美国长老会（The Presbyterian Church）的牧师米尔斯（W.P.Mills）在一九三七年十一月十六日首先提议成立一个南京安全区国际委员会。
国际委员会的发起成员共有十五人，他们是：1）丹麦德士古石油（Texas Oil）公司的经理汉森（J.M.Hansen）、2）德国兴明贸易（Shingming Trading）公司的舒尔茨-潘廷（G.Schultze-Pantin）、3-4）英国亚细亚石油（Asiatic Petroleum）公司的芒罗-福勒（P.H.Munro-Faure）和利恩（J.Lean）、5）美国美孚石油公司的皮克林（J.V.Pickering）、6）英国和记洋行（International Export）的希尔兹（P.H.Shields）、7）英国太古洋行（Butterfield & Swire）的麦凯（I.Mackay）、8）拉贝、9）德国上海保险（Shanghai Insurance）公司的施佩林（E.Sperling）、10）米尔斯、11）马吉、12）金陵大学的美国社会学教授斯迈思（L.Smythe）博士、13）金陵大学的美国历史学教授贝茨（M.S.Bates，中文名贝德士）博士、14）金陵大学的美国农艺学教授里格斯（C.H.Riggs，中文名林查理）博士和15）美国卫理宗教会（Methodist）传教士、鼓楼医院副院长特里默（C.S.Trimmer）医生。
实际上，那十五人中的七个在南京沦陷前就遵循各自公司的命令离开了，坚持留在南京主持安全区事务的只有两个德国人拉贝和施佩林以及六个美国人米尔斯、马吉、斯迈思、贝茨、里格斯和特里默，加上不久后加入委员会并担任总干事的南京基督教青年会（YMCA）的苏州出生的美国新教（Protestant）牧师菲齐（G.Fitch，中文名费吴生）和担任财务总管的礼和洋行（Carlowitz & Co）的德国人克勒格尔（Christian Kroger，他也是个纳粹党员）。
其中施佩林是委员会的总稽查，他领导四百五十个训练有素的警察加上一个平民纠察队。据拉贝说，施佩林搭救的中国姑娘比谁都多，那部分归功于他会说日语，而他最常用的两个日语词是“滚！”和“快滚！”。斯迈思是委员会的秘书，作为社会学家，他主持编写过《南京城乡地区战争破坏调查报告 1937年12月—1938年3月》（War Damages in the Nanking Area December 1937—March 1938 Urban and Rural Surveys）。
在安全区期间大力帮助国际委员会工作的西方人还有鼓楼医院的院长、美国联合基督教传教团（United Christian Missionary Society）的牧师麦卡伦（J.H.McMallum）博士、奥地利人哈茨（R.R.Hatz，安全区机械师）、白俄齐阿尔（O.Zial，安全区机械师）、美国医生威尔逊、美国圣公会牧师福斯特（E.H.Forster）、金陵神学院的美国卫理宗牧师索恩（H.L.Sone，中文名宋煦伯，他后来担任了委员会副总干事）、美国护士鲍尔（G.Bauer）和海因兹（I.Hynds）、商格伦电器商行（？）的白俄波德希沃洛夫（C.Podashivoloff）以及北方饭店的老板、德国人黑姆佩尔（R.Hempel）等等。他们中的绝大多数是基督教徒。无疑，宗教就是为那样的时刻存在的。
国际委员会设置的安全区位于城区西部，东面以中央路和中山北路为界，从南面的新街口广场（德国人称之为波茨坦（Potsdam）广场）到山西路广场；北面从山西路广场往西到西康路；西面沿西康路向南到汉口路口，然后向东南到汉中路上海路交叉路口；南面从汉中路上海路交叉路口到新街口广场。安全区占地约三点八六平方公里。选择那片区域是出于德国军事顾问的建议，因为那里没有什么具有重大军事价值的目标。
国际委员会迅速把为平民设立安全区的建议通过美国大使馆分别通知了日本政府、日本军方和中国政府。
委员会要求中国政府保证撤除在拟建的安全区内所有的军事设施和军事交通指挥机构；安全区内不准驻扎武装人员（携带手枪的平民警察除外）；禁止所有士兵与军事团体进入安全区。
中国政府刚开始时对国际委员会的建议不以为然，因为那些外国人事先没有请示汇报。不过蒋介石很快改变了主意，他不仅任命了杭立武为委员会的中方总干事，而且在十一月二十九日许诺为委员会提供十万元资金（委员会实际上先后收到来自国府的共八万元的资助，他们还收到过南京市长马超俊提供的一万多袋米、一万袋面粉以及不少盐和煤）。
拉贝还通过德国大使馆和在上海的纳粹党中国分部负责人拉曼（Lahrmann）给希特勒发了电报，恳请希特勒劝说日本政府同意建立中立区，但希特勒始终不置可否。
日本政府在十二月五日通过美国大使馆给了委员会一个正式答复，他们否决了建立安全区的建议，其答复包含五点：
“1.一旦发生紧急情况，委员会不具备完全切断安全区与外界联系的自然条件与人工设施；
2.不论是在安全区内，还是在安全区附近都有中国的军事设施和据点，一旦在南京发生战斗，这些设施和据点很难做到不会被中国军队利用；
3.即使该建议受到中国当局的欢迎，仍然不能保证做到在南京发生战斗时，能够完全阻止中国军队进入安全区并将安全区用于军事目的；
4.尽管日本政府完全认可对设立安全区的建议负责的领导层的高尚动机，但不能承担在未来保证所述区域免遭炮击或轰炸的义务；
5.日本军队无意对未被中国军队使用的地点或不存在军事设施或没有部署中国军队的区域发动进攻”。
因而在进入南京的日军先遣部队的地图上，根本没有标注安全区的位置。
在国际委员会看来，安全区能否成功，关键首先在于能否真正保持中立，即能否确保区内无一兵一卒，无军事设施。尽管唐生智一再保证将撤出所有军事人员，但拉贝他们不断发现新挖的战壕和新修的高射炮阵地。拉贝曾被迫向唐生智的代表发出最后通牒：如果国军不立即停止修筑工事，并将军人清除出安全区，他将辞职并解散国际委员会。唐生智的代表对委员会提出的所有要求都立下了书面保证，不过同时又留了个尾巴，说执行起来还需要一定的时间。事实上，唐生智对部队已经失去了控制。士兵们非但没有如唐生智所许诺的那样撤出安全区，反而继续挖掘新的战壕，并架设军用电话线。在拉贝又一次当面请求唐生智撤出他的士兵时，唐生智说，那起码还要两个星期才能做到。
许多人认为，士兵进入安全区，就是因为那里相对安全。唐生智自己会见委员会成员时，也选择了在安全区里面。
国际委员会的总部设在宁海路五号，那里原来是国府外交部长张群的住宅。张群在病中离开南京时，把它交给德国大使馆使用，大使馆则转手给了拉贝和他的委员会。
上海的《蚁报》曾发表文章，高调呼吁读者不要进入西方人设置的安全区，说中国人应当勇于面对危险，那是每一个中国人的义务（“用我们的血肉，筑成我们新的长城”！）。
一个来自最高统帅部的黄姓上校在十二月六日强烈谴责拉贝们设立安全区，他慷慨激昂地对拉贝说：“我们应该用自己的热血来保卫祖国，不让日本人占领一寸土地。……南京应当抵抗到最后一个人。如果你们不建立安全区，那些搬进区内的人本来是可以帮助我们的士兵的。”
拉贝在他当天的日记里写道：“留下的人之所以留下，是因为他们没有钱带着自己的家人和一点点财产逃走。为什么不迫使那些有钱人留下？为什么总是那些最穷的人必须牺牲？对他（黄上校）来说，几十万同胞算得了什么！他们贫穷，没有任何用处，只有去死！”
第二天，拉贝在日记里写下：“昨天的黄上校走了！”
尽管没有获得日本官方的同意，国际委员会在十二月七日还是在安全区四周的边界插上了大量白底红圈、内有一个红十字的安全区界旗，在安全区转角处的地面或建筑物的房顶上水平悬挂起了画有安全区标记的大横幅。然而不少刚竖起的界旗很快就被中国士兵拔掉了，士兵们在腾出来的地方构筑火炮阵地和防御工事。
国际委员会还通知了日本军方有十五至二十名外籍人士在主持安全区的工作。
委员会本来每天下午六点都开个短暂的碰头会和新闻发布会，以前从不缺席的马超俊在七日那天没有露面，一些外籍委员会成员也不辞而别。
城门外的房屋被烧毁后，失去住所的老百姓被命令搬去安全区，于是第一批难民在那天涌进了安全区。
因为谣传紧挨南门的城内的房屋也将被烧，更多的人在那天夜里进了安全区。
不少士兵混在难民中间，他们扔掉武器，脱下军装，换上了老百姓的衣服。
国际委员会在十二月九日提议双方停火三天，即日军按兵不动，而中国军队从城中撤出，唐生智表示同意（实际上积极鼓动），但那个提议被蒋介石断然否决了。
在十一日晚上的记者招待会上，到场的二十人就全是洋人了。贝茨说：“我不认为怯懦会改善我们在世界上所面对的一切。让我们去履行我们自己认定的责任，以善良的心去做并且承担其后果。”
十二日，在安全区里仍然到处可以看到佩戴黄袖标的中国士兵，他们携带着步枪、手枪和手榴弹，连警察也违反规定带上了步枪。要清理安全区已经不可能了（不过到头来那些士兵根本没有尝试过巷战抵抗，所以日军也没有用武力进攻过安全区）。
国际委员会要求难民原则上在安全区里投亲靠友或设法租房居住，实在没有办法的则被分别安排进二十五个由一些公共场所改造而成的难民收容所，它们是：1）交通部、2）五台山小学、3）汉口路小学、4）汉口路陆军学校、5）小桃园南京语言学校、6）军械库、7）干河沿的金陵大学附中（最大的难民所）、8）锏银巷的圣经师资培训学校、9）华侨俱乐部、10）金陵神学院、11）中山路司法学校、12）最高法院、13）金陵大学、14）金陵大学图书馆、15）德国俱乐部、16）金陵女子文理学院、17）法学院、18）小桃园的金陵大学农艺系、19）山西路小学、20）金陵大学宿舍、21）贵格会传教团、22）大方巷军用化工厂、23）高家酒馆五十五号、24）西门子公司（即拉贝住宅）、25）金陵女子神学院。还有两个难民所在安全区的外面，它们是栖霞山江南水泥厂（该厂由丹麦人设计建造，德国设备，当时尚未移交给中方业主。其负责人为德国人京特（Gunther）博士和丹麦人辛德贝格（Sinderberg）以及双塘长老会传教团。在最高峰期间，那些难民所共收容了七万多人。那些难民所的负责人大多是中国的基督教徒、中国红卍字会（一九二二年在北京创立的一个“以救济灾患、促进世界和平”为宗旨的民间宗教慈善救济机构，发源于民间宗教组织道院）成员、中国红十字会成员，还有个别面目暧昧的社会上的三教九流分子。南京安全区主要就是那些人加上几个德国纳粹分子和美国传教士维持的。
十二月十三日，国际委员会开会，他们只花十分钟就成立了南京国际红十字会，由马吉任会长，拉贝是理事会成员。他们会后立即去外交部、军政部和铁道部的几所军用医院巡视，发现那里的医护人员在战火中已经撇下病人和伤员逃得一干二净。他们马上弄了一面红十字会旗挂在外交部医院的上空，并据此召回了一些医护人员。
委员会的几个人先后缴了一两千来不及渡江撤退的士兵的枪，其中许多士兵是自己直接跑到委员会总部去的（委员会成员许诺那些士兵的生命安全，但那些士兵被移交给日本人以后都被枪毙了）。
那几天里的中山路等大马路上遍地是中国逃兵扔下的军服、皮带、帐篷、弹药箱、手榴弹和各种各样的军用物资。国际委员会的人光在他们办公室的前面和附近就捡到了二百三十五杆步枪、八十把毛瑟手枪和左轮手枪、两挺重机枪和六挺轻机枪以及大量的手榴弹。
日军在十三日进城时，安全区里几乎集中了城里全部的平民百姓。委员会是城里唯一在运行的机构，他们管理着警务、食品供应、卫生、消防以及看守公共机构等事宜（不过他们掌握的四辆消防车和许多消防设备很快就被日本兵抢走了）。
在占领南京以前，日军飞机一直散发传单宣称日本是中国唯一的真正的朋友，日军“将尽力保护良善的人民，使他们能够安居乐业”。十二月十日，日军华中方面军司令松井石根（Iwane Matsui）大将（松井是驻扎中国三十年的资深中国通，淞沪会战中担任日本上海派遣军司令。一九四五年被盟军逮捕，一九四八年十一月被远东国际军事法庭作为甲级战犯判处绞刑，十二月在东京巢鸭监狱伏法）在空投给唐生智劝他放弃抵抗的传单里也称，日军“对于抗日分子固然苛酷无情，但对于平民和不怀敌意的中国军队，则采取宽容和善的态度”。
然而从十二月十四日起，无休无止的骚扰、偷窃、掠夺、强奸、谋杀和屠杀在安全区大规模发生，完全彻底的无政府状态持续了足足九、十天。日本兵到处找“花姑娘”，在光天化日下毫无顾忌地奸污妇女。有个美国人说：“安全区简直变成了日本兵的妓院”。连鼓楼医院的几个护士也险些被强奸。安全区里的许多房子，不管有没有悬挂外国旗帜，都被砸开偷盗洗劫（为了自保，许多住宅外挂出了日本太阳旗）。安全区外的店铺更是没有一家未遭难。安全区根本无力保护已经放下武器的士兵，那些士兵成千上百被拖出安全区集体屠杀，大约有五十个警察也被杀死了，他们的罪名是让士兵进入了安全区。
十二月十六日，拉贝给日本大使馆写信，要求日本当局派出宪兵在安全区里昼夜巡逻；在安全区的各通道口设置岗哨，阻止四处游荡的日本士兵进入；同时在所有难民收容所的入口处设置岗哨，但日本当局根本不予理会，置之罔闻。
委员会要养活二十多万难民，他们千辛万苦地弄米弄煤，售卖或分发米面，他们的免费粥厂每天一日两顿维持着五万多人的生命。在后期，他们还为儿童提供鱼肝油，给民众接种天花、霍乱和麻疹的疫苗、为脚气病病人分发维生素B，为白喉病人准备抗毒血清。他们千方百计从上海运进绑带纱布和补充营养的蚕豆。委员会在第二年春天还试图为近郊的农民提供种子和耕畜。国际委员会得到了全国基督教总会、美国联合基督教理事会、国际红十字会和上海救援南京委员会等国内外慈善组织的大力帮助。
国际委员会的总预算来源（因为款项中一部分为受行情波动影响的有价证卷，所以他们将资金估定为三十万元）包括蒋介石政府赞助的八万；卖米收入的一点三万；南京基督教徒战争救济会的捐款零点七万；中国银行家协会的捐款五万；美国红十字会的捐款二点五万；英国市长基金会的捐款二万；美国纽约黄金律基金会（？）的捐款六点三五万；总部设于美国伊利诺伊（Illinois）州埃文斯顿（Evanston）的国际扶轮社（Rotary International）的捐款零点二五万；美国西雅图中国俱乐部的捐款零点二零三五万以及上海救援南京委员会的捐款十点九一一五万。
那些外籍委员没有人从委员会支取过一分钱的工资，而中国志愿工作人员每天的报酬是口粮以及一角两分的菜金。
国际委员会更吃重的任务是白天黑夜保护难民的人身安全。十二月二十一日，十四个美国人、五个德国人、两个白俄和一个奥地利人，排着队走进日本大使馆，向日本人提交了一份请愿书，其中主要要求基于人道主义的理由，立即停止在城里大规模的纵火焚烧；立即停止日军士兵肆无忌惮的胡作非为；采取一切必要的措施以恢复城里的法律和秩序；保证对安全区的食物和煤的供应。请愿书的最后一句话是：“我们别无请求，只希望能得到最基本的生活条件：住房、安全和食品”。他们在那天见到了刚到南京不久的松井石根。
在很长的一段时间里，国际委员会始终不折不挠地坚持每天去日本使馆提交经过核实的日军暴行的记录加上抗议信，尽管他们明知毫无作用。
在三个多月里，跟委员会先后打过交道的日本外交官有日本使馆上海总领事冈崎胜雄（Okazaki Katsuo，他战后曾在吉田茂（Yoshida Shigeru）政府里任内阁官房长官和外务大臣）、代理总领事福田德康（Fiyoshi Fukuei）、一秘兼领事日高新六郎（Shinrokuro Hidaka。他后来曾任外务省中国部部长，据说他是个好人）、参赞（Hidarka）、副领事田中（Kikudi。魏特琳对他的评价是“善解人意、略带忧郁”，不过其他人看到他多次从外国人的住宅里顺手牵羊）、副领事（Tanaka）、二秘福井（Kiyoshi Fukui）和武官Tokuyasu Fukuda等等。总的来说，那些外交官通常很有礼貌，他们一方面极力维护日本军方的荣誉，另一方面也为难以启齿的日军军纪问题感到羞愧，并许诺“尽力而为”，向有关部门汇报，还保证局势很快就会好转。不过在实际上他们很少能有所作为。西方人能明显地感到日本文官在军人面前的低声下气、俯首贴耳。
几乎每一个洋人在那些日子里都救助过无辜无助的中国人，尤其是中国妇女。洋人在大多数情况下都能吓跑或赶走为非作歹的日本兵，阻止暴行，而中国人一见到洋人往往就会跪下磕头哀求帮助。没有洋人在场的时候，往往什么事也行不通。甚至中国警察有时也需要洋人当保镖。那些手无寸铁的洋人有时自己也诧异他们的高鼻子蓝眼睛竟然有那么大的魔力（有人说那多半是因为那些洋人的主要当事人是日本人的反共伙伴德国人和在“帕奈号”惨案后日本政府急于加以安抚的美国人）。问题是敢于仗义出头的洋人数量实在太少，他们分身无术，因而他们能帮到的中国人有限，而能够及时抢救的妇女更少。其实，在夜里，连洋人也不敢单独外出，他们总是三两人结伴而行，因为他们也吃过那些彻底失去理智、极端疯狂的日本兵的苦头，洋人被打被搜身被粗暴对待的事时有所闻。鼓楼医院的院长麦卡伦牧师甚至在一九三八年一月二十七日被两个非法闯入的日本兵的刺刀刺伤了脖子。林查理曾挨过日本人的耳光。
日本当局从十二月二十四日起开始在安全区进行了十多天的登记，并一共发放了约十六万张登记证（约占人口四分之一的十岁以下的孩子不作登记，许多地方也不登记老年妇女）。按规定有了登记证就是“良民”，可以回家不受骚扰了，而实际上许多日本兵随意撕碎登记证，然后照样搜身殴打抢劫。在登记的过程中，估计有两万余年轻力壮的男子被清理出来，哪怕其中许多其实并不是军人，他们不是被拉去服劳役，就是被集体处决。为诱骗前军人自首，日本人在登记以前总要进行一番“坦白从宽（去做工）、抗拒从严（被枪毙）”的思想动员，而那些上当自首的人百分之百被拉走杀死，许多尸体被抛进了滔滔扬子江。
日本人在登记时不时让女人抱着小孩作微笑状，然后拍照用于宣传中日和善。还有日本记者在难民所入口处分发饼干、苹果和铜板，同时拍摄电影。日本准国家通讯社同盟（Domei）通信社报道说，南京居民已经全数回到了家中，商业已经恢复正常，人们欢迎日军的到来。
偶尔也有真正行善的日本人，比如曾有一个在美国生活过四年的日本军官主动向鼓楼医院赠送了不少大豆和牛肉。
一九三八年一月一日，南京自治委员会成立，红卍字会主席陶锡三任会长、副会长为孙淑荣医生（也是红卍字会的负责人）和程朗波。其他责任人有詹荣光（原日本使馆翻译）、王承典（杰米·王（Jimmy Wang），据说他是国际委员会的秘密成员）和许传音等。作为一个傀儡机构，南京自治委员会意在取代国际委员会，他们觊觎国际委员会的资金和物质储备。而国际委员会非常乐意交出行政职能管理权，成为单纯的救济组织，但绝不肯轻易交出资金和物质。
自治委员会强迫各个难民所组织难民在那天举着五色旗和日本太阳旗上街庆祝，千人以上的难民所必须出二十人以上，小的难民所至少得出十人。
就在自治委员会的五色旗伴随着太阳旗升起的同时，苏联大使馆着火了。
自治委员会最初的告示之一，是让民众都戴上白底红日的日本袖章。
一月二日，南京电厂临时恢复了向部分地区送电。有了电，就能收听电台广播，在安全区的那些外国人才在一定程度上摆脱了与世隔绝的感觉。
一月三日，部分地区恢复了自来水供应，一月七日恢复了正常供水（直到五月初，当局忘了收水电费）。在那以前，人们不得不自深井里打水，因为池塘和渠道里的水大都被死尸污染了。国际委员会的人一度非常担心春天气候转暖后城里会瘟疫流行，幸好那样的灾难没有发生。
一月六日，三个美国外交官返回南京平仓巷三号的使馆。其中的三秘爱利森（J.M.Allison）是国际委员会最坚强的后盾，他不断向美国国务院汇报日本人的暴行（在一月二十七日，爱利森被一个日本哨兵打了耳光。日本政府立即道歉，但强调是爱利森先出口不逊）。
一月八日，德国使馆三人和英国使馆三人也返回了。后来又回来了一个荷兰外交官。外交官的回归除了为安全区提供了多一层的保护，还为那些侨民无偿提供了通过军舰运送包裹和信件的方便。
在西方使馆人员返回的前夕，日本人匆忙地清理了市区部分垃圾和尸体。
从一九三八年一月起担任第二任日军南京警备区司令的天谷直次郎（Naojiro Amaya）少将指责是境外势力在鼓励中国人抵抗，拱火浇油，煽动中国民众的反日情绪。他说，没有西方列强的干涉和挑拨离间，中日关系和谐友好、亲密无比。他自称，在他的治下，南京的秩序有明显好转（天谷在一九四一年退役，年仅五十三岁，原因不明。他曾是日军驻镇江司令，据说在他被调离时，有当地老百姓挽留他，可见他治军比较严厉）。
德国使馆的政务秘书罗森（G.F.Rosen）博士有次在跟天谷谈话时，说到“既然贵军失去了控制……”，天谷马上气急败坏地说：“你竟敢胡说八道！我们有世界上最守纪律的军队！”罗森顺势反唇相讥：“那就是说，那些士兵是奉命行事啰？”
因为国际委员会经常通过美、英、德使馆直接向东京日本外交部告状，而日本外交部不得不怪罪南京当局治理不力，所以南京当局非常讨厌那些洋鬼子。他们不需要旁观者。一些委员会的成员本来很想离开南京到上海喘口气，休息一下，但是因为日本当局不肯为他们颁发返回南京的通行证，他们就不愿离开了。他们知道在南京的外国人团体实在太小，每一个人都很珍贵。
从一月初起，安全区里有了十几个宪兵日夜巡逻，那些宪兵能管住四处流窜为非作歹的兵痞，也比较文明，只是人数少得出奇。
从一月十三日起，另有十三个日本宪兵组成了专门的使馆卫队。使馆人员外出，车里必须有一个宪兵随行。同时，使馆人员再不准出城。
从那一天起，安全区里的秩序进一步得到了恢复，似乎很少再发生强奸的事，但在安全区外，强奸、敲诈勒索抢劫、殴打乃至谋杀依然时常发生，尽管频率低了，规模小了。
在一月十一、十八、二十五和二十八日，难民所负责人先后举行了四次会议。
从一月底起，城里对粮食的需求越来越大，因为老百姓原来的私人储备都枯竭了，而日本人不准从外面运进粮食，又不发放米、面和燃煤，也不给医院急需的医生和护士发入城许可。据国际委员会说，日本人至少扣留了委员会的一万零九百三十三袋米和一万袋面粉。
日本当局在一月二十八日发出通告，要求所有难民在二月四日以前返回原住处（后来又延期到二月八日）。那时安全区内人满为患，区外则荒无人烟。那些被迫离开安全区的难民回到家里后，男人往往很快被抢劫毒打，女人往往很快就遭到强奸，于是不得不又返回安全区。许多人回家只为了那是保住房屋、门窗和地板不被毁坏或偷走的唯一办法。
二月八日，国际委员会全体成员以及德、美、英大使馆的代表应邀出席了日本使馆举办的军乐团表演。那二十个音乐家是特地从东京请来的。那些洋人早晨刚查看了被日军杀害的中国人的尸体，下午却要去欣赏日军表演的音乐，那很有点过分，但是他们明白，在那个充满欺骗和虚伪的世界，给对方面子是最大的礼数（德国使馆的罗森博士坚拒不去捧场）。
因为日本当局下令关闭安全区，南京安全区国际委员会在二月十八日正式改名为南京国际救济委员会（International Relief Committee），从此成为一个纯粹的民间救济组织。鉴于拉贝即将离开，米尔斯被推选为主席，即拉贝的接班人，索恩成了已经去了上海的总干事菲齐的继承者，秘书斯迈思则兼任了财务主管。
同时城里有了六百多个包括妇女和儿童在内的日本平民，随着日本人到来的，还有些韩国人。城里出现了各种日本商店（到年底，南京有了日本平民约七千人），日本货卖得最多的是香烟、火柴、糖和蜡烛。
与各种商店出现的同时，南京出现了二百多家出售鸦片的土膏行。那些旅馆和慰安妇场所也卖鸦片。
三月，南京和上海之间恢复了火车、汽车和轮船交通。三月二十五日，南京全面恢复了邮政服务。
从四月起，国际救济委员会雇了几百个工人协助红卍字会加速处理暴露在外的尸体。
四月底，以梁鸿志为首的中央政府维新政府下令成立督办南京市政公署（一九三九年三月改称为南京特别市政府），同时解散了自治委员会。
五月三十一日，南京所有的难民所及粥厂都被关闭了。
六月一日，国际救济委员会在金陵女子文理学院的礼拜堂里为在那以前的六个月里为委员会和难民所工作过的大约四百五十个义工颁发了证书并拍了集体照。
尽管南京的社会秩序逐渐好转，其周围的农村始终民不聊生，除了日军的散兵游勇动辄抢劫、强奸妇女以外，因为日本人摧毁了原有的政府职能，又无意承担责任建立新的机构，加上经济生活的基础被破坏殆尽，土产的土匪活动非常猖獗，女人往往只能整天躲在地洞里才能免于侮辱。
从六月份起，日本当局开始在南京城里推行联保制度。
到十一月初，城里的一些商店饭店外出现了招揽顾客的穿蓝衣白裙的女孩。
十二月十三日，南京特别市政府下令解散国际救济委员会，要求所有外籍委员立即离境。此命令被日军当局否决。二十一日，市政府又借故抓走了委员会六名中方工作人员（直到第二年四月底才被放回）。
汪精卫伪政权在一九四0年三月三十日举行了就职典礼。
