年正月，李克用在沙苑打败黄揆，进而在乾坑扎营。二月，黄巢大将林言、赵章、尚让率众十万增援华州。李克用联合河中、易定、忠武的王师，和叛军在梁田坡开战，击溃了他们，斩首和俘获数万，然后乘胜攻打华州，修筑堑栅环绕着华州城。李克用的骑兵驻扎在渭北，他下令部将薛志勤和康君立每天夜里突入京师，焚烧了敌兵的积蓄，俘虏和斩首些敌兵后归来。黄揆不久放弃华州，官军于是收复了该城。四月八日，李克用联合忠武骑将庞从，在渭南和叛军遭遇，结果三战三捷，大败叛军。四月十日夜里，黄巢率众撤离长安。次日一早，李克用由光泰门入城收复了京师。黄巢率军出了蓝田和七盘路，逃往关东。天下兵马都监押杨复光用露布（没有密封的捷报）向唐僖宗的行在献捷。
五月，黄巢的先锋将领孟楷攻打蔡州，节度使秦宗权带兵出战，结果战败。孟楷攻城很急，秦宗权只好向黄巢称臣，并和他们一道攻打陈、许二州，进驻溵水。陈州刺史赵犨迎战，打败黄巢的前锋，生擒了孟楷，将他斩首。黄巢平时很宠爱孟楷，为他的死悲伤痛惜，于是率众猛攻陈州，在城北五里扎营。他还在那里建立宫阙般规模的大营，号称八仙营。于是自唐、邓、许、汝、孟、洛、郑、汴、曹、濮、徐、兖等数十州，都深受叛军的荼毒。黄巢包围陈州一百日。关东已经多年没人耕稼，百姓饥饿得只能靠着墙壁等死。叛军靠吃人充饥，每天都要杀死几千人。叛军有个所谓舂磨寨，那里有几百个巨大的石磨。他们将活生生的平民投进石磨捣碎，连着骨头吃下。黄巢造反的流毒就是如此残酷。
陈州刺史赵犨向太原求援。中和四年二月，李克用率领山西诸军，由蒲、陕一带渡过黄河，会合关东各道官军，赴援陈州。三月，大军集结。四月，官军在太康打败尚让，俘虏和斩首数以万计，还攻拔了他们四座壁垒。官军又在西华打败黄巢弟弟黄邺，攻拔了他的壁垒。黄巢大为恐惧，将军营撤退到故阳里，解除了对陈州的围困。官军继续进攻。五月，暴雨震雷，平地水深三尺，毁坏了叛军的壁垒。叛军纷纷离散，又重新集聚在尉氏，逼近中牟。次日，他们在汴水北岸扎营。当天，又是暴雨雷电，沟壑全都涨水。叛军分别入寇汴州，李克用自郑州带兵出击，再次击溃他们，还俘获了黄巢的大将李用和杨景。黄巢的残余部众退保胙县和冤句，官军继续追讨，叛军这时已经无处可去了。黄巢的大将李谠、杨能、霍存、葛从周、张归厚、张归霸各自率领部下到大梁投降，尚让率领部下一万人归降徐州的时溥。叛军自相猜疑，在营中互相残杀，死了近千人，然后在半夜逃走。李克用追击到济阴，因为人困马乏，人数又少，只好回去了。叛军残余散落在兖、郓地界。黄巢跑进泰山，徐州主帅时溥派部将张友与尚让的部众进山搜捕。黄巢后来的事前面都已细说，就不赘述了。
黄巢死后，蔡州节度使秦宗权照样纵兵四出，侵凌邻道。天平（郓州）节度使朱瑄有部众三万，他的堂弟朱瑾勇冠军中。宣武节度使朱全忠被秦宗权所攻，处境非常窘迫，只好向朱瑄求救。也在六月，朱瑄派朱瑾带兵救援，在合乡打败秦宗权。朱全忠感恩戴德，和朱瑄结为为兄弟。
六月二十六（乙卯），唐僖宗因为杨师立之乱的平定而大赦剑南三川，并下诏掩埋京畿一带因战乱和饥馑暴露的骸骨。
秋七月二十四（壬午），时溥派使者献上黄巢及家人的首级，及其姬妾。唐僖宗登御成都的大玄楼接受扈从官员的庆贺，并问这些姬妾说：“你们都是功臣贵人的子女，世代深受国恩，为何却要跟从贼人？”为首的姬妾说：“狂贼凶逆，国家有百万兵众，却让宗庙失守，不得不迁徙到巴、蜀。如今陛下以不能抗拒贼人指责一个女子，将把公卿将帅置于何地！”唐僖宗不再问话，将她们全都送到集市斩首。集市的人们争着给她们酒喝，这些无辜的姬妾无不悲伤恐怖，喝得醉醺醺的，只有为首的不饮不泣，即使在就刑时也神色肃然。
同时，朱全忠出击秦宗权，在溵水打败了他。
李克用到了晋阳，大肆招兵买马，整训兵甲，并派榆次镇将雁门人李承嗣奉表前往唐僖宗的行在，陈诉说：“臣有攻破黄巢的大功，却被朱全忠暗算，仅能逃得自己的性命，将佐以下的随从三百多人，连同牌印全都没而不返。朱全忠还在东都和陕、孟二州张贴告示，说臣已经死了，行营的兵马也全都溃散，让当地官军拦截翦灭，不要让他们漏网。臣的将士无不号泣冤诉，请求复仇。臣觉得朝廷至公无私，应当等候诏命，所以对他们加以抚慰制止，重新回归本道。请求陛下派使者前往调查，然后发兵诛讨。臣现派弟弟李克勤率领万骑在河中等候朝命。”当时朝廷因为大寇刚被平定，正忙于姑息藩镇，得到李克用的表章时，大为恐慌，当即派中使赐给优诏，让他和朱全忠和解。李克用前后共上了八道表章，声称：“朱全忠嫉功妒能，阴险狡诈，是祸国的贼人，他日必定成为朝廷的祸患。臣乞求陛下下诏削去他的官爵，臣自己率领本道兵马出讨，不用度支部门发给粮饷。”唐僖宗累次派杨复恭等人对他劝谕解释，说：“朕深知爱卿的冤屈。如今万事繁忙，还希望爱卿暂时顾全大局。”李克用始终郁郁不平。当时藩镇相互攻打，朝廷也不再为他们理清曲直。于是他们互相吞噬，就看谁的势力雄厚，对朝廷毫无畏惧！
八月，李克用奏请将麟州割让给河东，又请求任命他弟弟李克修为昭义节度使，唐僖宗全答应了。于是昭义被分为二镇。朝廷还就地加李克用为特进，晋升他为陇西郡王。李克用奏请取消云蔚防御使，依旧隶属河东，唐僖宗也同意了。自此以后，朱全忠和李克用便有了寻仇的怨恨。
至此，黄巢之乱结束，唐朝进入了朱全忠和李克用争雄的年代。要想知道他们后来的事，请看下个系列的文章。
